t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화설명
최근 비선형 차원 축소 및 시각화 알고리즘, 특히 t-SNE(t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding) 및 UMAP(Uniform Manifold approximation and projection)가 이미지 처리, 텍스트 마이닝과 같은 다양한 연구 분야에 널리 적용되고 있습니다. , 및 유전체학. 이 추가 기능은 t-SNE 및 UMAP R 패키지 모두에 대한 액세스를 제공합니다. 데이터 테이블 탐색, 데이터 품질 관리, 희소성 처리, 직관적인 매개변수화 및 대화형 결과 해석을 가능하게 하는 사용자 친화적인 인터페이스를 제공합니다.
사용 예
다음은 MNIST 데이터가 로드된 인터페이스의 스크린샷입니다. 모델 사양에서 레이블 열을 레이블로 선택하고 모든 픽셀을 예측자로 선택했습니다. 알고리즘으로 t-SNE와 UMAP을 모두 선택했습니다.
t-SNE(상단) 및 UMAP(하단) 결과의 또 다른 스크린샷.
이 추가 기능은 결측값 검사, 분포 및 희소성 계산을 비롯한 일부 기본 품질 관리 옵션도 지원합니다. 인터페이스의 품질 관리 옵션에서 이러한 옵션을 찾을 수 있습니다.
업데이트: Mac의 JMP R 인터페이스에는 버전 관리 문제가 있습니다. R을 버전 <=3.3.3으로 다운그레이드하고 Mac 사용자인 경우에만 t-sne을 사용하십시오.
변경 로그:
v.2 <9/22/2020> 원본 테이블에 tsne 및 umap 결과를 추가하고 더 나은 탐색 환경을 위해 출력을 재구성했습니다.
v.1.2 
/14/2019> 많은 수의 열이 스택 오버플로 문제를 일으키는 Rtsne 패키지의 문제를 수정했습니다.
v.1.1 /8/2019> 잠재적으로 "R에서 발견된 문제, 메모리 소진?"을 생성할 수 있는 버그를 수정했습니다. 에러 메시지. MNIST 예제 데이터 세트에 대한 하위 메뉴를 추가했습니다.
v.1.0 <2019년 2월 26일> 초기 버전.
타사 통합데이터 시각화탐색적 데이터 분석생명 과학Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@나자르코프스키 - 위시리스트에 담기! UMAP이 거기에 있어야 한다는 데 동의합니다. 그들이 GUI를 설정한 방법을 보면 향후 다른 방법을 추가하도록 설계되었다는 것이 분명합니다.
중
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화감사해요, @MikeD_앤더슨 !
와우, 사실입니다. UMAP이 TSNE와 함께 포함되지 않은 점이 아쉽습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@나자르코프스키 - JMP 17 Pro Docs( https://www.jmp.com/support/help/en/17.1/index.shtml#page/jmp/multivariate-embedding.shtml%23 ). T-SNE는 이제 분석 > 다변량 > 다변량 임베딩 프로의 플랫폼.
최상의,
중
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕하십니까, 동료 여러분!
Windows 10(64비트)에 R 3.6.3 및 RStudio를 설치했습니다. 두 패키지를 모두 성공적으로 설치했으며 추가 기능의 예제 파일이 제대로 데이터를 시각화했습니다. 그러나 내 파일(행 32개, 예측 변수 열 7개, "레이블" 열 1개)을 시작하는 한 프로세스에서 아래 경고가 표시됩니다.
무엇이 잘못되었는지 설명해 주시겠습니까? 모든 열은 MNIST.jmp 예제와 같이 수치적으로 연속적이었습니다. 유일한 차이점은 7개 변수의 숫자가 0.234234 또는 0.472343과 같이 정수가 아니라는 것입니다.
귀하의 조언에 감사드립니다.
남자 이름
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@엠제이 R 통합으로 MacOS 사용자를 도울 수 있었습니까? 내 Windows에서 훌륭하게 작동합니다. 내 R을 다운그레이드하지 않고 이 연결을 설정할 가능성이 있습니까? 새 패키지와 통합을 자주 사용합니다. 이것은 M1 Macbook을 위한 것입니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕
addin을 사용하려고 하는데 JMP 16.2.0 + R 4.1.2에서 "Cannot get R output"이라는 동일한 응답을 얻습니다.
= FR60과 같은 문제
R을 찾을 수 없다는 이전 불만 사항 중 하나가 있었기 때문에 이전 R을 날려 버리고 위의 오류를 생성하는 현재 버전 R 4.1.2를 설치했습니다.
따라서 문제가 어디에 있는지 전혀 명확하지 않습니다.이러한 도구가 광범위하게 적용됨에 따라 SAS가 이 기능을 JMP에 통합해야 할 때가 된 것 같습니다!
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕 엠제이.
귀하의 추가 기능을 사용하려고 하지만 홈으로 설정하기 위해 R 버전에 대한 귀하의 제안을 따랐음에도 불구하고 여전히 다음과 같은 경고 메시지가 나타납니다.
R 출력을 얻을 수 없습니다.
도와주세요?
펠리체
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화엠제이
UMAP 추가 기능이 훌륭하게 작동합니다. 거의 매일 사용합니다. 혼란에 대한 정보를 주셔서 감사합니다.
동일한 데이터에 대해 UMAP를 반복하면 항상 비슷하지만 약간 다른 매개변수를 얻습니다.
플롯이 항상 매우 가깝기 때문에 중요하지 않습니다. 그러나 몇 가지 샘플은 약간 다를 수 있습니다.
왜 이런거야. 변경되는 것은 임의의 씨앗입니까?
정말 고마워. 훌륭한 추가 여관
닐
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@MikeDereviankin 이 문제를 재현할 수 없었습니다. 최신 R 4.0.3, JMP 15.1, 최신 UMAP 및 tSNE를 사용하고 있었는데 두 알고리즘 모두 잘 작동했습니다. 특정 R 버전과의 통신 실패 또는 예기치 않은 데이터 문제로 인해 발생할 수 있는 R send() 명령이 잘못되었다고 생각합니다. 예제 MNIST 데이터 세트로 추가 기능을 사용해 보셨습니까? 시도할 수 있는 다른 작업에는 R 및 UMAP 다시 업데이트, 추가 R 설치 제거, 가능한 경우 JMP를 최신 버전으로 업데이트 등이 포함됩니다. 기밀 정보가 아닌 경우 데이터 세트를 보내주시면 제가 살펴볼 수 있습니다(Meijian.Guan@jmp.com). 그리고 기술 지원에 문의하는 것도 항상 좋은 선택입니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화나는 R home을 R의 이전 버전으로 설정했고 cran 라이브러리는 이 버전에도 패키지를 설치합니다. 문제는 UMAP이 3.5.2와 호환되지 않는다는 것입니다. 그것의 외모에서.
이전에 언급했듯이 이전에 4.0.2로 작업했으며 모든 것이 잘 작동했습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화관리 목적을 부여했으며 이제 이전과 동일한 "sendRdata" 오류가 발생합니다.
이전에 이것을 R-4.0.2와 함께 사용했는데 지난주에 갑자기 작동하지 않습니다. UMAP는 R 자체에서 잘 작동합니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@엠제이
이제 이전과 유사하게 나타납니다.
부여해야 하는 관리자 권한이 있습니까?
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@MikeDereviankin 예, 다음 정보를 참조하십시오.
다음과 같이 R_HOME을 환경 변수로 설정하고 이 추가 기능을 다시 시도하십시오. Window CMD 콘솔을 열고 setx R_HOME "This PC\Documents\R\R-3.5.2"를 입력합니다. 그리고 Rtsne 및 umap 패키지가 이 버전의 R에 설치되어 있는지 확인하십시오. 문제가 해결되는지 알려주세요.
또한 커뮤니티에서 이 문제에 대해 논의하는 몇 가지 스레드를 확인할 수 있습니다.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@엠제이 내 컴퓨터에 두 개의 서로 다른 R을 설정하고 JMP 스크립트를 해당 R의 특정 버전으로 이동하도록 할 수 있습니까?
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@MikeDereviankin R 및 UMAP 패키지를 업데이트한 후 이 오류가 발생했다면 그 이유일 수 있습니다. 일부 JMP 릴리스는 특정 R 버전에서만 잘 작동합니다. 예를 들어 R 3.5.2는 대부분의 JMP 릴리스에서 잘 작동합니다. R을 다운그레이드하고 다시 시도해야 할 수도 있습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕하세요,
이 오류가 발생합니다. cran 패키지에 R 4.03 및 UMAP를 다시 설치했습니다. 연결은 되어 있지만 연결되지 않은 것이 있습니다.
{"UMAP"}
{3, 15, 200, 0.1}
"알았어!"
"매개변수를 얻었다!"
"DataPrep에서 시작"
{"2,3,7,8-TCDD", "1,2,3,7,8-PeCDD", "1,2,3,4,7,8-HxCDD", "1,2,3, 6,7,8-HxCDD", "1,2,3,7,8,9-HxCDD", "2,3,7,8-TCDF", "1,2,3,7,8-PeCDF" , "2,3,4,7,8-PeCDF", "1,2,3,4,7,8-HxCDF", "1,2,3,6,7,8-HxCDF"}
"마무리 희소성"
"희소성은: "
0.280112044817927
"라벨: "
{}
"inData2R의 희미함: "
119
15
"데이터 준비 완료."
"백엔드 시작!"
"라벨: "
{}
"talk2R 기능 내에서."
"레이블:"
{}
"UMAP가 선택되었습니다!"
TKIntRJMP.R 버전 14.0
마지막 R 문은 불완전합니다.
"data4R"에 대한 데이터 보내기 실패
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@FN 예, 추가 기능은 기본적으로 압축 파일입니다. 압축 해제 도구를 사용하여 압축을 풀고 스크립트 폴더에서 embedding.jsl을 찾을 수 있어야 합니다. 스크립트에서 talk2R() 함수를 수정하면 됩니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕하세요 엠제이,
추가 기능의 소스 코드를 얻을 수 있습니까?
동일한 UI를 사용하지만 Python 패키지를 백엔드로 사용하고 싶습니다.
감사합니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@MikeDereviankin 해당 행의 이름이나 레이블이 다를 수 있지만 예측 변수만을 기반으로 중복 행을 제거합니다. UMAP/tSNE 계산에는 예측자만 사용되기 때문입니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@엠제이
어떤 상황에서 UMAP이 행을 삭제합니까? 샘플에 중복 값이 있으면 삭제되지만 UMAP은 중복 값이 있지만 이름이 다른 샘플을 식별합니까?
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@엠제이 Rtsne 알고리즘이 작동하는 방식을 기반으로 돌이켜 보면 이제 많은 의미가 있습니다. 감사해요!
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕 @MikeDereviankin , 이 버전의 tSNE에서는 허용되지 않는 t-SNE의 Output Dim으로 4를 사용한 것 같습니다. 대신 2 또는 3을 사용하십시오. 또는 필요하다고 생각되는 경우 UMAP에 대해 >3 출력 차원을 지정할 수 있습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@엠제이 아래는 로그입니다.
{"t-SNE"}
{4, 30, 500}
"알았어!"
"매개변수를 얻었다!"
"DataPrep에서 시작"
{"PCB-1_imputed, 전체의 Pct", "PCB-2_imputed, 전체의 Pct", "PCB-3_imputed, 전체의 Pct", "PCB-4_10_imputed, 전체의 Pct", "PCB-5_8_imputed, 전체의 Pct" , "PCB-6_imputed, Pct of Total", "PCB-7_9_imputed, Pct of Total", "PCB-11_imputed, Pct of Total", "PCB-12_13_imputed, Pct of Total", "PCB-15_imputed, Pct of Total" }
"마무리 희소성"
"희소성은: "
0.00300530234872998
"라벨: "
{"유형"}
"inData2R의 희미함: "
439
120
"데이터 준비 완료."
"백엔드 시작!"
"라벨: "
{"유형"}
"talk2R 기능 내에서."
"레이블:"
{"유형"}
"t-SNE가 선택되었습니다!"
TKIntRJMP.R 버전 14.0
"라벨을 R에게 보내는 중: "
{"유형"}
"R에 레이블 보내기"
데이터4R=데이터.프레임(데이터4R)
#label=unlist(라벨)
#cat("레이블: ",레이블,"\n")
#print(길이(라벨))
#고양이("\n")
#두 데이터 세트에서 중복된 관측값 제거
#inDataUniq=data4R[!duplicated(data4R[,!names(data4R) %in% label]),] #여러 레이블 제외 허용
#헤드(데이터4R)
#cat("inDataUniq의 희미함: ",dim(inDataUniq),"\n")
cat("실행 준비 완료","\n")
if("t-SNE"=="t-SNE"){
cat("t-SNE를 실행 중입니다","\n")
라이브러리("Rtsne")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% 레이블])
cat("inDataTsne의 희미함: ",dim(inDataTsne),"\n")
tsne <- Rtsne(inDataTsne, dims = 4, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500, pca=F)
출력Y=tsne$Y
헤드(출력Y)
}else if("t-SNE"=="UMAP"){
cat("UMAP을 실행 중입니다.","\n")
라이브러리(umap)
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% 레이블], #method="umap-learn",
n_neighbors=15, n_components=2, n_epochs=200,min_dist=0.1)
outputY=outUmap$레이아웃
헤드(출력Y)
}else if("t-SNE"=="둘 다"){
cat("둘 다 실행 중입니다.","\n")
라이브러리("Rtsne")
라이브러리(umap)
cat("\n","t-sne 시작","\n")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% 레이블])
tsne <- Rtsne(inDataTsne, dims = 4, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500, pca=F)
출력Y1=tsne$Y
cat("umap 시작","\n")
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% 레이블], #method="umap-learn",
n_neighbors=15, n_components=2, n_epochs=200,min_dist=0.1)
outputY2=outUmap$레이아웃
cat("모두 완료","\n")
}
print("분석 완료!")
실행 준비
우리는 t-SNE를 실행하고 있습니다
inDataTsne의 희미함: 439 119
경고: .check_tsne_params(nrow(X), dims = dims, perplexity = perplexity, 오류:
dims는 1, 2 또는 3이어야 합니다.
{"샘플 코드", "유형", "PCB-1_imputed", "PCB-2_imputed", "PCB-3_imputed", "PCB-4_10_imputed", "PCB-5_8_imputed", "PCB-6_imputed", "PCB-7_9_imputed ", "PCB-11_전가"}
"반복 번호: "
241
"t-SNE에 대한 새 열을 만듭니다."
eval(expr, p) 오류: 개체 'outputY'를 찾을 수 없습니다.
R 출력을 얻을 수 없습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@엠제이
t-SNE가 "R 출력을 가져올 수 없음"을 반환하는 것은 무엇을 의미합니까? CMD를 설정하고 JMP를 관리자로 실행하기까지 했습니다. 어디에서 보안 문제가 있을 수 있습니까?
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕 @Ed1 , 아니오, 예측 변수는 모든 유형의 숫자 값이 될 수 있습니다. 하지만 문자로는 작동하지 않을 수 있습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕하세요 엠제이,
추가 기능에 감사드립니다.
예측 변수는 정수여야 합니까?
최상의,
에드
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화감사합니다 @ih 개인적인 경험을 공유하기 위해.
@MikeDereviankin 일반적으로 단일 R 설치가 있는 R 통합 문제에 대해 사과드립니다. R, JMP를 다시 시작하거나 컴퓨터를 다시 시작하면 이 시나리오에서 도움이 될 것입니다. 이러한 문제를 겪고 나면 이 추가 기능의 편리함과 상호 작용에 감사할 것입니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@MikeDereviankin ,
도움이 된다면 이 텍스트는 "JMP가 R을 찾는 방법" 섹션에서 가져온 것입니다. JMP 15 스크립팅 가이드 . 내 경험에서 환경 JMP 내에서 환경 변수를 사용하는 것이 가장 안전한 방법입니다.
JMP는 JSL 기반 스크립트가 R에 액세스해야 할 때까지 R 로딩을 지연시킵니다. JMP가 R을 로드해야 하는 경우
Windows 컴퓨터에서 R을 찾는 표준 단계를 따릅니다.
1. 환경 변수 R_HOME을 찾습니다.
변수가 있으면 지정된 디렉터리에서 R을 로드합니다.
2. 환경 변수 R_HOME이 없으면 다음에서 InstallPath 값을 찾습니다.
다음 키 아래의 Windows 레지스트리:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\R-코어\R
InstallPath 값이 있으면 지정된 디렉터리에서 R을 로드합니다.
삼. InstallPath 값이 없으면 R을 찾을 수 없다는 오류 메시지가 표시됩니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@엠제이
추가 기능을 설치했는데 이제 JMP에서 내 R을 찾을 수 없습니다. 환경 변수를 재설정하고 CMD에서 경로를 변경했으며 R을 다시 설치했습니다.
R이 설치되어 있지 않다는 오류가 발생합니다. 이것은 T-SNE가 R에서 실행되는 경우 피할 수 있는 이러한 모든 문제가 있는 효과적인 추가 기능으로 보이지 않습니다. GUI는 훌륭하지만 이것은 모든 의견을 기반으로 골칫거리인 것 같습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕 @MikeDereviankin , 방금 이 추가 기능의 새 버전을 게시했습니다. 이 새 버전을 사용해 보고 효과가 있는지 알려주시겠습니까? R 설치에 문제가 있는 것 같습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화
안녕,
다음과 같은 오류가 발생합니다.
패키지가 다른 JMP 데이터 세트에서 실행되었습니다. 구체적으로 무엇이 이것을 촉발시켰습니까?
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕 @rexneal , 몇 가지 탐색을 했는데, 설정한 복잡성 수준이 90개 미만의 행이 있는 데이터 세트에 대해 너무 높기 때문일 수 있습니다. 이 경우 5~10으로 줄이는 것이 좋습니다. 곧 이 추가 기능의 업데이트된 버전을 게시하여 두 가지 방법을 더 잘 비교할 수 있도록 하겠습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕 @rexneal , 이 추가 기능이 도움이 되셨다니 기쁩니다. 이 문제를 조사하고 최대한 빨리 연락드리겠습니다.
감사해요,
엠제이
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화저는 JMP 14+ 및 JMP15에서 임베딩 애드인을 사용해 왔습니다. 이 추가 기능은 R 인터페이스를 사용하여 tsne 및 umap 이미지와 pca 데이터를 생성합니다. 그것은 훌륭한 프로그램이며 매우 빠르기 때문에 사용하기 쉽습니다. R 인터페이스 지침이 잘 작동했습니다.
나는 많은 데이터베이스에서 그것을 사용했습니다. 그러나 최근 74행의 더 작은 데이터베이스에서는 항상 오류 메시지(메모리 부족 또는 잘못된 설치)를 표시합니다. 다시 재설치 해보았지만 같은 문제입니다. 데이터를 통해 작업하면서 이 추가 기능에 최소 90개의 행이 필요하다는 것을 확인했습니다. 이것은 sklearn의 문제가 아닙니다. 이 추가 기능은 여러 분석에 훨씬 빠르고 기본 x 및 y PC 데이터를 다른 jmp 파일로 쉽게 내보내 새 클래스를 수동으로 생성할 수 있으므로 sklearn 대신 이 추가 기능을 사용하는 것이 좋습니다.
이에 대한 수정 사항이 있습니까?
사랑 JMP.고마워, 닐
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@MikeD_앤더슨 감사합니다 마이크!
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@엠제이 & @markschahl , 또 다른 생각은 커뮤니티의 JMP 위시리스트에 추가하는 것입니다.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list
이렇게 하면 수요에 대한 수치를 파악하는 데 도움이 되고 다른 사람들이 이 기능에 대한 지지를 표명할 수 있습니다(저도 JMP에 있으면 좋을 것이라는 데 동의합니다!).
중
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕 @markschahl , John Sall이 t-SNE의 JMP 버전에서 작업하고 있었지만 언제 출시할지는 확실하지 않습니다. 나는 그것이 강력한 방법이고 R을 호출하는 데 많은 잠재적인 문제가 있기 때문에 JMP에서 구현하는 것이 최적의 방법이라는 데 동의합니다. 기술 또는 제품 관리 팀을 통해 새 기능으로 요청할 수 있습니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화그렇다면 t-SNE/UMAP는 JMP의 향후 버전에 추가될 예정입니까? 산업 전반에 폭넓게 적용할 수 있는 매우 강력한 비정상 이벤트 감지 기술입니다. 방금 이 논문을 읽었습니다. t-SNE는 Tennessee Eastman Process 데이터 세트에서 매우 잘 수행됩니다.
화학 공정 결함 진단을 위한 적층형 오토인코더 기반의 새로운 무감독 데이터 마이닝 방법
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화Embezdding 추가 기능을 실행할 때 여전히 다음 오류가 발생합니다.
CMD를 변경한 후에도 추가 기능이 JMP-pro에서 여전히 작동하지 않습니다. R에서는 "패키지"- "패키지 설치" 탭을 사용하여 umap 및 Rtsn 패키지를 설치했습니다. 다른 제안이 있습니까?
다른 제안
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@루 문제를 일으켜서 미안 해요. Windows 7에서는 시작 메뉴로 이동하여 검색 상자에 cmd 또는 command를 입력하고 Enter 키를 누를 수 있다고 생각합니다. 또는 시작 메뉴로 이동하여 모든 프로그램으로 이동할 수 있습니다. 그런 다음 액세서리를 열고 명령 프롬프트 바로 가기를 클릭합니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화저는 ICT 전문가가 아닌 Windoxs 7 사용자입니다. 그래서 "CMD 콘솔"에 들어가는 방법을 찾지 못했습니다. 죄송합니다 :-(.R을 제거하고 JMPpro와 동일한 맵에 다시 설치했습니다. 여전히 위와 같은 오류 메시지가 나타납니다. 좋은 생각이 아니십니까?
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@루 컴퓨터에 R을 여러 개 설치하여 문제가 발생했을 가능성이 높으며 JMP에서 사용할 R을 결정할 수 없습니다. 다음과 같이 R_HOME을 환경 변수로 설정하고 이 추가 기능을 다시 시도하십시오. Window CMD 콘솔을 열고 setx R_HOME "This PC\Documents\R\R-3.5.2"를 입력합니다. Rtsne 및 UMAP 패키지가 이 버전의 R에 설치되어 있는지 확인하십시오. 문제가 해결되는지 알려주세요.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화제안된 대로 Rtsne을 설치했지만 지금 다음과 같은 오류 메시지가 나타납니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕하세요 @루 , 오류 메시지에 세부 정보가 없어서 죄송합니다. 설치했는지 다시 확인해 주시겠습니까? Rtsne R의 TSNE 패키지 대신? 문제가 해결되는지 알려주세요.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕하세요, "R에서 발견된 문제는 Rtsne/umap 패키지의 설치 실패 또는 제한된 메모리로 인해 발생할 수 있습니다."라는 동일한 오류가 있습니다. Rstudio에서 UMAP 및 TSNE를 설치했습니다. Windows에서 R x64 3.5.2를 사용합니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화감사합니다 @DBhattaram , JMP가 말하는 R 버전에 Rtsne 및 UMAP 패키지가 설치되어 있지 않은 것 같습니다. 여러 버전의 R이 있는 경우 다음과 같이 R_Home을 환경 변수로 설정했는지 확인하십시오. Window CMD 콘솔을 열고 다음을 입력하십시오. setx R_HOME "your Path to R". 그리고 Rtsne 및 umap 패키지가 이 버전의 R에 설치되어 있는지 확인하십시오. 문제가 해결되는지 알려주세요.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@Pat1 이것은 나를 위해 Windows에 있습니다
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕, @엠제이
프로그램을 실행하기 위해 실패한 모든 시도의 로그를 보냈습니다. 바라건대, 그것은 약간의 사용이 될 것입니다
문안 인사,
드루브
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화당신은 맥을 사용하고 있습니까? 같은 문제에 직면했습니다! 불행히도 UMAP은 작동하지 않았습니다.
Rtsne은 잘 작동했습니다.
행운을 빕니다
가볍게 두드리기
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕 @DBhattaram , JMP가 올바른 R 버전을 찾지 못했거나 JMP R 인터페이스의 R 버전 관리 문제일 수 있습니다. 오류 메시지가 표시되면 로그 파일(CTRL+Shift+L)을 열고 자세한 로그 정보를 Meijian.Guan@jmp.com으로 보내 주시겠습니까? 기꺼이 살펴보겠습니다.
엠제이
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화~에게 @엠제이 ,
테스트 데이터 세트에서 프로그램을 실행하려고 할 때 "R에서 발견된 문제는 Rtsne/umap 패키지의 설치 실패 또는 제한된 메모리로 인해 발생할 수 있습니다."라는 오류가 발생했습니다.
필요한 모든 것(패키지와 R도)을 다운로드했다고 확신하므로 이것이 작동하지 않는 이유를 알려주시면 감사하겠습니다.
문안 인사,
드루브 바타람
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@라에드 알려주셔서 감사합니다. 그것을 듣고 매우 기쁩니다!
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화귀하에게:
tsne, Rtsne & umap 패키지를 설치하고 CMD에 아래 스크립트를 입력하면 추가 기능이 실행됩니다✌
매우 감사합니다
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화~에게 @라에드 , 저는 이 문제에 대해 위에 답변한 것으로 생각합니다. JMP R 인터페이스에서 R 설치를 찾는 데 문제가 있었기 때문일 수 있습니다.
다음과 같이 R_HOME을 환경 변수로 설정하고 이 추가 기능을 다시 시도하십시오. Window CMD 콘솔을 열고 다음을 입력합니다. setx R_HOME "Path to R". 그리고 Rtsne 및 umap 패키지가 이 버전의 R에 설치되어 있는지 확인하십시오. 문제가 해결되는지 알려주세요.
Mac을 사용하는 경우 R을 버전 3.3.3으로 다운그레이드하고 T-SNE만 사용해야 합니다.
또한 커뮤니티에서 이 문제에 대해 논의하는 몇 가지 스레드를 확인할 수 있습니다.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
도움이 되길 바랍니다!
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화귀하에게
추가 기능이 실행되지 않습니다
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕 메이젠,
좋은 오후에요. 샘플 데이터에 t-SNE와 UMAP을 사용해 보았습니다. 최신 버전의 R Studio와 JMP 13을 사용합니다. 하지만 다음과 같은 오류가 발생했습니다.
어떻게 고칠 수 있는지 알려주세요. 당신의 도움을 주셔서 감사합니다.
추신. 지금은 JMP 14로 업그레이드할 수 없습니다.
감사합니다,
아리프
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화~에게 @엠제이
이 멋진 추가 기능에 감사드립니다. R 버전 3.3.3이 있는 Mac tSNE에서 사용했는데 잘 작동했습니다. UMAP은 그렇지 않았습니다.
이제 RStudio와 함께 최신 R 버전 3.6.1을 사용하여 Windows에서 확인했습니다. 불행히도 umap과 Rtsne용 패키지를 설치했습니다. umap도 Rtsne도 작동하지 않았습니다. 저는 JMP 14.3을 사용합니다.
다음은 PCA 후 mnist 데이터를 시도할 때 로그에 표시되는 내용입니다(예측 변수로 2개의 PC 사용).
{"UMAP"}
{2, 3, 200, 0.1}
"알았어!"
"매개변수를 얻었다!"
"inData2R의 희미함: "
10000
삼
"백엔드 시작!"
"UMAP가 선택되었습니다!"
TKIntRJMP.R 버전 14.0
레이블: 레이블
inDataUniq의 희미함: 10000 3
실행 준비
UMAP을 운영하고 있습니다.
제출된 R 문을 처리하는 동안 주소 6c910ef2에서 c0000005 유형의 예외가 발생했습니다. 이 주소는 "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll" 모듈의 오프셋 10ef2에 있습니다.
제출된 R 문을 처리하는 동안 주소 6c910ef2에서 c0000005 유형의 예외가 발생했습니다. 이 주소는 "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll" 모듈의 오프셋 10ef2에 있습니다.
R에서 발견된 문제는 Rtsne/umap 패키지의 설치 실패 또는 제한된 메모리로 인해 발생할 수 있습니다.
{"t-SNE"}
{2, 5, 500}
"알았어!"
"매개변수를 얻었다!"
"inData2R의 희미함: "
10000
삼
"백엔드 시작!"
"t-SNE가 선택되었습니다!"
TKIntRJMP.R 버전 14.0
레이블: 레이블
inDataUniq의 희미함: 10000 3
실행 준비
우리는 t-SNE를 실행하고 있습니다
inDataTsne의 희미함: 10000 2
10000 x 2 데이터 매트릭스를 성공적으로 읽었습니다!
OpenMP가 작동 중입니다. 스레드 1개.
no_dims = 2, perplexity = 5.000000 및 theta = 0.500000 사용
입력 유사성 계산 중...
건물 트리...
- 10000점 중 10000점
0.45초 안에 완료(희소성 = 0.001695)!
임베딩 학습...
반복 50: 오류는 120.349392(2.08초에 50회 반복)
반복 100: 오류는 103.025177(1.94초에 50회 반복)
반복 150: 오류는 94.995130(1.70초에 50회 반복)
반복 200: 오류는 90.828601(1.75초에 50회 반복)
반복 250: 오류는 87.964178(1.81초에 50회 반복)
반복 300: 오류는 4.069311(1.82초에 50회 반복)
반복 350: 오류는 3.474366(1.83초에 50회 반복)
반복 400: 오류는 3.044447(1.84초에 50회 반복)
반복 450: 오류는 2.719790(1.83초에 50회 반복)
반복 500: 오류는 2.466420(1.84초에 50회 반복)
피팅은 18.44초 만에 수행되었습니다.
[,1] [,2]
[1,] -18.4173747 30.133875
[2,] -23.5082997 -17.985255
[3,] 0.7376548 -4.148267
[4,] -5.6881024 6.385878
[5,] 8.8457460 22.245393
[6,] -10.8212058 -17.013940
[1] "분석 완료!"
제출된 R 문을 처리하는 동안 주소 6c910ef2에서 c0000005 유형의 예외가 발생했습니다. 이 주소는 "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll" 모듈의 오프셋 10ef2에 있습니다.
R에서 발견된 문제는 Rtsne/umap 패키지의 설치 실패 또는 제한된 메모리로 인해 발생할 수 있습니다.
내가 무엇을 시도해야할지 아이디어가 있다면 좋을 것입니다. 미리 감사드리며 안부 패트릭
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕하세요, @FN , 다른 버전의 t-sne 패키지를 설치한 것 같습니다. 대신 R 스튜디오를 통해 Rtsne을 설치해 주시겠습니까? 이 패키지의 github 버전은 다음과 같습니다. https://github.com/jkrijthe/Rtsne . 또한 R_HOME 경로가 UMAP 및 Rtsne이 설치된 올바른 R 버전을 가리키고 있는지 확인하십시오. 추가 질문이 있으면 알려주십시오.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화나는 umap을 실행할 수 있었지만 Anaconda/conda를 통해서는 실행할 수 없었습니다.
tsne에 대해 잘못된 패키지를 설치하고 있는 것 같습니다. 크랜에 URL을 제공할 수 있습니까?
다음은 단계별입니다.
전체 R from https://cran.r-project.org/
Rstudio commnutiy 설치 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
Rstudio를 사용하여 tsne 및 umap을 설치합니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화감사합니다. 솔직히 말해서 R을 설치하는 가장 좋은 방법이 무엇인지 잘 모르겠습니다. 저는 현재 R도 포함하는 conda/anaconda로 Python 설치를 관리하는 데 익숙합니다.
R이 설치된 경로입니다.
(기본) C:\Users\john_doe>여기서 r
C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\R.exe
이 패키지를 설치해야 할 것 같습니다.
https://anaconda.org/conda-forge/r-tsne
https://anaconda.org/conda-forge/r-umap
JMP가 내 R 설치를 찾을 수 있도록 하려면 다음을 실행합니다(또는 PATH를 수동으로 변경).
setx R_HOME "C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\"
이 작업을 더 잘 수행하는 방법에 대한 자세한 지침이 있으면 알려주십시오.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화@FN 안녕하십니까, 귀하의 제안에 감사드립니다. R/Python 실행 파일을 포함하는 것이 좋은 옵션이지만 정책 및 법적 문제로 인해 포함하지 않았습니다. 이 추가 기능을 사용할 때 R 설치 또는 버전과 관련하여 문제가 있으면 알려주십시오.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화JMP용 인터페이스를 제공해 주셔서 대단히 감사합니다.
이러한 추가 기능이 R/Python 실행 파일을 포함하여 직접 실행할 수 있는지 궁금합니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕 @ngalphie , 이전 버전의 JMP에 문제가 있는 것 같습니다.
1. JMP 13을 사용하고 있는 것으로 나타났습니다. 최신 버전(JMP 14.3)으로 업데이트하고 이 추가 기능을 다시 시도하면 도움이 될 수 있습니다.
2. C:\Users\username\AppData\Local\Temp\JmpCrashReports\13에 저장된 충돌 보고서를 기술 지원팀( https://support.sas.com/ctx/supportform/createForm?ctry=us_JMP ) 또는 저에게 직접(Meijian.Guan@jmp.com) 파고들 수 있습니다.
3. 커뮤니티에도 이 문제에 대해 이야기하는 게시물이 몇 개 있습니다. 그들이 언급한 것이 도움이 될 수 있는지 살펴보십시오.
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-has-performed-an-access-violation-and-will-shut-down-while/td-p/108183
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-Access-Violation-Likely-Causes/mp/5648#M5647
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕하세요 @엠제이 ,
샘플 데이터를 실행하려고 했지만 액세스 위반 충돌이 발생했습니다. 로그 파일에서 R 측이 성공적으로 실행된 것처럼 보입니다. 문제를 어떻게 해결할 수 있습니까?
감사해요,
알
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕 마르크스,
컴퓨터에 R을 여러 개 설치하여 문제가 발생했을 가능성이 높으며 JMP에서 사용할 R을 결정할 수 없습니다. 다음과 같이 R_HOME을 환경 변수로 설정하고 이 추가 기능을 다시 시도하십시오. Window CMD 콘솔을 열고 setx R_HOME "This PC\Documents\R\R-3.5.2"를 입력합니다. 그리고 Rtsne 및 umap 패키지가 이 버전의 R에 설치되어 있는지 확인하십시오. 문제가 해결되는지 알려주세요.
또한 커뮤니티에서 이 문제에 대해 논의하는 몇 가지 스레드를 확인할 수 있습니다.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕하세요 엠제이,
이 추가 기능을 시도하면 오류 메시지가 나타납니다. R 설치를 인식하지 못하는 것 같습니다. 이것이 실제로 문제인 경우 추가 기능이 내 R 설치를 인식하도록 하는 방법을 알아낼 수 있습니까?
R이 열려 있지만 인식되지 않음을 보여주는 스크린샷과 내 R 설치 위치(프로그램 파일이 아님)의 스크린샷 및 아래 오류 메시지 중 일부를 복사합니다.
이것은 매우 흥미로운 도구처럼 보이며 사용하기를 희망합니다. 저는 이전에 R의 t-sne이 유용하다는 것을 발견했으며 JMP에서 바로 이 작업을 수행할 수 있다면 큰 가치가 있을 것입니다. 귀하가 제공할 수 있는 모든 도움에 크게 감사드립니다.
감사해요!
오류 스크린샷 및 R 인스턴스 열기, R 설치 위치 스크린샷
에러 코드
"
이 시스템에서 R 설치를 찾을 수 없습니다. JMP R 지원에는 'Glue' , write2lastRun( pb2, _addinPath_ );의 액세스 또는 평가에 R 버전 2.9.1 이상이 필요합니다.
algr = cbb << get selected();
Print( "알았다!" );
노력하다(
dim1 = dimBx1 << get;
per1 = perBx1 << get;
iter1 = iterBx1 << get;
);
노력하다(
dim2 = dimBx2 << get;
per2 = perBx2 << get;
iter2 = iterBx2 << get;
dist = distbox << get;
);
Print( "매개변수가 있습니다!" );
Try( 예측자 = selectedX << getitems );
If( 길이( 예측자 ) < 1,
Throw( "예측 변수를 지정하십시오" )
);
Try( labelY = selectedY << getitems );
If( N 항목( labelY ) > 0,
라벨Y1 = 라벨Y[1];
grphVars = Eval Insert( "X( :Y2 ), Y( :Y1 ), Color( :^labelY1^ ) " );
,
labelY1 = "";
grphVars = "X( :Y2 ), Y( :Y1 )";
***** 텍스트 잘림 *****"
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕 무자히다,
색상은 이 데이터 세트의 실제 레이블을 나타내므로 동일한 색상의 데이터 포인트는 유사한 속성을 가져야 합니다. 클러스터는 t-SNE 및 UMAP에 의해 추정되었으므로 일부 색상 불일치가 표시되어야 합니다.
Re: t-SNE 및 UMAP을 사용한 데이터 시각화안녕! 엠제이,
위의 사진에서 각 점의 질량/그룹이 동일한 속성으로 취급될 수 있다는 것을 이해할 수 있습니까? 또는 다른 색상 포인트는 다른 속성으로 취급되어야 합니까?
