回复:SMILES 子結構的搜索功能你好@Bernd2Heinen ,
有幾個可用於化學信息學的包,但我最喜歡的包之一是 RDKit。
您可以通過 Python 使用它(並使用 JMP 運行它),請參閱此鏈接上的“子結構搜索”: https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html
由於我不是編碼員(我今年的目標是了解 Python 並開始使用它),您可以通過像 KNIME 這樣的低代碼/無代碼平台使用 RDKit。
另一個可以在 JMP 中直接完成的選項是執行一種正則表達式模式識別腳本,它可以突出顯示包含與您輸入/查詢中的模式相同的模式的行。 在您的圖像示例中,可以進行某種正則表達式搜索以查找 SMILES 公式中包含苯基模式“C=1(C=CC=CC1)”的所有行。
希望這個回答對你有幫助
回复:SMILES 子結構的搜索功能謝謝維克多,
我會看一下 RD Kit,通過 KNIME 也可能有幫助。
正則表達式搜索也是我的第一個想法,但不同的公式可以生成相同的圖形,然後在進行模式搜索時你會錯過結構。
再次感謝
貝恩德
回复:SMILES 子結構的搜索功能嗨伯恩德,
不確定這是否有幫助,但我在知識庫中從 Ian Cox 那裡找到了這個。
https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/JMP-Add-In-to-Visualise-Molecular-SMILES-Strings/ta-p/22532
問候,婁
SMILES 子結構的搜索功能對於 Spotfire,存在一個插件(Signals Inventa,以前的信號引導發現),您可以在其中選擇 SMILES 圖的子結構,然後在數據庫中搜索包含該子結構的所有 SMILES 圖(同構搜索)。 有誰知道是否有具有此功能的軟件可以(輕鬆)連接到 JMP?
高級統計建模消費者和市場研究數據存取實驗設計大規模定制質量和工藝工程回覆:SMILES 子結構的搜尋功能你好@Bernd2Heinen ,
我為 RDKit 創建了新的插件 Python 包裝器(您需要 JMP 18)。
您可以使用插件 > 材料資訊學工具包 > 子結構搜尋進行搜尋。
如果您有任何反饋,請告訴我。
https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/Toolkit-for-Materials-Informatics/ta-p/750690
回覆:SMILES 子結構的搜尋功能嗨@Bernd2Heinen ,
若要為每個特定圖形/結構產生唯一的 SMILES 公式,您可以使用 Canonical SMILES。每個庫/包(RDKit、ChemAxon 等)可能有不同的創建方法,因此 Canonical SMILES 可能不是“通用的”,但如果 SMILES 是從同一工俱生成的,則您將只能獲得唯一的 SMILES相同的結構,避免了你提到的問題。
https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smiles.html
希望這可以幫助你,