Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPDescrizione
Recentemente, gli algoritmi di visualizzazione e riduzione delle dimensioni non lineari, in particolare t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE) e l'approssimazione e proiezione di varietà uniforme (UMAP), sono stati ampiamente applicati a varie aree di ricerca come l'elaborazione di immagini, l'estrazione di testo e genomica. Questo componente aggiuntivo fornisce l'accesso ai pacchetti t-SNE e UMAP R. Offre un'interfaccia intuitiva che consente la navigazione nelle tabelle dei dati, il controllo della qualità dei dati, la gestione della scarsità, la parametrizzazione intuitiva e l'interpretazione interattiva dei risultati.
Esempio di utilizzo
Ecco uno screenshot dell'interfaccia con i dati MNIST caricati. In Specifiche del modello ho selezionato la colonna Etichetta come Etichetta e tutti i pixel come predittori. Ho scelto sia t-SNE che UMAP come algoritmi.
Un altro screenshot dei risultati di t-SNE (in alto) e UMAP (in basso).
Questo componente aggiuntivo supporta anche alcune opzioni di controllo qualità di base, tra cui il controllo dei valori mancanti, la distribuzione e il calcolo della scarsità. Puoi trovare queste opzioni in Opzioni di controllo qualità sull'interfaccia.
Aggiornamenti: l'interfaccia JMP R su Mac presenta problemi di versione. Effettua il downgrade di R alla versione <=3.3.3 e utilizza t-sne solo se sei un utente Mac.
Registro delle modifiche:
v.2 <22/9/2020> Aggiunti i risultati tsne e umap alla tabella originale e riorganizzato l'output per una migliore esperienza di esplorazione.
v.1.2 <14/03/2019> Risolto un problema nel pacchetto Rtsne in cui un numero elevato di colonne causava problemi di overflow dello stack.
v.1.1 <8/3/2019> Risolto un bug che poteva potenzialmente produrre "problemi rilevati in R, memoria esaurita?" messaggio di errore. Aggiunto un sottomenu per il set di dati di esempio MNIST.
v.1.0 <26/02/2019> Versione iniziale.
Integrazione di terze partiVisualizzazione datiAnalisi esplorativa dei datiScienze di vitaRi: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@Nazarkovskij - mettilo nella lista dei desideri! Sono d'accordo che UMAP dovrebbe essere lì. Se guardi come hanno impostato la GUI, è abbastanza chiaro che è stata progettata per l'aggiunta di altri metodi in futuro.
M
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPGrazie, @MikeD_Anderson !
Wow, è vero. Peccato che UMAP non sia stato incluso insieme a TSNE.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@Nazarkovskij - dai un'occhiata alla documentazione di JMP 17 Pro ( https://www.jmp.com/support/help/en/17.1/index.shtml#page/jmp/multivariate-embedding.shtml%23 ). T-SNE fa ora parte di Analizza > Multivariato > Incorporamento multivariato piattaforma in formato pro.
Migliore,
M
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPBuonasera, cari colleghi!
Ho installato R 3.6.3 e RStudio sul mio Windows 10 (64 bit). Entrambi i pacchetti sono stati installati correttamente e il file di esempio per il componente aggiuntivo ha funzionato bene visualizzando correttamente i dati. Tuttavia, finché ho avviato il mio file (32 righe, 7 colonne dei predittori, 1 colonna come "etichetta"), il processo ha prodotto un avviso di seguito.
Potresti per favore spiegare cosa c'era che non andava? Tutte le colonne erano numeriche continue come nell'esempio MNIST.jmp. L'unica differenza era che i numeri in 7 variabili non erano interi: come 0,234234 o 0,472343.
Apprezzerò molto il tuo consiglio.
Michael
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ Sei stato in grado di aiutare gli utenti MacOS con l'integrazione R? Funziona benissimo sul mio Windows. C'è qualche possibilità di stabilire questa connessione senza eseguire il downgrade della mia R? Utilizzo spesso l'integrazione con nuovi pacchetti. Questo è per un Macbook M1 e fa la differenza.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO
Sto provando a utilizzare il componente aggiuntivo ma ottengo la stessa risposta "Impossibile ottenere l'output R" da JMP 16.2.0 + R 4.1.2
= Stesso problema dell'FR60
Ho ricevuto una delle lamentele precedenti in cui si diceva che non riusciva a trovare R, quindi ho spazzato via la vecchia R e ho installato la versione attuale R 4.1.2 che genera l'errore di cui sopra.
Quindi non è affatto chiaro dove stia il problema.Con l'ampia applicazione di questi strumenti sembra che sia giunto il momento che SAS abbia bisogno di incorporare questa funzionalità in JMP!
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao MJ.
Sto provando a utilizzare il tuo componente aggiuntivo ma anche se ho seguito il tuo suggerimento sulla versione R da impostare come Home, ricevo ancora il seguente messaggio di avviso:
Impossibile ottenere l'output R.
Per favore, potete aiutarmi?
Felice
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPMJ
Il tuo componente aggiuntivo UMAP funziona alla grande. Lo uso quasi ogni giorno. Grazie per le informazioni sulla perplessità.
Quando ripeto l'UMAP sugli stessi dati, ottengo sempre parametri simili ma leggermente diversi.
Non è significativo in quanto gli appezzamenti sono sempre molto vicini. Ma un paio di campioni varieranno leggermente.
Perchè è questo. È il seme casuale che cambia?
Grazie mille. Ottima locanda aggiuntiva
Neal
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MikeDereviankin Non sono riuscito a riprodurre questo problema. Stavo utilizzando l'ultima R 4.0.3, JMP 15.1 e gli ultimi UMAP e tSNE, entrambi gli algoritmi funzionavano bene. Penso che ciò che è andato storto sia stato il comando R send(), che potrebbe essere causato da una mancata comunicazione con una specifica versione di R o da problemi imprevisti con i dati. Hai provato il componente aggiuntivo con il set di dati MNIST di esempio? Altre cose che puoi provare includono aggiornare nuovamente R e UMAP, rimuovere ulteriori installazioni R e aggiornare JMP a versioni più recenti, se possibile. Puoi anche inviarmi il tuo set di dati affinché io possa dargli un'occhiata se non sono riservati (Meijian.Guan@jmp.com). E anche contattare il supporto tecnico è sempre una buona opzione.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPHo impostato R home sulla versione precedente di R e la libreria cran installa i pacchetti anche su questa versione. Il problema è che UMAP non è compatibile con 3.5.2. dal suo aspetto.
Come accennato in precedenza, in precedenza avevo lavorato con la versione 4.0.2 e tutto ha funzionato perfettamente.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPSono stati forniti scopi di amministrazione e ora viene visualizzato lo stesso errore di prima, "sendRdata".
L'avevo usato in precedenza con R-4.0.2 e all'improvviso la settimana scorsa non funziona. UMAP funziona bene in R stesso.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ
Ora appare simile a prima:
Ci sono autorizzazioni di amministratore che devo fornire?
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MikeDereviankin Sì, consulta le seguenti informazioni.
Prova a impostare R_HOME come variabile ambientale come segue e riprova questo componente aggiuntivo. Apri la console CMD di Windows e digita: setx R_HOME "Questo PC\Documenti\R\R-3.5.2". E assicurati che i pacchetti Rtsne e umap siano installati su questa versione di R. Per favore fammi sapere se questo risolve il tuo problema.
Inoltre, abbiamo alcuni thread nella community che parlano di questo problema a cui puoi dare un'occhiata.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ Posso impostare due diverse R sul mio computer e fare in modo che lo script JMP vada a quella specifica versione di R?
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MikeDereviankin Se questo errore si è verificato dopo aver aggiornato il pacchetto R e UMAP, questo potrebbe essere il motivo. Alcune versioni di JMP funzionano bene solo con versioni R specifiche, ad esempio la R 3.5.2 funziona bene con la maggior parte delle versioni di JMP. Potrebbe essere necessario prendere in considerazione l'idea di declassare la tua R e riprovare.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao,
Ricevo questo errore. Ho reinstallato R 4.03 e UMAP nel pacchetto cran. La connessione c'è, ma qualcosa non si connette.
{"UMAP"}
{3, 15, 200, 0,1}
"Va bene!"
"Ho i parametri!"
"Avvia inDataPrep"
{"2,3,7,8-TCDD", "1,2,3,7,8-PeCDD", "1,2,3,4,7,8-HxCDD", "1,2,3, 6,7,8-HxCDD", "1,2,3,7,8,9-HxCDD", "2,3,7,8-TCDF", "1,2,3,7,8-PeCDF" , "2,3,4,7,8-PeCDF", "1,2,3,4,7,8-HxCDF", "1,2,3,6,7,8-HxCDF"}
"Finisci la scarsità"
"La scarsità è:"
0,280112044817927
"L'etichetta è: "
{}
"La luminosità di inData2R è: "
119
15
"Preparazione dei dati terminata."
"Inizia il back-end!"
"L'etichetta è: "
{}
"All'interno della funzione talk2R."
"l'etichetta è:"
{}
"UMAP è selezionato!"
TKIntRJMP.R versione 14.0
L'ultima dichiarazione R è incompleta.
L'invio dei dati per "data4R" non è riuscito
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@FN Sì, il componente aggiuntivo è fondamentalmente un file compresso. Dovresti essere in grado di decomprimerlo con qualsiasi strumento di decompressione e trovare embedding.jsl nella cartella dello script. La modifica della funzione talk2R() nello script dovrebbe farlo.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao MJ,
Sarebbe possibile ottenere il codice sorgente per il componente aggiuntivo?
Vorrei utilizzare la stessa interfaccia utente ma con i pacchetti Python come backend.
Grazie.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MikeDereviankin Rimuoverà le righe duplicate esclusivamente in base ai predittori, anche se tali righe potrebbero avere nomi o etichette diversi. Perché nel calcolo UMAP/tSNE vengono utilizzati solo i predittori.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ
In quale circostanza l'UMAP elimina le righe. Capisco che se i campioni hanno valori duplicati verranno eliminati, ma un UMAP identifica i campioni con valori duplicati, ma nomi diversi?
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ ha molto senso ora, col senno di poi, in base al funzionamento dell'algoritmo Rtsne. Grazie!
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @MikeDereviankin , sembra che tu abbia utilizzato 4 come Output Dim per t-SNE, cosa non consentita per questa versione di tSNE, utilizza invece 2 o 3. In alternativa, puoi specificare una dimensione di output >3 per UMAP se lo ritieni necessario.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ di seguito è riportato il registro:
{"t-SNE"}
{4, 30, 500}
"Va bene!"
"Ho i parametri!"
"Avvia inDataPrep"
{"PCB-1_imputato, percentuale del totale", "PCB-2_imputato, percentuale del totale", "PCB-3_imputato, percentuale del totale", "PCB-4_10_imputato, percentuale del totale", "PCB-5_8_imputato, percentuale del totale" , "PCB-6_imputato, percentuale del totale", "PCB-7_9_imputato, percentuale del totale", "PCB-11_imputato, percentuale del totale", "PCB-12_13_imputato, percentuale del totale", "PCB-15_imputato, percentuale del totale" }
"Finisci la scarsità"
"La scarsità è:"
0.00300530234872998
"L'etichetta è: "
{"Tipo"}
"La luminosità di inData2R è: "
439
120
"Preparazione dei dati terminata."
"Inizia il back-end!"
"L'etichetta è: "
{"Tipo"}
"All'interno della funzione talk2R."
"l'etichetta è:"
{"Tipo"}
"t-SNE è selezionato!"
TKIntRJMP.R versione 14.0
"Invio etichetta a R: "
{"Tipo"}
"Invio etichetta a R"
dati4R=dati.frame(dati4R)
#etichetta=non elenca(etichetta)
#cat("l'etichetta è: ",etichetta,"\n")
#print(lunghezza(etichetta))
#gatto("\n")
#rimuovi le osservazioni duplicate da entrambi i set di dati
#inDataUniq=data4R[!duplicated(data4R[,!names(data4R) %in% label]),] #consenti l'esclusione di più etichette
#testa(dati4R)
#cat("dim di inDataUniq è: ",dim(inDataUniq),"\n")
cat("Pronto per la corsa","\n")
if("t-SNE"=="t-SNE"){
cat("Stiamo eseguendo t-SNE","\n")
libreria("Rtsne")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% etichetta])
cat("dim di inDataTsne è: ",dim(inDataTsne),"\n")
tsne <- Rtsne(inDataTsne, dims = 4, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500,pca=F)
uscitaY=tsne$Y
testa (uscita Y)
}else if("t-SNE"=="UMAP"){
cat("Stiamo eseguendo UMAP","\n")
libreria(umap)
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% etichetta], #method="umap-learn",
n_vicini=15, n_componenti=2, n_epoca=200,dist_min=0,1)
outputY=outUmap$layout
testa (uscita Y)
}else if("t-SNE"=="Entrambi"){
cat("Stiamo eseguendo entrambi","\n")
libreria("Rtsne")
libreria(umap)
cat("\n","Inizia t-sne","\n")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% etichetta])
tsne <- Rtsne(inDataTsne, dims = 4, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500,pca=F)
uscitaY1=tsne$Y
cat("Avvia umamappa","\n")
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% etichetta], #method="umap-learn",
n_vicini=15, n_componenti=2, n_epoca=200,dist_min=0,1)
outputY2=outUmap$layout
cat("Fatti entrambi","\n")
}
print("Analisi completata!")
Pronti per la corsa
Stiamo eseguendo t-SNE
dim di inDataTsne è: 439 119
Avvertenza: errore in .check_tsne_params(nrow(X), dims = dims, perplexity = perplexity,:
dims dovrebbe essere 1, 2 o 3
{"Codice campione", "Tipo", "PCB-1_imputed", "PCB-2_imputed", "PCB-3_imputed", "PCB-4_10_imputed", "PCB-5_8_imputed", "PCB-6_imputed", "PCB-7_9_imputed ", "PCB-11_imputato"}
"Numero di iterazione: "
241
"Crea nuove colonne per t-SNE."
Errore in eval(expr, p): oggetto 'outputY' non trovato
Impossibile ottenere l'output R.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ
Cosa significa quando t-SNE restituisce "impossibile ottenere l'output R". Mi sono assicurato di impostare il mio CMD e ho persino eseguito JMP come amministratore. Dove altro potrebbe esserci un problema di sicurezza?
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @Ed1 , no, i predittori possono essere qualsiasi tipo di valore numerico. Potrebbe però non funzionare con i personaggi.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao MJ,
Grazie per il componente aggiuntivo.
I predittori devono essere numeri interi?
Migliore,
Ed
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPGrazie @ih per aver condiviso la tua esperienza personale.
@MikeDereviankin Mi scuso per i problemi di integrazione di R, in genere avere una singola installazione di R, riavviare R, JMP o persino il tuo computer aiuterebbe in questo scenario. Dopo aver affrontato questi problemi, potresti apprezzare la comodità e l'interattività di questo componente aggiuntivo.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MikeDereviankin ,
Se può essere d'aiuto, questo testo è tratto dalla sezione "Come JMP trova R" del file Guida allo scripting JMP 15 . Dalla mia esperienza collocamento la variabile di ambiente da JMP è il metodo più sicuro.
JMP ritarda il caricamento di R finché uno script basato su JSL non richiede l'accesso ad esso. Quando JMP deve caricare R,
segue i passaggi standard per trovare R su un computer Windows:
1. Cerca la variabile d'ambiente R_HOME.
Se la variabile esiste, carica R dalla directory specificata.
2. Se la variabile di ambiente R_HOME non esiste, cercare il valore InstallPath nel file
Registro di sistema di Windows con la seguente chiave:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\R-core\R
Se il valore InstallPath esiste, caricare R dalla directory specificata.
3. Se il valore InstallPath non esiste, un messaggio di errore informa che non è stato possibile trovare R.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ
Ho appena installato il componente aggiuntivo e ora JMP non riesce a trovare la mia R... Ho ripristinato le mie variabili ambientali, cambiato il percorso in CMD, reinstallato R e niente.
Ottengo l'errore che dice che R non è installato. Questo non sembra un componente aggiuntivo efficace con tutti questi problemi che vengono evitati se T-SNE viene eseguito semplicemente in R. La GUI è carina, ma sembra essere un mal di testa in base a tutti i commenti.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @MikeDereviankin , ho appena pubblicato una nuova versione di questo componente aggiuntivo. Potresti provare questa nuova versione e farmi sapere se funziona per te? Sembra che ci sia qualcosa che non va nell'installazione di R.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP
CIAO,
Ottengo il seguente errore:
Il pacchetto è stato eseguito su diversi set di dati JMP. Cosa ha innescato specificamente questo?
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @rexneal , ho fatto qualche esplorazione, probabilmente perché il livello di perplessità impostato era troppo alto per un set di dati con meno di 90 righe. Consiglierei di ridurlo a 5~10 in questo caso. Presto pubblicherò una versione aggiornata di questo componente aggiuntivo che consentirà un migliore confronto tra i due metodi.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @rexneal , sono felice che tu abbia trovato utile questo componente aggiuntivo. Esaminerò il problema e ti ricontatterò il prima possibile.
Grazie,
MJ
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPHo utilizzato il componente aggiuntivo di incorporamento in JMP 14+ e JMP15. Questo componente aggiuntivo crea immagini tsne e umap e dati PCA con un'interfaccia R. È un programma eccellente e facile da usare perché è molto veloce. Le istruzioni dell'interfaccia R hanno funzionato bene.
L'ho usato su molti database. Tuttavia, su un database recente più piccolo di 74 righe genera sempre un messaggio di errore (memoria insufficiente o installazione errata). L'ho reinstallato di nuovo ma lo stesso problema. Analizzando i dati ho determinato che questo componente aggiuntivo richiede almeno 90 righe. Questo non è un problema con sklearn. Preferirei utilizzare questo componente aggiuntivo invece di sklearn poiché questo componente aggiuntivo è molto più veloce per analisi multiple e consente facilmente di esportare i dati primari del PC xey in un altro file jmp per la creazione manuale di nuove classi.
C'è una correzione per questo?
Adoro JMP.Grazie, Neal
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MikeD_Anderson Grazie Mike!
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ & @markschahl , un altro pensiero è aggiungerlo alla lista dei desideri di JMP sulla community:
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list
Ciò aiuterà a ottenere alcuni numeri sulla domanda e permetterà ad altri di esprimere il loro sostegno per la capacità (sono d'accordo che sarebbe fantastico averlo anche in JMP!)
M
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @markschahl , So che John Sall stava lavorando su una versione JMP di t-SNE ma non sono sicuro di quando la pubblicheremo. Sono d'accordo che si tratta di un metodo potente e implementarlo in JMP sarebbe il modo ottimale poiché richiamare R presenta molti potenziali problemi. Puoi richiederlo come nuova funzionalità tramite i nostri team tecnici o di gestione del prodotto.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPQuindi, t-SNE/UMAP verrà aggiunto a una futura versione di JMP? Si tratta di una tecnica di rilevamento di eventi anomali molto potente con ampia applicabilità in tutto il settore. Ho appena letto questo giornale. t-SNE funziona molto bene sul set di dati Tennessee Eastman Process:
Un nuovo metodo di data mining non supervisionato basato sull'autocodificatore stacked per la diagnosi dei guasti dei processi chimici
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPViene ancora visualizzato il seguente errore durante l'esecuzione del componente aggiuntivo Embezdding.
Il componente aggiuntivo continua a non funzionare in JMP-pro dopo aver modificato il CMD. In R, ho utilizzato la scheda "Pacchetti" - "Installa pacchetti" per installare il pacchetto umap e Rtsn. Qualche altro suggerimento?
Qualsiasi altro suggerimento
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@Lu Scusa per il disturbo. Su Windows 7, penso che puoi andare al menu Start, digitare cmd o comando nella casella di ricerca e premere Invio. Oppure puoi semplicemente andare al menu Start e andare su Tutti i programmi. Quindi, apri Accessori e fai clic sul collegamento Prompt dei comandi.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPSono un utente Windoxs 7 e non un esperto ICT. Quindi non trovo come accedere alla "console CMD", mi spiace :-(.Ho rimosso R e l'ho reinstallato nella stessa mappa di JMPpro. Ricevo ancora lo stesso messaggio di errore di cui sopra. Non è una buona idea?
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@Lu Probabilmente il tuo problema è stato causato da più installazioni di R sul tuo computer e JMP non è riuscito a decidere quale utilizzare. Prova a impostare R_HOME come variabile ambientale come segue e riprova questo componente aggiuntivo. Apri la console CMD di Windows e digita: setx R_HOME "Questo PC\Documenti\R\R-3.5.2". E assicurati che i pacchetti Rtsne e UMAP siano installati su questa versione di R. Per favore fammi sapere se questo risolve il tuo problema.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPHo installato Rtsne come suggerito ma ora ricevo il seguente messaggio di errore;
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao @Lu , mi scuso per la mancanza di dettagli nel messaggio di errore. Potresti ricontrollare se hai installato Rtsne invece del pacchetto TSNE in R? Fammi sapere se questo risolve il tuo problema.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPSalve, ho lo stesso errore che dice "I problemi riscontrati in R potrebbero essere causati da un'installazione non riuscita di pacchetti Rtsne/umap o da memoria limitata". Ho installato UMAP e TSNE da Rstudio. Utilizzo R x64 3.5.2 sotto Windows
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPGrazie @DBhattaram , sembra che tu non abbia installato i pacchetti Rtsne e UMAP nella versione R con cui sta comunicando JMP. Se disponi di più versioni di R, assicurati di impostare R_Home come variabile ambientale come segue: apri la console Window CMD e digita: setx R_HOME "il tuo percorso verso R". E assicurati che i pacchetti Rtsne e umap siano installati su questa versione di R. Fammi sapere se risolve il tuo problema.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@Pat1 Questo è su Windows per me
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO, @MJ
Ho inviato il registro di tutti i miei tentativi falliti di far eseguire il programma. Speriamo che possa essere di qualche utilità
Saluti,
Dhruv
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPStai usando un Mac? Di fronte allo stesso problema! Sfortunatamente UMAP non ha funzionato.
Rtsne ha funzionato bene.
Auguri
colpetto
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @DBhattaram , è possibile che JMP non abbia trovato la versione R corretta o che si siano verificati problemi di versione R con l'interfaccia R di JMP. Potresti aprire il file di registro (CTRL+Shift+L) quando vedi il messaggio di errore e inviarmi le informazioni dettagliate sul registro a Meijian.Guan@jmp.com? Sarei felice di dare un'occhiata.
MJ
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCaro @MJ ,
Durante il tentativo di eseguire il programma sul set di dati di test, ho ricevuto un errore che diceva "I problemi riscontrati in R potrebbero essere causati da un'installazione non riuscita di pacchetti Rtsne/umap o da memoria limitata".
Sono abbastanza sicuro di aver scaricato tutto ciò di cui avevo bisogno (anche i pacchetti e R), quindi se potessi spiegarmi perché non funziona, sarebbe molto apprezzato
Saluti,
Dhruv Bhattaram
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@Raaed Grazie per avermi fatto sapere. Molto felice di sentirlo!
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCaro Signore:
dopo aver installato i pacchetti tsne, Rtsne e umap e digitato lo script seguente su CMD, i componenti aggiuntivi verranno eseguiti✌
Grazie mille
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCaro @Raaed , credo di aver risposto sopra riguardo a questo problema. È probabile che JMP R Interface abbia avuto problemi a trovare l'installazione di R.
Prova a impostare R_HOME come variabile ambientale come segue e riprova questo componente aggiuntivo. Apri la console CMD di Windows e digita: setx R_HOME "Percorso verso R". E assicurati che i pacchetti Rtsne e umap siano installati su questa versione di R. Per favore fammi sapere se questo risolve il tuo problema.
Se utilizzi Mac, devi eseguire il downgrade di R alla versione 3.3.3 e utilizzare solo T-SNE.
Inoltre, abbiamo alcuni thread nella community che parlano di questo problema a cui puoi dare un'occhiata.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Spero che aiuti!
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPcaro Signore
i componenti aggiuntivi non vengono eseguiti
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao Meijian,
Buon pomeriggio. Ho provato a utilizzare t-SNE e UMAP sui dati di esempio. Utilizzo l'ultima versione di R Studio e JMP 13. Ma ho ricevuto il seguente errore:
Per favore, fammi sapere come posso risolverlo. Grazie per l'aiuto.
PS. Al momento non potrò eseguire l'aggiornamento a JMP 14.
Cordiali saluti,
Arif
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCaro @MJ
grazie per questo bel componente aggiuntivo. L'ho usato su un Mac tSNE con R versione 3.3.3 ha funzionato bene. L'UMAP no.
Ora l'ho verificato su Windows utilizzando l'ultima versione R 3.6.1 con RStudio. Ho installato i pacchetti per umap e Rtsne sfortunatamente né umap né Rtsne hanno funzionato. Utilizzo JMP 14.3.
Ecco cosa dice il registro quando provo i dati mnist dopo PCA (utilizzando 2 PC come predittori):
{"UMAP"}
{2, 3, 200, 0,1}
"Va bene!"
"Ho i parametri!"
"La luminosità di inData2R è: "
10000
3
"Inizia il back-end!"
"UMAP è selezionato!"
TKIntRJMP.R versione 14.0
l'etichetta è: etichetta
dim di inDataUniq è: 10000 3
Pronti per la corsa
Stiamo eseguendo UMAP
Si è verificata un'eccezione di tipo c0000005 all'indirizzo 6c910ef2 durante l'elaborazione delle istruzioni R inviate. Questo indirizzo si trova all'offset 10ef2 nel modulo "C:\Programmi\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll"
Si è verificata un'eccezione di tipo c0000005 all'indirizzo 6c910ef2 durante l'elaborazione delle istruzioni R inviate. Questo indirizzo si trova all'offset 10ef2 nel modulo "C:\Programmi\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll"
I problemi riscontrati in R potrebbero essere causati da un'installazione non riuscita di pacchetti Rtsne/umap o da memoria limitata.
{"t-SNE"}
{2, 5, 500}
"Va bene!"
"Ho i parametri!"
"La luminosità di inData2R è: "
10000
3
"Inizia il back-end!"
"t-SNE è selezionato!"
TKIntRJMP.R versione 14.0
l'etichetta è: etichetta
dim di inDataUniq è: 10000 3
Pronti per la corsa
Stiamo eseguendo t-SNE
dim di inDataTsne è: 10000 2
Leggi con successo la matrice dati 10000 x 2!
OpenMP funziona. 1 thread.
Utilizzando no_dims = 2, perplessità = 5.000000 e theta = 0.500000
Calcolo delle somiglianze di input...
Costruire un albero...
- punto 10000 di 10000
Fatto in 0,45 secondi (sparsità = 0,001695)!
Imparare l'incorporamento...
Iterazione 50: l'errore è 120.349392 (50 iterazioni in 2,08 secondi)
Iterazione 100: l'errore è 103.025177 (50 iterazioni in 1,94 secondi)
Iterazione 150: l'errore è 94.995130 (50 iterazioni in 1,70 secondi)
Iterazione 200: l'errore è 90.828601 (50 iterazioni in 1,75 secondi)
Iterazione 250: l'errore è 87.964178 (50 iterazioni in 1,81 secondi)
Iterazione 300: l'errore è 4.069311 (50 iterazioni in 1,82 secondi)
Iterazione 350: l'errore è 3.474366 (50 iterazioni in 1,83 secondi)
Iterazione 400: l'errore è 3.044447 (50 iterazioni in 1,84 secondi)
Iterazione 450: l'errore è 2.719790 (50 iterazioni in 1,83 secondi)
Iterazione 500: l'errore è 2.466420 (50 iterazioni in 1,84 secondi)
Adattamento eseguito in 18,44 secondi.
[,1] [,2]
[1,] -18.4173747 30.133875
[2,] -23.5082997 -17.985255
[3,] 0,7376548 -4,148267
[4,] -5,6881024 6,385878
[5,] 8.8457460 22.245393
[6,] -10.8212058 -17.013940
[1] "Analisi completata!"
Si è verificata un'eccezione di tipo c0000005 all'indirizzo 6c910ef2 durante l'elaborazione delle istruzioni R inviate. Questo indirizzo si trova all'offset 10ef2 nel modulo "C:\Programmi\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll"
I problemi riscontrati in R potrebbero essere causati da un'installazione non riuscita di pacchetti Rtsne/umap o da memoria limitata.
Sarebbe fantastico se avessi un'idea di cosa dovrei provare. Grazie in anticipo e cordiali saluti Patrick
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao, @FN , sembra che tu abbia installato una versione diversa del pacchetto t-sne. Potresti provare a installare Rtsne tramite R studio? La versione github per questo pacchetto è qui: https://github.com/jkrijthe/Rtsne . Assicurati inoltre che il percorso R_HOME punti alla versione R corretta con UMAP e Rtsne installati. Fammi sapere se hai ulteriori domande.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPSono riuscito a eseguire umap ma non tramite Anaconda/conda.
Penso di aver installato il pacchetto sbagliato per tsne. Puoi fornire l'URL in Cran?
Ecco il passo dopo passo.
Installazione R da https://cran.r-project.org/
Installa la comunità Rstudio https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
Usa Rstudio per installare tsne e umap.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPGrazie. Ad essere onesti, non sono sicuro di quale sia il modo migliore per installare R. Sono abituato a gestire installazioni Python con conda/anaconda, che ora include anche R.
Questo è il percorso in cui ho installato R.
(base) C:\Users\john_doe>dove r
C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\R.exe
Immagino di dover installare questi pacchetti
https://anaconda.org/conda-forge/r-tsne
https://anaconda.org/conda-forge/r-umap
Per consentire a JMP di trovare la mia installazione R, eseguo questo (o cambio manualmente il PERCORSO):
setx R_HOME "C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\"
Se esiste una guida dettagliata su come farlo meglio, fatemelo sapere.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@FN Ehi, grazie per i tuoi suggerimenti. Sarebbe un'ottima opzione includere gli eseguibili R/Python ma, a causa delle nostre politiche e preoccupazioni legali, non li ho inclusi. Per favore fatemi sapere se avete problemi riguardanti le installazioni o le versioni di R quando usate questo componente aggiuntivo.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPGrazie mille per aver fornito un'interfaccia per JMP.
Mi chiedo se questi componenti aggiuntivi possano includere gli eseguibili R/Python in modo da poterli eseguire direttamente.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @ngalphie , sembra che si tratti di un problema con la versione precedente di JMP.
1. Ho notato che stai utilizzando JMP 13, potrebbe essere utile aggiornarlo alla versione più recente (JMP 14.3) e provare di nuovo questo componente aggiuntivo.
2. Inviami il rapporto sull'arresto anomalo salvato in C:\Users\username\AppData\Local\Temp\JmpCrashReports\13 al supporto tecnico ( https://support.sas.com/ctx/supportform/createForm?ctry=us_JMP ) o direttamente io (Meijian.Guan@jmp.com), possiamo approfondire la questione.
3. Ci sono anche alcuni post sulla community che parlano di questo problema. Puoi dare un'occhiata per vedere se c'è qualcosa che menzionano che potrebbe aiutare.
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-has-performed-an-access-violation-and-will-shut-down-when/td-p/108183
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-Access-Violation-Likely-Causes/mp/5648#M5647
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao @MJ ,
Ho provato a eseguire i tuoi dati di esempio, ma si è verificato un arresto anomalo della violazione di accesso. Nel file di registro sembra che il lato R sia stato eseguito correttamente. Qualche idea su come posso affrontare il problema?
Grazie,
Al
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao Marx,
Probabilmente il tuo problema è stato causato da più installazioni di R sul tuo computer e JMP non è riuscito a decidere quale utilizzare. Prova a impostare R_HOME come variabile ambientale come segue e prova di nuovo questo componente aggiuntivo. Apri la console CMD di Windows e digita: setx R_HOME "Questo PC\Documenti\R\R-3.5.2". E assicurati che i pacchetti Rtsne e umap siano installati su questa versione di R. Per favore fammi sapere se questo risolve il tuo problema.
Inoltre, abbiamo alcuni thread nella community che parlano di questo problema a cui puoi dare un'occhiata.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao MJ,
Ricevo un messaggio di errore quando provo questo componente aggiuntivo. Sembra che non riconosca la mia installazione di R. Sareste in grado di aiutarmi a capire come fare in modo che il vostro componente aggiuntivo riconosca la mia installazione R se questo è davvero il problema?
Includo uno screenshot che mostra che R è aperto ma non viene riconosciuto e uno screenshot della posizione di installazione di R (non dei file di programma) e anche copiando alcuni dei messaggi di errore riportati di seguito.
Sembra uno strumento molto interessante e spero di usarlo. In precedenza ho trovato utile t-sne in R e sarebbe di grande valore poterlo fare direttamente in JMP. Qualsiasi aiuto che potresti fornire è molto apprezzato.
Grazie!
Screenshot dell'errore e dell'istanza R aperta, quindi screenshot del percorso di installazione di R
Codice di errore
"
Impossibile trovare un'installazione di R su questo sistema. Il supporto di JMP R richiede la versione R 2.9.1 o successiva per l'accesso o la valutazione di 'Glue' , write2lastRun( pb2, _addinPath_ );
algr = cbb < Print("Ho capito!" );
Tentativo(
dim1 = dimBx1 << ottieni;
per1 = perBx1 << ottieni;
iter1 = iterBx1 << ottieni;
);
Tentativo(
dim2 = dimBx2 << ottieni;
per2 = perBx2 << ottieni;
iter2 = iterBx2 << ottieni;
dist = distbox << ottieni;
);
Print("Ho trovato i parametri!" );
Prova (predittore = selezionatoX << getitems );
Se (lunghezza (predittore) < 1,
Throw( "Specificare i predittori")
);
Prova (etichettaY = selezionatoY << getitems );
Se (N elementi (etichettaY) > 0,
etichettaY1 = etichettaY[1];
grphVars = Eval Insert( "X( :Y2 ), Y( :Y1 ), Color( :^labelY1^ ) " );
,
etichettaY1 = "";
grphVars = "X( :Y2 ), Y( :Y1 )";
***** Testo troncato *****"
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao Mujahida,
I colori indicano etichette vere per questo set di dati, quindi i punti dati con lo stesso colore dovrebbero avere attributi simili. I cluster sono stati stimati da t-SNE e UMAP, dovresti vedere alcune discrepanze di colore.
Ri: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO! MJ,
Posso capire che, nelle foto sopra, ogni massa/gruppo di punti può essere trattato come lo stesso attributo? oppure punti di colore diversi dovrebbero essere trattati come attributi diversi?
