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t-SNEとUMAPによるデータ可視化

説明

最近、非線形次元削減および視覚化アルゴリズム、特に t 分布確率的近傍埋め込み (t-SNE) および均一多様体近似および射影 (UMAP) が、画像処理、テキスト マイニングなどのさまざまな研究分野に広く適用されています。 、ゲノミクス。 このアドインは、t-SNE と UMAP R パッケージの両方へのアクセスを提供します。 データ テーブルのナビゲーション、データ品質管理、スパース処理、直感的なパラメーター化、対話型の結果解釈を可能にするユーザー フレンドリーなインターフェイスを提供します。

 

使用例

これは、MNIST データがロードされたインターフェイスのスクリーンショットです。 [モデル仕様] で、ラベル列をラベルとして選択し、すべてのピクセルを予測子として選択しました。 アルゴリズムとして t-SNE と UMAP の両方を選択しました。

 

 

t-SNE (上) と UMAP (下) の両方の結果の別のスクリーンショット。

 

 

このアドインは、欠損値のチェック、分散、スパース性の計算など、いくつかの基本的な品質管理オプションもサポートしています。 これらのオプションは、インターフェイスの品質管理オプションの下にあります。

 

更新: Mac 上の JMP R インターフェイスにはバージョン管理の問題があります。 R をバージョン 3.3.3 以下にダウングレードし、Mac ユーザーの場合のみ t-sne を使用してください。

 

変更履歴:

v.2 <9/22/2020> tsne と umap の結果を元のテーブルに追加し、探索エクスペリエンスを向上させるために出力を再編成しました。

v.1.2 /14/2019> 多数の列がスタック オーバーフローの問題を引き起こす Rtsne パッケージの問題を修正しました。
v.1.1 /8/2019> 「R で問題が見つかり、メモリが枯渇しましたか?」を引き起こす可能性があるバグを修正しました。エラーメッセージ。 MNIST サンプル データセットのサブメニューを追加しました。

v.1.0 <2019/2/26> 初期バージョン。

サードパーティの統合データの視覚化探索的データ分析ライフサイエンスRe: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@ナザルコフスキー- ウィッシュリストに入れてください！ UMAP がそこにあるべきだと私は同意します。 彼らが GUI をどのように設定したかを見ると、それが将来的に他のメソッドを追加することを想定して設計されていることは明らかです。

M

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

ありがとう、 @MikeD_Anderson ！
うわー、それは本当です。 UMAP が TSNE と一緒に含まれていなかったのが残念です。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@ナザルコフスキー- JMP 17 Pro のドキュメントをご覧ください ( https://www.jmp.com/support/help/en/17.1/index.shtml#page/jmp/multivariate-embedding.shtml%23 ）。 T-SNE は現在、分析 > 多変量 > 多変量埋め込みプロのプラットフォーム。  

 

一番、

 

M

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

親愛なる同僚の皆さん、こんばんは！

Windows 10 (64 ビット) に R 3.6.3 と RStudio をインストールしました。 両方のパッケージが正常にインストールされ、アドインのサンプル ファイルはデータを適切に視覚化してうまく機能しました。 ただし、ファイル (32 行、予測子の 7 列、「ラベル」として 1 列) を起動すると、プロセスにより以下のアラートが表示されます。

何が問題だったのか、説明していただけますか。 MNIST.jmp の例のように、すべての列は連続した数値でした。 唯一の違いは、7 つの変数の数値が 0.234234 や 0.472343 のように非整数であることです。

アドバイスをよろしくお願いいたします。
マイケル

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@MJ R の統合に関して MacOS ユーザーを支援することができましたか? 私のWindowsではうまく動作します。 R をダウングレードせずにこの接続を確立する可能性はありますか? 私は新しいパッケージとの統合を頻繁に使用します。 これは M1 Macbook 用ですが、それが違いを生みます。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

やあ

 

アドインを使用しようとしていますが、JMP 16.2.0 + R 4.1.2 から「R 出力を取得できません」という同じ応答が返されます。

 

= FR60と同じ問題

 

R が見つからないという以前の苦情の 1 つがあったので、古い R を吹き飛ばして現在のバージョン R 4.1.2 をインストールしたところ、上記のエラーが発生しました。

したがって、問題がどこにあるのかはまったく明らかではありません。これらのツールが幅広く応用されていることから、SAS がこの機能を JMP に組み込む必要がある時期が来たようです。

 

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

こんにちは、MJ。

あなたのアドインを使用しようとしていますが、R バージョンをホームとして設定するというあなたの提案に従っても、依然として次のアラート メッセージが表示されます。

 

R出力を取得できません。

 

助けていただけませんか？

 

フェリーチェ

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

MJ

UMAP アドインはうまく機能します。 ほぼ毎日使っています。 困惑に関する情報をありがとう。

同じデータに対して UMAP を繰り返すと、常に似たような、しかしわずかに異なるパラメータが得られます。

プロットは常に非常に近いため、これは重要ではありません。 ただし、いくつかのサンプルは少し異なります。

どうしてこれなの。 変化するのはランダムシードですか？

 

本当にありがとう。 素晴らしいアドイン

 

ニール

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@MikeDereviankinこの問題を再現できませんでした。 私は最新の R 4.0.3、JMP 15.1、最新の UMAP と tSNE を使用していましたが、どちらのアルゴリズムも正常に動作しました。 問題が発生したのは R send() コマンドだったと思います。これは、特定の R バージョンとの通信の失敗、または予期しないデータの問題が原因である可能性があります。 サンプル MNIST データセットでアドインを試してみましたか? 他に試せることとしては、R と UMAP を再度更新する、追加の R インストールを削除する、可能であれば JMP を新しいバージョンに更新するなどがあります。 機密でない場合は、データセットを送って確認することもできます (Meijian.Guan@jmp.com)。 また、テクニカル サポートに連絡することも常に良い選択肢です。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

R ホームを R の前のバージョンに設定しており、cran ライブラリはこのバージョンにもパッケージをインストールします。 問題は、UMAP が 3.5.2 と互換性がないことです。見た目からして。

前述したように、私は以前 4.0.2 を使用していましたが、すべて問題なく動作しました。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

管理目的が与えられましたが、以前と同じエラー「sendRdata」が発生します。

以前は R-4.0.2 でこれを使用していましたが、先週突然動作しなくなりました。 UMAP は R 自体では正常に動作します。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@MJ

これは以前と同じようにポップアップ表示されます。

与える必要のある管理者権限はありますか?

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@MikeDereviankinはい、以下の情報をご覧ください。

以下のように環境変数として R_HOME を設定し、このアドインを再試行してください。 Windows CMD コンソールを開き、setx R_HOME "This PC\Documents\R\R-3.5.2" と入力します。 また、Rtsne および umap パッケージがこのバージョンの R にインストールされていることを確認してください。 これで問題が解決したかどうかお知らせください。
また、コミュニティにはこの問題について話し合っているスレッドがいくつかありますので、チェックしてみてください。
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/R の場所へのパスの設定/td-p/59764

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@MJコンピューター上に 2 つの異なる R をセットアップし、JMP スクリプトをその特定のバージョンの R に移動させることはできますか?

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@MikeDereviankin R および UMAP パッケージを更新した後にこのエラーが発生した場合は、それが原因である可能性があります。 一部の JMP リリースは、特定の R バージョンでのみ適切に動作します。たとえば、R 3.5.2 は、ほとんどの JMP リリースで適切に動作します。 R のダウングレードを検討して、もう一度試してみる必要があるかもしれません。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

こんにちは、

このエラーが発生します。 cran パッケージ内の R 4.03 と UMAP を再インストールしました。 接続はありますが、何かが接続されていません。

 

{"UMAP"}
{3、15、200、0.1}
「わかった！」
「パラメータを取得しました！」
「DataPrep を開始」
{"2,3,7,8-TCDD"、"1,2,3,7,8-PeCDD"、"1,2,3,4,7,8-HxCDD"、"1,2,3, 6,7,8-HxCDD」、「1,2,3,7,8,9-HxCDD」、「2,3,7,8-TCDF」、「1,2,3,7,8-PeCDF」 、「2,3,4,7,8-PeCDF」、「1,2,3,4,7,8-HxCDF」、「1,2,3,6,7,8-HxCDF」}
「フィニッシュ・スパーシティ」
「スパース性とは:」
0.280112044817927
「ラベルは:」
{}
"inData2R の次元は次のとおりです:"
119
15
「データの準備が完了しました。」
「バックエンドを起動してください！」
「ラベルは:」
{}
「talk2R機能内」
「ラベルは:」
{}
「UMAPが選ばれました！」

TKIntRJMP.R バージョン 14.0
最後の R ステートメントは不完全です。
「data4R」のデータ送信に失敗しました

 

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@FNはい、アドインは基本的に圧縮されたファイルです。 任意の解凍ツールを使用して解凍し、スクリプト フォルダーで embedding.jsl を見つけることができるはずです。 スクリプト内の talk2R() 関数を変更することでこれを行うことができます。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

こんにちは、MJさん

 

アドインのソースコードを入手することは可能でしょうか?

 

同じ UI を使用したいのですが、バックエンドとして Python パッケージを使用したいと考えています。

 

ありがとう。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@MikeDereviankin重複する行は、名前やラベルが異なる場合でも、予測子にのみ基づいて削除されます。 UMAP/tSNE の計算では予測子のみが使用されるためです。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@MJ

UMAP はどのような状況で行を削除しますか。 サンプルに重複した値がある場合は削除されることは理解していますが、UMAP は重複した値を持つが名前が異なるサンプルを識別しますか?

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@MJ Rtsne アルゴリズムがどのように機能するかに基づいて、後から考えると非常に理にかなっています。 ありがとう！

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

やあ@MikeDereviankin t-SNE の Output Dim として 4 を使用したようですが、これはこのバージョンの tSNE では許可されていません。代わりに 2 または 3 を使用してください。 あるいは、必要に応じて、UMAP に 3 を超える出力次元を指定することもできます。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@MJ以下はログです:

 

{"t-SNE"}
{4、30、500}
「わかった！」
「パラメータを取得しました！」
「DataPrep を開始」
{"PCB-1_imputed、合計の割合"、"PCB-2_imputed、合計の割合"、"PCB-3_imputed、合計の割合"、"PCB-4_10_imputed、合計の割合"、"PCB-5_8_imputed、合計の割合" 、「PCB-6_imputed、合計の割合」、「PCB-7_9_imputed、合計の割合」、「PCB-11_imputed、合計の割合」、「PCB-12_13_imputed、合計の割合」、「PCB-15_imputed、合計の割合」 }
「フィニッシュ・スパーシティ」
「スパース性とは:」
0.00300530234872998
「ラベルは:」
{"タイプ"}
"inData2R の次元は次のとおりです:"
439
120
「データの準備が完了しました。」
「バックエンドを起動してください！」
「ラベルは:」
{"タイプ"}
「talk2R機能内」
「ラベルは:」
{"タイプ"}
「t-SNEが選ばれました！」

TKIntRJMP.R バージョン 14.0
「ラベルを R に送信します:」
{"タイプ"}
「ラベルをRに送信」

data4R=データ.フレーム(データ4R)
#label=リスト解除(ラベル)
#cat("ラベルは: ",label,"\n")
#print(長さ(ラベル))
#猫("\n")

#両方のデータセットから重複した観測値を削除します
#inDataUniq=data4R[!duplicated(data4R[,!names(data4R) %in% label]),] #複数のラベルを除外することを許可します
#head(データ4R)
#cat("inDataUniq の次元は: ",dim(inDataUniq),"\n")

cat("実行準備完了","\n")

if("t-SNE"=="t-SNE"){
cat("t-SNE を実行しています","\n")
library("Rtsne")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% label])
cat("inDataTsne の寸法は: ",dim(inDataTsne),"\n")
tsne <- Rtsne(inDataTsne、dims = 4、perplexity=30、verbose=TRUE、max_iter = 500、pca=F)
出力Y=tsne$Y
ヘッド(出力Y)
}else if("t-SNE"=="UMAP"){
cat("UMAP を実行しています","\n")
ライブラリ(umap)
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% label], #method="umap-learn",
n_neighbors=15、n_components=2、n_epochs=200、min_dist=0.1)
出力Y=outUmap$レイアウト
ヘッド(出力Y)
}else if("t-SNE"=="両方"){
cat("両方を実行しています","\n")
library("Rtsne")
ライブラリ(umap)
cat("\n","t-sne を起動する","\n")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% label])
tsne <- Rtsne(inDataTsne、dims = 4、perplexity=30、verbose=TRUE、max_iter = 500、pca=F)
出力Y1=tsne$Y
cat("umap の開始","\n")
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% label], #method="umap-learn",
n_neighbors=15、n_components=2、n_epochs=200、min_dist=0.1)
出力Y2=outUmap$レイアウト
cat("両方完了","\n")
}

print("分析が完了しました!")

実行準備完了
t-SNEを運営しています
inDataTsne の dim は: 439 119
警告: .check_tsne_params(nrow(X), dims = dims, perplexity = perplexity, のエラー:
dims は 1、2、または 3 のいずれかである必要があります
{「サンプルコード」、「タイプ」、「PCB-1_imputed」、「PCB-2_imputed」、「PCB-3_imputed」、「PCB-4_10_imputed」、「PCB-5_8_imputed」、「PCB-6_imputed」、「PCB-7_9_imputed」 ", "PCB-11_imputed"}
「反復番号:」
241
「t-SNE 用に新しい列を作成します。」
eval(expr, p) のエラー: オブジェクト 'outputY' が見つかりません
R出力を取得できません。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@MJ

t-SNE が「R 出力を取得できません」を返す場合、これは何を意味しますか。 CMD を必ず設定し、JMP を管理者として実行しました。 他にセキュリティ上の問題が考えられる場所はどこでしょうか?

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

やあ@Ed1いいえ、予測子には任意のタイプの数値を使用できます。 ただし、文字では機能しない可能性があります。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

こんにちは、MJ

アドインをありがとう。

予測子は整数である必要がありますか?

 

一番、

エド

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

ありがとう@ihあなたの個人的な経験を共有するために。

@MikeDereviankin R の統合に関する問題については申し訳ありませんが、このシナリオでは通常、R を 1 つインストールするか、R を再起動するか、JMP、またはマシンを再起動するだけで解決します。 これらの問題を経験した後は、このアドインの利便性と対話性を理解するかもしれません。

 

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@MikeDereviankin 、

 

役立つ場合に備えて、このテキストは、「JMP が R を検索する方法」セクションからのものです。 JMP 15 スクリプトガイド。 私の経験から言うと設定JMP 内からの環境変数を使用するのが最も安全な方法です。

 

JMP は、JSL ベースのスクリプトが R へのアクセスを必要とするまで、R のロードを遅らせます。 JMP が R をロードする必要がある場合、
Windows コンピューターで R を見つけるための標準的な手順に従います。
1. 環境変数 R_HOME を調べます。
変数が存在する場合は、指定されたディレクトリから R をロードします。
2. 環境変数 R_HOME が存在しない場合は、
次のキーの下の Windows レジストリ:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\R-core\R
InstallPath 値が存在する場合は、指定されたディレクトリから R をロードします。
3. InstallPath 値が存在しない場合は、R が見つからないというエラー メッセージが表示されます。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@MJ

アドインをインストールしたところ、JMP が R を見つけられなくなりました。 環境変数をリセットし、CMDのパスを変更し、Rを再インストールしましたが、何もしませんでした。

R がインストールされていないというエラーが表示されます。 T-SNE を R で実行するだけであれば回避できる問題がすべてあるため、これは効果的なアドインとは思えません。 GUI は素晴らしいですが、すべてのコメントによると、これは頭痛の種のようです。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

やあ@MikeDereviankin , このアドインの新しいバージョンを公開しました。 この新しいバージョンを試してみて、うまくいくかどうか教えていただけますか? R のインストールに問題があるようです。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

 

やあ、

次のエラーが表示されます。

パッケージはさまざまな JMP データセットで実行されています。 具体的に何がきっかけでそうなったのでしょうか？

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

やあ@レクニール, いくつかの調査を行いましたが、設定した複雑さのレベルが 90 行未満のデータセットに対して高すぎたことが原因である可能性があります。 この場合は5〜10に減らすことをお勧めします。 2 つの方法をより適切に比較できるように、このアドインの更新バージョンを近々投稿する予定です。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

やあ@レクニール, このアドインがお役に立ててうれしいです。 この問題を調査し、できるだけ早くご連絡いたします。

ありがとう、

MJ

 

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

私は JMP 14+ と JMP15 で埋め込みアドインを使用してきました。 このアドインは、R インターフェイスを使用して tsne および umap イメージと pca データを作成します。 これは優れたプログラムであり、非常に速いので使いやすいです。 R インターフェイスの指示はうまく機能しました。
私は多くのデータベースでそれを使用してきました。 ただし、最近の 74 行の小規模なデータベースでは、常にエラー メッセージ (メモリ不足またはインストールが正しくない) がスローされます。 もう一度再インストールしましたが、同じ問題が発生しました。 データを調べたところ、このアドインには少なくとも 90 行が必要であることがわかりました。 これはsklearnの問題ではありません。 このアドインは複数の解析ではるかに高速であり、新しいクラスを手動で作成するためにプライマリ x および y PC データを別の jmp ファイルに簡単にエクスポートできるため、sklearn の代わりにこのアドインを使用することを好みます。
これに対する修正はありますか?
JMPが大好きです。ありがとう、ニール

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@MikeD_Andersonマイクさん、ありがとう！

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@MJ & @マークシャール、もう 1 つの考えは、コミュニティの JMP ウィッシュリストに追加することです。

 

https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list

 

これは、需要に関する数値を取得するのに役立ち、他の人がこの機能に対する支持を表明できるようになります (JMP にもあれば素晴らしいと思います!)。

 

M

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

やあ@マークシャール, John Sall が t-SNE の JMP バージョンに取り組んでいることは知っていますが、いつリリースするかはわかりません。 R の呼び出しには多くの潜在的な問題があるため、これが強力な方法であり、JMP に実装することが最適な方法であることに同意します。 当社の技術チームまたは製品管理チームを通じて、新機能としてリクエストできます。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

それでは、t-SNE/UMAP は JMP の将来のバージョンに追加される予定ですか? これは、業界全体に幅広く適用できる非常に強力な異常イベント検出技術です。 この論文を読んだところです。 t-SNE は、Tennessee Eastman Process データセットで非常に優れたパフォーマンスを発揮します。

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Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

Embezdding アドインを実行すると、引き続き次のエラーが表示されます。

 

CMD を変更した後も、JMP-pro でアドインが動作しません。 R では、[パッケージ] - [パッケージのインストール] タブを使用して、umap と Rtsn パッケージをインストールしました。 他に何か提案はありますか？

その他の提案

 

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@ルーご迷惑おかけして申し訳ありません。 Windows 7 では、スタート メニューに移動し、検索ボックスに「cmd」または「command」と入力して Enter キーを押すことができると思います。 または、[スタート] メニューに移動して、[すべてのプログラム] に移動することもできます。 次に、「アクセサリ」を開き、「コマンド プロンプト」ショートカットをクリックします。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

私は Windoxs 7 ユーザーですが、ICT の専門家ではありません。 そのため、「CMD コンソール」にアクセスする方法が見つかりません。申し訳ありません:-(。R を削除し、JMPpro と同じマップに再インストールしました。 上記と同じエラーメッセージがまだ表示されます。 良いアイデアではありませんか?

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@ルーこの問題は、マシン上に複数の R がインストールされているために発生した可能性があり、JMP がどれを使用するかを決定できませんでした。 以下のように環境変数として R_HOME を設定し、このアドインを再試行してください。 Windows CMD コンソールを開き、setx R_HOME "This PC\Documents\R\R-3.5.2" と入力します。 また、Rtsne および UMAP パッケージがこのバージョンの R にインストールされていることを確認してください。 これで問題が解決したかどうかお知らせください。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

提案どおりに Rtsne をインストールしましたが、次のエラー メッセージが表示されます。

 

 

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

こんにちは@ルー、エラー メッセージに詳細が不足していて申し訳ありません。 インストールしたかどうか再確認していただけますかルツネRのTSNEパッケージの代わりに? これで問題が解決したかどうかお知らせください。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

こんにちは。「R で問題が見つかりました。Rtsne/umap パッケージのインストールの失敗またはメモリの制限が原因である可能性があります。」という同じエラーが表示されます。 RstudioからUMAPとTSNEをインストールしました。 Windows で R x64 3.5.2 を使用しています

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

ありがとう@DBhattaram 、JMP が通信している R バージョンに Rtsne と UMAP パッケージがインストールされていないようです。 R の複数のバージョンがある場合は、次のように R_Home を環境変数として設定してください。Window CMD コンソールを開き、setx R_HOME "your Path to R" と入力します。 また、Rtsne および umap パッケージがこのバージョンの R にインストールされていることを確認してください。 問題が解決したかどうかお知らせください。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@パット1これは私にとって Windows 上にあります

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

やあ、 @MJ

 

プログラムを実行しようとして失敗したすべてのログを送信しました。 うまくいけば、それが何らかの役に立つでしょう

 

よろしく、

ドゥルブ

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化Macをお使いですか？ 同じ問題に直面しました! 残念ながらUMAPは動作しませんでした。
Rtsneはうまく機能しました。

幸運をお祈りしています
パット
Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

やあ@DBhattaram場合、JMP が適切な R バージョンを見つけられなかったか、JMP R インターフェイスの R バージョン管理の問題が発生した可能性があります。 エラー メッセージが表示されたら、ログ ファイルを開いて (CTRL+Shift+L)、詳細なログ情報を Meijian.Guan@jmp.com まで送っていただけますか。 ぜひご覧ください。

 

MJ

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

親愛なる@MJ 、

テスト データ セットでプログラムを実行しようとすると、「R で問題が見つかりました。Rtsne/umap パッケージのインストールの失敗またはメモリの制限が原因である可能性があります。」というエラーが表示されました。

 

必要なものはすべてダウンロードしたと確信しています (パッケージと R も) ので、これが機能しない理由を教えていただければ幸いです

 

よろしく、

ドゥルブ・バタラム

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@Raaed教えていただきありがとうございます。 それを聞いてとてもうれしいです！

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

拝啓：

tsne、Rtsne、umap パッケージをインストールし、CMD で以下のスクリプトを入力した後、アドインが実行されます✌

どうもありがとうございます

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

親愛なる@Raaed , この件に関しては上記で回答したと思います。 おそらく、JMP R Interface が R インストールを見つけるのに苦労したことが原因と考えられます。

以下のように環境変数として R_HOME を設定し、このアドインを再試行してください。 Windows CMD コンソールを開き、setx R_HOME "Path to R" と入力します。 また、Rtsne および umap パッケージがこのバージョンの R にインストールされていることを確認してください。 これで問題が解決したかどうかお知らせください。

Mac を使用している場合は、R をバージョン 3.3.3 にダウングレードし、T-SNE のみを使用する必要があります。
また、コミュニティにはこの問題について話し合っているスレッドがいくつかありますので、チェックしてみてください。
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/R の場所へのパスの設定/td-p/59764

 

お役に立てば幸いです!

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

拝啓

 

アドインが実行されない

---

 

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

こんにちは、メイジアンさん

 

こんにちは。 サンプルデータにt-SNEとUMAPを使ってみました。 最新バージョンの R Studio と JMP 13 を使用しています。 しかし、次のエラーが発生しました-

 

どうすれば修正できるか教えてください。 ご協力いただきありがとうございます。

PS. 現時点では JMP 14 にアップグレードできません。

 

心から、

アリフ

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

親愛なる@MJ

この素晴らしいアドインをありがとう。 R バージョン 3.3.3 を搭載した Mac tSNE で使用しましたが、正常に動作しました。 UMAPはそうではありませんでした。

ここで、最新の R バージョン 3.6.1 と RStudio を使用して Windows 上でそれを確認しました。 umap と Rtsne のパッケージをインストールしましたが、残念ながら umap も Rtsne も動作しませんでした。 JMP14.3を使用しています。

PCA 後に (2 台の PC を予測子として使用して) mnist データを試したときのログは次のとおりです。

 

{"UMAP"}
{2、3、200、0.1}
「わかった！」
「パラメータを取得しました！」
"inData2R の次元は次のとおりです:"
10000
3
「バックエンドを起動してください！」
「UMAPが選ばれました！」

TKIntRJMP.R バージョン 14.0
ラベルは: ラベル
inDataUniq の dim は: 10000 3
実行準備完了
UMAPを実行しています
送信された R ステートメントの処理中に、タイプ c0000005 の例外がアドレス 6c910ef2 で発生しました。 このアドレスはモジュール「C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll」のオフセット 10ef2 にあります。
送信された R ステートメントの処理中に、タイプ c0000005 の例外がアドレス 6c910ef2 で発生しました。 このアドレスはモジュール「C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll」のオフセット 10ef2 にあります。
R で見つかった問題は、Rtsne/umap パッケージのインストールの失敗またはメモリの制限が原因である可能性があります。

{"t-SNE"}
{2、5、500}
「わかった！」
「パラメータを取得しました！」
"inData2R の次元は次のとおりです:"
10000
3
「バックエンドを起動してください！」
「t-SNEが選ばれました！」

TKIntRJMP.R バージョン 14.0
ラベルは: ラベル
inDataUniq の dim は: 10000 3
実行準備完了
t-SNEを運営しています
inDataTsne の dim は: 10000 2
10000 x 2 データ マトリックスを正常に読み取りました。
OpenMPは動作しています。 1スレッド。
no_dims = 2、perplexity = 5.000000、および theta = 0.500000 を使用します。
入力の類似性を計算しています...
建物の木...
- 10000点中10000点
0.45 秒で完了します (スパース度 = 0.001695)。
埋め込みを学習中...
反復 50: エラーは 120.349392 (2.08 秒で 50 回の反復)
反復 100: エラーは 103.025177 (1.94 秒で 50 回の反復)
反復 150: エラーは 94.995130 (1.70 秒で 50 回の反復)
反復 200: エラーは 90.828601 (1.75 秒で 50 回の反復)
反復 250: エラーは 87.964178 (1.81 秒で 50 回の反復)
反復 300: エラーは 4.069311 (1.82 秒で 50 回の反復)
反復 350: 誤差は 3.474366 (1.83 秒で 50 回の反復)
反復 400: エラーは 3.044447 (1.84 秒で 50 回の反復)
反復 450: 誤差は 2.719790 (1.83 秒で 50 回の反復)
反復 500: 誤差は 2.466420 (1.84 秒で 50 回の反復)
フィッティングは 18.44 秒で完了しました。
[,1] [,2]
[1,] -18.4173747 30.133875
[2,] -23.5082997 -17.985255
[3,] 0.7376548 -4.148267
[4,] -5.6881024 6.385878
[5,] 8.8457460 22.245393
[6,] -10.8212058 -17.013940
[1] 「分析が完了しました！」
送信された R ステートメントの処理中に、タイプ c0000005 の例外がアドレス 6c910ef2 で発生しました。 このアドレスはモジュール「C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll」のオフセット 10ef2 にあります。
R で見つかった問題は、Rtsne/umap パッケージのインストールの失敗またはメモリの制限が原因である可能性があります。

 

何を試すべきかアイデアがあれば幸いです。 よろしくお願いします パトリック

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

こんにちは、 @FN 、別のバージョンの t-sne パッケージがインストールされているようです。 代わりに R Studio 経由で Rtsne をインストールしてみていただけますか? このパッケージの github バージョンはここにあります。 https://github.com/jkrijthe/Rtsne 。 また、R_HOME パスが UMAP と Rtsne がインストールされた正しい R バージョンを指していることを確認してください。 さらにご質問がございましたらお知らせください。

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

umap は実行できましたが、Anaconda/conda 経由では実行できませんでした。

 

tsne に間違ったパッケージをインストールしているようです。 cranのURLを教えていただけますか？

 

ここではステップごとに説明します。

 

R のインストール元https://cran.r-project.org/

Rstudio コミュニティをインストールするhttps://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download

Rstudio を使用して tsne と umap をインストールします。

 

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

ありがとう。 正直に言うと、R をインストールする最適な方法はわかりません。 私は conda/anaconda を使用して Python インストールを管理することに慣れていますが、現在は R も含まれています。

 

これは R がインストールされているパスです。

 

(ベース) C:\Users\john_doe>ここで r
C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\R.exe

 

これらのパッケージをインストールする必要があると思います

https://anaconda.org/conda-forge/r-tsne

https://anaconda.org/conda-forge/r-umap

 

JMP が R インストールを見つけられるようにするには、これを実行します (または PATH を手動で変更します)。

setx R_HOME "C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\"

 

これをより良く行う方法についての詳細なガイドがある場合は、お知らせください。

 

 

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

@FNこんにちは、ご提案ありがとうございます。 R/Python 実行可能ファイルを含めることは素晴らしい選択肢ですが、私たちのポリシーと法的な懸念から、それらは含めませんでした。 このアドインを使用する際に、R のインストールまたはバージョンに関して問題がある場合はお知らせください。

 

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

JMP 用のインターフェースを提供していただき、誠にありがとうございます。

 

これらのアドインに R/Python 実行可能ファイルを含めて、直接実行できるようにできるかどうか疑問に思います。

 

 

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

やあ@ngalphie 、これは古いバージョンの JMP に問題があるようです。

1. JMP 13 を使用していることがわかりました。最新バージョン (JMP 14.3) に更新して、このアドインをもう一度試していただければ役立つかもしれません。

2. C:\Users\username\AppData\Local\Temp\JmpCrashReports\13 に保存されているクラッシュ レポートをテクニカル サポートに送信します ( https://support.sas.com/ctx/supportform/createForm?ctry=us_JMP ）または私に直接（Meijian.Guan@jmp.com）、詳しく調べることができます。

3. コミュニティにもこの問題について言及した投稿がいくつかあります。 彼らが言及していることが役立つかどうかを確認してください。

https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-has-performed-an-access-violation-and-will-shut-down-while/td-p/108183

https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-Access-Violation-Likely-Causes/mp/5648#M5647

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

こんにちは@MJ 、

サンプル データを実行しようとしましたが、アクセス違反でクラッシュしました。 ログ ファイルでは、R 側が正常に実行されたように見えます。 この問題に対処する方法はありますか?

 

ありがとう、

アル

 

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化こんにちは、マークスさん
この問題は、マシン上に複数の R がインストールされているために発生した可能性があり、JMP がどれを使用するかを決定できませんでした。 以下のように環境変数として R_HOME を設定し、このアドインを再試行してください。 Windows CMD コンソールを開き、setx R_HOME "This PC\Documents\R\R-3.5.2" と入力します。 また、Rtsne および umap パッケージがこのバージョンの R にインストールされていることを確認してください。 これで問題が解決したかどうかお知らせください。
また、コミュニティにはこの問題について話し合っているスレッドがいくつかありますので、チェックしてみてください。
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/R の場所へのパスの設定/td-p/59764


Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

こんにちは、MJ

 

このアドインを試行するとエラー メッセージが表示されます。 インストールした R が認識されていないようです。 それが本当に問題である場合、アドインに R インストールを認識させる方法を見つけるのを手伝ってもらえますか?

 

R は開いているが認識されていないことを示すスクリーンショットと、R のインストール場所 (プログラム ファイルではない) のスクリーンショットを含めます。以下のエラーメッセージの一部をコピーします。

 

これはとても魅力的なツールなので、ぜひ使ってみたいと思っています。 以前、R の t-sne が便利だと感じましたが、これを JMP で直接実行できれば非常に価値があります。 ご協力いただければ幸いです。

 

ありがとう！

 

エラーと開いた R インスタンスのスクリーンショット、および R のインストール場所のスクリーンショット

 

エラーコード

 

」

このシステムには R のインストールが見つかりません。 JMP R サポートには、 'Glue' 、 write2lastRun( pb2, _addinPath_ ); のアクセスまたは評価に R バージョン 2.9.1 以降が必要です。
algr = cbb << get selected();
Print( "わかった!" );
試す（
dim1 = dimBx1 << get;
per1 = perBx1 << get;
iter1 = iterBx1 << get;
);
試す（
dim2 = dimBx2 << get;
per2 = perBx2 << get;
iter2 = iterBx2 << get;
dist = distbox << get;
);
Print( "パラメータを取得しました!" );
Try( 予測子 = selectedX << getitems );
If( 長さ( 予測子 ) < 1,
Throw( "予測子を指定してください" )
);
Try( labelY = selectedY << getitems );
If( N Items( labelY ) > 0,
ラベルY1 = ラベルY[1];
grphVars = Eval Insert( "X( :Y2 ), Y( :Y1 ), Color( :^labelY1^ ) " );
、
ラベルY1 = "";
grphVars = "X( :Y2 ), Y( :Y1 )";

***** テキストが切り詰められました *****」

 

 

Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化こんにちは、ムジャヒダさん
色はこのデータセットの真のラベルを示しているため、同じ色のデータ ポイントは同様の属性を持つ必要があります。 クラスターは t-SNE と UMAP によって推定されており、いくつかの色の不一致が見られるはずです。
Re: t-SNE と UMAP によるデータ可視化

やあ！ MJ、
上の写真では、各点の塊/グループは同じ属性として扱うことができると理解できますか?それとも異なる色の点は異なる属性として扱われる必要がありますか?