回复:SMILES 子结构的搜索功能你好@Bernd2Heinen ,
有几个可用于化学信息学的包,但我最喜欢的包之一是 RDKit。
您可以通过 Python 使用它(并使用 JMP 运行它),请参阅此链接上的“子结构搜索”: https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html
由于我不是编码员(我今年的目标是了解 Python 并开始使用它),您可以通过像 KNIME 这样的低代码/无代码平台使用 RDKit。
另一个可以在 JMP 中直接完成的选项是执行一种正则表达式模式识别脚本,它可以突出显示包含与您输入/查询中的模式相同的模式的行。 在您的图像示例中,可以进行某种正则表达式搜索以查找 SMILES 公式中包含苯基组模式“C=1(C=CC=CC1)”的所有行。
希望这个回答能帮到你
回复:SMILES 子结构的搜索功能谢谢维克多,
我会看一下 RD Kit,通过 KNIME 也可能有帮助。
正则表达式搜索也是我的第一个想法,但不同的公式可以生成相同的图形,然后在进行模式搜索时你会错过结构。
再次感谢
贝恩德
回复:SMILES 子结构的搜索功能嗨伯恩德,
不确定这是否有帮助,但我在知识库中从 Ian Cox 那里找到了这个。
https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/JMP-Add-In-to-Visualise-Molecular-SMILES-Strings/ta-p/22532
问候,娄
SMILES 子结构的搜索功能对于 Spotfire,存在一个插件(Signals Inventa,以前的信号引导发现),您可以在其中选择 SMILES 图的子结构,然后在数据库中搜索包含此子结构的所有 SMILES 图(同构搜索)。 有谁知道是否有具有此功能的软件可以(轻松)连接到 JMP?
高级统计建模消费者和市场研究数据存取实验设计大规模定制质量和工艺工程回复:SMILES 子结构的搜索功能你好@Bernd2Heinen ,
我为 RDKit 创建了新的插件 Python 包装器(您需要 JMP 18)。
您可以使用“插件”>“材料信息学工具包”>“子结构搜索”进行搜索。
如果您有任何反馈,请告诉我。
https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/Toolkit-for-Materials-Informatics/ta-p/750690
回复:SMILES 子结构的搜索功能你好@Bernd2Heinen ,
要为每个特定图形/结构生成唯一的 SMILES 公式,您可以使用 Canonical SMILES。每个库/包(RDKit、ChemAxon 等)可能都有不同的创建方法,因此 Canonical SMILES 可能不是“通用的”,但如果 SMILES 是由同一工具生成的,您将只获得同一结构的唯一 SMILES,从而避免您提到的问题。
https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smiles.html
希望这能帮到你,