Visualización de datos con t-SNE y UMAPDescripción
Recientemente, los algoritmos de visualización y reducción de dimensiones no lineales, en particular, la incrustación de vecinos estocásticos distribuidos en t (t-SNE) y la aproximación y proyección de variedad uniforme (UMAP), se han aplicado ampliamente a diversas áreas de investigación, como procesamiento de imágenes, minería de texto. y genómica. Este complemento brinda acceso a los paquetes t-SNE y UMAP R. Ofrece una interfaz fácil de usar que permite la navegación de tablas de datos, el control de calidad de datos, el manejo de escasez, la parametrización intuitiva y la interpretación interactiva de resultados.
Ejemplo de uso
Aquí hay una captura de pantalla de la interfaz con los datos MNIST cargados. En Especificaciones del modelo, seleccioné la columna de la etiqueta como Etiqueta y todos los píxeles como predictores. Elegí t-SNE y UMAP como algoritmos.
Otra captura de pantalla de los resultados de t-SNE (arriba) y UMAP (abajo).
Este complemento también admite algunas opciones básicas de control de calidad, incluida la comprobación de valores faltantes, la distribución y el cálculo de escasez. Puede encontrar estas opciones en Opciones de control de calidad en la interfaz.
Actualizaciones: la interfaz JMP R en Mac tiene problemas de control de versiones. Baje su R a la versión <= 3.3.3, y use t-sne solo si es un usuario de Mac.
Registro de cambios:
v.2 <22/9/2020> Se agregaron los resultados de tsne y umap a la tabla original y se reorganizó la salida para una mejor experiencia de exploración.
v.1.2 <14/3/2019> Se solucionó un problema en el paquete Rtsne donde una gran cantidad de columnas causaban un problema de desbordamiento de pila.
v.1.1 <8/3/2019> Se corrigió un error que podría producir "problemas encontrados en R, ¿memoria agotada?" mensaje de error. Se agregó un submenú para el conjunto de datos de ejemplo MNIST.
v.1.0 <26/2/2019> Versión inicial.
Integración de tercerosVisualización de datosAnálisis exploratorio de datosCiencias de la vidaRe: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@Nazarkovsky - ¡Ponlo en la lista de deseos! Estoy de acuerdo en que UMAP debería estar ahí. Si observa cómo configuraron la GUI, está bastante claro que fue diseñado para agregar otros métodos en el futuro.
METRO
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPGracias, @MikeD_Anderson !
Vaya, es verdad. Lástima que UMAP no se incluyó junto con TSNE.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@Nazarkovsky - echa un vistazo a los JMP 17 Pro Docs ( https://www.jmp.com/support/help/en/17.1/index.shtml#page/jmp/multivariate-embedding.shtml%23 ). T-SNE ya forma parte de la Analizar > Multivariante > Incrustación multivariante plataforma en pro.
Mejor,
METRO
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP¡Buenas noches, queridos colegas!
Instalé R 3.6.3 y RStudio en mi Windows 10 (64 bits). Ambos paquetes se instalaron correctamente y el archivo de ejemplo para el complemento funcionó bien al visualizar correctamente los datos. Sin embargo, siempre que inicié mi archivo (32 filas, 7 columnas de predictores, 1 columna como "etiqueta"), el proceso resultó en una alerta a continuación.
¿Podría por favor, explicar, lo que estaba mal. Todas las columnas eran numéricas continuas como en el ejemplo, MNIST.jmp. La única diferencia fue que los números en 7 variables no eran enteros: como 0.234234 o 0.472343.
Apreciaré mucho tu consejo.
Miguel
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ ¿Ha podido ayudar a los usuarios de MacOS con la integración de R? Funciona muy bien en mi Windows. ¿Alguna posibilidad de establecer esta conexión sin degradar mi R? Uso la integración a menudo con nuevos paquetes. Esto es para un Macbook M1, eso no hace ninguna diferencia.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola
Estoy tratando de usar el complemento pero obtengo la misma respuesta "No se puede obtener la salida R" de JMP 16.2.0 + R 4.1.2
= Mismo problema que FR60
Tuve una de las quejas anteriores que decía que no podía encontrar R, así que eliminé el antiguo R e instalé la versión actual R 4.1.2 que genera el error anterior.
Así que no está del todo claro dónde está el problema.Con la amplia aplicación de estas herramientas, parece que ya es hora de que SAS necesite incorporar esta capacidad en JMP.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola MJ.
Estoy tratando de usar su complemento, pero aunque seguí su sugerencia sobre la versión R para configurarla como Inicio, sigo recibiendo el siguiente mensaje de alerta:
No se puede obtener la salida R.
Por favor me puede ayudar?
feliz
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPM.J.
Su complemento UMAP funciona muy bien. Yo lo uso casi todos los días. Gracias por la información sobre la perplejidad.
Cuando repito el UMAP en los mismos datos, siempre obtengo parámetros similares pero ligeramente diferentes.
No es significativo ya que las parcelas siempre están muy cerca. Pero un par de muestras variarán un poco.
Por qué es esto. ¿Es la semilla aleatoria la que cambia?
Muchas gracias. Gran complemento
Neal
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MikeDereviankin No pude reproducir este problema. Estaba usando el último R 4.0.3, JMP 15.1 y el último UMAP y tSNE, ambos algoritmos funcionaron bien. Creo que lo que salió mal fue el comando R enviar (), que podría deberse a una comunicación fallida con una versión específica de R o problemas de datos inesperados. ¿Ha probado el complemento con el conjunto de datos MNIST de ejemplo? Otras cosas que puede intentar incluyen actualizar R y UMAP nuevamente, eliminar instalaciones R adicionales y actualizar JMP a versiones más nuevas si es posible. También puede enviarme su conjunto de datos para que lo revise si no es confidencial (Meijian.Guan@jmp.com). Y ponerse en contacto con el soporte técnico también es siempre una buena opción.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPConfiguré R como hogar en la versión anterior de R y la biblioteca cran también instala paquetes en esta versión. El problema es que UMAP no es compatible con 3.5.2. por lo que parece.
Como se mencionó anteriormente, había estado trabajando con 4.0.2 anteriormente y todo salió bien.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPDio propósitos de administrador y ahora aparece el mismo error que antes, "sendRdata".
Anteriormente había usado esto con R-4.0.2 y, de repente, la semana pasada no funcionó. UMAP funciona bien en R mismo.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ
Esto aparece ahora similar a antes:
¿Hay permisos de administrador que debo otorgar?
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MikeDereviankin Sí, consulte la siguiente información.
Intente configurar R_HOME como una variable ambiental de la siguiente manera e intente este complemento nuevamente. Abra la consola de Windows CMD y escriba: setx R_HOME "Esta PC\Documentos\R\R-3.5.2". Y asegúrese de que los paquetes Rtsne y umap estén instalados en esta versión de R. Por favor, hágamelo saber si esto resuelve su problema.
Además, tenemos algunos hilos en la comunidad que hablan sobre este problema que puede consultar.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ ¿Puedo tener dos R diferentes configurados en mi computadora y hacer que el script JMP vaya a esa versión específica de R?
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MikeDereviankin Si este error ocurrió después de actualizar su paquete R y UMAP, entonces esa podría ser la razón. Algunas versiones de JMP solo funcionan bien con versiones específicas de R, por ejemplo, R 3.5.2 funciona bien con la mayoría de las versiones de JMP. Es posible que deba considerar degradar su R e intentarlo nuevamente.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola,
Estoy recibiendo este error. Reinstalé R 4.03 y UMAP en el paquete cran. La conexión está ahí, pero algo no se conecta.
{"UMAP"}
{3, 15, 200, 0,1}
"¡Tengo algo!"
"¡Obtuve los parámetros!"
"Iniciar enDataPrep"
{"2,3,7,8-TCDD", "1,2,3,7,8-PeCDD", "1,2,3,4,7,8-HxCDD", "1,2,3, 6,7,8-HxCDD", "1,2,3,7,8,9-HxCDD", "2,3,7,8-TCDF", "1,2,3,7,8-PeCDF" , "2,3,4,7,8-PeCDF", "1,2,3,4,7,8-HxCDF", "1,2,3,6,7,8-HxCDF"}
"Terminar la escasez"
"La escasez es: "
0.280112044817927
"La etiqueta es: "
{}
"Dim de inData2R es: "
119
15
"Preparación de datos finalizada".
"¡Iniciar back-end!"
"La etiqueta es: "
{}
"Dentro de la función talk2R".
"etiqueta es:"
{}
"¡UMAP está seleccionado!"
TKIntRJMP.R versión 14.0
La declaración final de R está incompleta.
Error al enviar datos para "data4R"
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@FN Sí, el complemento es básicamente un archivo comprimido. Debería poder descomprimirlo con cualquier herramienta de descompresión y encontrar el archivo embedding.jsl en la carpeta del script. Modificar la función talk2R() en el script debería hacerlo.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola MJ,
¿Sería posible obtener el código fuente del complemento?
Me gustaría usar la misma interfaz de usuario pero con paquetes de Python como backend.
Gracias.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MikeDereviankin Eliminará las filas duplicadas únicamente en función de los predictores, aunque esas filas puedan tener nombres o etiquetas diferentes. Porque solo se utilizan predictores en el cálculo de UMAP/tSNE.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ
¿Bajo qué circunstancia la UMAP elimina las filas? Entiendo que si las muestras tienen valores duplicados, se eliminarán, pero ¿un UMAP identifica muestras con valores duplicados, pero con nombres diferentes?
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ tiene mucho sentido ahora en retrospectiva según cómo funciona el algoritmo Rtsne. ¡Gracias!
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @MikeDereviankin , parece que usó 4 como Output Dim para t-SNE, que no está permitido para esta versión de tSNE, use 2 o 3 en su lugar. Alternativamente, puede especificar una dimensión de salida >3 para UMAP si lo considera necesario.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ a continuación se muestra el registro:
{"t-SNE"}
{4, 30, 500}
"¡Tengo algo!"
"¡Obtuve los parámetros!"
"Iniciar enDataPrep"
{"PCB-1_imputado, porcentaje del total", "PCB-2_imputado, porcentaje del total", "PCB-3_imputado, porcentaje del total", "PCB-4_10_imputado, porcentaje del total", "PCB-5_8_imputado, porcentaje del total" , "PCB-6_imputado, Pct of Total", "PCB-7_9_imputed, Pct of Total", "PCB-11_imputed, Pct of Total", "PCB-12_13_imputed, Pct of Total", "PCB-15_imputed, Pct of Total" }
"Terminar la escasez"
"La escasez es: "
0.00300530234872998
"La etiqueta es: "
{"Tipo"}
"Dim de inData2R es: "
439
120
"Preparación de datos finalizada".
"¡Iniciar back-end!"
"La etiqueta es: "
{"Tipo"}
"Dentro de la función talk2R".
"etiqueta es:"
{"Tipo"}
"¡Se ha seleccionado t-SNE!"
TKIntRJMP.R versión 14.0
"Enviando etiqueta a R:"
{"Tipo"}
"Enviando etiqueta a R"
datos4R=datos.marco(datos4R)
#etiqueta=deslistar(etiqueta)
#gato("la etiqueta es: ",etiqueta,"\n")
#imprimir(longitud(etiqueta))
#gato("\n")
#eliminar observaciones duplicadas de ambos conjuntos de datos
#inDataUniq=data4R[!duplicated(data4R[,!names(data4R) %in% label]),] #permitir excluir múltiples etiquetas
#cabeza(datos4R)
#cat("dim de inDataUniq es: ",dim(inDataUniq),"\n")
gato("Listo para correr","\n")
si("t-SNE"=="t-SNE"){
cat("Estamos ejecutando t-SNE","\n")
biblioteca ("Rtsne")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% etiqueta])
cat("dim de inDataTsne es: ",dim(inDataTsne),"\n")
tsne <- Rtsne(inDataTsne, dims = 4, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500,pca=F)
salidaY=tsne$Y
cabeza (salida Y)
}else if("t-SNE"=="UMAP"){
cat("Estamos ejecutando UMAP","\n")
biblioteca (mapa)
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% label], #method="umap-learn",
n_vecinos=15, n_componentes=2, n_epochs=200,min_dist=0.1)
salidaY=outUmap$diseño
cabeza (salida Y)
}else if("t-SNE"=="Ambos"){
cat("Estamos ejecutando Ambos","\n")
biblioteca ("Rtsne")
biblioteca (mapa)
gato("\n","Iniciar t-sne","\n")
inDataTsne=data.matrix(data4R[,!names(data4R) %in% etiqueta])
tsne <- Rtsne(inDataTsne, dims = 4, perplexity=30, verbose=TRUE, max_iter = 500,pca=F)
salidaY1=tsne$Y
cat("Iniciar umap","\n")
outUmap=umap(data4R[,!names(data4R) %in% label], #method="umap-learn",
n_vecinos=15, n_componentes=2, n_epochs=200,min_dist=0.1)
salidaY2=outUmap$diseño
cat("Ambos hechos","\n")
}
print("¡Análisis hecho!")
Listo para correr
Estamos ejecutando t-SNE
dim de inDataTsne es: 439 119
Advertencia: Error en .check_tsne_params(nrow(X), dims = dims, perplejidad = perplejidad, :
las dimensiones deben ser 1, 2 o 3
{"Código de muestra", "Tipo", "PCB-1_imputado", "PCB-2_imputado", "PCB-3_imputado", "PCB-4_10_imputado", "PCB-5_8_imputado", "PCB-6_imputado", "PCB-7_9_imputado ", "PCB-11_imputado"}
"Número de iteración: "
241
"Crear nuevas columnas para t-SNE".
Error en eval (expr, p): objeto 'salida Y' no encontrado
No se puede obtener la salida R.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ
¿Qué significa cuando t-SNE devuelve "no se puede obtener la salida R". Me aseguré de configurar mi CMD e incluso ejecuté JMP como administrador. ¿Dónde más podría haber un problema de seguridad?
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @Ed1 , no, los predictores pueden ser cualquier tipo de valores numéricos. Sin embargo, puede que no funcione con personajes.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola MJ,
Gracias por el complemento.
¿Los predictores tienen que ser enteros?
Mejor,
Ed
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPGracias @ih por compartir tu experiencia personal.
@MikeDereviankin Mis disculpas por los problemas de integración de R, por lo general tener una sola instalación de R, reiniciar R, JMP o incluso su máquina ayudaría en este escenario. Después de pasar por estos problemas, es posible que aprecie la conveniencia y la interactividad de este complemento.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MikeDereviankin ,
En caso de que ayude, este texto es de la sección "Cómo JMP encuentra R" del Guía de secuencias de comandos JMP 15 . De acuerdo con mi experiencia configuración la variable de entorno desde dentro de JMP es el método más seguro.
JMP retrasa la carga de R hasta que un script basado en JSL requiera acceso a él. Cuando JMP necesita cargar R,
sigue los pasos estándar para encontrar R en una computadora con Windows:
1. Busque la variable de entorno R_HOME.
Si la variable existe, cargue R desde el directorio especificado.
2. Si la variable de entorno R_HOME no existe, busque el valor de InstallPath en el
Registro de Windows bajo la siguiente clave:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\R-core\R
Si existe el valor InstallPath, cargue R desde el directorio especificado.
3. Si el valor InstallPath no existe, un mensaje de error indica que no se pudo encontrar R.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ
Acabo de instalar el complemento y ahora JMP no puede encontrar mi R... Restablecí mis variables ambientales, cambié la ruta en CMD, reinstalé R y nada.
Recibo el error que dice que R no está instalado. Esto no parece un complemento efectivo con todos estos problemas que se evitan si T-SNE solo se ejecuta en R. La GUI es agradable, pero esto parece ser un dolor de cabeza según todos los comentarios.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @MikeDereviankin , acabo de publicar una nueva versión de este complemento. ¿Podría probar esta nueva versión y decirme si funciona para usted? Parece que hay algún problema con la instalación de R.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP
Hola,
Obtuve el siguiente error:
El paquete se ha estado ejecutando en diferentes conjuntos de datos JMP. ¿Qué desencadenó específicamente esto?
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @rexneal , Investigué un poco, probablemente se debió a que el nivel de perplejidad que estableció fue demasiado alto para un conjunto de datos con menos de 90 filas. Recomendaría reducirlo a 5~10 en este caso. Pronto publicaré una versión actualizada de este complemento que permitirá una mejor comparación entre los dos métodos.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @rexneal , me alegro de que haya encontrado útil este complemento. Estudiaré este problema y te responderé lo antes posible.
Gracias,
M.J.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHe estado usando el complemento de incrustación en JMP 14+ y JMP15. Este complemento crea imágenes tsne y umap y datos pca con una interfaz R. Es un programa excelente y fácil de usar ya que es muy rápido. Las instrucciones de la interfaz R funcionaron bien.
Lo he usado en muchas bases de datos. Sin embargo, en una base de datos más pequeña reciente de 74 filas, siempre arroja un mensaje de error (memoria insuficiente o instalación incorrecta). Lo volví a instalar pero el mismo problema. Trabajando a través de los datos, determiné que este complemento requiere al menos 90 filas. Esto no es un problema con sklearn. Preferiría usar este complemento en lugar de sklearn, ya que este complemento es mucho más rápido para múltiples análisis y permite exportar fácilmente los datos de PC primarios x e y a otro archivo jmp para la creación manual de nuevas clases.
¿Hay una solución para esto?
Me encanta JMP.gracias
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MikeD_Anderson ¡Gracias Mike!
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@MJ & @markschahl , otro pensamiento es agregarlo a la Lista de deseos de JMP en la comunidad:
https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/idb-p/jmp-wish-list
Esto ayudará a obtener algunos números alrededor de la demanda y permitirá que otros expresen su apoyo a la capacidad (¡estoy de acuerdo en que sería genial tenerlo en JMP también!)
METRO
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @markschahl Sé que John Sall estaba trabajando en una versión JMP de t-SNE, pero no estoy seguro de cuándo la lanzaremos. Estoy de acuerdo en que es un método poderoso e implementarlo en JMP sería la forma óptima, ya que llamar a R tiene muchos problemas potenciales. Puedes solicitarlo como novedad a través de nuestros equipos técnicos o de gestión de producto.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPEntonces, ¿se agregará t-SNE/UMAP a una versión futura de JMP? Es una técnica de detección de eventos anormales muy poderosa con amplia aplicabilidad en toda la industria. Acabo de leer este papel. t-SNE funciona muy bien en el conjunto de datos del proceso Tennessee Eastman:
Un nuevo método de minería de datos no supervisado basado en el codificador automático apilado para el diagnóstico de fallas en procesos químicos
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPTodavía recibo el siguiente error al ejecutar el complemento Embezdding.
El complemento aún no funciona en JMP-pro después de cambiar el CMD. En R, utilicé la pestaña "Paquetes" - "Instalar paquetes" para instalar el paquete umap y Rtsn. ¿Alguna otra sugerencia?
Cualquier otra sugerencia
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@lu Lo siento por la molestia. En Windows 7, creo que puede ir al menú de inicio, escribir cmd o comando en el cuadro de búsqueda y presionar Intro. O simplemente puede ir al menú Inicio e ir a Todos los programas. Luego, abra Accesorios y haga clic en el acceso directo del símbolo del sistema.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPSoy usuario de Windoxs 7 y no experto en TIC. Entonces no encuentro como entrar a la "consola CMD", lo siento :-(.Eliminé R y lo volví a instalar en el mismo mapa que JMPpro. Sigue recibiendo el mismo mensaje de error que el anterior. ¿No es Buena idea?
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@lu Su problema probablemente fue causado por múltiples instalaciones de R en su máquina y JMP no pudo decidir cuál usar. Intente configurar R_HOME como una variable ambiental de la siguiente manera e intente este complemento nuevamente. Abra la consola de Windows CMD y escriba: setx R_HOME "Esta PC\Documentos\R\R-3.5.2". Y asegúrese de que los paquetes Rtsne y UMAP estén instalados en esta versión de R. Por favor, hágamelo saber si esto resuelve su problema.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPInstalé Rtsne como se sugirió, pero ahora recibo el siguiente mensaje de error;
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @lu , lo siento por la falta de detalles en el mensaje de error. ¿Podría verificar si instaló Rtsne en lugar del paquete TSNE en R? Déjame saber si eso soluciona tu problema.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola, tengo el mismo error que dice "Problemas encontrados en R, podrían deberse a una instalación incorrecta de paquetes Rtsne/umap o memoria limitada". Instalé UMAP y TSNE de Rstudio. Yo uso R x64 3.5.2 bajo Windows
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPGracias @dbhattaram , parece que no tenía el paquete Rtsne y UMAP instalado en la versión R con la que JMP está hablando. Si tiene varias versiones de R, asegúrese de configurar R_Home como variable ambiental de la siguiente manera: abra la consola de Windows CMD y escriba: setx R_HOME "su ruta a R". Y asegúrese de que los paquetes Rtsne y umap estén instalados en esta versión de R. Avísame si soluciona tu problema.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@Pat1 Esto está en Windows para mí
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola, @MJ
Envié el registro de todos mis intentos fallidos de hacer que ejecutara el programa. Con suerte, eso será de alguna utilidad.
Saludos,
Dhruv
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP¿Estás usando una Mac? Enfrentó el mismo problema! Desafortunadamente UMAP no funcionó.
Rtsne muy bien trabajado.
Los mejores deseos
Palmadita
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @dbhattaram , es posible que JMP no haya encontrado la versión correcta de R o los problemas de control de versiones de R con la interfaz JMP R. ¿Podría abrir el archivo de registro (CTRL+Shift+L) cuando vea el mensaje de error y enviarme la información detallada del registro a Meijian.Guan@jmp.com? Estaré encantado de echar un vistazo.
M.J.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPEstimado @MJ ,
Al intentar ejecutar el programa en el conjunto de datos de prueba, recibí un error que decía "Los problemas encontrados en R podrían deberse a una instalación fallida de paquetes Rtsne/umap o memoria limitada".
Estoy bastante seguro de que descargué todo lo que necesito (los paquetes y R también), así que si pudieras darme una pista de por qué esto no funciona, sería muy apreciado.
Saludos,
Dhruv Bhataram
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@Raaed Gracias por hacérmelo saber. ¡Muy contento de escucharlo!
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPEstimado señor:
después de instalar los paquetes tsne, Rtsne y umap y escribir el siguiente script en CMD, se ejecutan los complementos✌
muchas gracias
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPEstimado @Raaed , Creo que he respondido anteriormente con respecto a este tema. Es probable que la interfaz JMP R haya tenido problemas para encontrar su instalación de R.
Intente configurar R_HOME como una variable ambiental de la siguiente manera e intente este complemento nuevamente. Abra la consola de Windows CMD y escriba: setx R_HOME "Path to R". Y asegúrese de que los paquetes Rtsne y umap estén instalados en esta versión de R. Por favor, hágamelo saber si esto resuelve su problema.
Si está utilizando Mac, debe cambiar su R a la versión 3.3.3 y solo usar T-SNE.
Además, tenemos algunos hilos en la comunidad que hablan sobre este problema que puede consultar.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
¡Espero que ayude!
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPEstimado
los complementos no se ejecutan
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola Meijian,
Buenas tardes. Traté de usar t-SNE y UMAP en los datos de muestra. Uso la última versión de R Studio y JMP 13. Pero tengo el siguiente error-
Por favor, sé cómo puedo solucionarlo. Gracias por tu ayuda.
PD. No podré actualizar a JMP 14 en este momento.
Atentamente,
Arif
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPEstimado @MJ
gracias por este buen complemento. Lo usé en un Mac tSNE con R Versión 3.3.3 funcionó bien. UMAP no lo hizo.
Ahora lo verifiqué en Windows usando la última versión R 3.6.1 con RStudio. Instalé los paquetes para umap y Rtsne, lamentablemente ni umap ni Rtsne funcionaron. Yo uso JMP 14.3.
Esto es lo que dice el registro cuando pruebo los datos mnist después de PCA (usando 2 PC como predictores):
{"UMAP"}
{2, 3, 200, 0,1}
"¡Tengo algo!"
"¡Obtuve los parámetros!"
"Dim de inData2R es: "
10000
3
"¡Iniciar back-end!"
"¡UMAP está seleccionado!"
TKIntRJMP.R versión 14.0
etiqueta es: etiqueta
dim de inDataUniq es: 10000 3
Listo para correr
Estamos ejecutando UMAP
Se produjo una excepción de tipo c0000005 en la dirección 6c910ef2 mientras se procesaban las declaraciones R enviadas. Esta dirección está en el desplazamiento 10ef2 en el módulo "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll"
Se produjo una excepción de tipo c0000005 en la dirección 6c910ef2 mientras se procesaban las declaraciones R enviadas. Esta dirección está en el desplazamiento 10ef2 en el módulo "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll"
Los problemas encontrados en R podrían deberse a una instalación incorrecta de paquetes Rtsne/umap o memoria limitada.
{"t-SNE"}
{2, 5, 500}
"¡Tengo algo!"
"¡Obtuve los parámetros!"
"Dim de inData2R es: "
10000
3
"¡Iniciar back-end!"
"¡Se ha seleccionado t-SNE!"
TKIntRJMP.R versión 14.0
etiqueta es: etiqueta
dim de inDataUniq es: 10000 3
Listo para correr
Estamos ejecutando t-SNE
dim de inDataTsne es: 10000 2
¡Lea la matriz de datos de 10000 x 2 con éxito!
OpenMP está funcionando. 1 hilos.
Usando no_dims = 2, perplexity = 5.000000 y theta = 0.500000
Calculando similitudes de entrada...
Construyendo un árbol...
- punto 10000 de 10000
¡Hecho en 0,45 segundos (escasez = 0,001695)!
Aprendiendo a incrustar...
Iteración 50: el error es 120.349392 (50 iteraciones en 2.08 segundos)
Iteración 100: el error es 103.025177 (50 iteraciones en 1,94 segundos)
Iteración 150: el error es 94,995130 (50 iteraciones en 1,70 segundos)
Iteración 200: el error es 90.828601 (50 iteraciones en 1,75 segundos)
Iteración 250: el error es 87,964178 (50 iteraciones en 1,81 segundos)
Iteración 300: el error es 4,069311 (50 iteraciones en 1,82 segundos)
Iteración 350: el error es 3,474366 (50 iteraciones en 1,83 segundos)
Iteración 400: el error es 3,044447 (50 iteraciones en 1,84 segundos)
Iteración 450: el error es 2,719790 (50 iteraciones en 1,83 segundos)
Iteración 500: el error es 2,466420 (50 iteraciones en 1,84 segundos)
Montaje realizado en 18,44 segundos.
[,1] [,2]
[1,] -18.4173747 30.133875
[2,] -23.5082997 -17.985255
[3,] 0,7376548 -4,148267
[4,] -5,6881024 6,385878
[5,] 8.8457460 22.245393
[6,] -10.8212058 -17.013940
[1] "¡Análisis hecho!"
Se produjo una excepción de tipo c0000005 en la dirección 6c910ef2 mientras se procesaban las declaraciones R enviadas. Esta dirección está en el desplazamiento 10ef2 en el módulo "C:\Program Files\R\R-3.6.1\bin\i386\R.dll"
Los problemas encontrados en R podrían deberse a una instalación incorrecta de paquetes Rtsne/umap o memoria limitada.
Sería genial si tuvieras una idea de lo que debería probar. Gracias de antemano y un saludo Patricio
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola, @FN , parece que instaló una versión diferente del paquete t-sne. ¿Podría intentar instalar Rtsne a través de R Studio en su lugar? La versión de github para este paquete está aquí: https://github.com/jkrijthe/Rtsne . Además, asegúrese de que su ruta R_HOME apunte a la versión R correcta con UMAP y Rtsne instalados. Déjame saber si tienes más preguntas.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPLogré ejecutar umap pero no a través de Anaconda/conda.
Creo que estoy instalando el paquete incorrecto para tsne. ¿Puede proporcionar la URL en cran?
Aquí está el paso a paso.
Intalar R desde https://cran.r-project.org/
Instalar la comunidad de Rstudio https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
Use Rstudio para instalar tsne y umap.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPGracias. Para ser honesto, no estoy seguro de cuál es la mejor manera de instalar R. Estoy acostumbrado a administrar las instalaciones de Python con conda/anaconda, que ahora también incluye R.
Esta es la ruta donde tengo R instalado.
(base) C:\Users\john_doe>donde r
C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\R.exe
Supongo que necesito instalar estos paquetes.
https://anaconda.org/conda-forge/r-tsne
https://anaconda.org/conda-forge/r-umap
Para que JMP pueda encontrar mi instalación de R, ejecuto esto (o cambio la RUTA manualmente):
setx R_HOME "C:\Users\john_doe\AppData\Local\Continuum\miniconda3\Scripts\"
Si hay una guía detallada sobre cómo hacerlo mejor, házmelo saber.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP@FN Hola, gracias por tus sugerencias. Sería una excelente opción incluir ejecutables de R/Python, pero debido a nuestras políticas y preocupaciones legales, no los incluí. Avíseme si tiene algún problema con las instalaciones o versiones de R al usar este complemento.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPMuchas gracias por proporcionar una interfaz para JMP.
Me pregunto si estos complementos pueden incluir los ejecutables de R/Python para que podamos ejecutarlos directamente.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @ngalphie , esto parece un problema con la versión anterior de JMP.
1. Me di cuenta de que está utilizando JMP 13, podría ser útil si puede actualizarlo a la última versión (JMP 14.3) y probar este complemento nuevamente.
2. Envíeme el informe de bloqueo guardado en C:\Users\username\AppData\Local\Temp\JmpCrashReports\13 al soporte técnico ( https://support.sas.com/ctx/supportform/createForm?ctry=us_JMP ) o directamente a mí (Meijian.Guan@jmp.com), podemos investigarlo.
3. Hay algunas publicaciones en la comunidad que también hablan sobre este tema. Puede echar un vistazo para ver si hay algo que mencionen que pueda ayudar.
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-has-performed-an-access-violation-and-will-shut-down-while/td-p/108183
https://community.jmp.com/t5/Discussions/JMP-Access-Violation-Probable-Causas/mp/5648#M5647
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola @MJ ,
Intenté ejecutar sus datos de muestra, pero tuve un bloqueo de violación de acceso. En el archivo de registro, parece que el lado R se ejecutó correctamente. ¿Alguna idea de cómo puedo abordar el problema?
Gracias,
Alabama
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPhola marx,
Su problema probablemente fue causado por múltiples instalaciones de R en su máquina y JMP no pudo decidir cuál usar. Intente configurar R_HOME como una variable ambiental de la siguiente manera e intente este complemento nuevamente. Abra la consola de Windows CMD y escriba: setx R_HOME "Esta PC\Documentos\R\R-3.5.2". Y asegúrese de que los paquetes Rtsne y umap estén instalados en esta versión de R. Por favor, hágamelo saber si esto resuelve su problema.
Además, tenemos algunos hilos en la comunidad que hablan sobre este problema que puede consultar.
https://community.jmp.com/t5/Administration-Discussions/Help-JMP-find-R-installation/td-p/6357
https://community.jmp.com/t5/Discussions/Setting-path-to-R-location/td-p/59764
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola MJ,
Recibo un mensaje de error cuando pruebo este complemento. Parece que no reconoce mi instalación de R. ¿Podría ayudar a averiguar cómo hacer que su complemento reconozca mi instalación de R si ese es realmente el problema?
Incluyo una captura de pantalla que muestra que R está abierto pero no se reconoce, y una captura de pantalla de mi ubicación de instalación de R (no archivos de programa) y también copiando algunos de los mensajes de error a continuación.
Esto parece una herramienta muy emocionante y espero usarla. Anteriormente encontré que t-sne en R es útil y sería de gran valor poder hacer esto correctamente en JMP. Cualquier ayuda que pueda proporcionar es muy apreciada.
¡Gracias!
Capturas de pantalla del error y la instancia de R abierta, luego captura de pantalla de la ubicación de instalación de R
Código de error
"
No se puede encontrar una instalación de R en este sistema. La compatibilidad con JMP R requiere la versión R 2.9.1 o superior en el acceso o la evaluación de 'Glue', write2lastRun( pb2, _addinPath_ );
algr = cbb << obtener seleccionado();
Print("¡Obtuve algo!" );
Intentar(
dim1 = dimBx1 << obtener;
per1 = perBx1 << obtener;
iter1 = iterBx1 << obtener;
);
Intentar(
dim2 = dimBx2 << obtener;
per2 = perBx2 << obtener;
iter2 = iterBx2 << obtener;
dist = distbox << obtener;
);
Imprimir("¡Obtuve los parámetros!" );
Try (predictor = X seleccionado << getitems);
Si ( Longitud ( predictor ) < 1,
Throw("Por favor, especifique los predictores")
);
Try( labelY = selectedY << getitems );
Si (N Elementos (etiquetaY) > 0,
etiquetaY1 = etiquetaY[1];
grphVars = Eval Insert( "X( :Y2 ), Y( :Y1 ), Color( :^labelY1^ ) " );
,
etiquetaY1 = "";
grphVars = "X( :Y2 ), Y( :Y1 )";
***** Texto truncado *****"
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAPHola Mujahida,
Los colores indican etiquetas verdaderas para este conjunto de datos, por lo que los puntos de datos con el mismo color deben tener un atributo similar. Los grupos fueron estimados por t-SNE y UMAP, debería ver algunos desajustes de color.
Re: Visualización de datos con t-SNE y UMAP¡Hola! M.J.,
¿Puedo entender que, en las fotos de arriba, cada masa/grupo de puntos puede tratarse como el mismo atributo? o los diferentes puntos de color deben tratarse como un atributo diferente?
