Re: Funcionalidad de búsqueda de subestructuras de SMILESHola @Bernd2Heinen ,
Hay varios paquetes disponibles para quimioinformática, pero uno de mis favoritos es RDKit.
Puede usarlo a través de Python (y ejecutarlo con JMP), consulte "Búsqueda de subestructura" en este enlace: https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html
Dado que no soy programador (mi objetivo este año es conocer Python y comenzar a usarlo), puede usar RDKit a través de una plataforma de código bajo o sin código como KNIME.
Otra opción que se podría hacer directamente en JMP sería hacer una especie de secuencia de comandos de identificación de patrones Regex, que puede resaltar las filas que contienen el mismo patrón que el que tiene en su entrada/consulta. En su ejemplo de la imagen, podría ser posible hacer una especie de búsqueda Regex para encontrar todas las filas en las que la fórmula SMILES contiene el patrón "C=1(C=CC=CC1)" para el grupo fenilo.
Espero que esta respuesta te ayude,
Re: Funcionalidad de búsqueda de subestructuras de SMILESGracias Víctor,
Echaré un vistazo a RD Kit y revisar KNIME también podría ayudar.
La búsqueda de expresiones regulares también fue lo primero que pensé, pero diferentes fórmulas pueden producir el mismo gráfico y luego perdería estructuras cuando realiza una búsqueda de patrones.
gracias de nuevo
Bernd
Re: Funcionalidad de búsqueda de subestructuras de SMILESHola Bernd,
No estoy seguro de si esto es útil, pero encontré esto de Ian Cox en la base de conocimiento.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/JMP-Add-In-to-Visualise-Molecular-SMILES-Strings/ta-p/22532
Saludos, Lou
Función de búsqueda de subestructuras de SMILESPara Spotfire existe un Addin (Signals Inventa, antiguo descubrimiento de señales) en el que se puede seleccionar una subestructura de un gráfico SMILES y luego buscar en una base de datos todos los gráficos SMILES que contienen esta subestructura (búsqueda isomorfa). ¿Alguien sabe si hay software disponible con esta funcionalidad que pueda conectarse (fácilmente) a JMP?
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Creé el nuevo complemento Python para RDKit (necesita JMP 18).
Puede buscar usando Complementos > Kit de herramientas para informática de materiales > Búsqueda de subestructuras.
Si tiene algún comentario, hágamelo saber.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/Toolkit-for-Materials-Informatics/ta-p/750690
Re: Funcionalidad de búsqueda de subestructuras de SMILESHola @Bernd2Heinen ,
Para generar una fórmula SMILES única para cada gráfico/estructura específica, puede utilizar Canonical SMILES. Cada biblioteca/paquete (RDKit, ChemAxon, ...) puede tener diferentes formas de crearlos, por lo que Canonical SMILES puede no ser "universal", pero si los SMILES se generan desde la misma herramienta, solo obtendrá SMILES únicos para el misma estructura, evitando el problema que mencionaste.
https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smiles.html
Espero que esto pueda ayudarte,
