使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化描述
近年来，非线性降维和可视化算法，尤其是t分布随机邻域嵌入（t-SNE）和均匀流形逼近和投影（UMAP），已广泛应用于图像处理、文本挖掘等各个研究领域和基因组学。 此插件提供对 t-SNE 和 UMAP R 软件包的访问。 它提供了一个用户友好的界面，支持数据表导航、数据质量控制、稀疏性处理、直观的参数化和交互式结果解释。
使用示例
这是加载 MNIST 数据的界面截图。 在模型规范下，我选择标签列作为标签，并将所有像素选择为预测变量。 我选择了 t-SNE 和 UMAP 作为算法。
t-SNE（上）和 UMAP（下）结果的另一个屏幕截图。
该插件还支持一些基本的质量控制选项，包括缺失值检查、分布和稀疏性计算。 您可以在界面上的“质量控制选项”下找到这些选项。
更新：Mac 上的 JMP R 界面存在版本控制问题。 请将您的 R 降级到 <=3.3.3 版本，并且仅当您是 Mac 用户时才使用 t-sne。
变更日志：
v.2 <9/22/2020> 在原始表格中添加了 tsne 和 umap 结果，并重新组织了输出以获得更好的探索体验。
v.1.2 
/14/2019> 修复了 Rtsne 包中大量列导致堆栈溢出问题的问题。
v.1.1 /8/2019> 修复了一个可能会产生“R 中发现问题，内存耗尽？”的错误。错误信息。 添加了 MNIST 示例数据集的子菜单。
v.1.0 <2/26/2019> 初始版本。
第三方集成数据可视化探索性数据分析生命科学回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@纳扎尔科夫斯基- 将其放入愿望清单！ 我同意 UMAP 应该在那里。 如果你看看他们如何设置 GUI，很明显它是为将来添加其他方法而设计的。
中号
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化谢谢， @迈克D_安德森！
哇，这是真的。 遗憾的是UMAP 没有与TSNE 一起包含在内。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@纳扎尔科夫斯基- 查看 JMP 17 Pro 文档（ https://www.jmp.com/support/help/en/17.1/index.shtml#page/jmp/multivariate-embedding.shtml%23 ）。 T-SNE 现已成为分析 > 多元 > 多元嵌入专业版平台。
最好的，
中号
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化亲爱的同事们晚上好！
我已在 Windows 10（64 位）上安装了 R 3.6.3 和 RStudio。 成功安装了这两个包，并且加载项的示例文件很好地正确地可视化了数据。 然而，只要我启动我的文件（32 行，7 列预测变量，1 列作为“标签”），该过程就会产生下面的警报。
您能解释一下，出了什么问题吗？ 所有列都是数值连续的，如示例 MNIST.jmp 中所示。 唯一的区别是 7 个变量中的数字不是整数：例如 0.234234 或 0.472343。
我将非常感谢您的建议。
迈克尔
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@MJ您是否能够帮助 MacOS 用户进行 R 集成？ 它在我的 Windows 上运行得很好。 有没有可能在不降级我的 R 的情况下建立此连接？ 我经常使用新软件包的集成。 对于 M1 Macbook 来说，这才是最重要的。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好
我正在尝试使用插件，但从 JMP 16.2.0 + R 4.1.2 得到相同的响应“无法获取 R 输出”
= 与 FR60 相同的问题
我之前有一个抱怨说它找不到 R，所以我把旧的 R 扔掉并安装了当前版本的 R 4.1.2，它会生成上述错误。
所以根本不清楚问题出在哪里。随着这些工具的广泛应用，SAS 似乎是时候将该功能整合到 JMP 中了！
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化嗨，乔丹。
我正在尝试使用您的插件，但即使我按照您关于将 R 版本设置为主页的建议，我仍然收到以下警报消息：
无法获得 R 输出。
请帮助我吗？
菲利斯
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化乔丹
您的 UMAP 插件运行良好。 我几乎每天都使用它。 感谢您提供有关困惑的信息。
当我对相同的数据重复 UMAP 时，我总是得到相似但略有不同的参数。
这并不重要，因为情节总是非常接近。 但几个样本会略有不同。
为什么是这样。 是随机种子发生变化吗？
非常感谢。 很棒的附加旅馆
尼尔
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@MikeDereviankin我无法重现这个问题。 我使用的是最新的 R 4.0.3、JMP 15.1 以及最新的 UMAP 和 tSNE，两种算法都运行良好。 我认为出了问题的是R send()命令，这可能是由于与特定R版本的通信失败或意外的数据问题导致的。 您是否尝试过使用示例 MNIST 数据集加载项？ 您可以尝试的其他操作包括再次更新 R 和 UMAP、删除其他 R 安装以及将 JMP 更新到较新版本（如果可能）。 如果不是保密的，也可以把你的数据集发给我看一下（Meijian.Guan@jmp.com）。 联系技术支持也是一个不错的选择。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化我已将 R 主目录设置为 R 的先前版本，并且 cran 库也在该版本上安装软件包。 问题是 UMAP 与 3.5.2 不兼容。从它的外观来看。
正如前面提到的，我之前一直在使用 4.0.2，一切都很顺利。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化出于管理目的，现在得到与以前相同的错误“sendRdata”。
我之前曾在 R-4.0.2 中使用过它，但上周突然它不起作用了。 UMAP 在 R 本身中工作得很好。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@MJ
现在弹出的内容与以前类似：
我需要授予管理员权限吗？
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@MikeDereviankin是的，请查看以下信息。
请尝试将 R_HOME 设置为环境变量，如下所示，然后再次尝试此加载项。 打开 Window CMD 控制台并输入：setx R_HOME "This PC\Documents\R\R-3.5.2"。 并确保 Rtsne 和 umap 软件包已安装到此版本的 R。 如果这可以解决您的问题，请告诉我。
此外，我们在社区上有一些讨论此问题的主题，您可以查看。
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@MJ我可以在计算机上设置两个不同的 R，并将 JMP 脚本转到该特定版本的 R 吗？
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@MikeDereviankin如果在更新 R 和 UMAP 包后发生此错误，则可能是这个原因。 某些 JMP 版本仅适用于特定 R 版本，例如，R 3.5.2 适用于大多数 JMP 版本。 您可能需要考虑降级 R 并重试。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好，
我收到这个错误。 我已经在 cran 包中重新安装了 R 4.03 和 UMAP。 连接存在，但有些东西没有连接。
{“UMAP”}
{3, 15, 200, 0.1}
“找到阿尔格了！”
“有参数了！”
“从数据准备开始”
{“2,3,7,8-TCDD”,“1,2,3,7,8-PeCDD”,“1,2,3,4,7,8-HxCDD”,“1,2,3, 6,7,8-HxCDD”、“1,2,3,7,8,9-HxCDD”、“2,3,7,8-TCDF”、“1,2,3,7,8-PeCDF” , "2,3,4,7,8-PeCDF", "1,2,3,4,7,8-HxCDF", "1,2,3,6,7,8-HxCDF"}
“完成稀疏性”
“稀疏性是：”
0.280112044817927
“标签是：”
{}
“inData2R 的 Dim 是：”
119
15
“数据准备完毕。”
“启动后台！”
“标签是：”
{}
“在 talk2R 功能内。”
“标签是：”
{}
“UMAP已选择！”
TKIntRJMP.R 版本 14.0
最终的 R 语句不完整。
“data4R”发送数据失败
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@FN是的，该加载项基本上是一个压缩文件。 您应该可以使用任何解压工具将其解压，并在脚本文件夹中找到 embedding.jsl。 修改脚本中的 talk2R() 函数应该可以做到。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好，乔丹，
是否可以获得插件的源代码？
我想使用相同的 UI，但使用 Python 包作为后端。
谢谢。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@MikeDereviankin它将仅根据预测变量删除重复的行，即使这些行可能具有不同的名称或标签。 因为 UMAP/tSNE 计算中仅使用预测变量。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@MJ
UMAP在什么情况下删除行。 我知道如果样本具有重复值，它们将被删除，但是 UMAP 会识别具有重复值但名称不同的样本吗？
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@MJ事后看来，基于 Rtsne 算法的工作原理，现在非常有意义。 谢谢！
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好@MikeDereviankin ，看来您使用了 4 作为 t-SNE 的输出尺寸，此版本的 tSNE 不允许这样做，请改用 2 或 3。 或者，如果您认为有必要，可以为 UMAP 指定 >3 的输出维度。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@MJ下面是日志：
{“t-SNE”}
{4, 30, 500}
“找到阿尔格了！”
“有参数了！”
“从数据准备开始”
{“PCB-1_估算，总计百分比”，“PCB-2_估算，总计百分比”，“PCB-3_估算，总计百分比”，“PCB-4_10_估算，总计百分比”，“PCB-5_8_估算，总计百分比” 、“PCB-6_估算，总计百分比”、“PCB-7_9_估算，总计百分比”、“PCB-11_估算，总计百分比”、“PCB-12_13_估算，总计百分比”、“PCB-15_估算，总计百分比” }
“完成稀疏性”
“稀疏性是：”
0.00300530234872998
“标签是：”
{“类型”}
“inData2R 的 Dim 是：”
第439章
120
“数据准备完毕。”
“启动后台！”
“标签是：”
{“类型”}
“在 talk2R 功能内。”
“标签是：”
{“类型”}
“t-SNE被选中！”
TKIntRJMP.R 版本 14.0
“向 R 发送标签：”
{“类型”}
“将标签发送到 R”
data4R=data.frame(data4R)
#标签=取消列表（标签）
#cat("标签是：",标签,"\n")
#print(长度(标签))
#猫(“\n”)
#从两个数据集中删除重复的观察结果
#inDataUniq=data4R[!duplicate(data4R[,!names(data4R) %in% label]),] #允许排除多个标签
#头（数据4R）
#cat("inDataUniq 的暗淡是：",dim(inDataUniq),"\n")
cat("准备运行","\n")
如果（“t-SNE”==“t-SNE”）{
cat("我们正在运行 t-SNE","\n")
图书馆（“Rtsne”）
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% 标签])
cat("inDataTsne 的暗淡是：",dim(inDataTsne),"\n")
tsne <- Rtsne（inDataTsne，暗淡= 4，困惑= 30，详细= TRUE，max_iter = 500，pca = F）
输出Y=tsne$Y
头(输出Y)
}否则 if("t-SNE"=="UMAP"){
cat("我们正在运行 UMAP","\n")
图书馆（umap）
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% 标签], #method="umap-learn",
n_neighbors=15，n_components=2，n_epochs=200，min_dist=0.1）
输出Y=outUmap$布局
头(输出Y)
}else if("t-SNE"=="两者"){
cat("我们正在运行两者","\n")
图书馆（“Rtsne”）
图书馆（umap）
cat("\n","开始 t-sne","\n")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% 标签])
tsne <- Rtsne（inDataTsne，暗淡= 4，困惑= 30，详细= TRUE，max_iter = 500，pca = F）
输出Y1=tsne$Y
cat("启动 umap","\n")
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% 标签], #method="umap-learn",
n_neighbors=15，n_components=2，n_epochs=200，min_dist=0.1）
输出Y2=outUmap$布局
cat("都完成了","\n")
}
print("分析完成！")
准备运行
我们正在运行 t-SNE
inDataTsne 的暗淡是：439 119
警告： .check_tsne_params(nrow(X), dims = dims, perplexity = perplexity, 中的错误：
暗淡应该是 1、2 或 3
{“示例代码”，“类型”，“PCB-1_impulated”，“PCB-2_impulated”，“PCB-3_impulated”，“PCB-4_10_impulated”，“PCB-5_8_impulated”，“PCB-6_impulated”，“PCB-7_9_impulated” “，“PCB-11_估算”}
“迭代次数：”
第241章
“为 t-SNE 创建新列。”
eval(expr, p) 中的错误：未找到对象“outputY”
无法获得 R 输出。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@MJ
当 t-SNE 返回“无法获取 R 输出”时，这意味着什么。 我已确保设置了 CMD，甚至以管理员身份运行 JMP。 还有哪些地方可能存在安全问题？
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好@Ed1 ，不，预测变量可以是任何类型的数值。 但它可能不适用于角色。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化嗨，乔丹，
感谢您的插件。
预测变量必须是整数吗？
最好的，
埃德
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化谢谢@ih分享您的个人经历。
@MikeDereviankin对于 R 集成问题，我深表歉意，通常安装单个 R、重新启动 R、JMP，甚至您的计算机在这种情况下都会有所帮助。 在经历了这些麻烦之后，您可能会欣赏这个插件的便利性和交互性。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@MikeDereviankin ,
如果有帮助，本文来自“JMP 如何查找 R”部分JMP 15 脚本编写指南。 根据我的经验环境JMP 内的环境变量是最安全的方法。
JMP 会延迟加载 R，直到基于 JSL 的脚本需要访问它为止。 当JMP需要加载R时，
它遵循在 Windows 计算机上查找 R 的标准步骤：
1. 查找环境变量R_HOME。
如果该变量存在，则从指定目录加载 R。
2. 如果环境变量R_HOME不存在，则查找InstallPath值
Windows 注册表中的以下键值：
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\R-core\R
如果InstallPath值存在，则从指定目录加载R。
3. 如果 InstallPath 值不存在，则会出现一条错误消息，指出找不到 R。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@MJ
刚刚安装了插件，现在 JMP 找不到我的 R ... 我重置了环境变量，更改了 CMD 中的路径，重新安装了 R，但什么也没发生。
我收到错误消息说 R 未安装。 这似乎不是一个有效的插件，如果 T-SNE 仅在 R 中运行，则可以避免所有这些问题。 GUI 很不错，但根据所有评论，这似乎令人头疼。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好@MikeDereviankin ，我刚刚发布了此插件的新版本。 您能尝试一下这个新版本并告诉我它是否适合您吗？ 您的 R 安装似乎有问题。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化
你好，
我收到以下错误：
该包已在不同的 JMP 数据集上运行。 具体是什么触发了这个？
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好@雷克斯尼尔，我做了一些探索，这可能是因为您设置的困惑度对于少于 90 行的数据集来说太高了。 在这种情况下，我建议将其减少到 5~10。 我将很快发布此插件的更新版本，以便更好地比较这两种方法。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好@雷克斯尼尔，我很高兴您发现这个插件很有用。 我会调查这个问题并尽快回复您。
谢谢，
乔丹
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化我一直在 JMP 14+ 和 JMP15 中使用嵌入插件。 该插件使用 R 接口创建 tsne 和 umap 图像以及 pca 数据。 这是一个优秀的程序，并且易于使用，因为它非常快。 R 接口指令运行良好。
我在很多数据库上都使用过它。 然而，在最近的 74 行的较小数据库上，它总是会抛出错误消息（内存不足或安装不正确）。 我再次重新安装，但还是出现同样的问题。 通过数据分析，我确定此插件至少需要 90 行。 这对于sklearn来说不是问题。 我更喜欢使用这个插件而不是 sklearn，因为这个插件对于多重分析来说要快得多，并且很容易允许将主要的 x 和 y pc 数据导出到另一个 jmp 文件以手动创建新类。
有解决办法吗？
喜欢JMP。谢谢，尼尔
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@迈克D_安德森谢谢迈克！
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@MJ & @马克沙尔，另一个想法是将其添加到社区的 JMP 愿望清单中：
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list
这将有助于获得一些有关需求的数字，并让其他人表达他们对该功能的支持（我同意 JMP 中也有这样的功能，那就太好了！）
中号
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好@马克沙尔，我知道 John Sall 正在开发 t-SNE 的 JMP 版本，但不确定我们何时发布它。 我同意这是一种强大的方法，并且在 JMP 中实现它将是最佳方式，因为调用 R 有许多潜在的问题。 您可以通过我们的技术或产品管理团队请求将其作为新功能。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化那么，t-SNE/UMAP 是否会添加到 JMP 的未来版本中？ 它是一种非常强大的异常事件检测技术，在整个行业具有广泛的适用性。 我刚刚读了这篇论文。 t-SNE 在 Tennessee Eastman Process 数据集上表现非常好：
一种基于堆叠自编码器的化工过程故障诊断无监督数据挖掘新方法
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化执行 Embezdding 插件时仍然收到以下错误。
更改 CMD 后，插件在 JMP-pro 中仍然无法工作。 在 R 中，我使用选项卡“Packages”-“Install Packages”来安装 umap 和 Rtsn 包。 还有其他建议吗？
任何其他建议
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@鲁抱歉，添麻烦了。 在 Windows 7 上，我认为您可以转到开始菜单，在搜索框中键入 cmd 或 command，然后按 Enter 键。 或者您可以直接转到“开始”菜单并转到“所有程序”。 然后，打开附件并单击命令提示符快捷方式。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化我是 Windoxs 7 用户，而不是 ICT 专家。 所以我不知道如何进入“CMD控制台”，抱歉:-(。我删除了 R，并将其重新安装在与 JMPpro 相同的地图中。 仍然收到与上面相同的错误消息。 这不是一个好主意吗？
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@鲁您的问题可能是由于您的计算机上安装了多个 R，而 JMP 无法决定使用哪一个。 请尝试将 R_HOME 设置为环境变量，如下所示，然后再次尝试此加载项。 打开 Window CMD 控制台并输入：setx R_HOME "This PC\Documents\R\R-3.5.2"。 并确保 Rtsne 和 UMAP 软件包已安装到此版本的 R。 如果这可以解决您的问题，请告诉我。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化我确实按照建议安装了 Rtsne，但现在收到以下错误消息；
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好@鲁，抱歉错误消息中缺少详细信息。 您可以仔细检查一下是否安装了鲁茨内而不是 R 中的 TSNE 包？ 让我知道这是否能解决您的问题。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好，我有同样的错误，说“在 R 中发现问题，可能是由于 Rtsne/umap 包安装失败或内存有限造成的。” 我从 Rstudio 安装了 UMAP 和 TSNE。 我在Windows下使用R x64 3.5.2
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化谢谢@DBhattaram ，看来您没有将 Rtsne 和 UMAP 软件包安装到 JMP 正在使用的 R 版本中。 如果您有多个版本的 R，请确保将 R_Home 设置为环境变量，如下所示：打开 Window CMD 控制台并键入：setx R_HOME "your Path to R"。 并确保 Rtsne 和 umap 软件包已安装到此版本的 R。 如果它解决了您的问题，请告诉我。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@帕特1对我来说这是在 Windows 上
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好， @MJ
我发送了所有尝试让它运行该程序失败的日志。 希望这会有一些用处
问候，
德鲁夫
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化您使用的是 Mac 电脑吗？ 面临同样的问题！ 不幸的是 UMAP 没有起作用。
Rtsne 工作得很好。
最好的祝愿
拍
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好@DBhattaram ，可能是 JMP 未找到正确的 R 版本，或者 JMP R 接口的 R 版本控制问题。 当您看到错误消息时，请打开日志文件（CTRL+Shift+L）并将详细的日志信息发送给我 Meijian.Guan@jmp.com 吗？ 我很乐意看一看。
乔丹
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化亲爱的@MJ ,
当尝试在测试数据集上运行该程序时，我收到一条错误消息“R 中发现的问题可能是由于 Rtsne/umap 包安装失败或内存有限造成的”。
我很确定我下载了我需要的所有内容（也包括软件包和 R），所以如果您能告诉我为什么这不起作用，我将不胜感激
问候，
德鲁夫·巴塔拉姆
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@拉艾德谢谢你让我知道。 很高兴听到！
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化尊敬的先生：
安装 tsne、Rtsne 和 umap 软件包后，并在 CMD 上键入以下脚本，加载项将运行✌
非常感谢
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化亲爱的@拉艾德，我相信我已经就这个问题做出了上述回应。 这可能是因为 JMP R Interface 无法找到您的 R 安装。
请尝试将 R_HOME 设置为环境变量，如下所示，然后再次尝试此加载项。 打开 Window CMD 控制台并输入：setx R_HOME“R 路径”。 并确保 Rtsne 和 umap 软件包已安装到此版本的 R。 如果这可以解决您的问题，请告诉我。
如果您使用Mac，则需要将R降级到版本3.3.3并且仅使用T-SNE。
此外，我们在社区上有一些讨论此问题的主题，您可以查看。
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
希望有帮助！
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化尊敬的先生
插件不运行
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化嗨美健，
下午好。 我尝试在样本数据上使用 t-SNE 和 UMAP。 我使用最新版本的 R Studio 和 JMP 13。 但我收到以下错误 -
请我知道如何解决它。 感谢您的帮助。
附言。 我目前无法升级到 JMP 14。
真挚地，
阿里夫
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化亲爱的@MJ
感谢这个漂亮的插件。 我在 Mac tSNE 上使用它，R 版本 3.3.3 运行良好。 UMAP 没有。
现在我使用最新的 R 版本 3.6.1 和 RStudio 在 Windows 上检查了它。 我安装了 umap 和 Rtsne 的软件包，不幸的是 umap 和 Rtsne 都不起作用。 我使用 JMP 14.3。
这是我在 PCA 之后尝试 mnist 数据时的日志内容（使用 2 台 PC 作为预测器）：
{“UMAP”}
{2, 3, 200, 0.1}
“找到阿尔格了！”
“有参数了！”
“inData2R 的 Dim 是：”
10000
3
“启动后台！”
“UMAP已选择！”
TKIntRJMP.R 版本 14.0
标签是： 标签
inDataUniq 的暗淡是： 10000 3
准备运行
我们正在运行 UMAP
处理提交的 R 语句时，地址 6c910ef2 发生类型为 c0000005 的异常。 该地址位于模块“C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll”中的偏移量 10ef2 处
处理提交的 R 语句时，地址 6c910ef2 发生类型为 c0000005 的异常。 该地址位于模块“C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll”中的偏移量 10ef2 处
R 中发现的问题可能是由于 Rtsne/umap 软件包安装失败或内存有限造成的。
{“t-SNE”}
{2, 5, 500}
“找到阿尔格了！”
“有参数了！”
“inData2R 的 Dim 是：”
10000
3
“启动后台！”
“t-SNE被选中！”
TKIntRJMP.R 版本 14.0
标签是： 标签
inDataUniq 的暗淡是： 10000 3
准备运行
我们正在运行 t-SNE
inDataTsne 的暗淡是： 10000 2
成功读取10000 x 2数据矩阵！
OpenMP 正在运行。 1 个线程。
使用 no_dims = 2、困惑度 = 5.000000、theta = 0.500000
计算输入相似度...
建树...
- 10000 点中的 10000 点
0.45 秒内完成（稀疏度 = 0.001695）！
学习嵌入...
迭代 50：错误为 120.349392（2.08 秒内迭代 50 次）
迭代 100：错误为 103.025177（1.94 秒内迭代 50 次）
迭代 150：误差为 94.995130（1.70 秒内迭代 50 次）
迭代 200：误差为 90.828601（1.75 秒内迭代 50 次）
迭代 250：误差为 87.964178（1.81 秒内迭代 50 次）
迭代 300：误差为 4.069311（1.82 秒内迭代 50 次）
迭代 350：误差为 3.474366（1.83 秒内迭代 50 次）
迭代 400：误差为 3.044447（1.84 秒内迭代 50 次）
迭代 450：误差为 2.719790（1.83 秒内迭代 50 次）
迭代 500：误差为 2.466420（1.84 秒内迭代 50 次）
拟合耗时 18.44 秒。
[,1] [,2]
[1，]-18.4173747 30.133875
[2，]-23.5082997 -17.985255
[3，] 0.7376548 -4.148267
[4，]-5.6881024 6.385878
[5，]8.8457460 22.245393
[6，]-10.8212058 -17.013940
[1]“分析完毕！”
处理提交的 R 语句时，地址 6c910ef2 发生类型为 c0000005 的异常。 该地址位于模块“C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll”中的偏移量 10ef2 处
R 中发现的问题可能是由于 Rtsne/umap 软件包安装失败或内存有限造成的。
如果您知道我应该尝试什么，那就太好了。 预先感谢并致以最诚挚的问候帕特里克
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好， @FN ，看来您安装了不同版本的 t-sne 软件包。 您可以尝试通过 R studio 安装 Rtsne 吗？ 这个包的 github 版本在这里： https://github.com/jkrijthe/Rtsne 。 另请确保您的 R_HOME 路径指向安装了 UMAP 和 Rtsne 的正确 R 版本。 如果您还有其他问题，请告诉我。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化我设法运行 umap，但不能通过 Anaconda/conda 运行。
我认为我为 tsne 安装了错误的软件包。 能提供一下cran的网址吗？
这是一步一步的。
安装 R 来自https://cran.r-project.org/
安装 Rstudio 社区https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
使用 Rstudio 安装 tsne 和 umap。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化谢谢。 老实说，我不确定安装 R 的最佳方式是什么。 我习惯使用 conda/anaconda 管理 Python 安装，现在也包括 R。
这是我安装R的路径。
（基）C:\Users\john_doe>其中 r
C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\R.exe
我想我需要安装这些软件包
https://anaconda.org/conda-forge/r-tsne
https://anaconda.org/conda-forge/r-umap
为了使 JMP 能够找到我的 R 安装，我执行以下命令（或手动更改 PATH）：
setx R_HOME "C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\"
如果有关于如何更好地做到这一点的详细指南，请告诉我。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化@FN嘿，谢谢您的建议。 包含 R/Python 可执行文件将是一个很好的选择，但由于我们的政策和法律问题，我没有包含它们。 如果您在使用此插件时遇到有关 R 安装或版本的任何问题，请告诉我。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化非常感谢您为 JMP 提供界面。
我想知道这些插件是否可以包含 R/Python 可执行文件，以便我们可以直接运行它们。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好@ngalphie ，这看起来像是旧版本 JMP 的问题。
1. 我注意到您正在使用 JMP 13，如果您可以将其更新到最新版本 (JMP 14.3) 并再次尝试此插件，可能会有所帮助。
2. 将保存在 C:\Users\username\AppData\Local\Temp\JmpCrashReports\13 的崩溃报告发送给我的技术支持（ https://support.sas.com/ctx/supportform/createForm?ctry=us_JMP ）或者直接我（Meijian.Guan@jmp.com），我们可以深入研究。
3. 社区上有一些帖子也在讨论这个问题。 您可以看一下他们提到的内容是否有帮助。
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-has-performed-an-access-violation-and-will-shut-down-while/td-p/108183
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-Access-Violation-Likely-Causes/mp/5648#M5647
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好@MJ ,
我尝试运行您的示例数据，但发生访问冲突崩溃。 在日志文件中，看起来R端运行成功。 我有什么想法可以解决这个问题吗？
谢谢，
铝
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化嗨，马克思，
您的问题可能是由于您的计算机上安装了多个 R，而 JMP 无法决定使用哪一个。 请尝试将 R_HOME 设置为环境变量，如下所示，然后再次尝试此加载项。 打开 Window CMD 控制台并输入：setx R_HOME "This PC\Documents\R\R-3.5.2"。 并确保 Rtsne 和 umap 软件包已安装到此版本的 R。 如果这可以解决您的问题，请告诉我。
此外，我们在社区上有一些讨论此问题的主题，您可以查看。
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化嗨，乔丹，
当我尝试这个插件时，我收到一条错误消息。 看起来它无法识别我安装的 R。 如果这确实是问题所在，您能否帮助弄清楚如何让您的插件识别我的 R 安装？
我提供了一张屏幕截图，显示 R 已打开但未被识别，以及我的 R 安装位置（不是程序文件）的屏幕截图以及复制下面的一些错误消息。
这看起来是一个非常令人兴奋的工具，我希望使用它。 我之前发现 R 中的 t-sne 非常有用，并且能够在 JMP 中正确执行此操作非常有价值。 非常感谢您提供的任何帮助。
谢谢！
错误和打开 R 实例的屏幕截图，然后是 R 安装位置的屏幕截图
错误代码
”
在此系统上找不到 R 安装。 JMP R 支持需要 R 版本 2.9.1 或更高版本才能访问或评估 'Glue' 、 write2lastRun( pb2, _addinPath_ );
algr = cbb << 获得选择();
Print(“得到了algr！” ）；
尝试（
昏暗1 = 昏暗Bx1 << 得到；
per1 = perBx1 << 得到；
iter1 = iterBx1 << 获取；
）；
尝试（
昏暗2 = 昏暗Bx2 << 得到；
per2 = perBx2 << 得到；
iter2 = iterBx2 << 得到；
dist = distbox << 获取；
）；
Print("获取参数！" ）；
尝试（预测器 = selectedX << getitems ）；
如果（长度（预测变量）< 1，
Throw(“请指定预测变量”)
）；
尝试( labelY = selectedY << getitems );
如果( N 项( labelY ) > 0,
标签Y1 = 标签Y[1];
grphVars = Eval Insert("X(:Y2), Y(:Y1), Color(:^labelY1^)");
,
标签Y1 =“”；
grphVars = "X(:Y2), Y(:Y1)";
***** 文本被截断 *****”
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化嗨穆贾希达，
颜色表示该数据集的真实标签，因此具有相同颜色的数据点应该具有相似的属性。 簇是通过 t-SNE 和 UMAP 估计的，您应该会看到一些颜色不匹配。
回复：使用 t-SNE 和 UMAP 进行数据可视化你好！ 乔丹,
我是否可以理解，在上面的照片中，每个质量/点组都可以被视为相同的属性？或者不同的色点应该被视为不同的属性？
