昨年、JMP Genomics に別れを告げたかもしれませんが、心配する必要はありません。JMP Pro 17 の新バージョンは、データ分析のニーズの多くを処理します。 JMP Genomics のほぼすべての機能は JMP Pro にありますが、これらの機能を使用する場合は考え方を変える必要があるかもしれません。 このブログでは、JMP Pro で遺伝子発現データを扱う方法についての私の経験を共有したいと思います。
JMP Pro には、特に便利な 6 つのプラットフォームがあります: 階層クラスタリング、多変量埋め込み、応答スクリーニング、予測子スクリーニング、クラスター変数、およびモデル スクリーニング。
分子生物学における遺伝子発現データとは、細胞や組織などの生物学的サンプル内の遺伝子の活性レベルを測定することを指します。 どの遺伝子が活性化しているのか、どのように制御されているのか、さまざまな状態や疾患において遺伝子がどのように相互作用しているのかなど、貴重な情報が得られます。
データのフォーマット
JMP Pro での遺伝子発現データ、代謝発現データ、遺伝子型データなどの各オミック データ分析では、データ セットが次の形式である必要があります。
- 特定のサンプルごとに、患者 (P1)、その表現型 (Ph1、Ph2)、その特性 (T1) など、さまざまな観察結果をリストする独自の行が必要です。
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- 各変数または列は、1 つの特定の遺伝子発現 (遺伝子発現データの場合)、または 1 つの特定の SNP または対立遺伝子の遺伝子型 (遺伝学データの場合) の測定値です。
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遺伝子発現データ
遺伝子発現データの目的は、異なる形質または患者の治療間で、遺伝子またはメッセンジャー RNA の発現の有意差を見つけることです。 データのソースは異なる場合があります。それは、マイクロアレイ、NGS (ネクスト ジーン シークエンシング)、PCR などから得られる可能性があります。 一般に、各患者には細胞または組織内のメッセンジャー RNA の量を反映する数値である遺伝子発現測定値が含まれるため、入力データは非常に似ています。 その目的は、細胞/組織において、ある形質/治療ごとに異なる遺伝子の発現を見つけることです。
データセットGSE 34317は次の例で使用されています。 このデータは、2 匹の異なる動物 (ウシと未経産牛) における、排卵前の卵胞発育の 3 つの異なる段階 (二次または選択、初期胞状または分化、胞状/排卵前または黄体形成) における 2 つの異なる組織/細胞タイプ (顆粒膜と嚢) を表しています。
参考にした記事が見つかりますここ。
画像出典:卵胞 - 概要 | ScienceDirect トピックス
データ クリーニング後、残りのデータには 19,000 個の変数 (遺伝子) と 65 個のサンプルが含まれます。
この実験の目的は、授乳期の乳牛と未経産未経産牛の間の排卵前の卵胞発育の 3 つの異なる段階における、鞘細胞と顆粒膜細胞における遺伝子の発現差に対する代謝/授乳環境の影響を測定することでした。 JMP Pro 17 を利用して、次のワークフローが適用されました。
この投稿のパート 2、3、および 4 では、ワークフローの各ステップがどのように実装されたかについて説明します。 乞うご期待。
