在本系列博文中，我介紹了在 JMP Pro 17 中比較基因差異表達組的工作流程。 繼續閱讀以了解如何應用此步驟。
比較組
任何基因表達實驗的目標都是找到生物標誌物——在不同性狀/處理中差異表達的標誌物或基因。 JMP Pro 17 提供了多個平台來解決這個問題，其中之一是響應篩選
這響應篩選平台自動化了對大量響應進行測試的過程，使其成為基因組學數據的完美場景。 由於數據包含約 19,000 個變量，導致大量響應，因此不可能將響應視為單個變量比較。 當它們在特定分組變量（在我們的案例中為組織類型和組織階段）中的表達顯著不同時，它是識別有影響力的生物標誌物的一個強大功能。
表示此輸出的一種方法是火山圖，如下所示。 它是最常用的圖形表示，用於可視化成對治療中顯著差異化的生物標誌物（本例中的治療是組織階段，控件設置為“已選擇”）。 每個點代表一個基因。
X軸表示生物標誌物表達方式的差異； Y 軸表示均值差異在對數值（-log10 p 值）方面的顯著性。 藍色表示消極表達或壓抑，紅色表示積極表達或過度表達。 有許多重要的生物標誌物，因此我篩選了大於 15 的 FDR logworth p 值，從而選擇了六個項目。
中所選項目的向下鑽取用 X 擬合 Y揭示組織階段不同亞組的表達水平。
接下來，我將所有差異重新組合到一個數據表中，使用 Graph Builder 顯示最終結果。 在黃素化組織階段，所有六個基因都表現出顯著的表達差異，考慮到早期在 Fit Y by X 平台和多變量嵌入中獲得的結果，這並不奇怪。
圖片 - Chris Kirchberg 評論刪除圖例。 如何進行？
在下一篇博客中，我將討論如何使用不同的分析工具對基因表達數據進行建模。
