去年我们可能已经告别了 JMP Genomics，但不用担心，新版本的 JMP Pro 17 可以满足您的许多数据分析需求。 虽然您会在 JMP Pro 中找到 JMP Genomics 的几乎所有功能，但在使用这些功能时您可能需要改变思维方式。 在这篇博客中，我想分享一下我在 JMP Pro 中处理基因表达数据的经验。
在 JMP Pro 中，有六个特别有用的平台：层次聚类、多元嵌入、响应筛选、预测变量筛选、变量聚类和模型筛选。
分子生物学中的基因表达数据是指测量生物样品（例如细胞或组织）中基因的活性水平。 它提供了有关哪些基因活跃、它们如何调节以及它们在不同条件和疾病中如何相互作用的宝贵信息。
格式化您的数据
对于 JMP Pro 中的每个组学数据分析，例如基因表达数据、代谢表达数据或基因型数据，数据集需要采用以下格式：
- 每个特定样本应该有自己的行，列出各种观察结果，例如患者 (P1)、其表型 (Ph1、Ph2)、其性状 (T1) 等。
- 每个变量或列都是一种特定基因表达（对于基因表达数据）或一种特定 SNP 或等位基因（对于遗传学数据）的基因型的测量。
基因表达数据
基因表达数据的目标是发现不同特征或患者治疗之间基因或信使 RNA 的显着差异表达。 数据来源可能不同；它可以来自微阵列、NGS（下一代基因测序）、PCR 等。 一般来说，输入数据看起来非常相似，因为每个患者都有基因表达测量值，这些数值反映了细胞或组织中信使 RNA 的丰度。 这个想法是找到细胞/组织中从一种性状/治疗到另一种性状/治疗不同的基因表达。
数据集政府SE 34317已用于以下示例。 数据代表两种不同动物（母牛和小母牛）在三个不同排卵前卵泡发育阶段（次生或选择、早期窦或分化、窦/排卵前或黄体化）的两种不同组织/细胞类型（颗粒和卵泡膜）。
引用的文章可以找到这里。
图片来源：卵巢卵泡 - 概述 |科学直接主题
数据清洗后，剩余数据包含19k个变量（基因）和65个样本：
本实验的目的是确定代谢/泌乳环境对泌乳奶牛和未产小母牛排卵前卵泡发育的三个不同阶段的卵泡膜和颗粒细胞基因差异表达的影响。 在 JMP Pro 17 的帮助下，应用了以下工作流程：
在本文的第 2、3 和 4 部分中，我将解释工作流程的每个步骤是如何实现的。 敬请关注。
