在本系列博文中，我介绍了在 JMP Pro 17 中比较基因差异表达组的工作流程。 继续阅读以了解如何应用此步骤。
比较组
任何基因表达实验的目标都是找到生物标志物——在不同性状/处理中差异表达的标志物或基因。 JMP Pro 17 提供了多个平台来解决这个问题，其中之一是响应筛选
这响应筛选平台自动化了对大量响应进行测试的过程，使其成为基因组学数据的完美场景。 由于数据包含约 19,000 个变量，导致大量响应，因此不可能将响应视为单个变量比较。 当它们在特定分组变量（在我们的案例中为组织类型和组织阶段）中的表达显着不同时，它是识别有影响力的生物标志物的一个强大功能。
表示此输出的一种方法是火山图，如下所示。 它是最常用的图形表示，用于可视化成对治疗中显着差异化的生物标志物（本例中的治疗是组织阶段，控件设置为“已选择”）。 每个点代表一个基因。
X轴表示生物标志物表达均值的差异； Y 轴表示均值差异在对数值（-log10 p 值）方面的显着性。 蓝色表示消极表达或压抑，红色表示积极表达或过度表达。 有许多重要的生物标志物，因此我筛选了大于 15 的 FDR logworth p 值，从而选择了六个项目。
中所选项目的向下钻取用 X 拟合 Y揭示组织阶段不同亚组的表达水平。
接下来，我将所有差异重新组合到一个数据表中，使用 Graph Builder 显示最终结果。 在黄素化组织阶段，所有六个基因都表现出显着的表达差异，考虑到早期在 Fit Y by X 平台和多变量嵌入中获得的结果，这并不奇怪。
图片 - Chris Kirchberg 评论删除图例。 如何进行？
在下一篇博客中，我将讨论如何使用不同的分析工具对基因表达数据进行建模。
