使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化描述
近年來，非線性降維和可視化算法，尤其是t分佈隨機鄰域嵌入（t-SNE）和均勻流形逼近和投影（UMAP），已廣泛應用於圖像處理、文本挖掘等各個研究領域和基因組學。 此插件提供對 t-SNE 和 UMAP R 軟件包的訪問。 它提供了一個用戶友好的界面，支持數據表導航、數據質量控制、稀疏性處理、直觀的參數化和交互式結果解釋。
使用示例
這是加載 MNIST 數據的界面截圖。 在模型規範下，我選擇標籤列作為標籤，並將所有像素選擇為預測變量。 我選擇了 t-SNE 和 UMAP 作為算法。
t-SNE（上）和 UMAP（下）結果的另一個屏幕截圖。
該插件還支持一些基本的質量控制選項，包括缺失值檢查、分佈和稀疏性計算。 您可以在界面上的“質量控制選項”下找到這些選項。
更新：Mac 上的 JMP R 界面存在版本控制問題。 請將您的 R 降級到 <=3.3.3 版本，並且僅當您是 Mac 用戶時才使用 t-sne。
變更日誌：
v.2 <9/22/2020> 在原始表格中添加了 tsne 和 umap 結果，並重新組織了輸出以獲得更好的探索體驗。
v.1.2 
/14/2019> 修復了 Rtsne 包中大量列導致堆棧溢出問題的問題。
v.1.1 /8/2019> 修復了一個可能會產生“R 中發現問題，內存耗盡？”的錯誤。錯誤信息。 添加了 MNIST 示例數據集的子菜單。
v.1.0 <2/26/2019> 初始版本。
第三方集成數據可視化探索性數據分析生命科學回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@納扎爾科夫斯基- 將其放入願望清單！ 我同意 UMAP 應該在那裡。 如果你看看他們如何設置 GUI，很明顯它是為將來添加其他方法而設計的。
中號
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化謝謝， @邁克D_安德森！
哇，這是真的。 遺憾的是UMAP 沒有與TSNE 一起包含在內。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@納扎爾科夫斯基- 查看 JMP 17 Pro 文檔（ https://www.jmp.com/support/help/en/17.1/index.shtml#page/jmp/multivariate-embedding.shtml%23 ）。 T-SNE 現已成為分析 > 多元 > 多元嵌入專業版平台。
最好的，
中號
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化親愛的同事們晚上好！
我已在 Windows 10（64 位）上安裝了 R 3.6.3 和 RStudio。 成功安裝了這兩個包，並且加載項的示例文件很好地正確地可視化了數據。 然而，只要我啟動我的文件（32 行，7 列預測變量，1 列作為“標籤”），該過程就會產生下面的警報。
您能解釋一下，出了什麼問題嗎？ 所有列都是數值連續的，如示例 MNIST.jmp 中所示。 唯一的區別是 7 個變量中的數字不是整數：例如 0.234234 或 0.472343。
我將非常感謝您的建議。
邁克爾
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@MJ您是否能夠幫助 MacOS 用戶進行 R 集成？ 它在我的 Windows 上運行得很好。 有沒有可能在不降級我的 R 的情況下建立此連接？ 我經常使用新軟件包的集成。 對於 M1 Macbook 來說，這才是最重要的。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好
我正在嘗試使用插件，但從 JMP 16.2.0 + R 4.1.2 得到相同的響應“無法獲取 R 輸出”
= 與 FR60 相同的問題
我之前有一個抱怨說它找不到 R，所以我把舊的 R 扔掉並安裝了當前版本的 R 4.1.2，它會生成上述錯誤。
所以根本不清楚問題出在哪裡。隨著這些工具的廣泛應用，SAS 似乎是時候將該功能整合到 JMP 中了！
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化嗨，喬丹。
我正在嘗試使用您的插件，但即使我按照您關於將 R 版本設置為主頁的建議，我仍然收到以下警報消息：
無法獲得 R 輸出。
請幫助我嗎？
菲利斯
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化喬丹
您的 UMAP 插件運行良好。 我幾乎每天都使用它。 感謝您提供有關困惑的信息。
當我對相同的數據重複 UMAP 時，我總是得到相似但略有不同的參數。
這並不重要，因為情節總是非常接近。 但幾個樣本會略有不同。
為什麼是這樣。 是隨機種子發生變化嗎？
非常感謝。 很棒的附加旅館
尼爾
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@MikeDereviankin我無法重現這個問題。 我使用的是最新的 R 4.0.3、JMP 15.1 以及最新的 UMAP 和 tSNE，兩種算法都運行良好。 我認為出了問題的是R send()命令，這可能是由於與特定R版本的通信失敗或意外的數據問題導致的。 您是否嘗試過使用示例 MNIST 數據集加載項？ 您可以嘗試的其他操作包括再次更新 R 和 UMAP、刪除其他 R 安裝以及將 JMP 更新到較新版本（如果可能）。 如果不是保密的，也可以把你的數據集發給我看一下（Meijian.Guan@jmp.com）。 聯繫技術支持也是一個不錯的選擇。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化我已將 R 主目錄設置為 R 的先前版本，並且 cran 庫也在該版本上安裝軟件包。 問題是 UMAP 與 3.5.2 不兼容。從它的外觀來看。
正如前面提到的，我之前一直在使用 4.0.2，一切都很順利。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化出於管理目的，現在得到與以前相同的錯誤“sendRdata”。
我之前曾在 R-4.0.2 中使用過它，但上週突然它不起作用了。 UMAP 在 R 本身中運行良好。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@MJ
現在彈出的內容與以前類似：
我需要授予管理員權限嗎？
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@MikeDereviankin是的，請查看以下信息。
請嘗試將 R_HOME 設置為環境變量，如下所示，然後再次嘗試此加載項。 打開 Window CMD 控制台並輸入：setx R_HOME "This PC\Documents\R\R-3.5.2"。 並確保 Rtsne 和 umap 軟件包已安裝到此版本的 R。 如果這可以解決您的問題，請告訴我。
此外，我們在社區上有一些討論此問題的主題，您可以查看。
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@MJ我可以在計算機上設置兩個不同的 R，並將 JMP 腳本轉到該特定版本的 R 嗎？
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@MikeDereviankin如果在更新 R 和 UMAP 包後發生此錯誤，則可能是這個原因。 某些 JMP 版本僅適用於特定 R 版本，例如，R 3.5.2 適用於大多數 JMP 版本。 您可能需要考慮降級 R 並重試。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好，
我收到這個錯誤。 我已經在 cran 包中重新安裝了 R 4.03 和 UMAP。 連接存在，但有些東西沒有連接。
{“UMAP”}
{3, 15, 200, 0.1}
“找到阿爾格了！”
“有參數了！”
“從數據準備開始”
{“2,3,7,8-TCDD”,“1,2,3,7,8-PeCDD”,“1,2,3,4,7,8-HxCDD”,“1,2,3, 6,7,8-HxCDD”、“1,2,3,7,8,9-HxCDD”、“2,3,7,8-TCDF”、“1,2,3,7,8-PeCDF” , "2,3,4,7,8-PeCDF", "1,2,3,4,7,8-HxCDF", "1,2,3,6,7,8-HxCDF"}
“完成稀疏性”
“稀疏性是：”
0.280112044817927
“標籤是：”
{}
“inData2R 的 Dim 是：”
119
15
“數據準備完畢。”
“啟動後台！”
“標籤是：”
{}
“在 talk2R 功能內。”
“標籤是：”
{}
“UMAP已選擇！”
TKIntRJMP.R 版本 14.0
最終的 R 語句不完整。
“data4R”發送數據失敗
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@FN是的，該加載項基本上是一個壓縮文件。 您應該可以使用任何解壓工具將其解壓，並在腳本文件夾中找到 embedding.jsl。 修改腳本中的 talk2R() 函數應該可以做到。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好，喬丹，
是否可以獲得插件的源代碼？
我想使用相同的 UI，但使用 Python 包作為後端。
謝謝。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@MikeDereviankin它將僅根據預測變量刪除重複的行，即使這些行可能具有不同的名稱或標籤。 因為 UMAP/tSNE 計算中僅使用預測變量。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@MJ
UMAP在什麼情況下刪除行。 我知道如果樣本具有重複值，它們將被刪除，但是 UMAP 會識別具有重複值但名稱不同的樣本嗎？
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@MJ事後看來，基於 Rtsne 算法的工作原理，現在非常有意義。 謝謝！
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好@MikeDereviankin ，看來您使用了 4 作為 t-SNE 的輸出尺寸，此版本的 tSNE 不允許這樣做，請改用 2 或 3。 或者，如果您認為有必要，可以為 UMAP 指定 >3 的輸出維度。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@MJ下面是日誌：
{“t-SNE”}
{4, 30, 500}
“找到阿爾格了！”
“有參數了！”
“從數據準備開始”
{“PCB-1_估算，總計百分比”，“PCB-2_估算，總計百分比”，“PCB-3_估算，總計百分比”，“PCB-4_10_估算，總計百分比”，“PCB-5_8_估算，總計百分比” 、“PCB-6_估算，總計百分比”、“PCB-7_9_估算，總計百分比”、“PCB-11_估算，總計百分比”、“PCB-12_13_估算，總計百分比”、“PCB-15_估算，總計百分比” }
“完成稀疏性”
“稀疏性是：”
0.00300530234872998
“標籤是：”
{“類型”}
“inData2R 的 Dim 是：”
第439章
120
“數據準備完畢。”
“啟動後台！”
“標籤是：”
{“類型”}
“在 talk2R 功能內。”
“標籤是：”
{“類型”}
“t-SNE被選中！”
TKIntRJMP.R 版本 14.0
“向 R 發送標籤：”
{“類型”}
“將標籤發送到 R”
data4R=data.frame(data4R)
#標籤=取消列表（標籤）
#cat("標籤是：",標籤,"\n")
#print(長度(標籤))
#貓(“\n”)
#從兩個數據集中刪除重複的觀察結果
#inDataUniq=data4R[!duplicate(data4R[,!names(data4R) %in% label]),] #允許排除多個標籤
#頭（數據4R）
#cat("inDataUniq 的暗淡是：",dim(inDataUniq),"\n")
cat("準備運行","\n")
如果（“t-SNE”==“t-SNE”）{
cat("我們正在運行 t-SNE","\n")
圖書館（“Rtsne”）
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% 標籤])
cat("inDataTsne 的暗淡是：",dim(inDataTsne),"\n")
tsne <- Rtsne（inDataTsne，暗淡= 4，困惑= 30，詳細= TRUE，max_iter = 500，pca = F）
輸出Y=tsne$Y
頭(輸出Y)
}否則 if("t-SNE"=="UMAP"){
cat("我們正在運行 UMAP","\n")
圖書館（umap）
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% 標籤], #method="umap-learn",
n_neighbors=15，n_components=2，n_epochs=200，min_dist=0.1）
輸出Y=outUmap$佈局
頭(輸出Y)
}else if("t-SNE"=="兩者"){
cat("我們正在運行兩者","\n")
圖書館（“Rtsne”）
圖書館（umap）
cat("\n","開始 t-sne","\n")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% 標籤])
tsne <- Rtsne（inDataTsne，暗淡= 4，困惑= 30，詳細= TRUE，max_iter = 500，pca = F）
輸出Y1=tsne$Y
cat("啟動 umap","\n")
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% 標籤], #method="umap-learn",
n_neighbors=15，n_components=2，n_epochs=200，min_dist=0.1）
輸出Y2=outUmap$佈局
cat("都完成了","\n")
}
print("分析完成！")
準備運行
我們正在運行 t-SNE
inDataTsne 的暗淡是：439 119
警告： .check_tsne_params(nrow(X), dims = dims, perplexity = perplexity, 中的錯誤：
暗淡應該是 1、2 或 3
{“示例代碼”，“類型”，“PCB-1_impulated”，“PCB-2_impulated”，“PCB-3_impulated”，“PCB-4_10_impulated”，“PCB-5_8_impulated”，“PCB-6_impulated”，“PCB-7_9_impulated” “，“PCB-11_估算”}
“迭代次數：”
第241章
“為 t-SNE 創建新列。”
eval(expr, p) 中的錯誤：未找到對象“outputY”
無法獲得 R 輸出。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@MJ
當 t-SNE 返回“無法獲取 R 輸出”時，這意味著什麼。 我已確保設置了 CMD，甚至以管理員身份運行 JMP。 還有哪些地方可能存在安全問題？
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好@Ed1 ，不，預測變量可以是任何類型的數值。 但它可能不適用於角色。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化嗨，喬丹，
感謝您的插件。
預測變量必須是整數嗎？
最好的，
埃德
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化謝謝@ih分享您的個人經歷。
@MikeDereviankin對於 R 集成問題，我深表歉意，通常安裝單個 R、重新啟動 R、JMP，甚至您的計算機在這種情況下都會有所幫助。 在經歷了這些麻煩之後，您可能會欣賞這個插件的便利性和交互性。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@MikeDereviankin ,
如果有幫助，本文來自“JMP 如何查找 R”部分JMP 15 腳本編寫指南。 根據我的經驗環境JMP 內的環境變量是最安全的方法。
JMP 會延遲加載 R，直到基於 JSL 的腳本需要訪問它為止。 當JMP需要加載R時，
它遵循在 Windows 計算機上查找 R 的標準步驟：
1. 查找環境變量R_HOME。
如果該變量存在，則從指定目錄加載 R。
2. 如果環境變量R_HOME不存在，則查找InstallPath值
Windows 註冊表中的以下鍵值：
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\R-core\R
如果InstallPath值存在，則從指定目錄加載R。
3. 如果 InstallPath 值不存在，則會出現一條錯誤消息，指出找不到 R。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@MJ
剛剛安裝了插件，現在 JMP 找不到我的 R ... 我重置了環境變量，更改了 CMD 中的路徑，重新安裝了 R，但什麼也沒發生。
我收到錯誤消息說 R 未安裝。 這似乎不是一個有效的插件，如果 T-SNE 僅在 R 中運行，則可以避免所有這些問題。 GUI 很不錯，但根據所有評論，這似乎令人頭疼。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好@MikeDereviankin ，我剛剛發布了此插件的新版本。 您能嘗試一下這個新版本並告訴我它是否適合您嗎？ 您的 R 安裝似乎有問題。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化
你好，
我收到以下錯誤：
該包已在不同的 JMP 數據集上運行。 具體是什麼觸發了這個？
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好@雷克斯尼爾，我做了一些探索，這可能是因為您設置的困惑度對於少於 90 行的數據集來說太高了。 在這種情況下，我建議將其減少到 5~10。 我將很快發布此插件的更新版本，以便更好地比較這兩種方法。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好@雷克斯尼爾，我很高興您發現這個插件很有用。 我會調查這個問題並儘快回复您。
謝謝，
喬丹
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化我一直在 JMP 14+ 和 JMP15 中使用嵌入插件。 該插件使用 R 接口創建 tsne 和 umap 圖像以及 pca 數據。 這是一個優秀的程序，並且易於使用，因為它非常快。 R 接口指令運行良好。
我在很多數據庫上都使用過它。 然而，在最近的 74 行的較小數據庫上，它總是會拋出錯誤消息（內存不足或安裝不正確）。 我再次重新安裝，但還是出現同樣的問題。 通過數據分析，我確定此插件至少需要 90 行。 這對於sklearn來說不是問題。 我更喜歡使用這個插件而不是 sklearn，因為這個插件對於多重分析來說要快得多，並且很容易允許將主要的 x 和 y pc 數據導出到另一個 jmp 文件以手動創建新類。
有解決辦法嗎？
喜歡JMP。謝謝，尼爾
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@邁克D_安德森謝謝邁克！
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@MJ & @馬克沙爾，另一個想法是將其添加到社區的 JMP 願望清單中：
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list
這將有助於獲得一些有關需求的數字，並讓其他人表達他們對該功能的支持（我同意 JMP 中也有這樣的功能，那就太好了！）
中號
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好@馬克沙爾，我知道 John Sall 正在開發 t-SNE 的 JMP 版本，但不確定我們何時發布它。 我同意這是一種強大的方法，並且在 JMP 中實現它將是最佳方式，因為調用 R 有許多潛在的問題。 您可以通過我們的技術或產品管理團隊請求將其作為新功能。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化那麼，t-SNE/UMAP 是否會添加到 JMP 的未來版本中？ 它是一種非常強大的異常事件檢測技術，在整個行業具有廣泛的適用性。 我剛剛讀了這篇論文。 t-SNE 在 Tennessee Eastman Process 數據集上表現非常好：
一種基於堆疊自編碼器的化工過程故障診斷無監督數據挖掘新方法
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化執行 Embezdding 插件時仍然收到以下錯誤。
更改 CMD 後，插件在 JMP-pro 中仍然無法工作。 在 R 中，我使用選項卡“Packages”-“Install Packages”來安裝 umap 和 Rtsn 包。 還有其他建議嗎？
任何其他建議
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@魯抱歉，添麻煩了。 在 Windows 7 上，我認為您可以轉到開始菜單，在搜索框中鍵入 cmd 或 command，然後按 Enter 鍵。 或者您可以直接轉到“開始”菜單並轉到“所有程序”。 然後，打開附件並單擊命令提示符快捷方式。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化我是 Windoxs 7 用戶，而不是 ICT 專家。 所以我不知道如何進入“CMD控制台”，抱歉:-(。我刪除了 R，並將其重新安裝在與 JMPpro 相同的地圖中。 仍然收到與上面相同的錯誤消息。 這不是一個好主意嗎？
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@魯您的問題可能是由於您的計算機上安裝了多個 R，而 JMP 無法決定使用哪一個。 請嘗試將 R_HOME 設置為環境變量，如下所示，然後再次嘗試此加載項。 打開 Window CMD 控制台並輸入：setx R_HOME "This PC\Documents\R\R-3.5.2"。 並確保 Rtsne 和 UMAP 軟件包已安裝到此版本的 R。 如果這可以解決您的問題，請告訴我。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化我確實按照建議安裝了 Rtsne，但現在收到以下錯誤消息；
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好@魯，抱歉錯誤消息中缺少詳細信息。 您可以仔細檢查一下是否安裝了魯茨內而不是 R 中的 TSNE 包？ 讓我知道這是否能解決您的問題。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好，我有同樣的錯誤，說“在 R 中發現問題，可能是由於 Rtsne/umap 包安裝失敗或內存有限造成的。” 我從 Rstudio 安裝了 UMAP 和 TSNE。 我在Windows下使用R x64 3.5.2
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化謝謝@DBhattaram ，看來您沒有將 Rtsne 和 UMAP 軟件包安裝到 JMP 正在使用的 R 版本中。 如果您有多個版本的 R，請確保將 R_Home 設置為環境變量，如下所示：打開 Window CMD 控制台並鍵入：setx R_HOME "your Path to R"。 並確保 Rtsne 和 umap 軟件包已安裝到此版本的 R。 如果它解決了您的問題，請告訴我。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@帕特1對我來說這是在 Windows 上
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好， @MJ
我發送了所有嘗試讓它運行該程序失敗的日誌。 希望這會有一些用處
問候，
德魯夫
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化您使用的是 Mac 電腦嗎？ 面臨同樣的問題！ 不幸的是 UMAP 沒有起作用。
Rtsne 工作得很好。
最好的祝愿
拍
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好@DBhattaram ，可能是 JMP 未找到正確的 R 版本，或者 JMP R 接口的 R 版本控制問題。 當您看到錯誤消息時，請打開日誌文件（CTRL+Shift+L）並將詳細的日誌信息發送給我 Meijian.Guan@jmp.com 嗎？ 我很樂意看一看。
喬丹
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化親愛的@MJ ,
當嘗試在測試數據集上運行該程序時，我收到一條錯誤消息“R 中發現的問題可能是由於 Rtsne/umap 包安裝失敗或內存有限造成的”。
我很確定我下載了我需要的所有東西（包和 R 也），所以如果你能告訴我為什麼這不起作用，我將不勝感激
問候，
德魯夫·巴塔拉姆
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@拉艾德謝謝你讓我知道。 很高興聽到！
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化尊敬的先生：
安裝 tsne、Rtsne 和 umap 軟件包後，並在 CMD 上鍵入以下腳本，加載項將運行✌
非常感謝
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化親愛的@拉艾德，我相信我已經就這個問題做出了上述回應。 這可能是因為 JMP R Interface 無法找到您的 R 安裝。
請嘗試將 R_HOME 設置為環境變量，如下所示，然後再次嘗試此加載項。 打開 Window CMD 控制台並輸入：setx R_HOME“R 路徑”。 並確保 Rtsne 和 umap 軟件包已安裝到此版本的 R。 如果這可以解決您的問題，請告訴我。
如果您使用Mac，則需要將R降級到版本3.3.3並且僅使用T-SNE。
此外，我們在社區上有一些討論此問題的主題，您可以查看。
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
希望有幫助！
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化尊敬的先生
插件不運行
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化嗨美健，
下午好。 我嘗試在樣本數據上使用 t-SNE 和 UMAP。 我使用最新版本的 R Studio 和 JMP 13。 但我收到以下錯誤 -
請我知道如何解決它。 感謝您的幫助。
附言。 我目前無法升級到 JMP 14。
真摯地，
阿里夫
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化親愛的@MJ
感謝這個漂亮的插件。 我在 Mac tSNE 上使用它，R 版本 3.3.3 運行良好。 UMAP 沒有。
現在我使用最新的 R 版本 3.6.1 和 RStudio 在 Windows 上檢查了它。 我安裝了 umap 和 Rtsne 的軟件包，不幸的是 umap 和 Rtsne 都不起作用。 我使用 JMP 14.3。
這是我在 PCA 之後嘗試 mnist 數據時的日誌內容（使用 2 台 PC 作為預測器）：
{“UMAP”}
{2, 3, 200, 0.1}
“找到阿爾格了！”
“有參數了！”
“inData2R 的 Dim 是：”
10000
3
“啟動後台！”
“UMAP已選擇！”
TKIntRJMP.R 版本 14.0
標籤是： 標籤
inDataUniq 的暗淡是： 10000 3
準備運行
我們正在運行 UMAP
處理提交的 R 語句時，地址 6c910ef2 發生類型為 c0000005 的異常。 該地址位於模塊“C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll”中的偏移量 10ef2 處
處理提交的 R 語句時，地址 6c910ef2 發生類型為 c0000005 的異常。 該地址位於模塊“C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll”中的偏移量 10ef2 處
R 中發現的問題可能是由於 Rtsne/umap 軟件包安裝失敗或內存有限造成的。
{“t-SNE”}
{2, 5, 500}
“找到阿爾格了！”
“有參數了！”
“inData2R 的 Dim 是：”
10000
3
“啟動後台！”
“t-SNE被選中！”
TKIntRJMP.R 版本 14.0
標籤是： 標籤
inDataUniq 的暗淡是： 10000 3
準備運行
我們正在運行 t-SNE
inDataTsne 的暗淡是： 10000 2
成功讀取10000 x 2數據矩陣！
OpenMP 正在運行。 1 個線程。
使用 no_dims = 2、困惑度 = 5.000000、theta = 0.500000
計算輸入相似度...
建樹...
- 10000 點中的 10000 點
0.45 秒內完成（稀疏度 = 0.001695）！
學習嵌入...
迭代 50：錯誤為 120.349392（2.08 秒內迭代 50 次）
迭代 100：錯誤為 103.025177（1.94 秒內迭代 50 次）
迭代 150：誤差為 94.995130（1.70 秒內迭代 50 次）
迭代 200：誤差為 90.828601（1.75 秒內迭代 50 次）
迭代 250：誤差為 87.964178（1.81 秒內迭代 50 次）
迭代 300：誤差為 4.069311（1.82 秒內迭代 50 次）
迭代 350：誤差為 3.474366（1.83 秒內迭代 50 次）
迭代 400：誤差為 3.044447（1.84 秒內迭代 50 次）
迭代 450：誤差為 2.719790（1.83 秒內迭代 50 次）
迭代 500：誤差為 2.466420（1.84 秒內迭代 50 次）
擬合耗時 18.44 秒。
[,1] [,2]
[1，]-18.4173747 30.133875
[2，]-23.5082997 -17.985255
[3，] 0.7376548 -4.148267
[4，]-5.6881024 6.385878
[5，]8.8457460 22.245393
[6，]-10.8212058 -17.013940
[1]“分析完畢！”
處理提交的 R 語句時，地址 6c910ef2 發生類型為 c0000005 的異常。 該地址位於模塊“C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll”中的偏移量 10ef2 處
R 中發現的問題可能是由於 Rtsne/umap 軟件包安裝失敗或內存有限造成的。
如果您知道我應該嘗試什麼，那就太好了。 預先感謝並致以最誠摯的問候帕特里克
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好， @FN ，看來您安裝了不同版本的 t-sne 軟件包。 您可以嘗試通過 R studio 安裝 Rtsne 嗎？ 這個包的 github 版本在這裡： https://github.com/jkrijthe/Rtsne 。 另請確保您的 R_HOME 路徑指向安裝了 UMAP 和 Rtsne 的正確 R 版本。 如果您還有其他問題，請告訴我。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化我設法運行 umap，但不能通過 Anaconda/conda 運行。
我認為我為 tsne 安裝了錯誤的軟件包。 能提供一下cran的網址嗎？
這是一步一步的。
安裝 R 來自https://cran.r-project.org/
安裝 Rstudio 社區https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
使用 Rstudio 安裝 tsne 和 umap。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化謝謝。 老實說，我不確定安裝 R 的最佳方式是什麼。 我習慣使用 conda/anaconda 管理 Python 安裝，現在也包括 R。
這是我安裝R的路徑。
（基）C:\Users\john_doe>其中 r
C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\R.exe
我想我需要安裝這些軟件包
https://anaconda.org/conda-forge/r-tsne
https://anaconda.org/conda-forge/r-umap
為了使 JMP 能夠找到我的 R 安裝，我執行以下命令（或手動更改 PATH）：
setx R_HOME "C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\"
如果有關於如何更好地做到這一點的詳細指南，請告訴我。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化@FN嘿，謝謝您的建議。 包含 R/Python 可執行文件將是一個很好的選擇，但由於我們的政策和法律問題，我沒有包含它們。 如果您在使用此插件時遇到有關 R 安裝或版本的任何問題，請告訴我。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化非常感謝您為 JMP 提供界面。
我想知道這些插件是否可以包含 R/Python 可執行文件，以便我們可以直接運行它們。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好@ngalphie ，這看起來像是舊版本 JMP 的問題。
1. 我注意到您正在使用 JMP 13，如果您可以將其更新到最新版本 (JMP 14.3) 並再次嘗試此插件，可能會有所幫助。
2. 將保存在 C:\Users\username\AppData\Local\Temp\JmpCrashReports\13 的崩潰報告發送給我的技術支持（ https://support.sas.com/ctx/supportform/createForm?ctry=us_JMP ）或者直接我（Meijian.Guan@jmp.com），我們可以深入研究。
3. 社區上有一些帖子也在討論這個問題。 您可以看一下他們提到的內容是否有幫助。
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-has-performed-an-access-violation-and-will-shut-down-while/td-p/108183
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-Access-Violation-Likely-Causes/mp/5648#M5647
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好@MJ ,
我嘗試運行您的示例數據，但發生訪問衝突崩潰。 在日誌文件中，看起來R端運行成功。 我有什麼想法可以解決這個問題嗎？
謝謝，
鋁
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化嗨，馬克思，
您的問題可能是由於您的計算機上安裝了多個 R，而 JMP 無法決定使用哪一個。 請嘗試將 R_HOME 設置為環境變量，如下所示，然後再次嘗試此加載項。 打開 Window CMD 控制台並輸入：setx R_HOME "This PC\Documents\R\R-3.5.2"。 並確保 Rtsne 和 umap 軟件包已安裝到此版本的 R。 如果這可以解決您的問題，請告訴我。
此外，我們在社區上有一些討論此問題的主題，您可以查看。
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化嗨，喬丹，
當我嘗試這個插件時，我收到一條錯誤消息。 看起來它無法識別我安裝的 R。 如果這確實是問題所在，您能否幫助弄清楚如何讓您的插件識別我的 R 安裝？
我提供了一張屏幕截圖，顯示 R 已打開但未被識別，以及我的 R 安裝位置（不是程序文件）的屏幕截圖以及複製下面的一些錯誤消息。
這看起來是一個非常令人興奮的工具，我希望使用它。 我之前發現 R 中的 t-sne 非常有用，並且能夠在 JMP 中正確執行此操作非常有價值。 非常感謝您提供的任何幫助。
謝謝！
錯誤和打開 R 實例的屏幕截圖，然後是 R 安裝位置的屏幕截圖
錯誤代碼
”
在此系統上找不到 R 安裝。 JMP R 支持需要 R 版本 2.9.1 或更高版本才能訪問或評估 'Glue' 、 write2lastRun( pb2, _addinPath_ );
algr = cbb << 獲得選擇();
Print(“得到了algr!” ）；
嘗試（
昏暗1 = 昏暗Bx1 << 得到；
per1 = perBx1 << 得到；
iter1 = iterBx1 << 獲取；
）；
嘗試（
昏暗2 = 昏暗Bx2 << 得到；
per2 = perBx2 << 得到；
iter2 = iterBx2 << 得到；
dist = distbox << 獲取；
）；
Print("獲取參數！" ）；
嘗試（預測器 = selectedX << getitems ）；
如果（長度（預測變量）< 1，
Throw(“請指定預測變量”)
）；
嘗試( labelY = selectedY << getitems );
如果( N 項( labelY ) > 0,
標籤Y1 = 標籤Y[1];
grphVars = Eval Insert("X(:Y2), Y(:Y1), Color(:^labelY1^)");
,
標籤Y1 =“”；
grphVars = "X(:Y2), Y(:Y1)";
***** 文本被截斷 *****”
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化嗨穆賈希達，
顏色表示該數據集的真實標籤，因此具有相同顏色的數據點應該具有相似的屬性。 簇是通過 t-SNE 和 UMAP 估計的，您應該會看到一些顏色不匹配。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 進行數據可視化你好！ 喬丹,
我是否可以理解，在上面的照片中，每個質量/點組都可以被視為相同的屬性？或者不同的色點應該被視為不同的屬性？
