Visualización de datos con t-SNE y UMAP.Descripción
Recientemente, los algoritmos de visualización y reducción de dimensiones no lineales, en particular la incrustación de vecinos estocásticos distribuidos en t (t-SNE) y la aproximación y proyección de variedades uniformes (UMAP), se han aplicado ampliamente a diversas áreas de investigación, como el procesamiento de imágenes y la minería de textos. y genómica. Este complemento proporciona acceso a paquetes t-SNE y UMAP R. Ofrece una interfaz fácil de usar que permite la navegación por tablas de datos, el control de calidad de los datos, el manejo de la escasez, la parametrización intuitiva y la interpretación interactiva de los resultados.
Ejemplo de uso
Aquí hay una captura de pantalla de la interfaz con los datos MNIST cargados. En Especificaciones del modelo, seleccioné la columna de etiqueta como Etiqueta y todos los píxeles como predictores. Elegí t-SNE y UMAP como algoritmos.
Otra captura de pantalla de los resultados de t-SNE (arriba) y UMAP (abajo).
Este complemento también admite algunas opciones básicas de control de calidad, incluida la verificación de valores faltantes, la distribución y el cálculo de escasez. Puede encontrar estas opciones en Opciones de control de calidad en la interfaz.
Actualizaciones: la interfaz JMP R en Mac tiene problemas de versiones. Baje su R a la versión <=3.3.3 y use t-sne solo si es usuario de Mac.
Registro de cambios:
v.2 <22/9/2020> Se agregaron resultados de tsne y umap a la tabla original y se reorganizó la salida para una mejor experiencia de exploración.
v.1.2 <14/03/2019> Se solucionó un problema en el paquete Rtsne donde una gran cantidad de columnas causaban un problema de desbordamiento de pila.
v.1.1 <8/3/2019> Se corrigió un error que podría producir "problemas encontrados en R, ¿memoria agotada?" mensaje de error. Se agregó un submenú para el conjunto de datos de ejemplo MNIST.
v.1.0 <26/02/2019> Versión inicial.
Integración de tercerosVisualización de datosAnálisis exploratorio de datosCiencias de la vidaRe: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@Nazarkovsky - ¡Ponlo en la lista de deseos! Estoy de acuerdo en que UMAP debería estar ahí. Si observa cómo configuraron la GUI, está bastante claro que fue diseñada para agregar otros métodos en el futuro.
METRO
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPGracias, @MikeD_Anderson !
Vaya, es verdad. Lástima que no se incluyó a la UMAP junto con el TSNE.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@Nazarkovsky - eche un vistazo a JMP 17 Pro Docs ( https://www.jmp.com/support/help/en/17.1/index.shtml#page/jmp/multivariate-embedding.shtml%23 ). T-SNE ahora es parte del Analizar > Multivariante > Incrustación multivariante plataforma en pro.
Mejor,
METRO
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP¡Buenas noches, queridos colegas!
Instalé R 3.6.3 y RStudio en mi Windows 10 (64 bits). Se instalaron ambos paquetes correctamente y el archivo de ejemplo para el complemento funcionó bien visualizando correctamente los datos. Sin embargo, siempre que inicié mi archivo (32 filas, 7 columnas de predictores, 1 columna como "etiqueta"), el proceso generó una alerta a continuación.
¿Podría por favor explicar qué estaba mal? Todas las columnas eran numéricas continuas como en el ejemplo, MNIST.jmp. La única diferencia era que los números en 7 variables no eran enteros: como 0,234234 o 0,472343.
Apreciaré mucho tu consejo.
Miguel
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ ¿Has podido ayudar a los usuarios de MacOS con la integración de R? Funciona muy bien en mi Windows. ¿Alguna posibilidad de establecer esta conexión sin degradar mi R? Utilizo la integración a menudo con paquetes nuevos. Esto es para una Macbook M1 y eso marca la diferencia.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola
Estoy intentando utilizar el complemento pero obtengo la misma respuesta "No se puede obtener la salida R" de JMP 16.2.0 + R 4.1.2
= Mismo problema que FR60
Tuve una de las quejas anteriores que decía que no podía encontrar R, así que descarté el antiguo R e instalé la versión actual R 4.1.2 que genera el error anterior.
Por tanto, no está del todo claro dónde reside el problema.Con la amplia aplicación de estas herramientas, parece que ya es hora de que SAS necesite incorporar esta capacidad a JMP.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola MJ.
Estoy intentando utilizar su complemento, pero aunque seguí su sugerencia sobre la versión R para configurarla como Inicio, sigo recibiendo el siguiente mensaje de alerta:
No se puede obtener la salida R.
¿Puedes ayudarme por favor?
Felice
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPmj
Su complemento UMAP funciona muy bien. Yo lo uso casi todos los días. Gracias por la información sobre la perplejidad.
Cuando repito el UMAP con los mismos datos, siempre obtengo parámetros similares pero ligeramente diferentes.
No es significativo ya que las tramas siempre están muy cerca. Pero un par de muestras variarán un poco.
Por qué es esto. ¿Es la semilla aleatoria la que cambia?
Muchas gracias. Gran complemento
neal
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MikeDereviankin No pude reproducir este problema. Estaba usando el último R 4.0.3, JMP 15.1 y el último UMAP y tSNE, ambos algoritmos funcionaron bien. Creo que lo que salió mal fue el comando R send(), lo que podría deberse a una comunicación fallida con una versión específica de R o problemas de datos inesperados. ¿Has probado el complemento con el conjunto de datos MNIST de ejemplo? Otras cosas que puede intentar incluyen actualizar R y UMAP nuevamente, eliminar instalaciones adicionales de R y actualizar JMP a versiones más nuevas si es posible. También puedes enviarme tu conjunto de datos para que le eche un vistazo si no es confidencial (Meijian.Guan@jmp.com). Y contactar con el soporte técnico también es siempre una buena opción.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHe configurado R como hogar para la versión anterior de R y la biblioteca cran también instala paquetes en esta versión. El problema es que UMAP no es compatible con 3.5.2. por lo que parece.
Como mencioné anteriormente, había estado trabajando con 4.0.2 anteriormente y todo funcionó bien.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPProporcioné propósitos administrativos y ahora aparece el mismo error que antes, "sendRdata".
Anteriormente había usado esto con R-4.0.2 y, de repente, la semana pasada no funciona. UMAP funciona bien en el propio R.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ
Esto aparece ahora similar a antes:
¿Debo otorgar permisos de administrador?
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MikeDereviankin Sí, consulte la siguiente información.
Intente configurar R_HOME como una variable ambiental de la siguiente manera y pruebe este complemento nuevamente. Abra la consola CMD de Windows y escriba: setx R_HOME "Esta PC\Documentos\R\R-3.5.2". Y asegúrese de que los paquetes Rtsne y umap estén instalados en esta versión de R. Por favor, avíseme si esto resuelve su problema.
Además, tenemos algunos hilos en la comunidad que hablan sobre este tema y que puedes consultar.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ ¿Puedo tener dos R diferentes configurados en mi computadora y hacer que el script JMP vaya a esa versión específica de R?
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MikeDereviankin Si este error ocurrió después de actualizar su paquete R y UMAP, ese podría ser el motivo. Algunas versiones de JMP solo funcionan bien con versiones específicas de R; por ejemplo, R 3.5.2 funciona bien con la mayoría de las versiones de JMP. Es posible que debas considerar degradar tu R e intentarlo nuevamente.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola,
Recibo este error. Reinstalé R 4.03 y UMAP en el paquete cran. La conexión está ahí, pero algo no se conecta.
{"UMAP"}
{3, 15, 200, 0,1}
"¡Tengo a Algr!"
"¡Tengo parámetros!"
"Comenzar en DataPrep"
{"2,3,7,8-TCDD", "1,2,3,7,8-PeCDD", "1,2,3,4,7,8-HxCDD", "1,2,3, 6,7,8-HxCDD", "1,2,3,7,8,9-HxCDD", "2,3,7,8-TCDF", "1,2,3,7,8-PeCDF" , "2,3,4,7,8-PeCDF", "1,2,3,4,7,8-HxCDF", "1,2,3,6,7,8-HxCDF"}
"Acabar con la escasez"
"La escasez es: "
0.280112044817927
"La etiqueta es: "
{}
"La atenuación de inData2R es: "
119
15
"Preparación de datos terminada".
"¡Iniciar el backend!"
"La etiqueta es: "
{}
"Dentro de la función talk2R."
"la etiqueta es:"
{}
"¡UMAP está seleccionado!"
TKIntRJMP.R versión 14.0
La declaración final de R está incompleta.
Error al enviar datos para "data4R"
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@FN Sí, el complemento es básicamente un archivo comprimido. Debería poder descomprimirlo con cualquier herramienta de descompresión y encontrar embedding.jsl en la carpeta del script. Modificar la función talk2R() en el script debería bastar.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola MJ,
¿Sería posible obtener el código fuente del complemento?
Me gustaría usar la misma interfaz de usuario pero con paquetes de Python como backend.
Gracias.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MikeDereviankin Eliminará las filas duplicadas basándose únicamente en los predictores, aunque esas filas puedan tener nombres o etiquetas diferentes. Porque solo se utilizan predictores en el cálculo de UMAP/tSNE.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ
¿En qué circunstancias la UMAP elimina las filas? Entiendo que si las muestras tienen valores duplicados, se eliminarán, pero ¿un UMAP identifica muestras con valores duplicados, pero con nombres diferentes?
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ Tiene mucho sentido ahora, en retrospectiva, según cómo funciona el algoritmo Rtsne. ¡Gracias!
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @MikeDereviankin , parece que usaste 4 como Output Dim para t-SNE, lo cual no está permitido para esta versión de tSNE; usa 2 o 3 en su lugar. Como alternativa, puede especificar una dimensión de salida >3 para UMAP si lo cree necesario.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ a continuación se muestra el registro:
{"t-SNE"}
{4, 30, 500}
"¡Tengo a Algr!"
"¡Tengo parámetros!"
"Comenzar en DataPrep"
{"PCB-1_imputado, porcentaje del total", "PCB-2_imputado, porcentaje del total", "PCB-3_imputado, porcentaje del total", "PCB-4_10_imputado, porcentaje del total", "PCB-5_8_imputado, porcentaje del total" , "PCB-6_imputado, porcentaje del total", "PCB-7_9_imputado, porcentaje del total", "PCB-11_imputado, porcentaje del total", "PCB-12_13_imputado, porcentaje del total", "PCB-15_imputado, porcentaje del total" }
"Acabar con la escasez"
"La escasez es: "
0.00300530234872998
"La etiqueta es: "
{"Tipo"}
"La atenuación de inData2R es: "
439
120
"Preparación de datos terminada".
"¡Iniciar el backend!"
"La etiqueta es: "
{"Tipo"}
"Dentro de la función talk2R."
"la etiqueta es:"
{"Tipo"}
"¡T-SNE está seleccionado!"
TKIntRJMP.R versión 14.0
"Enviando etiqueta a R: "
{"Tipo"}
"Enviando etiqueta a R"
datos4R=datos.marco(datos4R)
#etiqueta=eliminar lista(etiqueta)
#cat("la etiqueta es: ",etiqueta,"\n")
#print(longitud(etiqueta))
#gato("\n")
#eliminar observaciones duplicadas de ambos conjuntos de datos
#inDataUniq=data4R[!duplicated(data4R[,!names(data4R) %in% etiqueta]),] #permitir excluir varias etiquetas
#cabeza(datos4R)
#cat("dim de inDataUniq es: ",dim(inDataUniq),"\n")
cat("Listo para ejecutar","\n")
if("t-SNE"=="t-SNE"){
cat("Estamos ejecutando t-SNE","\n")
biblioteca("Rtsne")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% etiqueta])
cat("dim de inDataTsne es: ",dim(inDataTsne),"\n")
tsne <- Rtsne(inDataTsne, dims = 4, perplexity=30, detallado=TRUE, max_iter = 500,pca=F)
salidaY=tsne$Y
cabeza(salidaY)
}si no("t-SNE"=="UMAP"){
cat("Estamos ejecutando UMAP","\n")
biblioteca (umapa)
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% etiqueta], #method="umap-learn",
n_vecinos=15, n_componentes=2, n_épocas=200,min_dist=0.1)
salidaY=outUmap$diseño
cabeza(salidaY)
}si no("t-SNE"=="Ambos"){
cat("Estamos ejecutando ambos","\n")
biblioteca("Rtsne")
biblioteca (umapa)
cat("\n","Iniciar t-sne","\n")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% etiqueta])
tsne <- Rtsne(inDataTsne, dims = 4, perplexity=30, detallado=TRUE, max_iter = 500,pca=F)
salidaY1=tsne$Y
gato("Iniciar umap","\n")
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% etiqueta], #method="umap-learn",
n_vecinos=15, n_componentes=2, n_épocas=200,min_dist=0.1)
salidaY2=outUmap$diseño
gato("Ambos hechos","\n")
}
print("Análisis realizado!")
Listo para ejecutar
Estamos ejecutando t-SNE
tenue de inDataTsne es: 439 119
Advertencia: Error en .check_tsne_params(nrow(X), dims = dims, perplejidad = perplejidad,:
las atenuaciones deben ser 1, 2 o 3
{"Código de muestra", "Tipo", "PCB-1_imputado", "PCB-2_imputado", "PCB-3_imputado", "PCB-4_10_imputado", "PCB-5_8_imputado", "PCB-6_imputado", "PCB-7_9_imputado ", "PCB-11_imputado"}
"Número de iteración: "
241
"Crear nuevas columnas para t-SNE".
Error en eval(expr, p): objeto 'salidaY' no encontrado
No se puede obtener la salida R.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ
¿Qué significa cuando t-SNE devuelve "no se puede obtener la salida R"? Me aseguré de configurar mi CMD e incluso ejecuté JMP como administrador. ¿Dónde más podría haber un problema de seguridad?
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @Ed1 , no, los predictores pueden ser cualquier tipo de valores numéricos. Sin embargo, es posible que no funcione con personajes.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola MJ,
Gracias por el complemento.
¿Los predictores tienen que ser números enteros?
Mejor,
Ed
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPGracias @ih por compartir tu experiencia personal.
@MikeDereviankin Mis disculpas por los problemas de integración de R. Por lo general, tener una instalación única de R, reiniciar R, JMP o incluso su máquina ayudaría en este escenario. Después de pasar por estos problemas, es posible que aprecie la conveniencia y la interactividad de este complemento.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MikeDereviankin ,
En caso de que le ayude, este texto es de la sección "Cómo JMP encuentra R" de la Guía de secuencias de comandos JMP 15 . De acuerdo con mi experiencia configuración la variable de entorno desde JMP es el método más seguro.
JMP retrasa la carga de R hasta que un script basado en JSL requiere acceso a él. Cuando JMP necesita cargar R,
sigue los pasos estándar para encontrar R en una computadora con Windows:
1. Busque la variable de entorno R_HOME.
Si la variable existe, cargue R desde el directorio especificado.
2. Si la variable de entorno R_HOME no existe, busque el valor de InstallPath en el
Registro de Windows bajo la siguiente clave:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\R-núcleo\R
Si el valor InstallPath existe, cargue R desde el directorio especificado.
3. Si el valor de InstallPath no existe, un mensaje de error indica que no se pudo encontrar R.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ
Acabo de instalar el complemento y ahora JMP no puede encontrar mi R... Restablecí mis variables ambientales, cambié la ruta en CMD, reinstalé R y nada.
Recibo el error que dice que R no está instalado. Este no parece un complemento eficaz con todos estos problemas que se evitan si T-SNE simplemente se ejecuta en R. La GUI es buena, pero esto parece ser un dolor de cabeza según todos los comentarios.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @MikeDereviankin , acabo de publicar una nueva versión de este complemento. ¿Podrías probar esta nueva versión y decirme si funciona para ti? Parece que hay algún problema con la instalación de R.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP
Hola,
Obtuve el siguiente error:
El paquete se ha estado ejecutando en diferentes conjuntos de datos JMP. ¿Qué desencadenó específicamente esto?
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @rexneal , Hice una exploración un poco, probablemente se debió a que el nivel de perplejidad que estableciste era demasiado alto para un conjunto de datos con menos de 90 filas. Recomendaría reducirlo a 5~10 en este caso. Pronto publicaré una versión actualizada de este complemento que permitirá una mejor comparación entre los dos métodos.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @rexneal , Me alegra que hayas encontrado útil este complemento. Investigaré este problema y me comunicaré con usted tan pronto como pueda.
Gracias,
mj
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHe estado usando el complemento de incrustación en JMP 14+ y JMP15. Este complemento crea imágenes tsne y umap y datos pca con una interfaz R. Es un programa excelente y fácil de usar ya que es muy rápido. Las instrucciones de la interfaz R funcionaron bien.
Lo he usado en muchas bases de datos. Sin embargo, en una base de datos reciente más pequeña de 74 filas, siempre arroja un mensaje de error (memoria insuficiente o instalación incorrecta). Lo reinstalé nuevamente pero el mismo problema. Al analizar los datos, determiné que este complemento requiere al menos 90 filas. Esto no es un problema con sklearn. Preferiría usar este complemento en lugar de sklearn, ya que este complemento es mucho más rápido para análisis múltiples y permite exportar fácilmente los datos primarios de PC xey a otro archivo jmp para la creación manual de nuevas clases.
¿Hay alguna solución para esto?
Me encanta JMP.gracias, neal
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MikeD_Anderson ¡Gracias Mike!
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ & @markschahl , otra idea es agregarlo a la lista de deseos de JMP en la comunidad:
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list
Esto ayudará a lograr que algunos números se ajusten a la demanda y permitirá que otros expresen su apoyo a la capacidad (¡estoy de acuerdo en que sería genial tenerlo en JMP también!)
METRO
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @markschahl Sé que John Sall estaba trabajando en una versión JMP de t-SNE, pero no estoy seguro de cuándo la lanzaremos. Estoy de acuerdo en que es un método poderoso e implementarlo en JMP sería la forma óptima, ya que llamar a R tiene muchos problemas potenciales. Puedes solicitarlo como nueva característica a través de nuestros equipos técnicos o de gestión de producto.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPEntonces, ¿se agregará t-SNE/UMAP a una versión futura de JMP? Es una técnica de detección de eventos anormales muy poderosa con amplia aplicabilidad en toda la industria. Acabo de leer este artículo. t-SNE funciona muy bien en el conjunto de datos del proceso Tennessee Eastman:
Un nuevo método de minería de datos no supervisado basado en el codificador automático apilado para el diagnóstico de fallas en procesos químicos
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPSigo recibiendo el siguiente error al ejecutar el complemento Embezdding.
El complemento aún no funciona en JMP-pro después de cambiar el CMD. En R, utilicé la pestaña "Paquetes" - "Instalar paquetes" para instalar el paquete umap y Rtsn. ¿Alguna otra sugerencia?
Alguna otra sugerencia
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@Lu Lo siento por la molestia. En Windows 7, creo que puedes ir al menú Inicio, escribir cmd o comando en el cuadro de búsqueda y presionar Intro. O simplemente puede ir al Menú Inicio y a Todos los programas. Luego, abra Accesorios y haga clic en el acceso directo del símbolo del sistema.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPSoy usuario de Windoxs 7 y no experto en TIC. Entonces no encuentro cómo ingresar a la "consola CMD", lo siento :-(.Eliminé R y lo reinstalé en el mismo mapa que JMPpro. Sigo recibiendo el mismo mensaje de error que el anterior. ¿No es Buena idea?
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@Lu Es probable que su problema haya sido causado por múltiples instalaciones de R en su máquina y JMP no pudo decidir cuál usar. Intente configurar R_HOME como una variable ambiental de la siguiente manera y pruebe este complemento nuevamente. Abra la consola CMD de Windows y escriba: setx R_HOME "Esta PC\Documentos\R\R-3.5.2". Y asegúrese de que los paquetes Rtsne y UMAP estén instalados en esta versión de R. Por favor, avíseme si esto resuelve su problema.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPInstalé Rtsne como se sugirió, pero ahora aparece el siguiente mensaje de error;
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @Lu , perdón por faltar detalles en el mensaje de error. ¿Podrías volver a verificar si instalaste? Rtsne en lugar del paquete TSNE en R? Déjame saber si eso soluciona tu problema.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola, tengo el mismo error que dice "Los problemas encontrados en R pueden deberse a una instalación fallida de los paquetes Rtsne/umap o a una memoria limitada". Instalé UMAP y TSNE desde Rstudio. Utilizo R x64 3.5.2 en Windows
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPGracias @Dhattaram , parece que no tenías los paquetes Rtsne y UMAP instalados en la versión R con la que está hablando JMP. Si tiene varias versiones de R, asegúrese de configurar R_Home como variable ambiental de la siguiente manera: abra la consola CMD de Windows y escriba: setx R_HOME "su ruta a R". Y asegúrese de que los paquetes Rtsne y umap estén instalados en esta versión de R. Déjame saber si resuelve tu problema.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@Pat1 Esto está en Windows para mí.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola, @MJ
Envié el registro de todos mis intentos fallidos de ejecutar el programa. Con suerte, eso será de alguna utilidad.
Saludos,
Dhruv
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP¿Estás usando una Mac? ¡Enfrenté el mismo problema! Lamentablemente la UMAP no funcionó.
Rtsne funcionó muy bien.
Los mejores deseos
Palmadita
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @Dhattaram , es posible que JMP no haya encontrado la versión R correcta o que haya problemas con la versión R con la interfaz JMP R. ¿Podría abrir el archivo de registro (CTRL+Shift+L) cuando vea el mensaje de error y enviarme la información de registro detallada a Meijian.Guan@jmp.com? Estaré encantado de echarle un vistazo.
mj
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPEstimado @MJ ,
Al intentar ejecutar el programa en el conjunto de datos de prueba, recibí un error que decía "Los problemas encontrados en R podrían deberse a una instalación fallida de los paquetes Rtsne/umap o a una memoria limitada".
Estoy bastante seguro de que descargué todo lo que necesito (los paquetes y R también), así que si pudieras explicarme por qué esto no funciona, te lo agradecería mucho.
Saludos,
Dhruv Bhattaram
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@Raaed Gracias por hacérmelo saber. ¡Me alegro mucho de oírlo!
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPEstimado señor:
después de instalar los paquetes tsne, Rtsne y umap y escribir el siguiente script en CMD, se ejecutan los complementos✌
muchas gracias
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPEstimado @Raaed , Creo que he respondido anteriormente sobre este tema. Probablemente se deba a que JMP R Interface tuvo problemas para encontrar su instalación de R.
Intente configurar R_HOME como una variable ambiental de la siguiente manera y pruebe este complemento nuevamente. Abra la consola CMD de Windows y escriba: setx R_HOME "Ruta a R". Y asegúrese de que los paquetes Rtsne y umap estén instalados en esta versión de R. Por favor, avíseme si esto resuelve su problema.
Si está utilizando Mac, debe degradar su R a la versión 3.3.3 y utilizar únicamente T-SNE.
Además, tenemos algunos hilos en la comunidad que hablan sobre este tema y que puedes consultar.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
¡Espero que ayude!
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPEstimado
los complementos no se ejecutan
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola Meijian,
Buenas tardes. Intenté utilizar t-SNE y UMAP en los datos de muestra. Utilizo la última versión de R Studio y JMP 13. Pero recibí el siguiente error-
Por favor, dígame cómo puedo solucionarlo. Gracias por tu ayuda.
PD. No podré actualizar a JMP 14 en este momento.
Atentamente,
arif
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPEstimado @MJ
gracias por este bonito complemento. Lo usé en una Mac tSNE con R Versión 3.3.3 funcionó bien. La UMAP no lo hizo.
Ahora lo verifiqué en Windows usando la última versión R 3.6.1 con RStudio. Instalé los paquetes para umap y Rtsne desafortunadamente ni umap ni Rtsne funcionaron. Yo uso JMP 14.3.
Esto es lo que dice el registro cuando pruebo los datos de mnist después de PCA (usando 2 PC como predictores):
{"UMAP"}
{2, 3, 200, 0,1}
"¡Tengo a Algr!"
"¡Tengo parámetros!"
"La atenuación de inData2R es: "
10000
3
"¡Iniciar el backend!"
"¡UMAP está seleccionado!"
TKIntRJMP.R versión 14.0
la etiqueta es: etiqueta
tenue de inDataUniq es: 10000 3
Listo para ejecutar
Estamos ejecutando UMAP
Se produjo una excepción de tipo c0000005 en la dirección 6c910ef2 mientras se procesaban las declaraciones R enviadas. Esta dirección está en el desplazamiento 10ef2 en el módulo "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll"
Se produjo una excepción de tipo c0000005 en la dirección 6c910ef2 mientras se procesaban las declaraciones R enviadas. Esta dirección está en el desplazamiento 10ef2 en el módulo "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll"
Los problemas encontrados en R podrían deberse a una instalación fallida de los paquetes Rtsne/umap o a una memoria limitada.
{"t-SNE"}
{2, 5, 500}
"¡Tengo a Algr!"
"¡Tengo parámetros!"
"La atenuación de inData2R es: "
10000
3
"¡Iniciar el backend!"
"¡T-SNE está seleccionado!"
TKIntRJMP.R versión 14.0
la etiqueta es: etiqueta
tenue de inDataUniq es: 10000 3
Listo para ejecutar
Estamos ejecutando t-SNE
tenue de inDataTsne es: 10000 2
¡Lea la matriz de datos de 10000 x 2 con éxito!
OpenMP está funcionando. 1 hilos.
Usando no_dims = 2, perplejidad = 5,000000 y theta = 0,500000
Calculando similitudes de entrada...
Árbol de construcción...
- punto 10000 de 10000
¡Hecho en 0,45 segundos (escasez = 0,001695)!
Aprendiendo a integrar...
Iteración 50: el error es 120.349392 (50 iteraciones en 2,08 segundos)
Iteración 100: el error es 103.025177 (50 iteraciones en 1,94 segundos)
Iteración 150: el error es 94.995130 (50 iteraciones en 1,70 segundos)
Iteración 200: el error es 90.828601 (50 iteraciones en 1,75 segundos)
Iteración 250: el error es 87.964178 (50 iteraciones en 1,81 segundos)
Iteración 300: el error es 4.069311 (50 iteraciones en 1,82 segundos)
Iteración 350: el error es 3,474366 (50 iteraciones en 1,83 segundos)
Iteración 400: el error es 3.044447 (50 iteraciones en 1,84 segundos)
Iteración 450: el error es 2,719790 (50 iteraciones en 1,83 segundos)
Iteración 500: el error es 2,466420 (50 iteraciones en 1,84 segundos)
La adaptación se realizó en 18,44 segundos.
[,1] [,2]
[1,] -18.4173747 30.133875
[2,] -23.5082997 -17.985255
[3,] 0,7376548 -4,148267
[4,] -5,6881024 6,385878
[5,] 8,8457460 22,245393
[6,] -10.8212058 -17.013940
[1] "¡Análisis realizado!"
Se produjo una excepción de tipo c0000005 en la dirección 6c910ef2 mientras se procesaban las declaraciones R enviadas. Esta dirección está en el desplazamiento 10ef2 en el módulo "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll"
Los problemas encontrados en R podrían deberse a una instalación fallida de los paquetes Rtsne/umap o a una memoria limitada.
Sería genial si tuvieras una idea de lo que debería probar. Gracias de antemano y saludos cordiales Patrick.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola, @FN , parece que instaló una versión diferente del paquete t-sne. ¿Podrías intentar instalar Rtsne a través de R Studio? La versión de github para este paquete está aquí: https://github.com/jkrijthe/Rtsne . También asegúrese de que su ruta R_HOME apunte a la versión correcta de R con UMAP y Rtsne instalados. Déjame saber si tienes más preguntas.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPLogré ejecutar umap pero no a través de Anaconda/conda.
Creo que estoy instalando el paquete incorrecto para tsne. ¿Puedes proporcionar la URL en cran?
Aquí está el paso a paso.
Instalar R desde https://cran.r-project.org/
Instalar la comunidad Rstudio https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
Utilice Rstudio para instalar tsne y umap.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPGracias. Para ser honesto, no estoy seguro de cuál es la mejor manera de instalar R. Estoy acostumbrado a administrar instalaciones de Python con conda/anaconda, que ahora también incluye R.
Esta es la ruta donde instalé R.
(base) C:\Users\john_doe>donde r
C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\R.exe
Supongo que necesito instalar estos paquetes.
https://anaconda.org/conda-forge/r-tsne
https://anaconda.org/conda-forge/r-umap
Para que JMP pueda encontrar mi instalación de R, ejecuto esto (o cambio la RUTA manualmente):
setx R_HOME "C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\"
Si hay una guía detallada sobre cómo hacerlo mejor, hágamelo saber.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@FN Hola, gracias por tus sugerencias. Sería una excelente opción incluir ejecutables de R/Python, pero debido a nuestras políticas y preocupaciones legales, no los incluí. Avíseme si tiene algún problema con respecto a las instalaciones o versiones de R al utilizar este complemento.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPMuchas gracias por proporcionar una interfaz para JMP.
Me pregunto si estos complementos pueden incluir los ejecutables de R/Python para que podamos ejecutarlos directamente.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @ngalphie , esto parece un problema con la versión anterior de JMP.
1. Noté que estás usando JMP 13. Podría resultar útil actualizarlo a la última versión (JMP 14.3) y probar este complemento nuevamente.
2. Envíeme el informe de fallos guardado en C:\Users\username\AppData\Local\Temp\JmpCrashReports\13 al soporte técnico ( https://support.sas.com/ctx/supportform/createForm?ctry=us_JMP ) o yo directamente (Meijian.Guan@jmp.com), podemos profundizar en ello.
3. Hay algunas publicaciones en la comunidad que también hablan sobre este tema. Puede echar un vistazo para ver si hay algo que mencionen que pueda ayudar.
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-has-performed-an-access-violation-and-will-shut-down- while/td-p/108183
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-Access-Violation-Likely-Causes/mp/5648#M5647
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @MJ ,
Intenté ejecutar sus datos de muestra, pero tuve un bloqueo por infracción de acceso. En el archivo de registro, parece que el lado R se ejecutó correctamente. ¿Alguna idea de cómo puedo abordar el problema?
Gracias,
Alabama
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola marxx,
Es probable que su problema haya sido causado por múltiples instalaciones de R en su máquina y JMP no pudo decidir cuál usar. Intente configurar R_HOME como una variable ambiental de la siguiente manera y pruebe este complemento nuevamente. Abra la consola CMD de Windows y escriba: setx R_HOME "Esta PC\Documentos\R\R-3.5.2". Y asegúrese de que los paquetes Rtsne y umap estén instalados en esta versión de R. Por favor, avíseme si esto resuelve su problema.
Además, tenemos algunos hilos en la comunidad que hablan sobre este tema y que puedes consultar.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola MJ,
Recibo un mensaje de error cuando pruebo este complemento. Parece que no reconoce mi instalación de R. ¿Podría ayudarme a descubrir cómo hacer que su complemento reconozca mi instalación de R si ese es realmente el problema?
Incluyo una captura de pantalla que muestra que R está abierto pero no se reconoce, y una captura de pantalla de la ubicación de instalación de R (no archivos de programa) y también copiando parte del mensaje de error a continuación.
Parece una herramienta muy interesante y espero utilizarla. Anteriormente descubrí que t-sne en R es útil y sería de gran valor poder hacer esto directamente en JMP. Cualquier ayuda que pueda brindar es muy apreciada.
¡Gracias!
Capturas de pantalla del error y apertura de la instancia de R, luego captura de pantalla de la ubicación de instalación de R
Código de error
"
No se puede encontrar una instalación de R en este sistema. La compatibilidad con JMP R requiere R versión 2.9.1 o superior para acceder o evaluar 'Glue', write2lastRun( pb2, _addinPath_);
algr = cbb << ser seleccionado();
Imprimir( "¡Tengo algr!" );
Intentar(
dim1 = dimBx1 << obtener;
per1 = perBx1 << obtener;
iter1 = iterBx1 << obtener;
);
Intentar(
dim2 = dimBx2 << obtener;
per2 = perBx2 << obtener;
iter2 = iterBx2 << obtener;
dist = cuadro de distribución << obtener;
);
Print("¡Tengo parámetros!" );
Pruebe (predictor = seleccionadoX << obtener elementos);
Si (longitud (predictor) <1,
Throw("Especifique los predictores")
);
Pruebe (etiquetaY = seleccionadoY << obtener elementos);
Si( N elementos( etiquetaY ) > 0,
etiquetaY1 = etiquetaY[1];
grphVars = Insertar evaluación( "X( :Y2 ), Y( :Y1 ), Color( :^labelY1^ ) " );
,
etiquetaY1 = "";
grphVars = "X(:Y2), Y(:Y1)";
***** Texto truncado *****"
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola Mujahida,
Los colores indican etiquetas verdaderas para este conjunto de datos, por lo que los puntos de datos con el mismo color deben tener atributos similares. Los grupos fueron estimados por t-SNE y UMAP; deberías ver algunas discrepancias de color.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP¡Hola! MJ,
¿Puedo entender que, en las fotos de arriba, cada masa/grupo de puntos puede tratarse como el mismo atributo? ¿O los puntos de diferentes colores deben tratarse como atributos diferentes?
