Dans la première partie de ce blog, j'ai présenté un flux de travail pour le contrôle et la vérification de la qualité avec des données d'expression génique dans JMP Pro 17. Continuez à lire pour voir comment appliquer cette étape.
Contrôle et Qualité
Avant de procéder à tout type d'analyse, la qualité des échantillons doit être vérifiée pour garantir un résultat cohérent.
Commencez par le Grappe hiérarchique plate-forme pour vérifier si des échantillons d'origines différentes peuvent être regroupés. Vous pouvez le faire en regroupant des échantillons et/ou des gènes en grappes en fonction de leur similitude dans les modèles d'expression. Si les échantillons peuvent être regroupés en fonction de leurs origines, nous pouvons être sûrs que nous avons une représentation fiable et précise de la variable de regroupement (tissu, stade et type d'animal).
Avec l'avènement de JMP 17, une nouvelle approche informatique de la méthode de Ward - appelée Hybrid Ward - a été mise en œuvre. Il est particulièrement utile pour les données omiques où il peut y avoir des dizaines (voire des centaines) de milliers d'éléments à regrouper.
Chaque ligne représente un échantillon. Nous avons codé par couleur les échantillons afin que nous puissions voir les différences entre les stades cellulaires/tissus. Nous pouvons voir des grappes homogènes d'échantillons, à l'exception de quelques-uns (stade cellulaire/tissu sélectionné et différencié).
Le Intégration multivariée platform utilise une autre méthode que celle utilisée dans Hierarchical Clustering pour regrouper les échantillons en groupes. Il permet à un ensemble de données de très grande dimension d'être mappé dans un espace de faible dimension, de sorte que les points proches les uns des autres dans un espace de grande dimension soient proches les uns des autres dans l'espace de faible dimension résultant. Généralement deux ou trois dimensions qui peuvent être affichées dans un graphique 2D ou 3D. J'ai utilisé la méthode t-SNE, qui montre comment les données se regroupent.
Dans ce graphique, chaque cercle (vaches) ou triangle (génisses) représente un échantillon. Nous pouvons voir des grappes homogènes d'échantillons, en particulier entre les types de cellules Granulosa et Theca (illustrés par la ligne rouge hachurée), ainsi que le stade lutéinisé par rapport au stade cellulaire/tissu sélectionné/différencié. Les vaches et les génisses ne se regroupent pas séparément. Comme nous le verrons très probablement, il n'y a pas de différence significative dans l'expression des gènes entre vache et génisse, ni dans les stades tissulaires entre sélectionné et différencié. Sachant cela, il est logique de comparer l'expression différentielle des gènes, soit entre le type de tissu ou le stade du tissu.
Dans le prochain blog, je parlerai de la façon de comparer des groupes à l'aide de la sélection des réponses et de l'ajustement de la plate-forme Y par X.
