在本博客系列中，我介紹了在 JMP Pro 17 中比較各組基因差異表達的工作流程。 繼續閱讀以了解如何應用此步驟。
比較組
任何基因表達實驗的目標都是尋找生物標誌物——在不同性狀/治療中差異表達的標誌物或基因。 JMP Pro 17 提供了多個平台來解決此問題，其中之一是響應篩選
這反應篩選平台自動化了對大量響應進行測試的過程，使其成為基因組數據的完美場景。 由於數據包含約 19,000 個變量，導致大量響應，因此不可能將響應視為單個變量比較。 當有影響力的生物標誌物的表達在特定分組變量（在我們的例子中是組織類型和組織階段）內顯著差異時，它是識別有影響力的生物標誌物的強大功能。
表示此輸出的一種方法是火山圖，如下所示。 它是最常用的圖形表示形式，用於可視化處理對之間顯著差異的生物標誌物（本例中的處理是組織階段，並且控件設置為“選擇”）。 每個點都是一個基因。
X軸代表生物標誌物表達均值的差異； Y 軸代表均值差異的顯著性，以對數值 (-log10 pvalue) 表示。 藍色表示消極表達或抑制，紅色表示積極表達或過度表達。 有許多重要的生物標誌物，因此我過濾了大於 15 的 FDR logworth p 值，從而選出了 6 個項目。
對所選項目進行深入分析通過 X 擬合 Y揭示組織階段不同亞組的表達水平。
接下來，我將所有差異重新分組到一個數據表中，使用圖形生成器顯示最終結果。 在黃素化組織階段，所有六個基因都表現出顯著的表達差異，考慮到在 Fit Y by X 平台和多元嵌入中獲得的早期結果，這並不奇怪。
在下一篇博客中，我將討論如何使用不同的分析工具對基因表達數據進行建模。
