JMP Genomics dispone di alcuni metodi di normalizzazione per i dati RNAseq, tra cui KDMM, ridimensionamento RPM, TMM, TPM e ridimensionamento del quartile superiore. In JMP Pro 17 mancano strumenti così importanti.
Lo scopo dei metodi di normalizzazione per RNAseq o altri dati su larga scala, come la metabolomica, è ridurre il bias sperimentale sistematico e la variazione tecnica. Il manoscritto può essere rifiutato dalla rivista perché i dati non sono stati normalizzati. I metodi di normalizzazione più comunemente utilizzati per RNAseq sono "Letture per kilobase di trascrizioni per milione di letture mappate" (RPKM) ( Mortazavi et al., 2008; doi: 10.1038/meth.1226 ) e media troncata dei valori M (TMM) ( Robinson e Oshlack; doi: 10.1186/gb-2010-11-3-r25).
Il mio desiderio è includere metodi di normalizzazione in JMP Pro
