작년에 JMP Genomics는 작별을 고했지만 걱정하지 마세요. JMP Pro 17의 새 버전은 많은 데이터 분석 요구 사항을 처리합니다. JMP Pro에서 JMP Genomics의 거의 모든 기능을 찾을 수 있지만, 이러한 기능을 사용할 때 사고 방식을 바꿔야 할 수도 있습니다. 이번 블로그에서는 JMP Pro에서 유전자 발현 데이터를 처리하는 방법에 대한 경험을 공유하고 싶습니다.
JMP Pro에는 계층적 군집화, 다변량 임베딩, 반응 선별, 예측자 선별, 군집 변수 및 모델 선별 등 특히 유용한 6가지 플랫폼이 있습니다.
분자생물학에서의 유전자 발현 데이터는 세포나 조직과 같은 생물학적 시료에서 유전자의 활성 수준을 측정하는 것을 의미합니다. 이는 어떤 유전자가 활성화되는지, 어떻게 조절되는지, 다양한 조건과 질병에서 서로 어떻게 상호작용하는지에 대한 귀중한 정보를 제공합니다.
데이터 형식 지정
유전자 발현 데이터, 대사 발현 데이터, 유전자형 데이터 등 JMP Pro의 각 오믹 데이터 분석을 위해 데이터 세트는 다음 형식이어야 합니다.
- 각 특정 샘플에는 환자(P1), 표현형(Ph1, Ph2), 특성(T1) 등과 같은 다양한 관찰 내용을 나열하는 자체 행이 있어야 합니다.
- 각 변수 또는 열은 하나의 특정 유전자 발현(유전자 발현 데이터의 경우) 또는 하나의 특정 SNP 또는 대립유전자(유전학 데이터의 경우)의 유전자형을 측정한 것입니다.
유전자 발현 데이터
유전자 발현 데이터의 목표는 서로 다른 특성이나 환자 치료 간에 유의하게 다른 유전자 또는 메신저 RNA의 발현을 찾는 것입니다. 데이터 소스는 다를 수 있습니다. 이는 마이크로어레이, NGS(다음 유전자 시퀀싱), PCR 등에서 나올 수 있습니다. 일반적으로 입력 데이터는 매우 유사해 보입니다. 각 환자는 세포나 조직의 메신저 RNA의 풍부함을 반영하는 수치인 유전자 발현 측정값을 사용하기 때문입니다. 아이디어는 세포/조직에서 특성/치료에 따라 다른 유전자의 발현을 찾는 것입니다.
데이터 세트 GSE 34317 다음 예에서는 사용되었습니다. 데이터는 서로 다른 두 동물(소와 암소) 사이에서 세 가지 다른 배란 전 난포 발달 단계(2차 또는 선택, 초기 유합 또는 분화, 유합/배란 전 또는 황체화)의 두 가지 다른 조직/세포 유형(과립과 난포)을 나타냅니다.
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이미지 출처: 난포 - 개요 | ScienceDirect 주제
데이터 정리 후 남은 데이터에는 19,000개의 변수(유전자)와 65개의 샘플이 포함됩니다.
이 실험의 목적은 수유 젖소와 미산소 사이의 배란전 난포 발달의 세 가지 별개 단계에서 포막 및 과립막 세포의 유전자 발현 차등에 대한 대사/수유 환경의 영향을 확인하는 것이었습니다. JMP Pro 17의 도움으로 다음 작업 흐름이 적용되었습니다.
이 게시물의 2부, 3부, 4부에서는 워크플로의 각 단계가 어떻게 구현되었는지 설명하겠습니다. 계속 지켜봐 주시기 바랍니다.
