Visualisation des données avec t-SNE et UMAPDescription
Récemment, des algorithmes non linéaires de réduction de dimension et de visualisation, notamment l'intégration de voisins stochastiques distribués t (t-SNE) et l'approximation et projection de variétés uniformes (UMAP), ont été largement appliqués à divers domaines de recherche tels que le traitement d'images, l'exploration de texte. , et la génomique. Ce complément donne accès aux packages t-SNE et UMAP R. Il offre une interface conviviale permettant la navigation dans les tableaux de données, le contrôle de la qualité des données, la gestion de la rareté, le paramétrage intuitif et l'interprétation interactive des résultats.
Exemple d'utilisation
Voici une capture d'écran de l'interface avec les données MNIST chargées. Sous Spécifications du modèle, j'ai sélectionné la colonne d'étiquette comme Étiquette et tous les pixels comme prédicteurs. J'ai choisi à la fois t-SNE et UMAP comme algorithmes.
Une autre capture d'écran des résultats du t-SNE (en haut) et de l'UMAP (en bas).
Ce complément prend également en charge certaines options de contrôle qualité de base, notamment la vérification des valeurs manquantes, la distribution et le calcul de la parcimonie. Vous pouvez trouver ces options sous Options de contrôle qualité sur l’interface.
Mises à jour : l'interface JMP R sur Mac présente des problèmes de version. Veuillez rétrograder votre R vers la version <=3.3.3 et utiliser t-sne uniquement si vous êtes un utilisateur Mac.
Journal des modifications :
v.2 <22/09/2020> Ajout des résultats tsne et umap au tableau d'origine et sortie réorganisée pour une meilleure expérience d'exploration.
v.1.2 <14/03/2019> Correction d'un problème dans le package Rtsne où un grand nombre de colonnes provoquaient un problème de débordement de pile.
v.1.1 
/8/2019> Correction d'un bug qui pouvait potentiellement produire des « problèmes trouvés dans R, mémoire épuisée ? » Message d'erreur. Ajout d'un sous-menu pour l'exemple de jeu de données MNIST.
v.1.0 <26/02/2019> Version initiale.
Intégration tierceVisualisation de donnéesL'analyse exploratoire des donnéesSciences de la vieRe : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@Nazarkovski - mettez-le dans la liste de souhaits ! Je suis d'accord que l'UMAP devrait être là. Si vous regardez comment ils ont configuré l'interface graphique, il est clair qu'elle a été conçue pour l'ajout d'autres méthodes ultérieurement.
M.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPMerci, @MikeD_Anderson !
Wow, c'est vrai. Dommage que l'UMAP n'ait pas été inclus avec TSNE.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@Nazarkovski - jetez un oeil à la documentation JMP 17 Pro ( https://www.jmp.com/support/help/en/17.1/index.shtml#page/jmp/multivariate-embedding.shtml%23 ). T-SNE fait désormais partie du Analyse > Multivarié > Incorporation multivariée plateforme en pro.
Meilleur,
M.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPBonsoir, chers collègues !
J'ai installé R 3.6.3 et RStudio sur mon Windows 10 (64 bits). J'ai installé les deux packages avec succès et le fichier d'exemple pour le complément a bien fonctionné en visualisant correctement les données. Cependant, tant que je lançais mon fichier (32 lignes, 7 colonnes de prédicteurs, 1 colonne comme "libellé"), le processus aboutissait à une alerte ci-dessous.
Pourriez-vous s'il vous plaît expliquer ce qui n'allait pas. Toutes les colonnes étaient numériques continues, comme dans l'exemple MNIST.jmp. La seule différence était que les nombres dans 7 variables n'étaient pas entiers : comme 0,234234 ou 0,472343.
J'apprécierai grandement vos conseils.
Michael
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@MJ Avez-vous pu aider les utilisateurs de MacOS avec l'intégration de R ? Cela fonctionne très bien sur mon Windows. Existe-t-il une possibilité d'établir cette connexion sans rétrograder mon R ? J'utilise souvent l'intégration avec de nouveaux packages. C'est pour un Macbook M1, ça fait une différence.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut
J'essaie d'utiliser le complément mais j'obtiens la même réponse "Impossible d'obtenir la sortie R" de JMP 16.2.0 + R 4.1.2
= Même problème que le FR60
J'ai eu l'une des plaintes précédentes qui disait qu'il ne pouvait pas trouver R, j'ai donc supprimé l'ancien R et installé la version actuelle R 4.1.2 qui génère l'erreur ci-dessus.
On ne sait donc pas du tout où réside le problème.Compte tenu de la large application de ces outils, il semble qu'il est temps que SAS intègre cette fonctionnalité dans JMP !
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut MJ.
J'essaie d'utiliser votre complément mais même si j'ai suivi votre suggestion concernant la version R à définir comme Accueil, je reçois toujours le message d'alerte suivant :
Impossible d'obtenir la sortie R.
S'il vous plaît, pouvez-vous m'aider ?
Félice
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPMJ
Votre complément UMAP fonctionne très bien. Je l'utilise presque tous les jours. Merci pour l'info sur la perplexité.
Lorsque je répète l'UMAP sur les mêmes données, j'obtiens toujours des paramètres similaires mais légèrement différents.
Ce n’est pas significatif car les parcelles sont toujours très proches. Mais quelques échantillons varieront un peu.
Pourquoi est-ce. Est-ce la graine aléatoire qui change ?
Merci beaucoup. Excellent complément
Neal
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@MikeDereviankin Je n'ai pas pu reproduire ce problème. J'utilisais le dernier R 4.0.3, JMP 15.1 et les derniers UMAP et tSNE, les deux algorithmes fonctionnaient bien. Je pense que ce qui n'a pas fonctionné, c'est la commande R send (), qui pourrait être causée par un échec de communication avec une version R spécifique ou des problèmes de données inattendus. Avez-vous essayé le complément avec l'exemple d'ensemble de données MNIST ? Vous pouvez également essayer de mettre à jour à nouveau R et UMAP, de supprimer des installations R supplémentaires et de mettre à jour JMP vers des versions plus récentes si possible. Vous pouvez également m'envoyer votre ensemble de données pour que j'y jette un œil si elles ne sont pas confidentielles (Meijian.Guan@jmp.com). Et contacter le support technique est également toujours une bonne option.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPJ'ai défini R home sur la version précédente de R et la bibliothèque cran installe également les packages sur cette version. Le problème est que UMAP n'est pas compatible avec 3.5.2. à en juger par son apparence.
Comme mentionné précédemment, j'avais déjà travaillé avec la version 4.0.2 et tout s'est très bien passé.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPJ'ai donné des objectifs d'administration et j'obtiens maintenant la même erreur qu'avant, "sendRdata".
Je l'avais déjà utilisé avec R-4.0.2 et tout d'un coup la semaine dernière, cela ne fonctionne pas. UMAP fonctionne bien dans R lui-même.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@MJ
Cela apparaît maintenant comme avant :
Dois-je accorder des autorisations d'administrateur ?
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@MikeDereviankin Oui, veuillez consulter les informations suivantes.
Veuillez essayer de définir R_HOME comme variable d'environnement comme suit et réessayer ce complément. Ouvrez la console Windows CMD et tapez : setx R_HOME "Ce PC\Documents\R\R-3.5.2". Et assurez-vous que les packages Rtsne et umap sont installés sur cette version de R. S'il vous plaît laissez-moi savoir si cela résout votre problème.
Nous avons également quelques discussions sur la communauté qui parlent de ce problème que vous pouvez consulter.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@MJ Puis-je avoir deux R différents configurés sur mon ordinateur et faire en sorte que le script JMP accède à cette version spécifique de R ?
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@MikeDereviankin Si cette erreur s'est produite après la mise à jour de votre package R et UMAP, cela pourrait en être la raison. Certaines versions de JMP ne fonctionnent correctement qu'avec des versions R spécifiques. Par exemple, R 3.5.2 fonctionne bien avec la plupart des versions de JMP. Vous devrez peut-être envisager de rétrograder votre R et réessayer.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPBonjour,
J'obtiens cette erreur. J'ai réinstallé R 4.03 et UMAP dans le package cran. La connexion est là, mais quelque chose ne se connecte pas.
{"UMAP"}
{3, 15, 200, 0,1}
"Je suis algr!"
"J'ai des paramètres !"
"Démarrer dans DataPrep"
{"2,3,7,8-TCDD", "1,2,3,7,8-PeCDD", "1,2,3,4,7,8-HxCDD", "1,2,3, 6,7,8-HxCDD", "1,2,3,7,8,9-HxCDD", "2,3,7,8-TCDF", "1,2,3,7,8-PeCDF" , "2,3,4,7,8-PeCDF", "1,2,3,4,7,8-HxCDF", "1,2,3,6,7,8-HxCDF"}
"Terminer la parcimonie"
« La parcimonie est : »
0,280112044817927
"L'étiquette est : "
{}
"La dimension d'inData2R est : "
119
15
« Préparation des données terminée. »
« Démarrez le back-end ! »
"L'étiquette est : "
{}
"Dans la fonction talk2R."
"l'étiquette est :"
{}
"UMAP est sélectionné !"
TKIntRJMP.R version 14.0
L'instruction R finale est incomplète.
L'envoi des données pour "data4R" a échoué
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@FN Oui, le complément est essentiellement un fichier compressé. Vous devriez pouvoir le décompresser avec n'importe quel outil de décompression et trouver le fichier embedding.jsl dans le dossier de script. Modifier la fonction talk2R() dans le script devrait le faire.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPBonjour MJ,
Serait-il possible d'obtenir le code source du complément ?
J'aimerais utiliser la même interface utilisateur mais avec des packages Python comme backend.
Merci.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@MikeDereviankin Il supprimera les lignes en double uniquement en fonction des prédicteurs, même si ces lignes peuvent avoir des noms ou des étiquettes différents. Parce que seuls les prédicteurs sont utilisés dans le calcul UMAP/tSNE.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@MJ
Dans quelles circonstances l'UMAP supprime-t-il les lignes. Je comprends que si les échantillons ont des valeurs en double, ils seront supprimés, mais un UMAP identifie les échantillons avec des valeurs en double, mais des noms différents ?
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@MJ Cela a beaucoup de sens maintenant, avec le recul, en fonction du fonctionnement de l'algorithme Rtsne. Merci!
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut @MikeDereviankin , il semble que vous ayez utilisé 4 comme Output Dim pour t-SNE, ce qui n'est pas autorisé pour cette version de tSNE, veuillez utiliser 2 ou 3 à la place. Vous pouvez également spécifier une dimension de sortie >3 pour UMAP si vous le jugez nécessaire.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@MJ ci-dessous le journal :
{"t-SNE"}
{4, 30, 500}
"Je suis algr!"
"J'ai des paramètres !"
"Démarrer dans DataPrep"
{"PCB-1_imputed, % du total", "PCB-2_imputed, pourcentage du total", "PCB-3_imputed, pourcentage du total", "PCB-4_10_imputed, pourcentage du total", "PCB-5_8_imputed, pourcentage du total" , "PCB-6_imputed, pourcentage du total", "PCB-7_9_imputed, pourcentage du total", "PCB-11_imputed, pourcentage du total", "PCB-12_13_imputed, pourcentage du total", "PCB-15_imputed, pourcentage du total" }
"Terminer la parcimonie"
« La parcimonie est : »
0,00300530234872998
"L'étiquette est : "
{"Taper"}
"La dimension d'inData2R est : "
439
120
« Préparation des données terminée. »
« Démarrez le back-end ! »
"L'étiquette est : "
{"Taper"}
"Dans la fonction talk2R."
"l'étiquette est :"
{"Taper"}
"Le t-SNE est sélectionné !"
TKIntRJMP.R version 14.0
"Envoi de l'étiquette à R : "
{"Taper"}
"Envoi de l'étiquette à R"
data4R=data.frame(data4R)
#label=unlist(étiquette)
#cat("l'étiquette est : ",étiquette,"\n")
#print(longueur(étiquette))
#chat("\n")
#supprimer les observations en double des deux ensembles de données
#inDataUniq=data4R[!duplicate(data4R[,!names(data4R) %in% label]),] #autoriser l'exclusion de plusieurs étiquettes
#tête(data4R)
#cat("dim de inDataUniq est : ",dim(inDataUniq),"\n")
cat("Prêt à exécuter",\n")
si("t-SNE"=="t-SNE"){
cat("Nous utilisons t-SNE","\n")
bibliothèque("Rtsne")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% label])
cat("dim de inDataTsne est : ",dim(inDataTsne),"\n")
tsne <- Rtsne(inDataTsne, dims = 4, perplexité=30, verbeux=TRUE, max_iter = 500,pca=F)
sortieY=tsne$Y
tête (sortieY)
}else if("t-SNE"=="UMAP"){
cat("Nous utilisons UMAP","\n")
bibliothèque (umap)
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% label], #method="umap-learn",
n_neighbors=15, n_components=2, n_epochs=200,min_dist=0.1)
sortieY=outUmap$layout
tête (sortieY)
}else if("t-SNE"=="Les deux"){
cat("Nous utilisons les deux",\n")
bibliothèque("Rtsne")
bibliothèque (umap)
cat("\n","Démarrer t-sne","\n")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% label])
tsne <- Rtsne(inDataTsne, dims = 4, perplexité=30, verbeux=TRUE, max_iter = 500,pca=F)
sortieY1=tsne$Y
cat("Démarrer umap","\n")
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% label], #method="umap-learn",
n_neighbors=15, n_components=2, n_epochs=200,min_dist=0.1)
sortieY2=outUmap$layout
cat("Les deux sont terminés",\n")
}
print("Analyse effectuée!")
Prêt pour la course
Nous utilisons t-SNE
dim de inDataTsne est : 439 119
Attention : Erreur dans .check_tsne_params(nrow(X), dims = dims, perplexity = perplexity, :
les dims doivent être 1, 2 ou 3
{"Code d'échantillon", "Type", "PCB-1_imputed", "PCB-2_imputed", "PCB-3_imputed", "PCB-4_10_imputed", "PCB-5_8_imputed", "PCB-6_imputed", "PCB-7_9_imputed ", "PCB-11_imputé"}
"Numéro d'itération : "
241
"Créez de nouvelles colonnes pour t-SNE."
Erreur dans eval(expr, p) : objet 'outputY' introuvable
Impossible d'obtenir la sortie R.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@MJ
Qu'est-ce que cela signifie lorsque t-SNE renvoie "ne peut pas obtenir la sortie R". Je me suis assuré de définir mon CMD et j'ai même exécuté JMP en tant qu'administrateur. Où d’autre pourrait-il y avoir un problème de sécurité ?
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut @Ed1 , non, les prédicteurs peuvent être n'importe quel type de valeurs numériques. Cela ne fonctionnera peut-être pas avec les personnages.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut MJ,
Merci pour le complément.
Les prédicteurs doivent-ils être des nombres entiers ?
Meilleur,
Éd
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPMerci @ih pour partager votre expérience personnelle.
@MikeDereviankin Mes excuses pour les problèmes d'intégration de R, généralement une seule installation de R, un redémarrage de R, JMP ou même votre machine serait utile dans ce scénario. Après avoir traversé ces problèmes, vous apprécierez peut-être la commodité et l’interactivité de ce complément.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@MikeDereviankin ,
Au cas où cela pourrait vous aider, ce texte provient de la section "Comment JMP trouve R" du Guide de script JMP 15 . Selon mon expérience paramètre la variable d'environnement depuis JMP est la méthode la plus sûre.
JMP retarde le chargement de R jusqu'à ce qu'un script basé sur JSL en demande l'accès. Lorsque JMP doit charger R,
il suit les étapes standard pour trouver R sur un ordinateur Windows :
1. Recherchez la variable d'environnement R_HOME.
Si la variable existe, chargez R à partir du répertoire spécifié.
2. Si la variable d'environnement R_HOME n'existe pas, recherchez la valeur InstallPath dans le
Registre Windows sous la clé suivante :
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\R-core\R
Si la valeur InstallPath existe, chargez R à partir du répertoire spécifié.
3. Si la valeur InstallPath n'existe pas, un message d'erreur indique que R est introuvable.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@MJ
Je viens d'installer le complément et maintenant JMP ne trouve pas mon R... J'ai réinitialisé mes variables environnementales, modifié le chemin dans CMD, réinstallé R et rien.
J'obtiens l'erreur indiquant que R n'est pas installé. Cela ne semble pas être un complément efficace avec tous ces problèmes qui sont évités si T-SNE est simplement exécuté dans R. L'interface graphique est sympa, mais cela semble être un casse-tête d'après tous les commentaires.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut @MikeDereviankin , je viens de publier une nouvelle version de ce Add-in. Pourriez-vous s'il vous plaît essayer cette nouvelle version et me dire si elle fonctionne pour vous ? Il semble qu'il y ait un problème avec votre installation R.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP
Salut,
J'obtiens l'erreur suivante :
Le package a été exécuté sur différents ensembles de données JMP. Qu’est-ce qui a précisément déclenché cela ?
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut @rexneal , j'ai fait quelques explorations, c'était probablement parce que le niveau de perplexité que vous avez défini était trop élevé pour un ensemble de données de moins de 90 lignes. Je recommanderais de le réduire à 5 ~ 10 dans ce cas. Je publierai bientôt une version mise à jour de ce complément permettant une meilleure comparaison entre les deux méthodes.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut @rexneal , je suis heureux que vous ayez trouvé ce complément utile. Je vais étudier ce problème et je reviens vers vous dès que possible.
Merci,
MJ
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPJ'utilise le complément d'intégration dans JMP 14+ et JMP15. Ce complément crée des images tsne et umap et des données pca avec une interface R. C'est un excellent programme et facile à utiliser car il est très rapide. Les instructions de l'interface R ont bien fonctionné.
Je l'ai utilisé sur de nombreuses bases de données. Cependant, sur une base de données récente plus petite de 74 lignes, il renvoie toujours un message d'erreur (pas assez de mémoire ou installation incorrecte). Je l'ai réinstallé mais même problème. En parcourant les données, j'ai déterminé que ce complément nécessite au moins 90 lignes. Ce n'est pas un problème avec Sklearn. Je préférerais utiliser ce complément au lieu de sklearn car ce complément est beaucoup plus rapide pour plusieurs analyses et permet facilement d'exporter les données PC primaires x et y vers un autre fichier jmp pour la création manuelle de nouvelles classes.
Existe-t-il un correctif pour cela ?
J'adore JMP.Merci, Neal
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@MikeD_Anderson Merci Mike!
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@MJ & @markschahl , une autre idée est de l'ajouter à la liste de souhaits JMP sur la communauté :
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list
Cela aidera à obtenir des chiffres sur la demande et permettra à d'autres d'exprimer leur soutien à cette fonctionnalité (je suis d'accord, ce serait formidable de l'avoir également dans JMP !)
M.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut @markschahl , je sais que John Sall travaillait sur une version JMP de t-SNE mais je ne sais pas quand nous allons la publier. Je conviens qu'il s'agit d'une méthode puissante et que son implémentation dans JMP serait le moyen optimal, car appeler R présente de nombreux problèmes potentiels. Vous pouvez en faire la demande en tant que nouvelle fonctionnalité auprès de nos équipes techniques ou de gestion de produits.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPAlors, est-ce que t-SNE/UMAP va être ajouté à une future version de JMP ? Il s’agit d’une technique de détection d’événements anormaux très puissante et largement applicable dans l’ensemble de l’industrie. Je viens de lire ce journal. Le t-SNE fonctionne très bien sur l'ensemble de données du processus Tennessee Eastman :
Une nouvelle méthode d'exploration de données non supervisée basée sur l'auto-encodeur empilé pour le diagnostic des défauts des procédés chimiques
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPVous recevez toujours l’erreur suivante lors de l’exécution du complément Embezdding.
Le complément ne fonctionne toujours pas dans JMP-pro après avoir modifié le CMD. Dans R, j'ai utilisé l'onglet "Packages" - "Installer les packages" pour installer les packages umap et Rtsn. Une autre suggestion ?
Toute autre suggestion
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@Lu Désolé pour le dérangement. Sous Windows 7, je pense que vous pouvez accéder au menu Démarrer, taper cmd ou command dans la zone de recherche, puis appuyer sur Entrée. Ou vous pouvez simplement accéder au menu Démarrer et accéder à Tous les programmes. Ensuite, ouvrez Accessoires et cliquez sur le raccourci Invite de commandes.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPJe suis un utilisateur de Windoxs 7 et non un expert en TIC. Je ne trouve donc pas comment accéder à la "console CMD", désolé :-(.J'ai supprimé R et je l'ai réinstallé dans la même carte que JMPpro. J'obtiens toujours le même message d'erreur que ci-dessus. Pas une bonne idée?
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@Lu Votre problème est probablement dû à plusieurs installations de R sur votre machine et JMP n'a pas pu décider laquelle utiliser. Veuillez essayer de définir R_HOME comme variable d'environnement comme suit et réessayer ce complément. Ouvrez la console Windows CMD et tapez : setx R_HOME "Ce PC\Documents\R\R-3.5.2". Et assurez-vous que les packages Rtsne et UMAP sont installés sur cette version de R. S'il vous plaît laissez-moi savoir si cela résout votre problème.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPJ'ai installé Rtsne comme suggéré, mais j'obtiens maintenant le message d'erreur suivant :
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPBonjour @Lu , désolé pour le manque de détails dans le message d'erreur. Pourriez-vous vérifier si vous avez installé Rtsne au lieu du package TSNE dans R ? Faites-moi savoir si cela résout votre problème.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPBonjour, j'ai la même erreur disant "Les problèmes trouvés dans R peuvent être causés par une installation infructueuse des packages Rtsne/umap ou par une mémoire limitée." J'ai installé UMAP et TSNE depuis Rstudio. J'utilise R x64 3.5.2 sous Windows
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPMerci @DBhattaram , il semble que vous n'ayez pas installé les packages Rtsne et UMAP sur la version R avec laquelle JMP parle. Si vous disposez de plusieurs versions de R, assurez-vous de configurer R_Home comme variable d'environnement comme suit : ouvrez la console Windows CMD et tapez : setx R_HOME "votre chemin vers R". Et assurez-vous que les packages Rtsne et umap sont installés sur cette version de R. Faites-moi savoir si cela résout votre problème.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@Pat1 C'est sous Windows pour moi
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut, @MJ
J'ai envoyé le journal de toutes mes tentatives infructueuses pour faire exécuter le programme. J'espère que cela servira à quelque chose
Salutations,
Dhruv
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPUtilisez-vous un Mac ? J'ai rencontré le même problème ! Malheureusement, UMAP n'a pas fonctionné.
Rtsne a bien fonctionné.
Meilleurs vœux
Tapoter
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut @DBhattaram , il est possible que JMP n'ait pas trouvé la bonne version R ou que des problèmes de version R soient rencontrés avec l'interface JMP R. Pourriez-vous s'il vous plaît ouvrir le fichier journal (CTRL+Shift+L) lorsque vous voyez le message d'erreur et m'envoyer les informations détaillées du journal à Meijian.Guan@jmp.com ? Je serais heureux d'y jeter un oeil.
MJ
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPCher @MJ ,
Lorsque j'ai tenté d'exécuter le programme sur l'ensemble de données de test, j'ai reçu une erreur indiquant "Les problèmes détectés dans R pourraient être causés par une installation infructueuse des packages Rtsne/umap ou par une mémoire limitée."
Je suis presque sûr d'avoir téléchargé tout ce dont j'ai besoin (les packages et R également), donc si vous pouviez m'expliquer pourquoi cela ne fonctionne pas, ce serait très apprécié.
Salutations,
Dhruv Bhattaram
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@Raaed Merci de me l'avoir dit. Très heureux de l'entendre!
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPCher Monsieur:
après avoir installé les packages tsne, Rtsne et umap et tapé le script ci-dessous sur CMD, les compléments sont exécutés✌
merci beaucoup
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPCher @Raaed , je crois avoir répondu ci-dessus concernant ce problème. C'est probablement parce que JMP R Interface a eu du mal à trouver votre installation R.
Veuillez essayer de définir R_HOME comme variable d'environnement comme suit et réessayer ce complément. Ouvrez la console Windows CMD et tapez : setx R_HOME "Chemin vers R". Et assurez-vous que les packages Rtsne et umap sont installés sur cette version de R. S'il vous plaît laissez-moi savoir si cela résout votre problème.
Si vous utilisez Mac, vous devez rétrograder votre R vers la version 3.3.3 et utiliser uniquement T-SNE.
Nous avons également quelques discussions sur la communauté qui parlent de ce problème que vous pouvez consulter.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
J'espère que cela pourra aider!
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPCher Monsieur
les compléments ne fonctionnent pas
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut Meijian,
Bon après-midi. J'ai essayé d'utiliser t-SNE et UMAP sur les exemples de données. J'utilise la dernière version de R Studio et JMP 13. Mais j'ai eu l'erreur suivante-
S'il vous plaît, sachez comment puis-je le réparer. Merci pour votre aide.
PS. Je ne pourrai pas passer à JMP 14 pour le moment.
Sincèrement,
Arif
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPCher @MJ
merci pour ce joli complément. Je l'ai utilisé sur un Mac tSNE avec R version 3.3.3 qui a bien fonctionné. L’UMAP ne l’a pas fait.
Maintenant, je l'ai vérifié sous Windows en utilisant la dernière version R 3.6.1 avec RStudio. J'ai installé les packages pour umap et Rtsne, malheureusement ni umap ni Rtsne n'ont fonctionné. J'utilise JMP 14.3.
Voici ce que dit le journal lorsque j'essaie les données mnist après PCA (en utilisant 2 PC comme prédicteurs) :
{"UMAP"}
{2, 3, 200, 0,1}
"Je suis algr!"
"J'ai des paramètres !"
"La dimension d'inData2R est : "
10000
3
« Démarrez le back-end ! »
"UMAP est sélectionné !"
TKIntRJMP.R version 14.0
l'étiquette est : étiquette
la dimension de inDataUniq est : 10000 3
Prêt pour la course
Nous utilisons UMAP
Une exception de type c0000005 s'est produite à l'adresse 6c910ef2 lors du traitement des instructions R soumises. Cette adresse se trouve au décalage 10ef2 dans le module "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll"
Une exception de type c0000005 s'est produite à l'adresse 6c910ef2 lors du traitement des instructions R soumises. Cette adresse se trouve au décalage 10ef2 dans le module "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll"
Les problèmes détectés dans R peuvent être causés par une installation infructueuse des packages Rtsne/umap ou par une mémoire limitée.
{"t-SNE"}
{2, 5, 500}
"Je suis algr!"
"J'ai des paramètres !"
"La dimension d'inData2R est : "
10000
3
« Démarrez le back-end ! »
"Le t-SNE est sélectionné !"
TKIntRJMP.R version 14.0
l'étiquette est : étiquette
la dimension de inDataUniq est : 10000 3
Prêt pour la course
Nous utilisons t-SNE
la dimension de inDataTsne est : 10000 2
Lisez la matrice de données 10 000 x 2 avec succès !
OpenMP fonctionne. 1 fils.
En utilisant no_dims = 2, perplexité = 5,000000 et theta = 0,500000
Calcul des similarités d'entrée...
Arbre à construire...
- points 10 000 sur 10 000
Fait en 0,45 seconde (parcimonie = 0,001695) !
Apprentissage de l'intégration...
Itération 50 : l'erreur est 120.349392 (50 itérations en 2,08 secondes)
Itération 100 : l'erreur est 103.025177 (50 itérations en 1,94 secondes)
Itération 150 : l'erreur est 94,995130 (50 itérations en 1,70 secondes)
Itération 200 : l'erreur est 90.828601 (50 itérations en 1,75 secondes)
Itération 250 : l'erreur est 87,964178 (50 itérations en 1,81 secondes)
Itération 300 : l'erreur est 4,069311 (50 itérations en 1,82 secondes)
Itération 350 : l'erreur est 3,474366 (50 itérations en 1,83 secondes)
Itération 400 : l'erreur est 3,044447 (50 itérations en 1,84 secondes)
Itération 450 : l'erreur est 2,719790 (50 itérations en 1,83 secondes)
Itération 500 : l'erreur est 2,466420 (50 itérations en 1,84 secondes)
Montage effectué en 18,44 secondes.
[,1] [,2]
[1,] -18,4173747 30,133875
[2,] -23.5082997 -17.985255
[3,] 0,7376548 -4,148267
[4,] -5,6881024 6,385878
[5,] 8,8457460 22,245393
[6,] -10.8212058 -17.013940
[1] "Analyse terminée !"
Une exception de type c0000005 s'est produite à l'adresse 6c910ef2 lors du traitement des instructions R soumises. Cette adresse se trouve au décalage 10ef2 dans le module "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll"
Les problèmes détectés dans R peuvent être causés par une installation infructueuse des packages Rtsne/umap ou par une mémoire limitée.
Ce serait génial si vous aviez une idée de ce que je devrais essayer. Merci d'avance et meilleures salutations Patrick
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPBonjour, @FN , il semble que vous ayez installé une version différente du package t-sne. Pourriez-vous s'il vous plaît essayer d'installer Rtsne via R studio à la place ? La version github de ce package est ici : https://github.com/jkrijthe/Rtsne . Assurez-vous également que votre chemin R_HOME pointe vers la bonne version R avec UMAP et Rtsne installés. Faites-moi savoir si vous avez d'autres questions.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPJ'ai réussi à exécuter umap mais pas via Anaconda/conda.
Je pense que j'installe le mauvais package pour tsne. Pouvez-vous fournir l'URL dans Cran ?
Voici le pas à pas.
Installer R à partir de https://cran.r-project.org/
Installer la communauté Rstudio https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
Utilisez Rstudio pour installer tsne et umap.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPMerci. Pour être honnête, je ne sais pas quelle est la meilleure façon d’installer R. J'ai l'habitude de gérer les installations Python avec conda/anaconda, qui inclut désormais également R.
C'est le chemin où j'ai installé R.
(base) C:\Users\john_doe>où r
C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\R.exe
Je suppose que je dois installer ces packages
https://anaconda.org/conda-forge/r-tsne
https://anaconda.org/conda-forge/r-umap
Pour permettre à JMP de trouver mon installation R, j'exécute ceci (ou modifie le PATH manuellement) :
setx R_HOME "C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\"
S'il existe un guide détaillé sur la façon de mieux procéder, veuillez me le faire savoir.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAP@FN Salut, merci pour vos suggestions. Ce serait une excellente option d'inclure les exécutables R/Python, mais en raison de nos politiques et de préoccupations juridiques, je ne les ai pas inclus. Veuillez me faire savoir si vous rencontrez des problèmes concernant les installations ou les versions de R lors de l'utilisation de ce complément.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPMerci beaucoup d'avoir fourni une interface pour JMP.
Je me demande si ces compléments peuvent inclure les exécutables R/Python afin que nous puissions les exécuter directement.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut @ngalphie , cela ressemble à un problème avec l'ancienne version de JMP.
1. J'ai remarqué que vous utilisez JMP 13. Il pourrait être utile de le mettre à jour vers la dernière version (JMP 14.3) et de réessayer ce complément.
2. Envoyez-moi le rapport de crash enregistré dans C:\Users\username\AppData\Local\Temp\JmpCrashReports\13 au support technique ( https://support.sas.com/ctx/supportform/createForm?ctry=us_JMP ) ou moi directement (Meijian.Guan@jmp.com), nous pouvons y creuser.
3. Il y a quelques articles sur la communauté qui parlent également de ce problème. Vous pouvez jeter un œil pour voir si quelque chose qu’ils mentionnent pourrait aider.
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-has-performed-an-access-violation-and-will-shut-down-while/td-p/108183
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-Access-Violation-Likely-Causes/mp/5648#M5647
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPBonjour @MJ ,
J'ai essayé d'exécuter vos exemples de données, mais j'ai eu un crash de violation d'accès. Dans le fichier journal, il semble que le côté R s'est exécuté avec succès. Avez-vous des idées sur la façon dont je peux résoudre le problème ?
Merci,
Al
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut Marxx,
Votre problème est probablement dû à plusieurs installations de R sur votre machine et JMP n'a pas pu décider laquelle utiliser. Veuillez essayer de définir R_HOME comme variable d'environnement comme suit et réessayer ce complément. Ouvrez la console Windows CMD et tapez : setx R_HOME "Ce PC\Documents\R\R-3.5.2". Et assurez-vous que les packages Rtsne et umap sont installés sur cette version de R. S'il vous plaît laissez-moi savoir si cela résout votre problème.
Nous avons également quelques discussions sur la communauté qui parlent de ce problème que vous pouvez consulter.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut MJ,
Je reçois un message d'erreur lorsque j'essaie ce complément. Il semble qu'il ne reconnaisse pas mon installation de R. Seriez-vous en mesure de m'aider à comprendre comment faire en sorte que votre complément reconnaisse mon installation R si tel est effectivement le problème ?
J'inclus une capture d'écran montrant que R est ouvert mais n'est pas reconnu, ainsi qu'une capture d'écran de l'emplacement d'installation de R (pas des fichiers programme) et également en copiant une partie du message d'erreur ci-dessous.
Cela semble être un outil très excitant et j'espère l'utiliser. J'ai déjà trouvé que t-sne dans R était utile et il serait très utile de pouvoir le faire correctement dans JMP. Toute aide que vous pourriez apporter est grandement appréciée.
Merci!
Captures d'écran de l'erreur et ouverture de l'instance R, puis capture d'écran de l'emplacement d'installation de R
Code d'erreur
"
Une installation de R est introuvable sur ce système. La prise en charge de JMP R nécessite R version 2.9.1 ou supérieure pour l'accès ou l'évaluation de 'Glue' , write2lastRun( pb2, _addinPath_ );
algr = cbb << être sélectionné();
Print( "J'ai obtenu l'algr!" );
Essayer(
dim1 = dimBx1 << obtenir ;
per1 = perBx1 << obtenir ;
iter1 = iterBx1 << obtenir ;
);
Essayer(
dim2 = dimBx2 << obtenir ;
per2 = perBx2 << obtenir;
iter2 = iterBx2 << obtenir ;
dist = boîte de distribution << obtenir ;
);
Print( "J'ai les paramètres !" );
Essayez (prédicteur = selectedX << getitems );
Si( Longueur( prédicteur ) < 1,
Throw( "Veuillez spécifier les prédicteurs" )
);
Try( labelY = selectedY << getitems );
Si (N éléments (étiquetteY) > 0,
étiquetteY1 = étiquetteY[1];
grphVars = Eval Insert( "X( :Y2 ), Y( :Y1 ), Color( :^labelY1^ ) " );
,
étiquetteY1 = "" ;
grphVars = "X( :Y2 ), Y( :Y1 )";
***** Texte tronqué *****"
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut Moudjahida,
Les couleurs indiquent de vraies étiquettes pour cet ensemble de données, donc les points de données avec la même couleur doivent avoir un attribut similaire. Les clusters ont été estimés par t-SNE et UMAP, vous devriez voir des différences de couleurs.
Re : Visualisation de données avec t-SNE et UMAPSalut! MJ,
Puis-je comprendre que, dans les photos ci-dessus, chaque masse/groupe de points peut être traité comme le même attribut ? ou différents points de couleur doivent être traités comme des attributs différents ?
