Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPDescrizione
Recentemente, gli algoritmi di riduzione e visualizzazione delle dimensioni non lineari, in particolare t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE) e UMAP (uniform manifold approximation and projection), sono stati ampiamente applicati a varie aree di ricerca come l'elaborazione delle immagini, il text mining e genomica. Questo componente aggiuntivo fornisce l'accesso a entrambi i pacchetti t-SNE e UMAP R. Offre un'interfaccia intuitiva che consente la navigazione nelle tabelle di dati, il controllo della qualità dei dati, la gestione della scarsità, la parametrizzazione intuitiva e l'interpretazione interattiva dei risultati.
Esempio di utilizzo
Ecco uno screenshot dell'interfaccia con i dati MNIST caricati. In Specifiche del modello, ho selezionato la colonna dell'etichetta come Etichetta e tutti i pixel come predittori. Ho scelto sia t-SNE che UMAP come algoritmi.
Un altro screenshot dei risultati di t-SNE (in alto) e UMAP (in basso).
Questo componente aggiuntivo supporta anche alcune opzioni di controllo qualità di base, tra cui il controllo del valore mancante, la distribuzione e il calcolo della scarsità. Puoi trovare queste opzioni in Opzioni controllo qualità sull'interfaccia.
Aggiornamenti: l'interfaccia JMP R su Mac presenta problemi di controllo delle versioni. Effettua il downgrade della tua R alla versione <=3.3.3 e usa t-sne solo se sei un utente Mac.
Registro delle modifiche:
v.2 <9/22/2020> Aggiunti risultati tsne e umap alla tabella originale e output riorganizzato per una migliore esperienza di esplorazione.
v.1.2 <14/03/2019> Risolto un problema nel pacchetto Rtsne in cui un numero elevato di colonne causava problemi di overflow dello stack.
v.1.1 
/8/2019> Risolto un bug che poteva potenzialmente produrre "problemi rilevati in R, memoria esaurita?" messaggio di errore. Aggiunto un sottomenu per il set di dati di esempio MNIST.
v.1.0 <26/2/2019> Versione iniziale.
Integrazione di terze partiVisualizzazione datiAnalisi esplorativa dei datiScienze di vitaRe: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@Nazarkovskij - mettilo nella lista dei desideri! Sono d'accordo che UMAP dovrebbe essere lì. Se guardi a come hanno impostato la GUI, è abbastanza chiaro che è stato progettato per l'aggiunta di altri metodi lungo la strada.
M
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPGrazie, @MikeD_Anderson !
Beh, è vero. Peccato che UMAP non sia stato incluso insieme a TSNE.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@Nazarkovskij - dai un'occhiata a JMP 17 Pro Docs ( https://www.jmp.com/support/help/en/17.1/index.shtml#page/jmp/multivariate-embedding.shtml%23 ). T-SNE è ora parte del Analizza > Multivariato > Incorporamento multivariato piattaforma in pro.
Migliore,
M
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPBuonasera, cari colleghi!
Ho installato R 3.6.3 e RStudio sul mio Windows 10 (64 bit). Entrambi i pacchetti sono stati installati correttamente e il file di esempio per il componente aggiuntivo ha funzionato bene visualizzando correttamente i dati. Tuttavia, fintanto che ho avviato il mio file (32 righe, 7 colonne dei predittori, 1 colonna come "etichetta"), il processo ha generato un avviso di seguito.
Potresti per favore, spiegare, cosa c'era che non andava. Tutte le colonne erano numeriche continue come nell'esempio, MNIST.jmp. L'unica differenza era che i numeri in 7 variabili non erano interi: come 0,234234 o 0,472343.
Apprezzerò molto il tuo consiglio.
Michael
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ Sei stato in grado di aiutare gli utenti MacOS con l'integrazione di R? Funziona benissimo sul mio Windows. Qualche possibilità di stabilire questa connessione senza declassare il mio R? Uso spesso l'integrazione con nuovi pacchetti. Questo è per un Macbook M1 che fa la differenza.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO
Sto cercando di utilizzare il componente aggiuntivo ma ottengo la stessa risposta "Impossibile ottenere l'output R" da JMP 16.2.0 + R 4.1.2
= Stesso problema di FR60
Ho avuto uno dei reclami precedenti che diceva che non riusciva a trovare R, quindi ho spazzato via il vecchio R e ho installato l'attuale versione R 4.1.2 che genera l'errore sopra.
Quindi non è affatto chiaro dove stia il problema.Con l'ampia applicazione di questi strumenti, sembra che sia giunto il momento per SAS di incorporare questa funzionalità in JMP!
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao MJ.
Sto cercando di utilizzare il tuo componente aggiuntivo ma anche se ho seguito il tuo suggerimento sulla versione R da impostare come Home, continuo a ricevere il seguente messaggio di avviso:
Impossibile ottenere l'output R.
Per favore mi può aiutare?
Felice
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPMJ
Il tuo componente aggiuntivo UMAP funziona alla grande. Lo uso quasi tutti i giorni. Grazie per le informazioni sulla perplessità.
Quando ripeto l'UMAP sugli stessi dati, ottengo sempre parametri simili ma leggermente diversi.
Non è significativo in quanto le trame sono sempre molto vicine. Ma un paio di campioni varieranno un po'.
Perchè è questo. È il seme casuale che cambia?
Grazie mille. Ottimo componente aggiuntivo
Neil
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MikeDereviankin Non sono riuscito a riprodurre questo problema. Stavo usando l'ultimo R 4.0.3, JMP 15.1 e gli ultimi UMAP e tSNE, entrambi gli algoritmi hanno funzionato bene. Penso che ciò che è andato storto sia stato il comando R send (), che potrebbe essere causato da una comunicazione fallita con una versione R specifica o da problemi di dati imprevisti. Hai provato il componente aggiuntivo con il set di dati MNIST di esempio? Altre cose che puoi provare includono l'aggiornamento di R e UMAP di nuovo, la rimozione di installazioni R aggiuntive e l'aggiornamento di JMP a versioni più recenti, se possibile. Puoi anche inviarmi il tuo set di dati per farmi dare un'occhiata se non è riservato (Meijian.Guan@jmp.com). E anche contattare il supporto tecnico è sempre una buona opzione.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPHo impostato R home sulla versione precedente di R e la libreria cran installa i pacchetti anche su questa versione. Il problema è che UMAP non è compatibile con 3.5.2. dall'aspetto.
Come accennato in precedenza, avevo già lavorato con 4.0.2 e tutto ha funzionato bene.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPHa dato scopi di amministrazione e ora riceve lo stesso errore di prima, "sendRdata".
L'avevo usato in precedenza con R-4.0.2 e all'improvviso la scorsa settimana non funziona. UMAP funziona bene in R stesso.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ
Questo si apre ora simile a prima:
Ci sono permessi di amministratore che devo dare?
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MikeDereviankin Sì, consulta le seguenti informazioni.
Si prega di provare a impostare R_HOME come variabile ambientale come segue e riprovare questo componente aggiuntivo. Apri la console CMD di Windows e digita: setx R_HOME "Questo PC\Documenti\R\R-3.5.2". E assicurati che i pacchetti Rtsne e umap siano installati su questa versione di R. Per favore fatemi sapere se questo risolve il vostro problema.
Inoltre, abbiamo alcuni thread sulla community che parlano di questo problema che puoi controllare.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ Posso avere due diverse R impostate sul mio computer e fare in modo che lo script JMP passi a quella specifica versione di R?
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MikeDereviankin Se questo errore si è verificato dopo aver aggiornato il pacchetto R e UMAP, potrebbe essere questo il motivo. Alcune versioni di JMP funzionano bene solo con versioni R specifiche, ad esempio R 3.5.2 funziona bene con la maggior parte delle versioni di JMP. Potrebbe essere necessario considerare di eseguire il downgrade del tuo R e riprovare.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao,
Sto ricevendo questo errore. Ho reinstallato R 4.03 e UMAP nel pacchetto cran. La connessione c'è, ma qualcosa non si connette.
{"UMAP"}
{3, 15, 200, 0,1}
"Ho algr!"
"Ho i parametri!"
"Inizia conDataPrep"
{"2,3,7,8-TCDD", "1,2,3,7,8-PeCDD", "1,2,3,4,7,8-HxCDD", "1,2,3, 6,7,8-HxCDD", "1,2,3,7,8,9-HxCDD", "2,3,7,8-TCDF", "1,2,3,7,8-PeCDF" , "2,3,4,7,8-PeCDF", "1,2,3,4,7,8-HxCDF", "1,2,3,6,7,8-HxCDF"}
"Termina la scarsità"
"La scarsità è: "
0.280112044817927
"L'etichetta è: "
{}
"Dim di inData2R è: "
119
15
"Preparazione dati terminata."
"Avvia back-end!"
"L'etichetta è: "
{}
"All'interno della funzione talk2R."
"l'etichetta è:"
{}
"UMAP è selezionato!"
TKIntRJMP.R versione 14.0
L'istruzione R finale è incompleta.
Invio dati per "data4R" non riuscito
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@FN Sì, il componente aggiuntivo è fondamentalmente un file zippato. Dovresti essere in grado di decomprimerlo con qualsiasi strumento di decompressione e trovare embedding.jsl nella cartella dello script. La modifica della funzione talk2R() nello script dovrebbe farlo.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao MJ,
Sarebbe possibile ottenere il codice sorgente per il componente aggiuntivo?
Vorrei utilizzare la stessa interfaccia utente ma con i pacchetti Python come backend.
Grazie.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MikeDereviankin Rimuoverà le righe duplicate esclusivamente in base ai predittori, anche se tali righe potrebbero avere nomi o etichette diversi. Perché solo i predittori vengono utilizzati nel calcolo UMAP/tSNE.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ
In quale circostanza l'UMAP elimina le righe. Capisco che se i campioni hanno valori duplicati verranno eliminati, ma un UMAP identifica i campioni con valori duplicati, ma nomi diversi?
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ ha molto senso ora col senno di poi in base a come funziona l'algoritmo Rtsne. Grazie!
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @MikeDereviankin , sembra che tu abbia usato 4 come Output Dim per t-SNE, che non è consentito per questa versione di tSNE, usa invece 2 o 3. In alternativa, puoi specificare una dimensione di output >3 per UMAP se lo ritieni necessario.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ di seguito il registro:
{"t-SEN"}
{4, 30, 500}
"Ho algr!"
"Ho i parametri!"
"Inizia conDataPrep"
{"PCB-1_imputed, Pct of Total", "PCB-2_imputed, Pct of Total", "PCB-3_imputed, Pct of Total", "PCB-4_10_imputed, Pct of Total", "PCB-5_8_imputed, Pct of Total" , "PCB-6_imputato, percentuale del totale", "PCB-7_9_imputato, percentuale del totale", "PCB-11_imputato, percentuale del totale", "PCB-12_13_imputato, percentuale del totale", "PCB-15_imputato, percentuale del totale" }
"Termina la scarsità"
"La scarsità è: "
0.00300530234872998
"L'etichetta è: "
{"Tipo"}
"Dim di inData2R è: "
439
120
"Preparazione dati terminata."
"Avvia back-end!"
"L'etichetta è: "
{"Tipo"}
"All'interno della funzione talk2R."
"l'etichetta è:"
{"Tipo"}
"t-SNE è selezionato!"
TKIntRJMP.R versione 14.0
"Invio etichetta a R: "
{"Tipo"}
"Invio etichetta a R"
dati4R=dati.frame(dati4R)
#label=non elencare(etichetta)
#cat("l'etichetta è: ","etichetta,"\n")
#print(lunghezza(etichetta))
#gatto("\n")
#rimuovi le osservazioni duplicate da entrambi i set di dati
#inDataUniq=data4R[!duplicated(data4R[,!names(data4R) %in% label]),] #allow escludendo etichette multiple
#testa(data4R)
#cat("dim di inDataUniq è: ",dim(inDataUniq),"\n")
cat("Pronto per correre","\n")
if("t-SNE"=="t-SNE"){
cat("Stiamo eseguendo t-SNE","\n")
libreria("Rtsne")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% etichetta])
cat("dim di inDataTsne è: ",dim(inDataTsne),"\n")
tsne <- Rtsne(inDataTsne, dims = 4, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500,pca=F)
outputY=tsne$Y
testa(uscitaY)
}else if("t-SNE"=="UMAP"){
cat("Stiamo eseguendo UMAP","\n")
libreria (umap)
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% label], #method="umap-learn",
n_vicini=15, n_componenti=2, n_epoche=200,min_dist=0.1)
outputY=outUmap$layout
testa(uscitaY)
}else if("t-SNE"=="Entrambi"){
cat("Stiamo eseguendo Entrambi","\n")
libreria("Rtsne")
libreria (umap)
cat("\n","Inizia t-sne","\n")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% etichetta])
tsne <- Rtsne(inDataTsne, dims = 4, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500,pca=F)
outputY1=tsne$Y
cat("Avvia umap","\n")
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% label], #method="umap-learn",
n_vicini=15, n_componenti=2, n_epoche=200,min_dist=0.1)
outputY2=outUmap$layout
cat("Entrambi fatti","\n")
}
print("Analisi completata!")
Pronto per correre
Stiamo eseguendo t-SNE
dim di inDataTsne è: 439 119
Avviso: errore in .check_tsne_params(nrow(X), dims = dims, perplexity = perplexity, :
dims dovrebbe essere 1, 2 o 3
{"Codice campione", "Tipo", "PCB-1_imputed", "PCB-2_imputed", "PCB-3_imputed", "PCB-4_10_imputed", "PCB-5_8_imputed", "PCB-6_imputed", "PCB-7_9_imputed "," PCB-11_imputato"}
"Numero di iterazione: "
241
"Crea nuove colonne per t-SNE."
Errore in eval(expr, p): oggetto 'outputY' non trovato
Impossibile ottenere l'output R.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ
Cosa significa quando t-SNE restituisce "impossibile ottenere l'output R". Mi sono assicurato di impostare il mio CMD e ho persino eseguito JMP come amministratore. Dove altro potrebbe esserci un problema di sicurezza?
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @Ed1 , no, i predittori possono essere qualsiasi tipo di valore numerico. Tuttavia, potrebbe non funzionare con i personaggi.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao MJ,
Grazie per il componente aggiuntivo.
I predittori devono essere numeri interi?
Migliore,
ed
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPGrazie @ih per aver condiviso la tua esperienza personale.
@MikeDereviankin Le mie scuse per i problemi di integrazione di R, in genere avere una singola installazione di R, riavviare R, JMP o anche la tua macchina aiuterebbe in questo scenario. Dopo aver affrontato questi problemi, potresti apprezzare la praticità e l'interattività di questo componente aggiuntivo.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MikeDereviankin ,
Nel caso possa essere d'aiuto, questo testo è tratto dalla sezione "How JMP Finds R" del file Guida allo scripting di JMP 15 . Dalla mia esperienza collocamento la variabile di ambiente dall'interno di JMP è il metodo più sicuro.
JMP ritarda il caricamento di R fino a quando uno script basato su JSL richiede l'accesso. Quando JMP deve caricare R,
segue i passaggi standard per trovare R su un computer Windows:
1. Cerca la variabile di ambiente R_HOME.
Se la variabile esiste, carica R dalla directory specificata.
2. Se la variabile di ambiente R_HOME non esiste, cercare il valore InstallPath nel file
Registro di sistema di Windows nella seguente chiave:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\R-core\R
Se il valore InstallPath esiste, caricare R dalla directory specificata.
3. Se il valore InstallPath non esiste, un messaggio di errore indica che non è stato possibile trovare R.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ
Ho appena installato il componente aggiuntivo e ora JMP non riesce a trovare il mio R ... Ho ripristinato le mie variabili ambientali, cambiato il percorso in CMD, reinstallato R e niente.
Ottengo l'errore che dice che R non è installato. Questo non sembra un componente aggiuntivo efficace con tutti questi problemi che vengono evitati se T-SNE viene eseguito solo in R. La GUI è carina, ma questo sembra essere un mal di testa basato su tutti i commenti.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @MikeDereviankin , ho appena pubblicato una nuova versione di questo componente aggiuntivo. Potresti per favore provare questa nuova versione e farmi sapere se funziona per te? Sembra che ci sia qualcosa che non va nell'installazione di R.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP
CIAO,
ottengo il seguente errore:
Il pacchetto è stato eseguito su diversi set di dati JMP. Cosa ha innescato specificamente questo?
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @rexneal , ho fatto qualche esplorazione, probabilmente perché il livello di perplessità che hai impostato era troppo alto per un set di dati con meno di 90 righe. Consiglierei di ridurlo a 5~10 in questo caso. Pubblicherò presto una versione aggiornata di questo componente aggiuntivo che consentirà un migliore confronto tra i due metodi.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @rexneal , sono lieto che tu abbia trovato utile questo componente aggiuntivo. Esaminerò questo problema e ti ricontatterò il prima possibile.
Grazie,
MJ
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPHo utilizzato il componente aggiuntivo di incorporamento in JMP 14+ e JMP15. Questo componente aggiuntivo crea immagini tsne e umap e dati pca con un'interfaccia R. È un programma eccellente e facile da usare in quanto è così veloce. Le istruzioni dell'interfaccia R hanno funzionato bene.
L'ho usato su molti database. Tuttavia, su un recente database più piccolo di 74 righe genera sempre un messaggio di errore (memoria insufficiente o installazione errata). L'ho reinstallato di nuovo ma lo stesso problema. Lavorando sui dati ho stabilito che questo componente aggiuntivo richiede almeno 90 righe. Questo non è un problema con sklearn. Preferirei usare questo componente aggiuntivo invece di sklearn poiché questo componente aggiuntivo è molto più veloce per analisi multiple e consente prontamente di esportare i dati primari x e y pc in un altro file jmp per la creazione manuale di nuove classi.
C'è una correzione per questo?
Adoro JMP.Grazie Neil
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MikeD_Anderson Grazie Mike!
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@MJ & @markschahl , un altro pensiero è quello di aggiungerlo alla lista dei desideri di JMP sulla community:
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list
Ciò aiuterà a ottenere alcuni numeri intorno alla domanda e consentirà ad altri di esprimere il proprio sostegno per la capacità (sono d'accordo che sarebbe fantastico avere anche in JMP!)
M
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @markschahl , So che John Sall stava lavorando a una versione JMP di t-SNE ma non sono sicuro di quando la rilasceremo. Sono d'accordo sul fatto che sia un metodo potente e implementarlo in JMP sarebbe il modo ottimale poiché chiamare R ha molti potenziali problemi. Puoi richiederlo come nuova funzionalità tramite i nostri team tecnici o di gestione del prodotto.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPQuindi, t-SNE/UMAP verrà aggiunto a una versione futura di JMP? È una tecnica di rilevamento di eventi anomali molto potente con ampia applicabilità in tutto il settore. Ho appena letto questo giornale. t-SNE si comporta molto bene sul set di dati del Tennessee Eastman Process:
Un nuovo metodo di data mining senza supervisione basato sull'autoencoder stacked per la diagnosi dei guasti nei processi chimici
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPViene ancora visualizzato il seguente errore durante l'esecuzione del componente aggiuntivo Embezdding.
Il componente aggiuntivo continua a non funzionare in JMP-pro dopo aver modificato il CMD. In R, ho utilizzato la scheda "Pacchetti" - "Installa pacchetti" per installare umap e il pacchetto Rtsn. Qualche altro suggerimento?
Qualsiasi altro suggerimento
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@Lu Scusa per il disturbo. Su Windows 7, penso che tu possa andare al menu Start, digitare cmd o command nella casella di ricerca e premere invio. Oppure puoi semplicemente andare al menu Start e andare a Tutti i programmi. Quindi, apri Accessori e fai clic sul collegamento Prompt dei comandi.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPSono un utente di Windoxs 7 e non un esperto di ICT. Quindi non trovo come entrare nella "console CMD", scusa :-(.Ho rimosso R e l'ho reinstallato nella stessa mappa di JMPpro. Ancora ricevendo lo stesso messaggio di errore di cui sopra. Non è una buona idea?
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@Lu Il tuo problema è stato probabilmente causato da più installazioni di R sul tuo computer e JMP non è stato in grado di decidere quale utilizzare. Si prega di provare a impostare R_HOME come variabile ambientale come segue e riprovare questo componente aggiuntivo. Apri la console CMD di Windows e digita: setx R_HOME "Questo PC\Documenti\R\R-3.5.2". E assicurati che i pacchetti Rtsne e UMAP siano installati su questa versione di R. Per favore fatemi sapere se questo risolve il vostro problema.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPHo installato Rtsne come suggerito ma ora ricevo il seguente messaggio di errore;
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao @Lu , scusa per la mancanza di dettagli nel messaggio di errore. Potresti ricontrollare se hai installato Rtsne invece del pacchetto TSNE in R? Fammi sapere se questo risolve il tuo problema.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao, ho lo stesso errore che dice "I problemi riscontrati in R potrebbero essere causati da un'installazione non riuscita dei pacchetti Rtsne/umap o dalla memoria limitata". Ho installato UMAP e TSNE da Rstudio. Uso R x64 3.5.2 sotto Windows
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPGrazie @DBhattaram , sembra che tu non abbia installato il pacchetto Rtsne e UMAP nella versione R con cui sta parlando JMP. Se disponi di più versioni di R, assicurati di impostare R_Home come variabile ambientale come segue: apri la console CMD di Window e digita: setx R_HOME "your Path to R". E assicurati che i pacchetti Rtsne e umap siano installati su questa versione di R. Fammi sapere se risolve il tuo problema.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@ Pat1 Questo è su Windows per me
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO, @MJ
Ho inviato il registro di tutti i miei tentativi falliti di fargli eseguire il programma. Spero che sarà di qualche utilità
Saluti,
Dhruv
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPStai usando un Mac? Di fronte allo stesso problema! Sfortunatamente UMAP non ha funzionato.
Rtsne ha funzionato bene.
Auguri
colpetto
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @DBhattaram , è possibile che JMP non abbia trovato la versione R corretta o che si siano verificati problemi di controllo delle versioni R con l'interfaccia R di JMP. Potresti aprire il file di registro (CTRL + Maiusc + L) quando viene visualizzato il messaggio di errore e inviarmi le informazioni di registro dettagliate all'indirizzo Meijian.Guan@jmp.com? Sarei felice di dare un'occhiata.
MJ
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCaro @MJ ,
Durante il tentativo di eseguire il programma sul set di dati di test, ho ricevuto un errore che diceva "I problemi rilevati in R potrebbero essere causati da un'installazione non riuscita dei pacchetti Rtsne/umap o dalla memoria limitata".
Sono abbastanza sicuro di aver scaricato tutto ciò di cui ho bisogno (anche i pacchetti e R), quindi se potessi darmi un indizio sul motivo per cui non funziona, sarebbe molto apprezzato
Saluti,
Dhruv Bhattaram
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@Raaed Grazie per avermi fatto sapere. Molto felice di sentirlo!
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCaro Signore:
dopo aver installato i pacchetti tsne, Rtsne e umap e digitato lo script seguente su CMD, i componenti aggiuntivi vengono eseguiti✌
Grazie mille
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCaro @Raaed , credo di aver risposto in precedenza in merito a questo problema. È probabile che l'interfaccia R di JMP abbia avuto problemi a trovare l'installazione di R.
Si prega di provare a impostare R_HOME come variabile ambientale come segue e riprovare questo componente aggiuntivo. Apri la console CMD di Window e digita: setx R_HOME "Path to R". E assicurati che i pacchetti Rtsne e umap siano installati su questa versione di R. Per favore fatemi sapere se questo risolve il vostro problema.
Se utilizzi un Mac, devi eseguire il downgrade di R alla versione 3.3.3 e utilizzare solo T-SNE.
Inoltre, abbiamo alcuni thread sulla community che parlano di questo problema che puoi controllare.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Spero che aiuti!
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPcaro Signore
i componenti aggiuntivi non funzionano
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao Meijian,
Buon pomeriggio. Ho provato a utilizzare t-SNE e UMAP sui dati di esempio. Uso l'ultima versione di R Studio e JMP 13. Ma ho ricevuto il seguente errore-
Per favore, sappi come posso risolverlo. Grazie per l'aiuto.
PS. Non sarò in grado di eseguire l'aggiornamento a JMP 14 in questo momento.
Cordiali saluti,
Arif
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCaro @MJ
grazie per questo bel componente aggiuntivo. L'ho usato su un Mac tSNE con R versione 3.3.3 ha funzionato bene. L'UMAP no.
Ora l'ho verificato su Windows utilizzando l'ultima versione R 3.6.1 con RStudio. Ho installato i pacchetti per umap e Rtsne, sfortunatamente né umap né Rtsne hanno funzionato. Uso JMP 14.3.
Ecco cosa dice il log quando provo i dati mnist dopo PCA (usando 2 PC come predittori):
{"UMAP"}
{2, 3, 200, 0,1}
"Ho algr!"
"Ho i parametri!"
"Dim di inData2R è: "
10000
3
"Avvia back-end!"
"UMAP è selezionato!"
TKIntRJMP.R versione 14.0
etichetta è: etichetta
dim di inDataUniq è: 10000 3
Pronto per correre
Stiamo eseguendo UMAP
Si è verificata un'eccezione di tipo c0000005 all'indirizzo 6c910ef2 durante l'elaborazione delle istruzioni R inviate. Questo indirizzo è all'offset 10ef2 nel modulo "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll"
Si è verificata un'eccezione di tipo c0000005 all'indirizzo 6c910ef2 durante l'elaborazione delle istruzioni R inviate. Questo indirizzo è all'offset 10ef2 nel modulo "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll"
I problemi riscontrati in R potrebbero essere causati da un'installazione non riuscita dei pacchetti Rtsne/umap o dalla memoria limitata.
{"t-SEN"}
{2, 5, 500}
"Ho algr!"
"Ho i parametri!"
"Dim di inData2R è: "
10000
3
"Avvia back-end!"
"t-SNE è selezionato!"
TKIntRJMP.R versione 14.0
etichetta è: etichetta
dim di inDataUniq è: 10000 3
Pronto per correre
Stiamo eseguendo t-SNE
dim di inDataTsne è: 10000 2
Leggi la matrice di dati 10000 x 2 con successo!
OpenMP funziona. 1 fili.
Usando no_dims = 2, perplessità = 5,000000 e theta = 0,500000
Somiglianze di input di calcolo...
Costruire albero...
- punto 10000 di 10000
Fatto in 0,45 secondi (scarsità = 0,001695)!
Incorporamento dell'apprendimento...
Iterazione 50: l'errore è 120.349392 (50 iterazioni in 2,08 secondi)
Iterazione 100: l'errore è 103.025177 (50 iterazioni in 1,94 secondi)
Iterazione 150: l'errore è 94,995130 (50 iterazioni in 1,70 secondi)
Iterazione 200: l'errore è 90.828601 (50 iterazioni in 1,75 secondi)
Iterazione 250: l'errore è 87.964178 (50 iterazioni in 1,81 secondi)
Iterazione 300: l'errore è 4.069311 (50 iterazioni in 1,82 secondi)
Iterazione 350: l'errore è 3,474366 (50 iterazioni in 1,83 secondi)
Iterazione 400: l'errore è 3,044447 (50 iterazioni in 1,84 secondi)
Iterazione 450: l'errore è 2,719790 (50 iterazioni in 1,83 secondi)
Iterazione 500: l'errore è 2,466420 (50 iterazioni in 1,84 secondi)
Montaggio eseguito in 18,44 secondi.
[,1] [,2]
[1,] -18.4173747 30.133875
[2,] -23,5082997 -17,985255
[3,] 0,7376548 -4,148267
[4,] -5,6881024 6,385878
[5,] 8.8457460 22.245393
[6,] -10.8212058 -17.013940
[1] "Analisi completata!"
Si è verificata un'eccezione di tipo c0000005 all'indirizzo 6c910ef2 durante l'elaborazione delle istruzioni R inviate. Questo indirizzo è all'offset 10ef2 nel modulo "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll"
I problemi riscontrati in R potrebbero essere causati da un'installazione non riuscita dei pacchetti Rtsne/umap o dalla memoria limitata.
Sarebbe fantastico se tu avessi un'idea di cosa dovrei provare. Grazie in anticipo e cordiali saluti Patrick
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao, @FN , sembra che tu abbia installato una versione diversa del pacchetto t-sne. Potresti provare a installare Rtsne tramite R studio invece? La versione github per questo pacchetto è qui: https://github.com/jkrijthe/Rtsne . Assicurati inoltre che il tuo percorso R_HOME punti alla versione R corretta con UMAP e Rtsne installati. Fammi sapere se hai ulteriori domande.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPSono riuscito a eseguire umap ma non tramite Anaconda/conda.
Penso di installare il pacchetto sbagliato per tsne. Puoi fornire l'URL in cran?
Ecco il passo dopo passo.
Int R da https://cran.r-project.org/
Installa Rstudio commnutiy https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
Usa Rstudio per installare tsne e umap.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPGrazie. Ad essere onesti, non sono sicuro di quale sia il modo migliore per installare R. Sono abituato a gestire le installazioni di Python con conda/anaconda, che ora include anche R.
Questo è il percorso in cui ho installato R.
(base) C:\Users\john_doe>dove r
C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\R.exe
Immagino di dover installare questi pacchetti
https://anaconda.org/conda-forge/r-tsne
https://anaconda.org/conda-forge/r-umap
Per fare in modo che JMP sia in grado di trovare la mia installazione R, eseguo questo (o cambio il PERCORSO manualmente):
setx R_HOME "C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\"
Se c'è una guida dettagliata su come farlo meglio, per favore fatemelo sapere.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAP@FN Ciao, grazie per i tuoi suggerimenti. Sarebbe un'ottima opzione includere gli eseguibili R/Python, ma a causa delle nostre politiche e preoccupazioni legali, non li ho inclusi. Per favore fatemi sapere se avete problemi relativi alle installazioni o alle versioni di R durante l'utilizzo di questo componente aggiuntivo.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPGrazie mille per aver fornito un'interfaccia per JMP.
Mi chiedo se questi componenti aggiuntivi possano includere gli eseguibili R/Python in modo da poterli eseguire direttamente.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO @ngalphie , questo sembra un problema con la versione precedente di JMP.
1. Ho notato che stai utilizzando JMP 13, potrebbe essere utile aggiornarlo all'ultima versione (JMP 14.3) e provare di nuovo questo componente aggiuntivo.
2. Inviami al supporto tecnico il rapporto sull'arresto anomalo salvato in C:\Utenti\nomeutente\AppData\Local\Temp\JmpCrashReports\13 ( https://support.sas.com/ctx/supportform/createForm?ctry=us_JMP ) o direttamente a me (Meijian.Guan@jmp.com), possiamo approfondire.
3. Ci sono anche alcuni post sulla community che parlano di questo problema. Puoi dare un'occhiata per vedere se c'è qualcosa che menzionano potrebbe aiutare.
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-has-performed-an-access-violation-and-will-shut-down-while/td-p/108183
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-Access-Violation-Likely-Causes/mp/5648#M5647
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao @MJ ,
Ho provato a eseguire i tuoi dati di esempio, ma si è verificato un arresto anomalo della violazione di accesso. Nel file di registro, sembra che il lato R sia stato eseguito correttamente. Qualche idea su come posso affrontare il problema?
Grazie,
Al
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao marxx,
Il tuo problema è stato probabilmente causato da più installazioni di R sul tuo computer e JMP non è stato in grado di decidere quale utilizzare. Si prega di provare a impostare R_HOME come variabile ambientale come segue e riprovare questo componente aggiuntivo. Apri la console CMD di Windows e digita: setx R_HOME "Questo PC\Documenti\R\R-3.5.2". E assicurati che i pacchetti Rtsne e umap siano installati su questa versione di R. Per favore fatemi sapere se questo risolve il vostro problema.
Inoltre, abbiamo alcuni thread sulla community che parlano di questo problema che puoi controllare.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao MJ,
Ricevo un messaggio di errore quando provo questo componente aggiuntivo. Sembra che non riconosca la mia installazione di R. Saresti in grado di aiutare a capire come far riconoscere al tuo componente aggiuntivo la mia installazione di R se questo è davvero il problema?
Includo uno screenshot che mostra che R è aperto ma non viene riconosciuto e uno screenshot della mia posizione di installazione di R (non file di programma) e anche copiando alcuni dei messaggi di errore riportati di seguito.
Questo sembra uno strumento molto eccitante e spero di usarlo. In precedenza ho trovato utile t-sne in R e sarebbe di grande valore poterlo fare proprio in JMP. Qualsiasi aiuto tu possa fornire è molto apprezzato.
Grazie!
Screenshot dell'errore e apertura dell'istanza R, quindi screenshot del percorso di installazione di R
Codice di errore
"
Impossibile trovare un'installazione di R su questo sistema. Il supporto di JMP R richiede R versione 2.9.1 o successiva per l'accesso o la valutazione di 'Glue' , write2lastRun( pb2, _addinPath_ );
algr = cbb << prendi selezionato();
Print( "Ho algr!" );
Tentativo(
dim1 = dimBx1 << get;
per1 = perBx1 << prendi;
iter1 = iterBx1 << get;
);
Tentativo(
dim2 = dimBx2 << get;
per2 = perBx2 << get;
iter2 = iterBx2 << get;
dist = distbox << get;
);
Print("Ho i parametri!" );
Prova( predittore = selectedX << getitems );
If( Lunghezza( predittore ) < 1,
Throw( "Specificare predittori" )
);
Try( labelY = selectedY << getitems );
If( N elementi( labelY ) > 0,
etichettaY1 = etichettaY[1];
grphVars = Eval Insert( "X( :Y2 ), Y( :Y1 ), Color( :^labelY1^ ) " );
,
etichettaY1 = "";
grphVars = "X( :Y2 ), Y( :Y1 )";
***** Testo troncato *****"
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCiao Mujahida,
I colori indicano le vere etichette per questo set di dati, quindi i punti dati con lo stesso colore dovrebbero avere attributi simili. I cluster sono stati stimati da t-SNE e UMAP, dovresti vedere alcune discrepanze di colore.
Re: Visualizzazione dei dati con t-SNE e UMAPCIAO! MJ,
Posso capire che, nelle foto sopra, ogni massa/gruppo di punti può essere trattato come lo stesso attributo? o diversi punti di colore dovrebbero essere trattati come attributi diversi?
