実験計画やあみんな、
まず、私は英語が母国語ではないので、英語が下手で申し訳ありません。私は実験計画の分野では初心者なので、洞察を求めています。私の問題は次のとおりです。
1. 細胞培養培地に含まれる7つのタンパク質の濃度を最適化する必要がある
2. これら7つのタンパク質はすべて、応答（収量）に大きな影響を与えることが分かっています。
3. タンパク質間に相互作用があるかどうかは不明
4. 一部のタンパク質の効果は濃度に対して直線的ではないことが分かっています。つまり、通常よりも高い濃度は収量にマイナスの影響を与える可能性があるということです（二次効果の可能性あり）。
5. 細胞培養の原料として使用される細胞が収量に大きな影響を与えることもわかっていますが、その要因を制御することはできないため、阻害要因として使用することを検討しています。
私の質問は次のとおりです:
- どのように始めますか? 最初に作成する計画でブロック要因を評価しますか?
- アッセイの数を減らすために、因子ごとに 3 つのレベル (タンパク質の濃度) を使用する必要があるか、それとも 2 つのレベルを使用する必要があるか (ただし、二次効果を見逃す可能性があります)
よろしくお願いします。
消費者および市場調査実験計画法Re: 実験計画法やあ@えこかせ、
実験を計画して実行する前に考えるべきすべてのことをカバーすることはおそらくできません。 しかし、私はいくつかのアイデアを提供できてうれしいです。
いくつかの重要な質問:
いくつのアッセイを実行できますか?
細胞出発物質のバッチはいくつありますか?
細胞開始材料の各バッチから何回のアッセイを実行できますか?
決定的スクリーニング計画は、良い出発点かもしれません。 これは比較的小規模な実験を提供します (たとえば、3 つのブロックと 3 つの中心点を持つ 7 つの因子に対する JMP のデフォルトの計画は 23 回の実行です)。
とはいえ、すべての要因が重要であることはすでにご存じのとおりです。したがって、これは実際にはスクリーニングの状況ではありません。 代わりに、RSM モデルのカスタム デザインを設計することをお勧めします。
これがお役に立てば幸いです。
フィル
Re: 実験計画法コミュニティへようこそ。
フィルの質問に追加：
1. 測定システムについて学習しましたか。
2. 7つのタンパク質が重要な効果を持っていることをどのように知っていますか? それらはどのように研究され、どの推論空間の下で行われたか (それらが研究されたとき、ノイズ (例: 出発物質) は何をしていたか?)
3. それが非線形であることと、これがあなたが持っていて研究したい仮説であることをどのように判断しますか?
4. 出発物質が大きな影響を与えることを知っている場合、将来これをどのように処理したいですか? 例えば、それに強くなりたいですか？ プロセスを調整して補正しますか? 出発原料の改善に取り組みたいですか？
Phil が示唆するように、適切なデザインを選択する前に熟考し、考慮すべきことがたくさんあります。 そして、正確に正しいデザインを選択する可能性はほぼ 0 です (非常に経験豊富なデザイナーであっても)。 「あなたがデザインする最高のデザインは、実験を実行した後にデザインするものです」. したがって、シーケンシャルに考えてください。 最初の実験では、より良い実験を計画するための情報が提供されます。 繰り返しのどの時点でも、複数のデザインを作成できます (JMP で簡単に作成できます)。 各設計が提供する可能性のある知識と、それを実行するためのコストを評価します。 それぞれについて考えられるすべての結果を予測してから、1 つを選択し、データを取得して分析し、反復します。
Re: 実験計画法私の質問に答えてくれてありがとう。
ちょっとした背景: 私たちは幹細胞 (出発物質) を使用し、それらを脂肪細胞に分化 (形質転換) します。その分化には 7 つのタンパク質 (サイトカイン) が必要です。 私たちの応答は、脂肪細胞の割合です。
1. はい、測定システムは検証済みです。
2. これらのタンパク質の選択は、長年の研究によって正当化されており、これらのタンパク質は参考文献で、この分化に影響を与えることが知られています。 しかし、この種の研究は以前に行われたことがなかったので（各要因の影響を評価して）、すべてが重要であると100％確信できるとは思いません。
3. 一部のサイトカインは、濃度に応じて直線的な反応を示さないことが知られています。 たとえば、濃度の増加は反応に悪影響を与える可能性があります。 これは、当社のサイトカインの 1 つに当てはまります。
4. はい、最終的には、出発物質から満足のいく結果が得られるサイトカインの組み合わせを用意することですが、一部の幹細胞が他の幹細胞よりも優れた収量をもたらす理由が不明であるため、プロセスを調整できるとは思いません。 すべての場合において、少なくとも 55% の脂肪細胞が存在することを願っています。
Re: 実験計画法知っておくと便利なことです。 ありがとう、 @えこかせ. 実行可能なアッセイ数、細胞材料のバッチ数、およびバッチごとのアッセイ数について教えていただけますか? これは重要です。
Re: 実験計画法
はい、できます@フィル_ケイ、
設計ごとに 18 のアッセイは、同じ日に実行する必要がある場合に技術的に実行できる最大値です。 十分な数の幹細胞がありますが、1 つの細胞バッチのみを使用して 70 のアッセイを行うことは不可能です。実行できるアッセイの平均数は約 30 です (細胞バッチは細胞量に関して同じサイズではありません)。
Re: 実験計画法その場合、細胞材料バッチを管理するために、タンパク質因子の RSM モデルとブロッキング因子でカスタム デザインを使用することをお勧めします。 合計で何回実行したいか、何個のセル材料 bx を調べたいか、1 日に何回実行したいか、1 日に複数のセル材料 bx を調べることができるかどうか、およびその他の実際的な考慮事項に大きく依存します。 ...
Re: 実験計画法ご回答ありがとうございます。 セルバッチについてまだ質問があります。 事実上、セルの無限のバッチを持つことができますが、生産プロセスがまだ機能していることを確認するにはどうすればよいでしょうか?
Re: 実験計画法とは違う方法で返信します。 @フィル_ケイと@スタットマンその技術的な質問、回答、アドバイスは的を射ています。 主に DOE の自称「初心者」であるため、資金があれば、このプロセスを案内するコンサルタントを雇います。 1001 の問題が発生し、今後発生する予定です。Phil と Statman は、このようなコンパクトなフォーラムで表面をなぞっただけです。 たとえば、実験の実施中に「計画」に関して何かが「間違っている」場合はどうなりますか? それとも反応の測定？ そこに到達したら、分析のために新しいスレッドを開始する必要があります。 これは、リアルタイムで迅速な回答を得るための場所ではありません。 バイオアッセイ作業の経験を持つ有能なコンサルタントが、あなたと一緒に多くの問題を調査し、質問に対するガイダンスを提供することができます.
Re: 実験計画法私は次のことで混乱しています：
「しかし、一部の幹細胞が他の幹細胞よりも収量が高い理由は不明であるため、プロセスを調整することはできないと思います。」そして関連：
「生産プロセスが機能していることを確認するにはどうすればよいか」
セルのバッチごとのばらつきがある理由を理解してみませんか?
実験を開始する前に、バリエーションのどのコンポーネントが最大のレバレッジを持っているかを理解しようとすることができる/すべきだと私には思えます。 最大の変動要因はどれですか? セルのバッチ内またはバッチ間? 複数のコンポーネントの一貫性とサイズを決定する (およびこれらのコンポーネントに対して測定システムを評価する) ために、サンプリング (変動研究のコンポーネント、階層的または体系的) を実行できます。これは、実験でこれらのソースを処理する方法を決定するのに非常に役立ちます。
Re: 実験計画法私はピートに同意します...私たちができることは、実験を設計するプロセスに関する彼らの限界をOPに認識させて、彼らが必要なアドバイスを求めることができるようにすることだけです.
Easy DOE プラットフォームの意図は尊重しますが、矛盾しているように思えます。
Re: 実験計画法こんにちは、ご回答ありがとうございます。 コンサルタントによる監修を予定しております。 別の視点が欲しいだけです。
