t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화설명
최근에는 비선형 차원 축소 및 시각화 알고리즘, 특히 t-SNE(t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding) 및 UMAP(Uniform Manifold Approximation and Projection)가 이미지 처리, 텍스트 마이닝 등 다양한 연구 분야에 널리 적용되고 있습니다. , 그리고 유전체학. 이 추가 기능은 t-SNE 및 UMAP R 패키지 모두에 대한 액세스를 제공합니다. 이는 데이터 테이블 탐색, 데이터 품질 제어, 희소성 처리, 직관적인 매개변수화 및 대화형 결과 해석을 가능하게 하는 사용자 친화적인 인터페이스를 제공합니다.
사용예
다음은 MNIST 데이터가 로드된 인터페이스의 스크린샷입니다. 모델 사양에서 레이블 열을 레이블로 선택하고 모든 픽셀을 예측 변수로 선택했습니다. 나는 알고리즘으로 t-SNE와 UMAP를 모두 선택했습니다.
t-SNE(상단) 및 UMAP(하단) 결과의 또 다른 스크린샷.
이 추가 기능은 누락된 값 확인, 분포 및 희소성 계산을 포함한 몇 가지 기본 품질 관리 옵션도 지원합니다. 인터페이스의 품질 관리 옵션에서 이러한 옵션을 찾을 수 있습니다.
업데이트: Mac의 JMP R 인터페이스에는 버전 관리 문제가 있습니다. R을 버전 <=3.3.3으로 다운그레이드하고 Mac 사용자인 경우에만 t-sne을 사용하세요.
변경 로그:
v.2 <2020년 9월 22일> 더 나은 탐색 경험을 위해 원본 테이블에 tsne 및 umap 결과를 추가하고 출력을 재구성했습니다.
v.1.2 <2019/3/14> Rtsne 패키지에서 많은 수의 열로 인해 스택 오버플로 문제가 발생하는 문제가 수정되었습니다.
v.1.1 <2019/3/8> 잠재적으로 "R에서 발견된 문제, 메모리가 소진되었나요?"를 생성할 수 있는 버그를 수정했습니다. 에러 메시지. MNIST 예시 데이터세트에 대한 하위 메뉴가 추가되었습니다.
v.1.0 <2019-02-26> 초기 버전입니다.
타사 통합데이터 시각화탐색적 데이터 분석생명 과학Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@나자르코프스키 - 위시리스트에 담아보세요! UMAP이 거기에 있어야 한다는 데 동의합니다. GUI 설정 방법을 살펴보면 향후 다른 방법을 추가하기 위해 설계된 것이 분명합니다.
중
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화감사해요, @MikeD_앤더슨 !
와, 사실이에요. UMAP가 TSNE와 함께 포함되지 않은 것은 유감입니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@나자르코프스키 - JMP 17 Pro 문서를 살펴보세요( https://www.jmp.com/support/help/en/17.1/index.shtml#page/jmp/multivariate-embedding.shtml%23 ). T-SNE는 이제 분석 > 다변량 > 다변량 임베딩 프로 플랫폼.
최상의,
중
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕하세요, 동료 여러분!
Windows 10(64비트)에 R 3.6.3 및 RStudio를 설치했습니다. 두 패키지를 모두 성공적으로 설치했으며 추가 기능의 예제 파일이 데이터를 적절하게 시각화했습니다. 그러나 내 파일(행 32개, 예측 변수 열 7개, "레이블"로 1개 열)을 시작하는 동안 프로세스에서 아래 경고가 발생했습니다.
무엇이 잘못되었는지 설명해 주시겠습니까? 모든 열은 MNIST.jmp 예제와 같이 숫자 연속적이었습니다. 유일한 차이점은 7개 변수의 숫자가 정수가 아니라는 것입니다(예: 0.234234 또는 0.472343).
귀하의 조언에 진심으로 감사드립니다.
남자 이름
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@MJ R 통합으로 MacOS 사용자를 도울 수 있었습니까? 그것은 내 Windows에서 잘 작동합니다. 내 R을 다운그레이드하지 않고도 이 연결을 설정할 수 있습니까? 나는 새 패키지와 통합을 자주 사용합니다. 이것은 M1 Macbook용이므로 차이가 있습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕
추가 기능을 사용하려고 하는데 JMP 16.2.0 + R 4.1.2에서 "R 출력을 얻을 수 없습니다"라는 동일한 응답을 받습니다.
= FR60과 같은 문제
R을 찾을 수 없다는 이전 불만 사항 중 하나가 있어서 이전 R을 날려버리고 위의 오류를 생성하는 현재 버전 R 4.1.2를 설치했습니다.
따라서 문제가 어디에 있는지 전혀 명확하지 않습니다.이러한 도구가 광범위하게 적용됨에 따라 SAS에서 이 기능을 JMP에 통합해야 할 때가 된 것 같습니다!
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕하세요 MJ.
귀하의 추가 기능을 사용하려고 하는데 R 버전에 대한 귀하의 제안을 따라 홈으로 설정했는데도 여전히 다음과 같은 경고 메시지가 나타납니다.
R 출력을 얻을 수 없습니다.
도와주세요.
펠리체
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화엠제이
UMAP 추가 기능이 훌륭하게 작동합니다. 나는 거의 매일 그것을 사용합니다. 난해함에 대한 정보를 주셔서 감사합니다.
동일한 데이터에 대해 UMAP을 반복하면 항상 유사하지만 약간 다른 매개변수를 얻습니다.
플롯이 항상 매우 가깝기 때문에 중요하지 않습니다. 그러나 몇 가지 샘플은 약간 다를 수 있습니다.
왜 이런거야. 변경되는 무작위 시드인가요?
정말 고마워. 훌륭한 추가 숙소
닐
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@MikeDereviankin 이 문제를 재현할 수 없었습니다. 나는 최신 R 4.0.3, JMP 15.1, 최신 UMAP 및 tSNE를 사용하고 있었는데 두 알고리즘 모두 잘 작동했습니다. 문제가 발생한 것은 R send() 명령이 아닌가 싶습니다. 이는 특정 R 버전과의 통신 실패나 예상치 못한 데이터 문제로 인해 발생할 수 있습니다. MNIST 데이터세트 예시로 추가 기능을 사용해 보셨나요? 시도해 볼 수 있는 다른 작업으로는 R 및 UMAP 다시 업데이트, 추가 R 설치 제거, 가능한 경우 JMP를 최신 버전으로 업데이트 등이 있습니다. 기밀이 아닌 경우에는 제가 살펴볼 수 있도록 귀하의 데이터 세트를 저에게 보내주실 수도 있습니다(Meijian.Guan@jmp.com). 기술 지원에 문의하는 것도 항상 좋은 선택입니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화R 홈을 이전 버전의 R로 설정했으며 cran 라이브러리도 이 버전에 패키지를 설치합니다. 문제는 UMAP이 3.5.2와 호환되지 않는다는 것입니다. 겉으로 보기엔.
이전에 언급했듯이 저는 이전에 4.0.2로 작업했는데 모든 것이 잘 진행되었습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화관리자 목적을 부여했는데 이제 이전과 동일한 오류인 "sendRdata"가 발생합니다.
나는 이전에 이것을 R-4.0.2와 함께 사용했는데 지난 주에 갑자기 작동하지 않습니다. UMAP은 R 자체에서 잘 작동합니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@MJ
이제 이전과 비슷하게 팝업됩니다.
부여해야 하는 관리자 권한이 있나요?
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@MikeDereviankin 예, 다음 정보를 참조하시기 바랍니다.
다음과 같이 R_HOME을 환경 변수로 설정한 후 이 추가 기능을 다시 시도해보세요. Window CMD 콘솔을 열고 setx R_HOME "This PC\Documents\R\R-3.5.2"를 입력합니다. 그리고 Rtsne 및 Umap 패키지가 이 R 버전에 설치되어 있는지 확인하세요. 문제가 해결되면 알려 주시기 바랍니다.
또한 커뮤니티에는 이 문제에 대해 확인할 수 있는 몇 가지 스레드가 있습니다.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@MJ 내 컴퓨터에 두 개의 서로 다른 R을 설정하고 JMP 스크립트를 특정 R 버전으로 이동할 수 있습니까?
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@MikeDereviankin R 및 UMAP 패키지를 업데이트한 후에 이 오류가 발생했다면 이것이 원인일 수 있습니다. 일부 JMP 릴리스는 특정 R 버전에서만 잘 작동합니다. 예를 들어 R 3.5.2는 대부분의 JMP 릴리스에서 잘 작동합니다. R을 다운그레이드하고 다시 시도해야 할 수도 있습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕하세요,
이 오류가 발생합니다. cran 패키지에 R 4.03 및 UMAP를 다시 설치했습니다. 연결은 있지만 뭔가 연결되지 않습니다.
{"UMAP"}
{3, 15, 200, 0.1}
"알았어!"
"매개변수를 얻었습니다!"
"DataPrep에서 시작"
{"2,3,7,8-TCDD", "1,2,3,7,8-PeCDD", "1,2,3,4,7,8-HxCDD", "1,2,3, 6,7,8-HxCDD", "1,2,3,7,8,9-HxCDD", "2,3,7,8-TCDF", "1,2,3,7,8-PeCDF" , "2,3,4,7,8-PeCDF", "1,2,3,4,7,8-HxCDF", "1,2,3,6,7,8-HxCDF"}
"마무리 희소성"
"희소성은: "
0.280112044817927
"라벨은: "
{}
"inData2R의 희미함은 다음과 같습니다: "
119
15
"데이터 준비가 완료되었습니다."
"백엔드 시작!"
"라벨은: "
{}
"talk2R 기능 내에서."
"라벨은:"
{}
"UMAP이 선택되었습니다!"
TKIntRJMP.R 버전 14.0
마지막 R 문은 불완전합니다.
"data4R"에 대한 데이터 전송 실패
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@FN 예, 추가 기능은 기본적으로 압축된 파일입니다. 압축 해제 도구를 사용하여 압축을 풀고 스크립트 폴더에서 embedding.jsl을 찾을 수 있어야 합니다. 스크립트에서 talk2R() 함수를 수정하면 됩니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕하세요 엠제이님,
추가 기능의 소스 코드를 얻을 수 있습니까?
동일한 UI를 사용하지만 Python 패키지를 백엔드로 사용하고 싶습니다.
감사합니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@MikeDereviankin 해당 행의 이름이나 레이블이 다를 수 있더라도 예측 변수만을 기준으로 중복 행을 제거합니다. UMAP/tSNE 계산에는 예측변수만 사용되기 때문입니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@MJ
UMAP는 어떤 상황에서 행을 삭제합니까? 샘플에 중복된 값이 있으면 삭제된다는 점을 이해합니다. 하지만 UMAP에서는 중복된 값이 있지만 이름이 다른 샘플을 식별합니까?
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@MJ Rtsne 알고리즘의 작동 방식을 기반으로 돌이켜 보면 이제 많은 의미가 있습니다. 감사해요!
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕 @MikeDereviankin , t-SNE의 출력 Dim으로 4를 사용한 것 같습니다. 이는 이 tSNE 버전에서는 허용되지 않습니다. 대신 2 또는 3을 사용하십시오. 또는 필요하다고 생각되면 UMAP에 대해 >3 출력 차원을 지정할 수 있습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@MJ 아래는 로그입니다:
{"t-SNE"}
{4, 30, 500}
"알았어!"
"매개변수를 얻었습니다!"
"DataPrep에서 시작"
{"PCB-1_대체, 합계 퍼센트", "PCB-2_대체, 합계 퍼센트", "PCB-3_대체, 합계 퍼센트", "PCB-4_10_대체, 합계 퍼센트", "PCB-5_8_대체, 합계 퍼센트" , "PCB-6_대체, 합계 퍼센트", "PCB-7_9_대체, 합계 퍼센트", "PCB-11_대체, 합계 퍼센트", "PCB-12_13_대체, 합계 퍼센트", "PCB-15_대체, 합계 퍼센트" }
"마무리 희소성"
"희소성은: "
0.00300530234872998
"라벨은: "
{"유형"}
"inData2R의 희미함은 다음과 같습니다: "
439
120
"데이터 준비가 완료되었습니다."
"백엔드 시작!"
"라벨은: "
{"유형"}
"talk2R 기능 내에서."
"라벨은:"
{"유형"}
"t-SNE가 선정되었습니다!"
TKIntRJMP.R 버전 14.0
"라벨을 R로 보내는 중: "
{"유형"}
"라벨을 R로 보내는 중"
data4R=data.frame(data4R)
#label=unlist(라벨)
#cat("라벨은 ",라벨,"\n")
#print(길이(라벨))
#고양이("\n")
#두 데이터세트에서 중복된 관측값 제거
#inDataUniq=data4R[!duplicated(data4R[,!names(data4R) %in% label]),] #여러 라벨 제외 허용
#머리(data4R)
#cat("inDataUniq의 희미한 값: ",dim(inDataUniq),"\n")
cat("실행 준비","\n")
if("t-SNE"=="t-SNE"){
cat("우리는 t-SNE를 실행 중입니다","\n")
라이브러리("Rtsne")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% 라벨])
cat("inDataTsne의 희미한 값: ",dim(inDataTsne),"\n")
tsne <- Rtsne(inDataTsne, 희미함 = 4, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500,pca=F)
출력Y=tsne$Y
헤드(출력Y)
}else if("t-SNE"=="UMAP"){
cat("UMAP을 실행 중입니다.","\n")
라이브러리(우맵)
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% 라벨], #method="umap-learn",
n_이웃=15, n_구성요소=2, n_epochs=200,min_dist=0.1)
출력Y=outUmap$layout
헤드(출력Y)
}else if("t-SNE"=="둘 다"){
cat("둘 다 실행 중입니다.","\n")
라이브러리("Rtsne")
라이브러리(우맵)
cat("\n","t-sne 시작","\n")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% 라벨])
tsne <- Rtsne(inDataTsne, 희미함 = 4, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500,pca=F)
출력Y1=tsne$Y
cat("umap 시작","\n")
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% 라벨], #method="umap-learn",
n_이웃=15, n_구성요소=2, n_epochs=200,min_dist=0.1)
출력Y2=outUmap$레이아웃
cat("둘 다 완료","\n")
}
print("분석이 완료되었습니다!")
실행 준비
우리는 t-SNE를 운영하고 있습니다
inDataTsne의 희미한 값: 439 119
경고: .check_tsne_params(nrow(X), 희미함 = 희미함, 당황함 = 당황함, :에 오류가 있습니다.
희미함은 1, 2 또는 3이어야 합니다.
{"샘플 코드", "유형", "PCB-1_imputated", "PCB-2_impulated", "PCB-3_imputated", "PCB-4_10_imputated", "PCB-5_8_imputated", "PCB-6_imputated", "PCB-7_9_impulated" ", "PCB-11_imputed"}
"반복 번호: "
241
"t-SNE에 대한 새 열을 만듭니다."
eval(expr, p) 오류: 'outputY' 개체를 찾을 수 없습니다.
R 출력을 얻을 수 없습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@MJ
t-SNE가 "R 출력을 얻을 수 없습니다"를 반환한다는 것은 무엇을 의미합니까? 저는 CMD를 설정했고 JMP를 관리자로 실행하기도 했습니다. 또 어디에서 보안 문제가 있을 수 있나요?
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕 @Ed1 , 아니요. 예측 변수는 모든 유형의 숫자 값일 수 있습니다. 하지만 캐릭터에서는 작동하지 않을 수도 있습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕하세요 MJ님,
추가 기능을 제공해 주셔서 감사합니다.
예측 변수는 정수여야 합니까?
최상의,
에드
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화감사합니다 @ih 개인적인 경험을 공유하기 위해.
@MikeDereviankin R 통합 문제에 대해 사과드립니다. 일반적으로 단일 R 설치, R, JMP 또는 컴퓨터 재시작이 이 시나리오에 도움이 될 것입니다. 이러한 문제를 겪고 나면 이 추가 기능의 편리성과 상호 작용성을 높이 평가하게 될 것입니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@MikeDereviankin ,
도움이 된다면 이 텍스트는 "JMP가 R을 찾는 방법" 섹션에서 가져온 것입니다. JMP 15 스크립팅 가이드 . 내 경험에 따르면 환경 JMP 내에서 환경 변수를 사용하는 것이 가장 안전한 방법입니다.
JMP는 JSL 기반 스크립트에서 R에 액세스해야 할 때까지 R 로드를 지연합니다. JMP가 R을 로드해야 하는 경우
Windows 컴퓨터에서 R을 찾는 표준 단계를 따릅니다.
1. 환경 변수 R_HOME을 찾아보세요.
변수가 존재하는 경우 지정된 디렉터리에서 R을 로드합니다.
2. 환경 변수 R_HOME이 없으면 다음에서 InstallPath 값을 찾습니다.
다음 키 아래의 Windows 레지스트리:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\R-코어\R
InstallPath 값이 존재하는 경우 지정된 디렉터리에서 R을 로드합니다.
삼. InstallPath 값이 없으면 R을 찾을 수 없다는 오류 메시지가 표시됩니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@MJ
방금 추가 기능을 설치했는데 이제 JMP에서 내 R을 찾을 수 없습니다. 환경 변수를 재설정하고 CMD에서 경로를 변경하고 R을 다시 설치했지만 아무것도 없습니다.
R이 설치되지 않았다는 오류가 발생합니다. 이는 T-SNE가 R에서 실행되는 경우 피할 수 있는 이러한 모든 문제에 대한 효과적인 추가 기능으로 보이지 않습니다. GUI는 훌륭하지만 모든 댓글을 보면 골칫거리인 것 같습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕 @MikeDereviankin , 방금 이 추가 기능의 새 버전을 게시했습니다. 이 새 버전을 사용해 보고 효과가 있는지 알려주시겠어요? R 설치에 문제가 있는 것 같습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화
안녕,
다음 오류가 발생합니다.
패키지가 다양한 JMP 데이터 세트에서 실행되었습니다. 구체적으로 무엇이 이를 촉발시켰나요?
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕 @rexneal , 몇 가지 탐색을 수행했는데, 이는 행이 90개 미만인 데이터 세트에 대해 설정한 복잡성 수준이 너무 높기 때문일 가능성이 높습니다. 이 경우에는 5~10으로 줄이는 것이 좋습니다. 두 방법을 더 잘 비교할 수 있도록 이 추가 기능의 업데이트된 버전을 곧 게시할 예정입니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕 @rexneal , 이 추가 기능이 도움이 되셨다니 다행입니다. 이 문제를 조사한 후 최대한 빨리 답변해 드리겠습니다.
감사해요,
엠제이
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화저는 JMP 14+ 및 JMP15에서 임베딩 추가 기능을 사용해 왔습니다. 이 추가 기능은 R 인터페이스를 사용하여 tsne 및 umap 이미지와 pca 데이터를 생성합니다. 정말 좋은 프로그램이고 속도도 빨라서 사용하기 쉽습니다. R 인터페이스 지침이 잘 작동했습니다.
나는 그것을 많은 데이터베이스에서 사용했습니다. 그러나 최근 74개 행의 더 작은 데이터베이스에서는 항상 오류 메시지가 표시됩니다(메모리가 부족하거나 설치가 잘못됨). 다시 설치해 보았지만 같은 문제입니다. 데이터를 통해 작업하면서 이 추가 기능에 최소한 90개의 행이 필요하다는 것을 확인했습니다. 이것은 sklearn에서는 문제가 되지 않습니다. 이 추가 기능은 여러 분석에 훨씬 빠르고 새 클래스를 수동으로 생성하기 위해 기본 x 및 y PC 데이터를 다른 jmp 파일로 쉽게 내보낼 수 있으므로 sklearn 대신 이 추가 기능을 사용하는 것을 선호합니다.
이에 대한 해결책이 있나요?
JMP를 사랑합니다.고마워요, 닐
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@MikeD_앤더슨 고마워요 마이크!
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@MJ & @markschahl , 또 다른 생각은 커뮤니티의 JMP 위시리스트에 추가하는 것입니다.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list
이렇게 하면 수요에 대한 수치를 파악하고 다른 사람들이 해당 기능에 대한 지지를 표명하는 데 도움이 될 것입니다(JMP에도 있으면 좋겠다는 데 동의합니다!).
중
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕 @markschahl , 저는 John Sall이 t-SNE의 JMP 버전을 작업하고 있다는 것을 알고 있지만 언제 출시할지는 잘 모르겠습니다. 나는 이것이 강력한 방법이라는 점에 동의하며 R을 호출하는 데는 많은 잠재적인 문제가 있으므로 JMP에서 구현하는 것이 최적의 방법이 될 것입니다. 기술 또는 제품 관리 팀을 통해 새로운 기능으로 요청할 수 있습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화그렇다면 t-SNE/UMAP가 향후 JMP 버전에 추가될 예정인가요? 산업 전반에 걸쳐 폭넓게 적용할 수 있는 매우 강력한 비정상 이벤트 감지 기술입니다. 방금 이 논문을 읽었습니다. t-SNE는 Tennessee Eastman Process 데이터세트에서 매우 좋은 성능을 발휘합니다.
화학 공정 결함 진단을 위한 스택 오토인코더 기반의 새로운 비지도 데이터 마이닝 방법
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화Embezdding 추가 기능을 실행할 때 여전히 다음 오류가 발생합니다.
CMD를 변경한 후에도 JMP-pro에서 추가 기능이 여전히 작동하지 않습니다. R에서는 "패키지"- "패키지 설치" 탭을 사용하여 umap 및 Rtsn 패키지를 설치했습니다. 다른 제안이 있나요?
다른 제안
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@루 문제를 일으켜서 미안 해요. Windows 7에서는 시작 메뉴로 이동하여 검색 상자에 cmd 또는 command를 입력하고 Enter 키를 누르면 됩니다. 또는 시작 메뉴로 이동하여 모든 프로그램으로 이동할 수도 있습니다. 그런 다음 액세서리를 열고 명령 프롬프트 바로가기를 클릭하세요.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화저는 ICT 전문가가 아닌 Windoxs 7 사용자입니다. 그래서 "CMD 콘솔"에 들어가는 방법을 찾을 수 없습니다. 죄송합니다. :-(.R을 제거하고 JMPpro와 동일한 맵에 다시 설치했습니다. 여전히 위와 같은 오류 메시지가 나타납니다. 좋은 생각이 아닌가요?
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@루 문제는 컴퓨터에 R을 여러 번 설치했기 때문에 발생했을 가능성이 높으며 JMP에서는 어떤 R을 사용할지 결정할 수 없습니다. 다음과 같이 R_HOME을 환경 변수로 설정한 후 이 추가 기능을 다시 시도해보세요. Window CMD 콘솔을 열고 setx R_HOME "This PC\Documents\R\R-3.5.2"를 입력합니다. 그리고 Rtsne 및 UMAP 패키지가 이 R 버전에 설치되어 있는지 확인하세요. 문제가 해결되면 알려 주시기 바랍니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화제안된 대로 Rtsne을 설치했지만 이제 다음과 같은 오류 메시지가 나타납니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕하세요 @루 , 오류 메시지에 세부정보가 부족하여 죄송합니다. 설치했는지 다시 한 번 확인해 주시겠어요? Rtsne R의 TSNE 패키지 대신? 문제가 해결되면 알려주세요.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕하세요, "R에서 발견된 문제는 Rtsne/umap 패키지 설치 실패 또는 메모리 제한으로 인해 발생할 수 있습니다."라는 동일한 오류가 발생했습니다. Rstudio에서 UMAP 및 TSNE를 설치했습니다. Windows에서 R x64 3.5.2를 사용합니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화감사합니다 @DBhattaram , JMP가 대화하는 R 버전에 Rtsne 및 UMAP 패키지가 설치되지 않은 것 같습니다. 여러 버전의 R이 있는 경우 다음과 같이 R_Home을 환경 변수로 설정했는지 확인하세요. Window CMD 콘솔을 열고 setx R_HOME "your Path to R"을 입력하세요. 그리고 Rtsne 및 Umap 패키지가 이 R 버전에 설치되어 있는지 확인하세요. 문제가 해결되면 알려주세요.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@Pat1 이것은 나를 위해 Windows에 있습니다
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕, @MJ
프로그램을 실행하는 데 실패한 모든 시도에 대한 로그를 보냈습니다. 다행히도 그게 좀 유용할 것 같아요
문안 인사,
드루브
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화Mac을 사용하고 있나요? 같은 문제에 직면했습니다! 불행히도 UMAP이 작동하지 않았습니다.
Rtsne은 훌륭하게 작동했습니다.
최고의 소원
가볍게 두드리기
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕 @DBhattaram , JMP가 올바른 R 버전을 찾지 못했거나 JMP R 인터페이스에 R 버전 관리 문제가 있을 수 있습니다. 오류 메시지가 나타나면 로그 파일을 열어(CTRL+Shift+L) 자세한 로그 정보를 Meijian.Guan@jmp.com으로 보내 주시겠습니까? 기꺼이 살펴보겠습니다.
엠제이
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화~에게 @MJ ,
테스트 데이터 세트에서 프로그램을 실행하려고 할 때 "R에서 발견된 문제는 Rtsne/umap 패키지 설치 실패 또는 제한된 메모리로 인해 발생할 수 있습니다."라는 오류가 발생했습니다.
필요한 모든 것(패키지와 R도 포함)을 다운로드했다고 확신합니다. 따라서 이것이 작동하지 않는 이유에 대한 단서를 제공해 주시면 매우 감사하겠습니다.
문안 인사,
드루브 바타람
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@라에드 알려주셔서 감사합니다. 정말 기뻐요!
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화귀하에게:
tsne, Rtsne & Umap 패키지를 설치하고 CMD에 아래 스크립트를 입력하면 추가 기능이 실행됩니다✌
매우 감사합니다
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화~에게 @라에드 , 이 문제에 관해 위에서 답변한 것으로 생각됩니다. JMP R 인터페이스가 R 설치를 찾는 데 문제가 있었기 때문일 수 있습니다.
다음과 같이 R_HOME을 환경 변수로 설정한 후 이 추가 기능을 다시 시도해보세요. Window CMD 콘솔을 열고 setx R_HOME "Path to R"을 입력합니다. 그리고 Rtsne 및 Umap 패키지가 이 R 버전에 설치되어 있는지 확인하세요. 문제가 해결되면 알려 주시기 바랍니다.
Mac을 사용하는 경우 R을 버전 3.3.3으로 다운그레이드하고 T-SNE만 사용해야 합니다.
또한 커뮤니티에는 이 문제에 대해 확인할 수 있는 몇 가지 스레드가 있습니다.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
도움이 되었기를 바랍니다!
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화귀하에게
추가 기능이 실행되지 않습니다
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕하세요 메이지안 님,
좋은 오후에요. 샘플 데이터에 t-SNE와 UMAP를 사용해 보았습니다. 최신 버전의 R Studio와 JMP 13을 사용합니다. 하지만 다음과 같은 오류가 발생했습니다.
어떻게 고칠 수 있는지 알려주세요. 당신의 도움을 주셔서 감사합니다.
추신. 지금은 JMP 14로 업그레이드할 수 없습니다.
감사합니다,
아리프
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화~에게 @MJ
이 좋은 추가 기능에 감사드립니다. R 버전 3.3.3이 설치된 Mac tSNE에서 이 기능을 사용했는데 잘 작동했습니다. UMAP는 그렇지 않았습니다.
이제 RStudio와 함께 최신 R 버전 3.6.1을 사용하여 Windows에서 확인했습니다. umap 및 Rtsne용 패키지를 설치했는데 불행히도 umap이나 Rtsne이 모두 작동하지 않았습니다. 저는 JMP 14.3을 사용합니다.
PCA 이후에 mnist 데이터를 시도했을 때(예측 변수로 PC 2대 사용) 로그 내용은 다음과 같습니다.
{"UMAP"}
{2, 3, 200, 0.1}
"알았어!"
"매개변수를 얻었습니다!"
"inData2R의 희미함은 다음과 같습니다: "
10000
삼
"백엔드 시작!"
"UMAP이 선택되었습니다!"
TKIntRJMP.R 버전 14.0
라벨은 다음과 같습니다: 라벨
inDataUniq의 희미한 값: 10000 3
실행 준비
UMAP을 실행 중입니다.
제출된 R 문을 처리하는 동안 주소 6c910ef2에서 유형 c0000005의 예외가 발생했습니다. 이 주소는 "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll" 모듈의 오프셋 10ef2에 있습니다.
제출된 R 문을 처리하는 동안 주소 6c910ef2에서 유형 c0000005의 예외가 발생했습니다. 이 주소는 "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll" 모듈의 오프셋 10ef2에 있습니다.
R에서 발견된 문제는 Rtsne/umap 패키지 설치 실패 또는 제한된 메모리로 인해 발생할 수 있습니다.
{"t-SNE"}
{2, 5, 500}
"알았어!"
"매개변수를 얻었습니다!"
"inData2R의 희미함은 다음과 같습니다: "
10000
삼
"백엔드 시작!"
"t-SNE가 선정되었습니다!"
TKIntRJMP.R 버전 14.0
라벨은 다음과 같습니다: 라벨
inDataUniq의 희미한 값: 10000 3
실행 준비
우리는 t-SNE를 운영하고 있습니다
inDataTsne의 희미함은 10000 2입니다.
10000 x 2 데이터 매트릭스를 성공적으로 읽으십시오!
OpenMP가 작동 중입니다. 스레드 1개.
no_dims = 2, perplexity = 5.000000, theta = 0.500000 사용
입력 유사성을 계산하는 중...
나무를 짓는 중...
- 10000점 중 10000점
0.45초 안에 완료됩니다(희소성 = 0.001695)!
임베딩을 배우고 있습니다...
반복 50: 오류는 120.349392입니다(2.08초에 50번 반복).
반복 100: 오류는 103.025177입니다(1.94초에 50번 반복).
반복 150: 오류는 94.995130입니다(1.70초에 50번 반복).
반복 200: 오류는 90.828601입니다(1.75초에 50번 반복).
반복 250: 오류는 87.964178입니다(1.81초에 50번 반복).
반복 300: 오류는 4.069311입니다(1.82초에 50번 반복).
반복 350: 오류는 3.474366입니다(1.83초에 50번 반복).
반복 400: 오류는 3.044447입니다(1.84초에 50번 반복).
반복 450: 오류는 2.719790입니다(1.83초에 50번 반복).
반복 500: 오류는 2.466420입니다(1.84초에 50번 반복).
18.44초만에 피팅이 이루어졌습니다.
[,1] [,2]
[1,] -18.4173747 30.133875
[2,] -23.5082997 -17.985255
[3,] 0.7376548 -4.148267
[4,] -5.6881024 6.385878
[5,] 8.8457460 22.245393
[6,] -10.8212058 -17.013940
[1] "분석 완료!"
제출된 R 문을 처리하는 동안 주소 6c910ef2에서 유형 c0000005의 예외가 발생했습니다. 이 주소는 "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll" 모듈의 오프셋 10ef2에 있습니다.
R에서 발견된 문제는 Rtsne/umap 패키지 설치 실패 또는 제한된 메모리로 인해 발생할 수 있습니다.
내가 무엇을 시도해야 할지 아이디어가 있다면 좋을 것입니다. 미리 감사드리며 패트릭에게 안부를 전합니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕하세요, @FN , 다른 버전의 t-sne 패키지를 설치한 것 같습니다. 대신 R studio를 통해 Rtsne을 설치해 보시겠습니까? 이 패키지의 github 버전은 다음과 같습니다. https://github.com/jkrijthe/Rtsne . 또한 R_HOME 경로가 UMAP 및 Rtsne이 설치된 올바른 R 버전을 가리키는지 확인하세요. 추가 질문이 있으면 알려주시기 바랍니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화Umap을 실행할 수 있었지만 Anaconda/conda를 통해서는 실행할 수 없었습니다.
tsne에 잘못된 패키지를 설치하고 있는 것 같습니다. cran에 URL을 제공할 수 있나요?
다음은 단계별입니다.
R부터 설치 https://cran.r-project.org/
Rstudio 커뮤니티 설치 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
Rstudio를 사용하여 tsne 및 umap을 설치하십시오.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화감사합니다. 솔직히 말해서 R을 설치하는 가장 좋은 방법이 무엇인지 잘 모르겠습니다. 저는 이제 R도 포함되어 있는 conda/anaconda를 사용하여 Python 설치를 관리하는 데 익숙합니다.
R이 설치된 경로입니다.
(기본) C:\Users\john_doe>여기서 r
C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\R.exe
이 패키지를 설치해야 할 것 같아요
https://anaconda.org/conda-forge/r-tsne
https://anaconda.org/conda-forge/r-umap
JMP가 R 설치를 찾을 수 있도록 하려면 다음을 실행합니다(또는 PATH를 수동으로 변경합니다).
setx R_HOME "C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\"
이 작업을 더 잘 수행하는 방법에 대한 자세한 지침이 있으면 알려 주시기 바랍니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화@FN 안녕하세요. 제안해 주셔서 감사합니다. R/Python 실행 파일을 포함하는 것은 훌륭한 옵션이지만 정책 및 법적 문제로 인해 포함하지 않았습니다. 이 추가 기능을 사용할 때 R 설치 또는 버전과 관련하여 문제가 있으면 알려주십시오.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화JMP용 인터페이스를 제공해 주셔서 대단히 감사합니다.
이러한 추가 기능에 R/Python 실행 파일이 포함되어 직접 실행할 수 있는지 궁금합니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕 @ngalphie , 이는 이전 버전의 JMP에 문제가 있는 것 같습니다.
1. JMP 13을 사용하고 계신 것으로 확인되었습니다. 최신 버전(JMP 14.3)으로 업데이트하고 이 추가 기능을 다시 사용해 보시면 도움이 될 것입니다.
2. C:\Users\username\AppData\Local\Temp\JmpCrashReports\13에 저장된 충돌 보고서를 나에게 기술 지원팀( https://support.sas.com/ctx/supportform/createForm?ctry=us_JMP ) 또는 저(Meijian.Guan@jmp.com)에게 직접 문의하시면 자세히 알아볼 수 있습니다.
3. 커뮤니티에도 이 문제에 대해 이야기하는 게시물이 몇 개 있습니다. 그들이 언급한 내용이 도움이 될 수 있는지 살펴볼 수 있습니다.
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-has-performed-an-access-violation-and-will-shut-down-while/td-p/108183
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-Access-Violation-Likely-Causes/mp/5648#M5647
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕하세요 @MJ ,
샘플 데이터를 실행해 보았지만 액세스 위반 충돌이 발생했습니다. 로그 파일에서는 R 측이 성공적으로 실행된 것으로 보입니다. 문제를 해결하는 방법에 대한 아이디어가 있습니까?
감사해요,
알
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕하십니까?
문제는 컴퓨터에 R을 여러 번 설치했기 때문에 발생했을 가능성이 높으며 JMP에서는 어떤 R을 사용할지 결정할 수 없습니다. 다음과 같이 R_HOME을 환경 변수로 설정한 후 이 추가 기능을 다시 시도해보세요. Window CMD 콘솔을 열고 setx R_HOME "This PC\Documents\R\R-3.5.2"를 입력합니다. 그리고 Rtsne 및 Umap 패키지가 이 R 버전에 설치되어 있는지 확인하세요. 문제가 해결되면 알려 주시기 바랍니다.
또한 커뮤니티에는 이 문제에 대해 확인할 수 있는 몇 가지 스레드가 있습니다.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕하세요 MJ님,
이 추가 기능을 시도하면 오류 메시지가 나타납니다. R 설치를 인식하지 못하는 것 같습니다. 이것이 실제로 문제인 경우 추가 기능이 내 R 설치를 인식하도록 하는 방법을 알아내는 데 도움을 주실 수 있습니까?
R이 열려 있지만 인식되지 않음을 보여주는 스크린샷과 내 R 설치 위치(프로그램 파일 아님)에 대한 스크린샷을 포함하고 있습니다. 아래 오류 메시지 중 일부를 복사합니다.
이것은 매우 흥미로운 도구인 것 같으며 꼭 사용해 보고 싶습니다. 저는 이전에 R의 t-sne이 유용하다는 것을 알았고, JMP에서 이 작업을 바로 수행할 수 있다면 큰 가치가 있을 것입니다. 귀하가 제공할 수 있는 도움에 크게 감사드립니다.
감사해요!
오류 스크린샷 및 R 인스턴스 열기, R 설치 위치 스크린샷
에러 코드
"
이 시스템에서는 R 설치를 찾을 수 없습니다. JMP R을 지원하려면 'Glue' , write2lastRun( pb2, _addinPath_ )에 액세스하거나 평가하려면 R 버전 2.9.1 이상이 필요합니다.
algr = cbb << 선택됨();
Print( "알았어!" );
노력하다(
희미한1 = 희미한Bx1 << 가져오기;
per1 = perBx1 << 가져오기;
iter1 = iterBx1 << 가져오기;
);
노력하다(
Dim2 = DimBx2 << 가져오기;
per2 = perBx2 << get;
iter2 = iterBx2 << get;
dist = distbox << get;
);
Print( "매개변수를 얻었습니다!" );
Try( 예측자 = selectedX << getitems );
If( 길이( 예측자 ) < 1,
Throw( "예측자를 지정하십시오." )
);
Try( labelY = selectedY << getitems );
If( N개 항목( labelY ) > 0,
labelY1 = labelY[1];
grphVars = Eval Insert( "X( :Y2 ), Y( :Y1 ), Color( :^labelY1^ ) " );
,
labelY1 = "";
grphVars = "X( :Y2 ), Y( :Y1 )";
***** 텍스트 잘림 *****"
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕하세요 무자히다님,
색상은 이 데이터 세트의 실제 레이블을 나타내므로 색상이 동일한 데이터 포인트는 유사한 속성을 가져야 합니다. 클러스터는 t-SNE 및 UMAP에 의해 추정되었으므로 일부 색상 불일치가 표시되어야 합니다.
Re: t-SNE 및 UMAP를 사용한 데이터 시각화안녕! 엠제이,
위 사진에서 각 점의 덩어리/그룹이 동일한 속성으로 처리될 수 있다는 것을 이해할 수 있습니까? 아니면 다른 색상 포인트를 다른 속성으로 처리해야 합니까?
