Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPBeschreibung
In jüngster Zeit wurden nichtlineare Dimensionsreduktions- und Visualisierungsalgorithmen, insbesondere t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE) und Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP), in großem Umfang auf verschiedene Forschungsbereiche wie Bildverarbeitung und Text Mining angewendet und Genomik. Dieses Add-in bietet Zugriff auf t-SNE- und UMAP R-Pakete. Es bietet eine benutzerfreundliche Oberfläche, die Datentabellennavigation, Datenqualitätskontrolle, Sparsity-Handhabung, intuitive Parametrisierung und interaktive Ergebnisinterpretation ermöglicht.
Anwendungsbeispiel
Hier ist ein Screenshot der Schnittstelle mit geladenen MNIST-Daten. Unter Modellspezifikationen habe ich die Beschriftungsspalte als Beschriftung und alle Pixel als Prädiktoren ausgewählt. Als Algorithmen habe ich sowohl t-SNE als auch UMAP gewählt.
Ein weiterer Screenshot der Ergebnisse von t-SNE (oben) und UMAP (unten).
Dieses Add-in unterstützt auch einige grundlegende Qualitätskontrolloptionen, einschließlich der Prüfung fehlender Werte, der Verteilung und der Sparsity-Berechnung. Sie finden diese Optionen unter „Qualitätskontrolloptionen“ auf der Benutzeroberfläche.
Aktualisierungen: Die JMP R-Schnittstelle auf dem Mac weist Versionsprobleme auf. Bitte stufen Sie Ihr R auf Version <=3.3.3 herunter und verwenden Sie t-sne nur, wenn Sie ein Mac-Benutzer sind.
Änderungsprotokoll:
v.2 <22.09.2020> Tsne- und Umap-Ergebnisse zur ursprünglichen Tabelle hinzugefügt und die Ausgabe für ein besseres Erkundungserlebnis neu organisiert.
v.1.2 <14.03.2019> Es wurde ein Problem im Rtsne-Paket behoben, bei dem eine große Anzahl von Spalten ein Stapelüberlaufproblem verursachte.
v.1.1 <08.03.2019> Ein Fehler wurde behoben, der möglicherweise zu „Probleme in R gefunden, Speicher erschöpft?“ führen konnte. Fehlermeldung. Ein Untermenü für den MNIST-Beispieldatensatz hinzugefügt.
v.1.0 <26.02.2019> Erstversion.
Integration von DrittanbieternDatenvisualisierungExplorative DatenanalyseBiowissenschaftenBetreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@Nazarkovsky - auf die Wunschliste setzen! Ich bin damit einverstanden, dass UMAP darin enthalten sein sollte. Wenn man sich anschaut, wie sie die GUI eingerichtet haben, wird ziemlich klar, dass sie für die spätere Hinzufügung weiterer Methoden konzipiert wurde.
M
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPDanke, @MikeD_Anderson !
Wow, es ist wahr. Schade, dass UMAP nicht zusammen mit TSNE enthalten war.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@Nazarkovsky - Schauen Sie sich die JMP 17 Pro Docs an ( https://www.jmp.com/support/help/en/17.1/index.shtml#page/jmp/multivariate-embedding.shtml%23 ). T-SNE ist jetzt Teil der Analysieren > Multivariat > Multivariate Einbettung Plattform in Pro.
Am besten,
M
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPGuten Abend, liebe Kolleginnen und Kollegen!
Ich habe R 3.6.3 und RStudio auf meinem Windows 10 (64 Bit) installiert. Beide Pakete wurden erfolgreich installiert und die Beispieldatei für das Add-In hat gut funktioniert und die Daten ordnungsgemäß visualisiert. Solange ich jedoch meine Datei startete (32 Zeilen, 7 Spalten der Prädiktoren, 1 Spalte als „Label“), führte der Vorgang zu einer Warnung unten.
Könnten Sie mir bitte erklären, was los war? Alle Spalten waren numerisch-kontinuierlich, wie im Beispiel MNIST.jmp. Der einzige Unterschied bestand darin, dass die Zahlen in 7 Variablen nicht ganzzahlig waren: wie 0,234234 oder 0,472343.
Ich werde Ihren Rat sehr zu schätzen wissen.
Michael
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@MJ Konnten Sie MacOS-Benutzern bei der R-Integration helfen? Es funktioniert großartig auf meinem Windows. Gibt es eine Möglichkeit, diese Verbindung herzustellen, ohne mein R herunterzustufen? Ich nutze die Integration oft mit neuen Paketen. Das ist für ein M1-Macbook das macht keinen Unterschied.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo
Ich versuche, das Add-In zu verwenden, erhalte jedoch die gleiche Antwort „R-Ausgabe kann nicht abgerufen werden“ von JMP 16.2.0 + R 4.1.2
= Gleiches Problem wie FR60
Ich hatte eine der früheren Beschwerden, die besagten, dass R nicht gefunden werden konnte, also habe ich das alte R weggeblasen und die aktuelle Version R 4.1.2 installiert, die den oben genannten Fehler erzeugt.
Es ist also überhaupt nicht klar, wo das Problem liegt.Angesichts der breiten Anwendung dieser Tools scheint es an der Zeit zu sein, dass SAS diese Funktion in JMP integriert!
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo MJ.
Ich versuche, Ihr Add-In zu verwenden, aber obwohl ich Ihrem Vorschlag gefolgt bin, die R-Version als Home festzulegen, erhalte ich immer noch die folgende Warnmeldung:
R-Ausgabe kann nicht abgerufen werden.
Können Sie mir bitte helfen?
Felice
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPMJ
Ihr UMAP-Add-In funktioniert großartig. Ich benutze es fast jeden Tag. Danke für die Info zur Ratlosigkeit.
Wenn ich den UMAP für dieselben Daten wiederhole, erhalte ich immer ähnliche, aber leicht unterschiedliche Parameter.
Dies ist nicht von Bedeutung, da die Grundstücke immer sehr nahe beieinander liegen. Bei einigen Beispielen kann es jedoch zu Abweichungen kommen.
Warum ist das. Ist es der zufällige Startwert, der sich ändert?
Vielen Dank. Tolles Add-Inn
Neal
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@MikeDereviankin Ich konnte dieses Problem nicht reproduzieren. Ich habe das neueste R 4.0.3, JMP 15.1 und das neueste UMAP und tSNE verwendet, beide Algorithmen funktionierten einwandfrei. Ich denke, was schief gelaufen ist, war der R-Befehl send(), der durch eine fehlgeschlagene Kommunikation mit einer bestimmten R-Version oder unerwartete Datenprobleme verursacht werden könnte. Haben Sie das Add-in mit dem Beispiel-MNIST-Datensatz ausprobiert? Sie können auch versuchen, R und UMAP erneut zu aktualisieren, zusätzliche R-Installationen zu entfernen und JMP nach Möglichkeit auf neuere Versionen zu aktualisieren. Sie können mir Ihren Datensatz auch zusenden, damit ich ihn mir ansehen kann, wenn er nicht vertraulich ist (Meijian.Guan@jmp.com). Und auch die Kontaktaufnahme mit dem technischen Support ist immer eine gute Option.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPIch habe R auf die vorherige Version von R eingestellt und die Cran-Bibliothek installiert Pakete auch auf dieser Version. Das Problem ist, dass UMAP nicht mit 3.5.2 kompatibel ist. so wie es aussieht.
Wie bereits erwähnt, habe ich zuvor mit 4.0.2 gearbeitet und alles hat einwandfrei geklappt.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPGab Admin-Zwecke und erhalte jetzt die gleiche Fehlermeldung wie zuvor, „sendRdata“.
Ich hatte dies zuvor mit R-4.0.2 verwendet und letzte Woche funktionierte es plötzlich nicht mehr. UMAP funktioniert in R selbst einwandfrei.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@MJ
Das erscheint jetzt ähnlich wie zuvor:
Muss ich Administratorrechte erteilen?
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@MikeDereviankin Ja, bitte beachten Sie die folgenden Informationen.
Bitte versuchen Sie, R_HOME wie folgt als Umgebungsvariable festzulegen, und versuchen Sie dieses Add-In erneut. Öffnen Sie die Fenster-CMD-Konsole und geben Sie Folgendes ein: setx R_HOME „Dieser PC\Dokumente\R\R-3.5.2“. Und stellen Sie sicher, dass Rtsne- und umap-Pakete auf dieser Version von R installiert sind. Bitte lassen Sie mich wissen, ob dies Ihr Problem löst.
Außerdem haben wir in der Community einige Threads zu diesem Problem, die Sie sich ansehen können.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@MJ Kann ich auf meinem Computer zwei verschiedene Rs einrichten und das JMP-Skript auf diese bestimmte Version von R übertragen lassen?
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@MikeDereviankin Wenn dieser Fehler auftritt, nachdem Sie Ihr R- und UMAP-Paket aktualisiert haben, könnte dies der Grund sein. Einige JMP-Versionen funktionieren nur gut mit bestimmten R-Versionen, beispielsweise funktioniert R 3.5.2 gut mit den meisten JMP-Versionen. Möglicherweise müssen Sie ein Downgrade Ihres R in Betracht ziehen und es erneut versuchen.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo,
Ich erhalte diesen Fehler. Ich habe R 4.03 und UMAP im Cran-Paket neu installiert. Die Verbindung ist da, aber etwas verbindet sich nicht.
{"UMAP"}
{3, 15, 200, 0,1}
„Habe Algr!“
„Parameter erhalten!“
„In DataPrep starten“
{"2,3,7,8-TCDD", "1,2,3,7,8-PeCDD", "1,2,3,4,7,8-HxCDD", "1,2,3, 6,7,8-HxCDD“, „1,2,3,7,8,9-HxCDD“, „2,3,7,8-TCDF“, „1,2,3,7,8-PeCDF“ , „2,3,4,7,8-PeCDF“, „1,2,3,4,7,8-HxCDF“, „1,2,3,6,7,8-HxCDF“}
„Beende Sparsity“
„Sparsity ist:“
0,280112044817927
„Beschriftung ist:“
{}
„Dim von inData2R ist:“
119
15
„Datenaufbereitung abgeschlossen.“
„Backend starten!“
„Beschriftung ist:“
{}
„Innerhalb der talk2R-Funktion.“
„Label ist:“
{}
„UMAP ist ausgewählt!“
TKIntRJMP.R Version 14.0
Die letzte R-Anweisung ist unvollständig.
Das Senden von Daten für „data4R“ ist fehlgeschlagen
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@FN Ja, das Add-in ist im Grunde eine komprimierte Datei. Sie sollten es mit einem beliebigen Dekomprimierungstool entpacken können und die Datei „embedding.jsl“ im Skriptordner finden. Das Ändern der Funktion talk2R() im Skript sollte dies bewirken.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo MJ,
Wäre es möglich, den Quellcode für das Add-In zu erhalten?
Ich möchte dieselbe Benutzeroberfläche verwenden, jedoch mit Python-Paketen als Backend.
Danke schön.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@MikeDereviankin Es werden doppelte Zeilen ausschließlich auf Grundlage der Prädiktoren entfernt, auch wenn diese Zeilen möglicherweise unterschiedliche Namen oder Beschriftungen haben. Weil bei der UMAP/tSNE-Berechnung nur Prädiktoren verwendet werden.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@MJ
Unter welchen Umständen löscht UMAP die Zeilen? Ich verstehe, dass Proben mit doppelten Werten gelöscht werden, aber ein UMAP identifiziert Proben mit doppelten Werten, aber unterschiedlichen Namen?
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@MJ Im Nachhinein macht es angesichts der Funktionsweise des Rtsne-Algorithmus sehr viel Sinn. Danke!
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo @MikeDereviankin , es sieht so aus, als hätten Sie 4 als Output Dim für t-SNE verwendet, was für diese Version von tSNE nicht zulässig ist. Bitte verwenden Sie stattdessen 2 oder 3. Alternativ können Sie bei Bedarf eine Ausgabedimension >3 für UMAP angeben.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@MJ Unten ist das Protokoll:
{"t-SNE"}
{4, 30, 500}
„Habe Algr!“
„Parameter erhalten!“
„In DataPrep starten“
{"PCB-1_imputed, Pct of Total", "PCB-2_imputed, Pct of Total", "PCB-3_imputed, Pct of Total", "PCB-4_10_imputed, Pct of Total", "PCB-5_8_imputed, Pct of Total" , „PCB-6_imputed, Pct of Total“, „PCB-7_9_imputed, Pct of Total“, „PCB-11_imputed, Pct of Total“, „PCB-12_13_imputed, Pct of Total“, „PCB-15_imputed, Pct of Total“ }
„Beende Sparsity“
„Sparsity ist:“
0,00300530234872998
„Beschriftung ist:“
{"Typ"}
„Dim von inData2R ist:“
439
120
„Datenaufbereitung abgeschlossen.“
„Backend starten!“
„Beschriftung ist:“
{"Typ"}
„Innerhalb der talk2R-Funktion.“
„Label ist:“
{"Typ"}
„t-SNE ist ausgewählt!“
TKIntRJMP.R Version 14.0
„Label an R senden:“
{"Typ"}
„Etikett an R senden“
data4R=data.frame(data4R)
#label=unlist(label)
#cat("label ist: ",label,"\n")
#print(length(label))
#cat("\n")
#Entferne doppelte Beobachtungen aus beiden Datensätzen
#inDataUniq=data4R[!duplicated(data4R[,!names(data4R) %in% label]),] #allow mehrere Labels ausschließen
#head(data4R)
#cat("dim von inDataUniq ist: ",dim(inDataUniq),"\n")
cat("Ready for Run","\n")
if("t-SNE"=="t-SNE"){
cat("Wir führen t-SNE aus","\n")
Bibliothek("Rtsne")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% label])
cat("dim von inDataTsne ist: ",dim(inDataTsne),"\n")
tsne <- Rtsne(inDataTsne, dims = 4, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500,pca=F)
AusgabeY=tsne$Y
Kopf(AusgabeY)
}else if("t-SNE"=="UMAP"){
cat("Wir führen UMAP aus",\n")
Bibliothek(umap)
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% label], #method="umap-learn",
n_neighbors=15, n_components=2, n_epochs=200,min_dist=0.1)
OutputY=outUmap$layout
Kopf(AusgabeY)
}else if("t-SNE"=="Beide"){
cat("Wir führen beide aus",\n")
Bibliothek("Rtsne")
Bibliothek(umap)
cat("\n","Start t-sne","\n")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% label])
tsne <- Rtsne(inDataTsne, dims = 4, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500,pca=F)
AusgabeY1=tsne$Y
cat("Umap starten","\n")
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% label], #method="umap-learn",
n_neighbors=15, n_components=2, n_epochs=200,min_dist=0.1)
AusgabeY2=outUmap$layout
cat("Beide erledigt",\n")
}
print("Analyse abgeschlossen!")
Bereit zum Laufen
Wir betreiben t-SNE
dim von inDataTsne ist: 439 119
Warnung: Fehler in .check_tsne_params(nrow(X), dims = dims, perplexity = perplexity, :
Dims sollten entweder 1, 2 oder 3 sein
{"Beispielcode", "Typ", "PCB-1_imputed", "PCB-2_imputed", "PCB-3_imputed", "PCB-4_10_imputed", "PCB-5_8_imputed", "PCB-6_imputed", "PCB-7_9_imputed ", "PCB-11_imputed"}
„Iterationsnummer:“
241
„Neue Spalten für t-SNE erstellen.“
Fehler in eval(expr, p): Objekt „outputY“ nicht gefunden
R-Ausgabe kann nicht abgerufen werden.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@MJ
Was bedeutet es, wenn t-SNE „R-Ausgabe kann nicht abgerufen werden“ zurückgibt? Ich habe darauf geachtet, mein CMD festzulegen und JMP sogar als Administrator ausgeführt. Wo sonst könnte es ein Sicherheitsproblem geben?
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo @Ed1 Nein, die Prädiktoren können beliebige numerische Werte sein. Allerdings funktioniert es möglicherweise nicht mit Charakteren.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo MJ,
Danke für das Add-in.
Müssen die Prädiktoren ganze Zahlen sein?
Am besten,
Ed
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPDanke @ich h für das Teilen Ihrer persönlichen Erfahrungen.
@MikeDereviankin Ich entschuldige mich für die Probleme mit der R-Integration. Normalerweise wäre in diesem Szenario eine einzelne R-Installation, ein Neustart von R, JMP oder sogar Ihres Computers hilfreich. Nachdem Sie diese Probleme gelöst haben, werden Sie den Komfort und die Interaktivität dieses Add-Ins zu schätzen wissen.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@MikeDereviankin ,
Falls es hilft, dieser Text stammt aus dem Abschnitt „Wie JMP R findet“ des JMP 15-Skripthandbuch . Meiner Erfahrung nach Einstellung Die Umgebungsvariable aus JMP ist die sicherste Methode.
JMP verzögert das Laden von R, bis ein JSL-basiertes Skript Zugriff darauf benötigt. Wenn JMP R laden muss,
Es folgt den Standardschritten zum Auffinden von R auf einem Windows-Computer:
1. Suchen Sie nach der Umgebungsvariablen R_HOME.
Wenn die Variable vorhanden ist, laden Sie R aus dem angegebenen Verzeichnis.
2. Wenn die Umgebungsvariable R_HOME nicht vorhanden ist, suchen Sie nach dem InstallPath-Wert im
Windows-Registrierung unter folgendem Schlüssel:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\R-core\R
Wenn der InstallPath-Wert vorhanden ist, laden Sie R aus dem angegebenen Verzeichnis.
3. Wenn der InstallPath-Wert nicht vorhanden ist, wird eine Fehlermeldung angezeigt, dass R nicht gefunden werden konnte.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@MJ
Ich habe gerade das Add-In installiert und jetzt kann JMP mein R nicht finden ... Ich habe meine Umgebungsvariablen zurückgesetzt, den Pfad in CMD geändert, R neu installiert und nichts.
Ich erhalte die Fehlermeldung, dass R nicht installiert ist. Dies scheint kein effektives Add-In zu sein, da all diese Probleme vermieden werden, wenn T-SNE nur in R ausgeführt wird. Die GUI ist nett, aber aufgrund der vielen Kommentare scheint dies ein Problem zu sein.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo @MikeDereviankin , ich habe gerade eine neue Version dieses Add-Ins veröffentlicht. Könnten Sie bitte diese neue Version ausprobieren und mir mitteilen, ob sie für Sie funktioniert? Anscheinend stimmt mit Ihrer R-Installation etwas nicht.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP
Hallo,
Ich erhalte die folgende Fehlermeldung:
Das Paket wurde auf verschiedenen JMP-Datensätzen ausgeführt. Was hat das konkret ausgelöst?
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo @rexneal , ich habe etwas nachgeforscht, es lag wahrscheinlich daran, dass der von Ihnen festgelegte Ratlosigkeitsgrad für einen Datensatz mit weniger als 90 Zeilen zu hoch war. Ich würde in diesem Fall empfehlen, den Wert auf 5 bis 10 zu reduzieren. Ich werde bald eine aktualisierte Version dieses Add-Ins veröffentlichen, die einen besseren Vergleich zwischen den beiden Methoden ermöglicht.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo @rexneal , ich freue mich, dass Sie dieses Add-in nützlich fanden. Ich werde mich mit diesem Problem befassen und mich so schnell wie möglich bei Ihnen melden.
Danke,
MJ
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPIch habe das Einbettungs-Add-In in JMP 14+ und JMP15 verwendet. Dieses Add-In erstellt Tsne- und Umap-Bilder und PCA-Daten mit einer R-Schnittstelle. Es ist ein ausgezeichnetes Programm und einfach zu bedienen, da es so schnell ist. Die R-Schnittstellenanweisungen haben gut funktioniert.
Ich habe es in vielen Datenbanken verwendet. Bei einer neueren, kleineren Datenbank mit 74 Zeilen wird jedoch immer eine Fehlermeldung ausgegeben (nicht genügend Speicher oder falsche Installation). Ich habe es erneut installiert, aber das gleiche Problem. Bei der Durchsicht der Daten habe ich festgestellt, dass dieses Add-In mindestens 90 Zeilen benötigt. Mit sklearn ist das kein Problem. Ich würde dieses Add-in lieber anstelle von sklearn verwenden, da dieses Add-in für mehrere Analysen viel schneller ist und den Export der primären x- und y-PC-Daten in eine andere JMP-Datei für die manuelle Erstellung neuer Klassen problemlos ermöglicht.
Gibt es eine Lösung dafür?
Ich liebe JMP.Danke, Neal
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@MikeD_Anderson Danke Mike!
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@MJ & @markschall Ein weiterer Gedanke besteht darin, es zur JMP-Wunschliste in der Community hinzuzufügen:
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list
Dies wird dazu beitragen, Zahlen zu ermitteln, die den Bedarf abdecken, und anderen die Möglichkeit zu geben, ihre Unterstützung für die Funktion zum Ausdruck zu bringen (ich stimme zu, dass es auch großartig wäre, sie in JMP zu haben!)
M
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo @markschall Ich weiß, dass John Sall an einer JMP-Version von t-SNE gearbeitet hat, bin mir aber nicht sicher, wann wir sie veröffentlichen werden. Ich stimme zu, dass es sich um eine leistungsstarke Methode handelt und dass die Implementierung in JMP der optimale Weg wäre, da der Aufruf von R viele potenzielle Probleme mit sich bringt. Sie können es als neue Funktion über unsere Technik- oder Produktmanagementteams anfordern.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPWird t-SNE/UMAP also zu einer zukünftigen Version von JMP hinzugefügt? Es handelt sich um eine sehr leistungsstarke Technik zur Erkennung abnormaler Ereignisse mit breiter Anwendbarkeit in der gesamten Branche. Ich habe gerade dieses Papier gelesen. t-SNE schneidet beim Tennessee Eastman Process-Datensatz sehr gut ab:
Eine neue unbeaufsichtigte Data-Mining-Methode basierend auf dem gestapelten Autoencoder für die Fehlerdiagnose chemischer Prozesse
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPBeim Ausführen des Embezdding-Add-Ins wird immer noch die folgende Fehlermeldung angezeigt.
Das Add-In funktioniert in JMP-Pro nach dem Ändern des CMD immer noch nicht. In R habe ich die Registerkarte „Pakete“ – „Pakete installieren“ verwendet, um umap- und Rtsn-Pakete zu installieren. Irgendwelche anderen Vorschläge?
Irgendein anderer Vorschlag
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@Lu Entschuldigen Sie die Umstände. Unter Windows 7 können Sie meiner Meinung nach zum Startmenü gehen, „cmd“ oder „command“ in das Suchfeld eingeben und die Eingabetaste drücken. Oder Sie gehen einfach zum Startmenü und gehen zu „Alle Programme“. Öffnen Sie dann „Zubehör“ und klicken Sie auf die Verknüpfung „Eingabeaufforderung“.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPIch bin ein Windoxs 7-Benutzer und kein IKT-Experte. Ich finde also nicht, wie ich in die „CMD-Konsole“ komme, sorry :-(.Ich habe R entfernt und es in derselben Karte wie JMPpro neu installiert. Es kommt immer noch die gleiche Fehlermeldung wie oben. Keine gute Idee?
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@Lu Ihr Problem wurde wahrscheinlich durch mehrere Installationen von R auf Ihrem Computer verursacht und JMP konnte sich nicht entscheiden, welches verwendet werden soll. Bitte versuchen Sie, R_HOME wie folgt als Umgebungsvariable festzulegen, und versuchen Sie dieses Add-In erneut. Öffnen Sie die Fenster-CMD-Konsole und geben Sie Folgendes ein: setx R_HOME „Dieser PC\Dokumente\R\R-3.5.2“. Und stellen Sie sicher, dass Rtsne- und UMAP-Pakete auf dieser Version von R installiert sind. Bitte lassen Sie mich wissen, ob dies Ihr Problem löst.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPIch habe Rtsne wie vorgeschlagen installiert, erhalte jedoch jetzt die folgende Fehlermeldung:
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo @Lu , entschuldigen Sie die fehlenden Details in der Fehlermeldung. Könnten Sie noch einmal überprüfen, ob Sie installiert haben? Rtsne statt TSNE-Paket in R? Lassen Sie mich wissen, ob das Ihr Problem löst.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo, ich habe die gleiche Fehlermeldung: „In R gefundene Probleme könnten durch eine fehlgeschlagene Installation von Rtsne/umap-Paketen oder begrenzten Speicher verursacht werden.“ Ich habe UMAP und TSNE von Rstudio installiert. Ich verwende R x64 3.5.2 unter Windows
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPDanke @DBhattaram , es sieht so aus, als hätten Sie das Rtsne- und UMAP-Paket nicht auf der R-Version installiert, mit der JMP spricht. Wenn Sie über mehrere Versionen von R verfügen, stellen Sie sicher, dass Sie R_Home wie folgt als Umgebungsvariable einrichten: Öffnen Sie die Windows CMD-Konsole und geben Sie Folgendes ein: setx R_HOME „Ihr Pfad zu R“. Und stellen Sie sicher, dass Rtsne- und umap-Pakete auf dieser Version von R installiert sind. Lassen Sie mich wissen, ob es Ihr Problem löst.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@Pat1 Bei mir läuft das auf Windows
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo, @MJ
Ich habe das Protokoll aller meiner fehlgeschlagenen Versuche gesendet, das Programm zum Ausführen zu bringen. Hoffentlich wird das von Nutzen sein
Grüße,
Dhruv
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPBenutzen Sie einen Mac? Stehe vor dem gleichen Problem! Leider hat UMAP nicht funktioniert.
Rtsne hat gut funktioniert.
Beste Wünsche
Klopfen
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo @DBhattaram , ist es möglich, dass JMP nicht die richtige R-Version gefunden hat oder es Probleme mit der R-Versionierung mit der JMP-R-Schnittstelle gibt. Könnten Sie bitte die Protokolldatei öffnen (STRG+Umschalt+L), wenn Sie die Fehlermeldung sehen, und mir die detaillierten Protokollinformationen an Meijian.Guan@jmp.com senden? Ich schaue mir das gerne an.
MJ
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPLiebling @MJ ,
Beim Versuch, das Programm mit dem Testdatensatz auszuführen, erhielt ich die Fehlermeldung „In R gefundene Probleme könnten durch eine fehlgeschlagene Installation von Rtsne/umap-Paketen oder begrenzten Speicher verursacht werden.“
Ich bin mir ziemlich sicher, dass ich alles heruntergeladen habe, was ich brauche (auch die Pakete und R). Wenn Sie mir also erklären könnten, warum das nicht funktioniert, wäre ich Ihnen sehr dankbar
Grüße,
Dhruv Bhattaram
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@Raaed Vielen Dank, dass Sie mich informiert haben. Ich freue mich sehr, das zu hören!
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPLieber Herr:
Nachdem Sie die Pakete tsne, Rtsne und umap installiert und das folgende Skript auf CMD eingegeben haben, werden die Add-Ins ausgeführt✌
Vielen Dank
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPLiebling @Raaed , ich glaube, ich habe oben zu diesem Thema geantwortet. Dies liegt wahrscheinlich daran, dass JMP R Interface Probleme hatte, Ihre R-Installation zu finden.
Bitte versuchen Sie, R_HOME wie folgt als Umgebungsvariable festzulegen, und versuchen Sie dieses Add-In erneut. Öffnen Sie die Fenster-CMD-Konsole und geben Sie Folgendes ein: setx R_HOME „Pfad zu R“. Und stellen Sie sicher, dass Rtsne- und umap-Pakete auf dieser Version von R installiert sind. Bitte lassen Sie mich wissen, ob dies Ihr Problem löst.
Wenn Sie einen Mac verwenden, müssen Sie Ihr R auf Version 3.3.3 herunterstufen und nur T-SNE verwenden.
Außerdem haben wir in der Community einige Threads zu diesem Problem, die Sie sich ansehen können.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Hoffentlich hilft das!
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPLieber Herr
Die Add-Ins werden nicht ausgeführt
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo Meijian,
Guten Tag. Ich habe versucht, t-SNE und UMAP für die Beispieldaten zu verwenden. Ich verwende die neueste Version von R Studio und JMP 13. Aber ich habe die folgende Fehlermeldung erhalten:
Bitte wissen Sie, wie ich das Problem beheben kann. Vielen Dank für Ihre Hilfe.
PS. Ich kann derzeit kein Upgrade auf JMP 14 durchführen.
Aufrichtig,
Arif
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPLiebling @MJ
Danke für dieses nette Add-In. Ich habe es auf einem Mac verwendet. tSNE mit R Version 3.3.3 funktionierte einwandfrei. UMAP nicht.
Jetzt habe ich es unter Windows mit der neuesten R-Version 3.6.1 mit RStudio überprüft. Ich habe die Pakete für umap und Rtsne installiert, leider haben weder umap noch Rtsne funktioniert. Ich verwende JMP 14.3.
Folgendes sagt das Protokoll, wenn ich die mnist-Daten nach PCA ausprobiere (unter Verwendung von 2 PCs als Prädiktoren):
{"UMAP"}
{2, 3, 200, 0,1}
„Habe Algr!“
„Parameter erhalten!“
„Dim von inData2R ist:“
10000
3
„Backend starten!“
„UMAP ist ausgewählt!“
TKIntRJMP.R Version 14.0
Etikett ist: Etikett
Dim von inDataUniq ist: 10000 3
Bereit zum Laufen
Wir verwenden UMAP
Bei der Verarbeitung der übermittelten R-Anweisungen ist an der Adresse 6c910ef2 eine Ausnahme vom Typ c0000005 aufgetreten. Diese Adresse befindet sich am Offset 10ef2 im Modul „C:\Programme\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll“.
Bei der Verarbeitung der übermittelten R-Anweisungen ist an der Adresse 6c910ef2 eine Ausnahme vom Typ c0000005 aufgetreten. Diese Adresse befindet sich am Offset 10ef2 im Modul „C:\Programme\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll“.
In R gefundene Probleme können durch eine fehlgeschlagene Installation von Rtsne/umap-Paketen oder begrenzten Speicher verursacht werden.
{"t-SNE"}
{2, 5, 500}
„Habe Algr!“
„Parameter erhalten!“
„Dim von inData2R ist:“
10000
3
„Backend starten!“
„t-SNE ist ausgewählt!“
TKIntRJMP.R Version 14.0
Etikett ist: Etikett
Dim von inDataUniq ist: 10000 3
Bereit zum Laufen
Wir betreiben t-SNE
dim von inDataTsne ist: 10000 2
Lesen Sie die 10000 x 2-Datenmatrix erfolgreich!
OpenMP funktioniert. 1 Threads.
Unter Verwendung von no_dims = 2, Perplexity = 5,000000 und Theta = 0,500000
Eingabeähnlichkeiten berechnen...
Baum bauen...
- Punkt 10000 von 10000
Fertig in 0,45 Sekunden (Sparsity = 0,001695)!
Einbetten lernen...
Iteration 50: Fehler ist 120,349392 (50 Iterationen in 2,08 Sekunden)
Iteration 100: Fehler ist 103.025177 (50 Iterationen in 1,94 Sekunden)
Iteration 150: Fehler ist 94,995130 (50 Iterationen in 1,70 Sekunden)
Iteration 200: Fehler ist 90,828601 (50 Iterationen in 1,75 Sekunden)
Iteration 250: Fehler ist 87,964178 (50 Iterationen in 1,81 Sekunden)
Iteration 300: Fehler ist 4,069311 (50 Iterationen in 1,82 Sekunden)
Iteration 350: Fehler ist 3,474366 (50 Iterationen in 1,83 Sekunden)
Iteration 400: Fehler ist 3,044447 (50 Iterationen in 1,84 Sekunden)
Iteration 450: Fehler ist 2,719790 (50 Iterationen in 1,83 Sekunden)
Iteration 500: Fehler ist 2,466420 (50 Iterationen in 1,84 Sekunden)
Die Anpassung dauerte 18,44 Sekunden.
[,1] [,2]
[1,] -18,4173747 30,133875
[2,] -23,5082997 -17,985255
[3,] 0,7376548 -4,148267
[4,] -5,6881024 6,385878
[5,] 8,8457460 22,245393
[6,] -10,8212058 -17,013940
[1] „Analyse abgeschlossen!“
Bei der Verarbeitung der übermittelten R-Anweisungen ist an der Adresse 6c910ef2 eine Ausnahme vom Typ c0000005 aufgetreten. Diese Adresse befindet sich am Offset 10ef2 im Modul „C:\Programme\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll“.
In R gefundene Probleme können durch eine fehlgeschlagene Installation von Rtsne/umap-Paketen oder begrenzten Speicher verursacht werden.
Wäre toll, wenn ihr eine Idee hättet, was ich ausprobieren sollte. Vielen Dank im Voraus und viele Grüße Patrick
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo, @FN , es sieht so aus, als hätten Sie eine andere Version des t-sne-Pakets installiert. Könnten Sie bitte stattdessen versuchen, Rtsne über R Studio zu installieren? Die Github-Version für dieses Paket ist hier: https://github.com/jkrijthe/Rtsne . Stellen Sie außerdem sicher, dass Ihr R_HOME-Pfad auf die richtige R-Version zeigt, auf der UMAP und Rtsne installiert sind. Lassen Sie mich wissen, wenn Sie weitere Fragen haben.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPIch habe es geschafft, umap auszuführen, aber nicht über Anaconda/Conda.
Ich glaube, ich installiere das falsche Paket für tsne. Können Sie die URL in Cran angeben?
Hier geht es Schritt für Schritt.
Installieren Sie R von https://cran.r-project.org/
Installieren Sie die Rstudio-Kommunikation https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
Verwenden Sie Rstudio, um tsne und umap zu installieren.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPDanke schön. Ehrlich gesagt bin ich mir nicht sicher, wie man R am besten installiert. Ich bin es gewohnt, Python-Installationen mit Conda/Anaconda zu verwalten, was jetzt auch R beinhaltet.
Dies ist der Pfad, in dem ich R installiert habe.
(Basis) C:\Benutzer\john_doe>wo r
C:\Benutzer\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\R.exe
Ich schätze, ich muss diese Pakete installieren
https://anaconda.org/conda-forge/r-tsne
https://anaconda.org/conda-forge/r-umap
Damit JMP meine R-Installation finden kann, führe ich Folgendes aus (oder ändere den PATH manuell):
setx R_HOME „C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\“
Wenn es eine detaillierte Anleitung gibt, wie man das besser machen kann, lasst es mich bitte wissen.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAP@FN Hallo, vielen Dank für Ihre Vorschläge. Es wäre eine großartige Option, ausführbare R/Python-Dateien einzubinden, aber aufgrund unserer Richtlinien und rechtlichen Bedenken habe ich sie nicht eingebunden. Bitte lassen Sie mich wissen, wenn Sie bei der Verwendung dieses Add-Ins Probleme mit R-Installationen oder -Versionen haben.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPVielen Dank für die Bereitstellung einer Schnittstelle für JMP.
Ich frage mich, ob diese Add-Ins die ausführbaren R/Python-Dateien enthalten können, damit wir sie direkt ausführen können.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo @ngalphie , das scheint ein Problem mit der älteren Version von JMP zu sein.
1. Mir ist aufgefallen, dass Sie JMP 13 verwenden. Es könnte hilfreich sein, wenn Sie es auf die neueste Version (JMP 14.3) aktualisieren und dieses Add-In erneut versuchen.
2. Senden Sie mir den Absturzbericht, der unter C:\Benutzer\Benutzername\AppData\Local\Temp\JmpCrashReports\13 gespeichert ist, an den technischen Support ( https://support.sas.com/ctx/supportform/createForm?ctry=us_JMP ) oder direkt an mich (Meijian.Guan@jmp.com), wir können uns damit befassen.
3. Es gibt einige Beiträge in der Community, die sich ebenfalls mit diesem Problem befassen. Sie können einen Blick darauf werfen, ob etwas, das sie erwähnen, hilfreich sein könnte.
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-has-performed-an-access-violation-and-will-shut-down-while/td-p/108183
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-Access-Violation-Likely-Causes/mp/5648#M5647
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo @MJ ,
Ich habe versucht, Ihre Beispieldaten auszuführen, es kam jedoch zu einem Absturz aufgrund einer Zugriffsverletzung. In der Protokolldatei sieht es so aus, als ob die R-Seite erfolgreich ausgeführt wurde. Irgendwelche Ideen, wie ich das Problem angehen kann?
Danke,
Al
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo Marxx,
Ihr Problem wurde wahrscheinlich durch mehrere Installationen von R auf Ihrem Computer verursacht und JMP konnte sich nicht entscheiden, welches verwendet werden soll. Bitte versuchen Sie, R_HOME wie folgt als Umgebungsvariable festzulegen, und versuchen Sie dieses Add-In erneut. Öffnen Sie die Fenster-CMD-Konsole und geben Sie Folgendes ein: setx R_HOME „Dieser PC\Dokumente\R\R-3.5.2“. Und stellen Sie sicher, dass Rtsne- und umap-Pakete auf dieser Version von R installiert sind. Bitte lassen Sie mich wissen, ob dies Ihr Problem löst.
Außerdem haben wir in der Community einige Threads zu diesem Problem, die Sie sich ansehen können.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo MJ,
Ich erhalte eine Fehlermeldung, wenn ich dieses Add-In versuche. Es sieht so aus, als ob meine R-Installation nicht erkannt wird. Könnten Sie mir helfen, herauszufinden, wie Sie Ihr Add-In dazu bringen können, meine R-Installation zu erkennen, wenn das tatsächlich das Problem ist?
Ich füge einen Screenshot bei, der zeigt, dass R geöffnet ist, aber nicht erkannt wird, und einen Screenshot meines R-Installationsorts (keine Programmdateien) und auch Kopieren Sie einige der folgenden Fehlermeldungen.
Das scheint ein sehr spannendes Werkzeug zu sein und ich hoffe, es zu nutzen. Ich habe zuvor festgestellt, dass t-sne in R nützlich ist, und es wäre von großem Wert, dies direkt in JMP tun zu können. Wir freuen uns über jede Hilfe, die Sie leisten können.
Danke!
Screenshots des Fehlers und der geöffneten R-Instanz, dann Screenshot des R-Installationsorts
Fehlercode
"
Eine Installation von R kann auf diesem System nicht gefunden werden. Die JMP R-Unterstützung erfordert R-Version 2.9.1 oder höher für den Zugriff oder die Auswertung von „Glue“, write2lastRun( pb2, _addinPath_ );
algr = cbb << get selected();
Print( "Algr erhalten!" );
Versuchen(
dim1 = dimBx1 << get;
per1 = perBx1 << get;
iter1 = iterBx1 << get;
);
Versuchen(
dim2 = dimBx2 << get;
per2 = perBx2 << get;
iter2 = iterBx2 << get;
dist = distbox << get;
);
Print( "Parameter erhalten!" );
Try(Predictor = selectedX << getitems);
If( Länge( Prädiktor) < 1,
Throw( „Bitte Prädiktoren angeben“)
);
Try( labelY = selectedY << getitems );
If( N Items( labelY ) > 0,
labelY1 = labelY[1];
grphVars = Eval Insert( "X( :Y2 ), Y( :Y1 ), Color( :^labelY1^ )" );
,
labelY1 = "";
grphVars = "X( :Y2 ), Y( :Y1 )";
***** Text abgeschnitten *****"
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo Mujahida,
Die Farben geben echte Beschriftungen für diesen Datensatz an, daher sollten Datenpunkte mit derselben Farbe ähnliche Attribute haben. Die Cluster wurden von t-SNE und UMAP geschätzt. Sie sollten einige Farbabweichungen feststellen.
Betreff: Datenvisualisierung mit t-SNE und UMAPHallo! MJ,
Kann ich verstehen, dass in den obigen Fotos jede Masse/Punktgruppe als dasselbe Attribut behandelt werden kann? Oder sollten unterschiedliche Farbpunkte als unterschiedliche Attribute behandelt werden?
