En la primera parte de este blog, presenté un flujo de trabajo para el control y control de calidad con datos de expresión génica en JMP Pro 17. Sigue leyendo para ver cómo aplicar este paso.
Control y Calidad
Antes de realizar cualquier tipo de análisis, es necesario comprobar la calidad de las muestras para garantizar un resultado coherente.
Comience con el Clúster jerárquico plataforma para comprobar si las muestras de diferentes orígenes se pueden agrupar. Puede hacerlo agrupando muestras y/o genes en grupos en función de su similitud en los patrones de expresión. Si las muestras se pueden agrupar según sus orígenes, podemos estar seguros de que tenemos una representación fiable y precisa de la variable de agrupación (tejido, estadio y tipo de animal).
Con la llegada de JMP 17, se implementó un nuevo enfoque informático para el método de Ward, llamado Hybrid Ward. Es especialmente útil para datos ómicos donde puede haber decenas (o incluso cientos) de miles de elementos para agrupar.
Cada línea representa una muestra. Hemos codificado por colores las muestras para que podamos ver las diferencias entre las etapas de células/tejidos. Podemos ver grupos homogéneos de muestras, a excepción de unos pocos (Etapa de tejido/célula seleccionada y diferenciada).
El Incrustación multivariante plataforma utiliza otro método del que se utiliza en el agrupamiento jerárquico para agrupar las muestras en grupos. Permite mapear un conjunto de datos de muy alta dimensión en un espacio de baja dimensión, de modo que los puntos que están cerca entre sí en el espacio de alta dimensión están cerca entre sí en el espacio de baja dimensión resultante. Por lo general, dos o tres dimensiones que se pueden mostrar en un gráfico 2D o 3D. He usado el método t-SNE, que demuestra cómo se agrupan los datos.
En este gráfico, cada círculo (Vacas) o triángulo (Novillas) representa una muestra. Podemos ver grupos homogéneos de muestras, en particular entre el tipo de células de la granulosa y la teca (ilustrado por la línea roja discontinua), y también la etapa de tejido/célula luteinizada versus seleccionada/diferenciada. Las vacas y las novillas no se agrupan por separado. Como muy probablemente veremos, no existe una diferencia significativa en la expresión génica entre Vaca y Vaquilla, ni en los estadios tisulares entre seleccionado y diferenciado. Sabiendo esto, tiene sentido comparar la expresión diferencial de los genes, ya sea entre el tipo de tejido o la etapa del tejido.
En el próximo blog, hablaré sobre cómo comparar grupos utilizando la evaluación de respuesta y la plataforma Y by X.
