Conception d'expériencesSalut tout le monde,
tout d'abord, excusez mon anglais car je ne suis pas anglophone. Je suis débutant dans le domaine de la conception d'expériences et c'est pourquoi je recherche des informations. Mon problème est le suivant :
1. Je dois optimiser la concentration de 7 protéines contenues dans le milieu de culture cellulaire que nous utilisons
2. On sait que toutes ces 7 protéines ont un effet significatif sur la réponse (rendement)
3. Nous ne savons pas s'il existe une interaction entre les protéines
4. On sait que l'effet de certaines protéines n'est pas linéaire à la concentration : cela signifie qu'une concentration plus élevée que d'habitude peut avoir un impact négatif sur le rendement (effet quadratique possible)
5. Nous savons également que les cellules utilisées comme matière première pour la culture cellulaire ont un impact important sur le rendement, mais comme nous ne pouvons pas contrôler ce facteur, nous envisageons de l'utiliser comme facteur de blocage.
Mes questions sont les suivantes :
- Par où commence-t-on ? est-ce qu'on évalue le facteur de blocage dans le premier plan que l'on fait ?
- Devons-nous utiliser trois niveaux par facteur (concentration de protéines) ou deux pour réduire le nombre de tests (mais nous pourrions rater l'effet quadratique)
Merci d'avance.
Études de consommation et de marchéConception d'expériencesRe : Conception d'expériencesSalut @Ekokase ,
Nous ne pouvons probablement pas couvrir toutes les choses auxquelles vous devriez penser avant de concevoir et d'exécuter votre expérience. Mais je suis heureux de donner quelques idées.
Quelques questions importantes :
Combien de tests êtes-vous capable d'exécuter ?
De combien de lots de matières premières cellulaires disposez-vous ?
Combien de tests pouvez-vous effectuer à partir de chaque lot de matériel de départ cellulaire ?
Un Definitive Screening Design pourrait être un bon point de départ. Cela fournirait une expérience relativement petite (par exemple, le plan par défaut de JMP pour 7 facteurs avec 3 blocs et 3 points centraux est de 23 essais).
Cela dit, vous savez déjà que tous les facteurs sont importants, il ne s'agit donc pas vraiment d'une situation de dépistage. Au lieu de cela, vous pouvez concevoir une conception personnalisée pour le modèle RSM.
J'espère que ça aide,
Phil
Re : Conception d'expériencesBienvenue dans la communauté.
Ajoutant aux questions de Phil :
1. Avez-vous étudié le système de mesure ?
2. Comment savez-vous que les 7 protéines ont un effet significatif ? Comment ont-ils été étudiés et sous quel espace d'inférence (que faisait le bruit (par exemple, le matériau de départ) lorsqu'ils ont été étudiés ?)
3. Comment savez-vous qu'il s'agit d'une hypothèse non linéaire par rapport à une hypothèse que vous avez et que vous souhaitez étudier ?
4. Si vous savez que le matériel de départ a un effet énorme, comment voulez-vous gérer cela à l'avenir ? Par exemple, voulez-vous que vous y deveniez robuste ? Souhaitez-vous ajuster votre processus pour compenser ? Vous souhaitez travailler sur l'amélioration du matériel de départ ?
Comme le suggère Phil, il y a beaucoup de choses à contempler et à considérer avant de choisir le design approprié. ET la probabilité que vous choisissiez exactement le bon design est proche de 0 (même pour les designers très expérimentés). "Le meilleur design que vous aurez jamais conçu est celui que vous concevez après avoir exécuté l'expérience". Alors pensez séquentiel. La première expérience fournira des informations pour concevoir une meilleure expérience. À tout moment de vos itérations, créez plusieurs conceptions (facile à faire dans JMP). Évaluez les connaissances que chaque conception peut fournir par rapport au coût de son exécution. Anticipez tous les résultats possibles pour chacun, puis sélectionnez-en un, obtenez des données, analysez et itérez.
Re : Conception d'expériencesMerci d'avoir pris le temps de répondre à ma question.
Un peu de contexte : Nous utilisons des cellules souches (notre matériau de départ) et les différencions (transformons) en adipocytes et ces 7 protéines (cytokines) sont nécessaires à cette différenciation. Notre réponse est le pourcentage d'adipocytes.
1. Oui, le système de mesure est validé.
2. Le choix de ces protéines est justifié par des années de recherche et ces protéines sont connues, dans la bibliographie, pour avoir un impact sur cette différenciation. Mais vous avez raison, je ne pense pas que nous puissions être sûrs à 100% que tous sont importants puisque ce type d'étude n'a pas été fait auparavant (évaluation de l'effet de chaque facteur).
3. Certaines cytokines sont réputées ne pas avoir de réponse linéaire en fonction de leur concentration. Par exemple, l'augmentation de la concentration peut avoir un effet négatif sur la réponse. C'est le cas d'une de nos cytokines.
4. Oui, la finalité est d'avoir une combinaison de cytokines qui donne des résultats satisfaisants à travers le matériel de départ, mais je ne pense pas que nous pourrions ajuster le processus car on ne sait pas ce qui fait que certaines cellules souches ont un meilleur rendement que d'autres. Notre espoir est d'avoir au moins 55% d'adipocytes dans tous les cas.
Re : Conception d'expériencesTout cela est utile à savoir. Merci, @Ekokase . Pouvez-vous nous parler du nombre réalisable d'analyses, de lots de matériel cellulaire et d'analyses par lot ? Ce sera important.
Re : Conception d'expériences
Oui je peux @Phil_Kay ,
18 essais par conception est le maximum techniquement réalisable s'il doit être réalisé le même jour. Nous avons suffisamment de cellules souches mais faire 70 tests en utilisant un seul lot de cellules ne serait pas possible, le nombre moyen de tests pouvant être effectués est d'environ 30 (les lots de cellules n'ont pas la même taille en termes de quantité de cellules).
Re : Conception d'expériencesDans ce cas, vous souhaiterez probablement utiliser Custom Design avec un modèle RSM pour les facteurs protéiques et un facteur de blocage pour gérer le lot de matériel cellulaire. Cela dépend vraiment du nombre d'exécutions que vous voulez faire au total, du nombre de bxs de matériaux cellulaires que vous voulez examiner, du nombre d'exécutions que vous voulez faire par jour, si vous pouvez regarder plusieurs bxs de matériaux cellulaires par jour et d'autres considérations pratiques. ...
Re: Conception d'expériencesMerci pour votre réponse. J'ai encore une question sur le lot de cellules. Virtuellement, nous pourrions avoir une infinité de lots de cellules, comment s'assurer que le processus de production fonctionne toujours ?
Re : Conception d'expériencesJe vais répondre d'une manière différente par rapport à @Phil_Kay et @statman dont les questions techniques, les réponses et les conseils sont parfaits. Si vous en avez les moyens, principalement parce que vous êtes un « débutant » autoproclamé au DOE, j'engagerais un consultant pour vous guider tout au long de ce processus. Il y a 1001 problèmes qui ont surgi et qui surgiront et Phil et Statman viennent d'effleurer la surface dans un forum compact comme celui-ci. Par exemple, que se passe-t-il si quelque chose va « mal » par rapport au « plan » pendant la conduite expérimentale ? Ou mesure des réponses ? Et une fois que vous y serez, vous devrez démarrer un nouveau fil d'analyse. Ce n'est pas l'endroit pour obtenir une réponse rapide en temps réel. Un consultant compétent ayant de l'expérience dans le travail d'essai biologique peut explorer de nombreux problèmes avec vous et également vous guider dans vos questions.
Re : Conception d'expériencesJe suis confus par ce qui suit :
"mais je ne pense pas que nous pourrions ajuster le processus car on ne sait pas ce qui fait que certaines cellules souches ont un meilleur rendement que d'autres" Et liés:
"comment pourrions-nous nous assurer que le processus de production fonctionne toujours"
Pourquoi n'essayez-vous pas de comprendre pourquoi il y a une variation de cellules d'un lot à l'autre ?
Il me semble que vous pourriez/devriez essayer de déterminer quels composants de variation ont le plus grand effet de levier AVANT de commencer votre expérimentation. Quelles sources de variation sont les plus importantes ? Dans ou entre des lots de cellules ? Vous pouvez effectuer un échantillonnage (composants d'études de variation, hiérarchiques ou systématiques) pour déterminer la cohérence et la taille des multiples composants (et évaluer vos systèmes de mesure par rapport à ces composants), ce qui serait extrêmement utile pour déterminer comment gérer ces sources dans une expérience.
Re : Conception d'expériencesJe suis d'accord avec Pete... tout ce que nous pouvons faire, c'est essayer de faire en sorte que le PO reconnaisse ses limites concernant le processus de conception d'expériences afin qu'il puisse demander les conseils dont il a besoin.
Bien que je respecte l'intention de la plate-forme Easy DOE, cela me semble un oxymore.
Re: Conception d'expériencesBonjour, merci pour votre réponse. Nous prévoyons d'être supervisés par un consultant. Je veux juste avoir un autre point de vue.
