RNAseq 数据的标准化JMP Genomics 有几种用于 RNAseq 数据的归一化方法,包括 KDMM、RPM 缩放、TMM、TPM 和上四分位数缩放。 JMP Pro 17 缺少如此重要的工具。
RNAseq 或其他大规模数据(如代谢组学)的标准化方法的目的是减少系统实验偏差和技术变异。 稿件可能会因为数据未规范化而被期刊拒绝。 RNAseq 最常用的归一化方法是“每百万映射读取的每千碱基转录本读取数”(RPKM)( Mortazavi 等人, 2008; doi: 10.1038/nmeth.1226 ) 和 M 值的修剪平均值 (TMM) (罗宾逊和奥什拉克; doi:10.1186/gb-2010-11-3-r25)。
我的愿望是将归一化方法包含到 JMP Pro 中
基础数据分析与建模