작년에 JMP Genomics와 작별을 고했을지 모르지만 JMP Pro 17의 새 버전이 많은 데이터 분석 요구를 처리하므로 걱정하지 마십시오. JMP Pro에서 JMP Genomics의 거의 모든 기능을 찾을 수 있지만 이러한 기능을 사용할 때 사고 방식을 바꿔야 할 수도 있습니다. 이 블로그에서는 JMP Pro에서 유전자 발현 데이터를 처리하는 방법에 대한 제 경험을 공유하고자 합니다.
JMP Pro에는 특히 유용한 6가지 플랫폼이 있습니다.
분자생물학에서 유전자 발현 데이터는 세포나 조직 등 생물학적 시료에서 유전자의 활성 정도를 측정하는 것을 말한다. 어떤 유전자가 활성화되고, 어떻게 조절되며, 다양한 조건과 질병에서 서로 어떻게 상호 작용하는지에 대한 귀중한 정보를 제공합니다.
데이터 포맷
유전자 발현 데이터, 대사 발현 데이터 또는 유전형 데이터와 같은 JMP Pro의 각 omic 데이터 분석에 대해 데이터 세트는 다음 형식이어야 합니다.
- 각 특정 샘플에는 환자(P1), 표현형(Ph1, Ph2), 특성(T1) 등과 같은 다양한 관찰을 나열하는 자체 행이 있어야 합니다.
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- 각 변수 또는 열은 하나의 특정 유전자 발현(유전자 발현 데이터의 경우) 또는 하나의 특정 SNP 또는 대립 유전자의 유전자형(유전학 데이터의 경우)의 측정치입니다.
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유전자 발현 데이터
유전자 발현 데이터의 목표는 서로 다른 특성 또는 환자 치료 사이에서 유전자 또는 메신저 RNA의 현저하게 다른 발현을 찾는 것입니다. 데이터 소스는 다를 수 있습니다. 그것은 microarray, NGS(next gene sequencing), PCR 등에서 나올 수 있습니다. 일반적으로 입력 데이터는 각 환자가 세포나 조직에 있는 전령 RNA의 풍부함을 반영하는 수치 값인 유전자 발현 측정값과 함께 제공되기 때문에 매우 유사해 보입니다. 아이디어는 하나의 특성/치료에서 다른 특성/치료에 이르기까지 세포/조직에서 다른 유전자의 발현을 찾는 것입니다.
데이터 세트 GSE 34317 다음 예제에 사용되었습니다. 데이터는 두 가지 다른 동물(소와 어린 암소) 사이에서 세 가지 다른 배란 전 여포 발달 단계(2차 또는 선택, 초기 전정부 또는 분화, 전정부/배란 전 또는 황체화)에서 두 가지 다른 조직/세포 유형(과립막 및 theca)을 나타냅니다.
참고한 기사를 확인할 수 있습니다 여기 .
이미지 출처: 난소 여포 - 개요 | ScienceDirect 주제
데이터 정리 후 나머지 데이터에는 19k 변수(유전자)와 65개 샘플이 포함됩니다.
이 실험의 목적은 수유 중인 젖소와 무산소 암소 사이의 배란 전 난포 발달의 3가지 뚜렷한 단계에서 난포막과 과립막 세포에서 유전자의 차등적 발현에 대한 대사/수유 환경의 영향을 결정하는 것이었습니다. JMP Pro 17 덕분에 다음 작업 흐름이 적용되었습니다.
이 게시물의 Part 2, 3, 4에서는 워크플로의 각 단계가 어떻게 구현되었는지 설명하겠습니다. 계속 지켜봐 주세요.
