RNAseq データの正規化JMP Genomics には、KDMM、RPM スケーリング、TMM、TPM、上位四分位スケーリングなど、RNAseq データの正規化方法がいくつかあります。 JMP Pro 17 には、このような重要なツールがありません。
RNAseq またはメタボロミクスなどの他の大規模データの正規化方法の目的は、体系的な実験バイアスと技術的変動を減らすことです。 データが正規化されていないため、ジャーナルによって原稿が拒否される可能性があります。 RNAseq で最も一般的に使用される正規化方法は、「マップされた 100 万回の読み取りあたりの転写物のキロベースあたりの読み取り数」(RPKM) (モルタザビら、 2008;ドイ: 10.1038/nmeth.1226 ) および M 値のトリム平均 (TMM) (ロビンソンとオシュラック。ドイ: 10.1186/gb-2010-11-3-r25)。
私の願いは、JMP Proに正規化メソッドを含めることです
基本的なデータ分析とモデリング
