去年我们可能已经告别了 JMP Genomics，但不要担心，新版本的 JMP Pro 17 可以满足您的许多数据分析需求。 虽然您会在 JMP Pro 中找到 JMP Genomics 的几乎所有功能，但在使用这些功能时您可能需要改变思维方式。 在这篇博客中，我想分享一下我在 JMP Pro 中处理基因表达数据的经验。
在 JMP Pro 中，有六个平台特别有用：层次聚类、多元嵌入、响应筛选、预测变量筛选、聚类变量和模型筛选。
分子生物学中的基因表达数据是指测量生物样本（例如细胞或组织）中基因的活性水平。 它提供了关于哪些基因是活跃的、它们如何被调节以及它们在不同条件和疾病中如何相互作用的有价值的信息。
格式化数据
对于 JMP Pro 中的每个组学数据分析，例如基因表达数据、代谢表达数据或基因型数据，数据集需要采用以下格式：
- 每个特定样本都应该有自己的行，列出各种观察结果，例如患者 (P1)、其表型 (Ph1、Ph2)、其特征 (T1) 等。
图像
- 每个变量或列是一个特定基因表达（用于基因表达数据）或一个特定 SNP 或等位基因的基因型（用于遗传学数据）的测量值。
图像
基因表达数据
基因表达数据的目标是发现不同性状或患者治疗之间基因或信使 RNA 的显着差异表达。 数据来源可能不同；它可以来自微阵列、NGS（下一代基因测序）、PCR 等。 一般来说，输入数据看起来非常相似，因为每位患者都进行了基因表达测量，这些测量值是反映细胞或组织中信使 RNA 丰度的数值。 这个想法是找到在细胞/组织中从一种性状/治疗到另一种性状/治疗不同的基因表达。
数据集GSE 34317已用于以下示例。 数据代表两种不同动物（母牛和小母牛）处于三个不同排卵前卵泡发育阶段的两种不同组织/细胞类型（颗粒细胞和卵泡膜）——次级或选择、早期窦或分化、窦/排卵前或黄体化。
可以找到参考的文章这里.
图片来源：卵巢卵泡 - 概述 | ScienceDirect 主题
数据清洗后，剩余数据包含19k个变量（基因）和65个样本：
本实验的目的是确定代谢/泌乳环境对泌乳奶牛和未经产小母牛排卵前卵泡发育三个不同阶段卵泡膜和颗粒细胞基因差异表达的影响。 在 JMP Pro 17 的帮助下，应用了以下工作流程：
在本文的第 2、3 和 4 部分中，我将解释工作流程的每个步骤是如何实施的。 敬请关注。
