是什么激发了这个愿望清单请求? 请描述当前需要改进的问题,或者现在不容易或不可能解决的新问题。
允许使用其他 RNA-seq 标准化方法,例如 TMM、RPKM、TPM、KDMM、比率中值
请描述您希望看到的新的或改进的功能或解决方案。
如果提供此新功能,对您和/或其他用户有何价值? 任何有关易用性、节省时间、新功能价值的信息都将不胜感激。 如果这是您通过其他软件解决方案提供的功能,请描述该软件工具。
提供用于 RNA-seq 数据的通用转换/标准化方法,以帮助分析这些数据。
从 Cols 菜单或右键单击和 New Column Formula,提供包含这些的转换选项。 输出不应包括列中的列公式(这些方法适用于 100 个样本/行中的 10,000 个列)
这是外部客户的要求吗? 如果是,请提供客户帐户名称和主要联系人以及提出请求的用户。
是的,USDA-ARS,但在处理此类数据的其他人中也很常见。曾经在 JMP Genomics。
有没有我们应该注意的具有此功能或解决方案的竞争软件包? 请提供有关竞争软件的所有信息,包括指向网站、演示或示例的链接。
R/Bioconductor 其他基因表达分析工具(GeneSpring、Omic Soft等)
这是否会影响客户的续订、扩展或采用,如果我们不解决这个问题,是否会使客户面临风险? 请提供帐户特定问题的合理详细信息和说明。
不确定,但它可能会阻止没有生物信息学部门可以为客户生成此数据的小型组织的新销售。