Re: SMILES 하위 구조 검색 기능안녕 @Bernd2Heinen ,
화학 정보학에 사용할 수 있는 여러 패키지가 있지만 제가 가장 좋아하는 패키지 중 하나는 RDKit입니다.
Python을 통해 사용할 수 있으며 JMP로 실행할 수 있습니다. 이 링크의 "하위 구조 검색"을 참조하십시오. https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html
저는 코더가 아니기 때문에(올해 제 목표는 Python을 알고 사용하는 것입니다) KNIME과 같은 로우/노코드 플랫폼을 통해 RDKit을 사용할 수 있습니다.
JMP에서 직접 수행할 수 있는 또 다른 옵션은 입력/쿼리에 있는 것과 동일한 패턴을 포함하는 행을 강조 표시할 수 있는 일종의 Regex 패턴 식별 스크립트를 수행하는 것입니다. 이미지의 예에서 일종의 Regex 검색을 수행하여 SMILES 수식이 페닐 그룹에 대해 "C=1(C=CC=CC1)" 패턴을 포함하는 모든 행을 찾을 수 있습니다.
이 답변이 도움이 되길 바라며,
Re: SMILES 하위 구조 검색 기능고마워 빅터,
RD 키트를 살펴보고 KNIME을 살펴보는 것도 도움이 될 수 있습니다.
정규식 검색도 처음 생각했지만 다른 수식이 동일한 그래프를 생성할 수 있으므로 패턴 검색을 수행할 때 구조를 놓칠 수 있습니다.
다시 한번 감사합니다
베른트
Re: SMILES 하위 구조 검색 기능안녕 베른드,
이것이 도움이 되는지 확실하지 않지만 지식 기반의 Ian Cox에서 찾았습니다.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/JMP-Add-In-to-Visualise-Molecular-SMILES-Strings/ta-p/22532
안부, 루
SMILES의 하위 구조에 대한 검색 기능Spotfire의 경우 SMILES 그래프의 하위 구조를 선택한 다음 데이터베이스에서 이 하위 구조를 포함하는 모든 SMILES 그래프를 검색할 수 있는 추가 기능(Signals Inventa, 이전 신호 리드 검색)이 있습니다(동형 검색). JMP에 (쉽게) 연결할 수 있고 이 기능을 사용할 수 있는 소프트웨어가 있는지 아는 사람이 있나요?
고급 통계 모델링소비자 및 시장 조사데이터 접근실험 설계대량 맞춤화품질 및 프로세스 엔지니어링Re: SMILES의 하위 구조에 대한 검색 기능@Bernd2Heinen 님 , 안녕하세요.
RDKit용 새 추가 기능 Python 래퍼를 만들었습니다(JMP 18 필요).
애드인 > Toolkit for Materials Informatics > 하위 구조 검색을 사용하여 검색할 수 있습니다.
의견이 있으시면 알려주시기 바랍니다.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/Toolkit-for-Materials-Informatics/ta-p/750690
Re: SMILES의 하위 구조에 대한 검색 기능안녕하세요 @Bernd2Heinen 님 ,
각 특정 그래프/구조에 대해 고유한 SMILES 공식을 생성하려면 Canonical SMILES를 사용할 수 있습니다. 각 라이브러리/패키지(RDKit, ChemAxon, ...)에는 이를 생성하는 방법이 다를 수 있으므로 Canonical SMILES는 "보편적"이 아닐 수 있습니다. 그러나 SMILES가 동일한 도구에서 생성된 경우 해당 SMILES에 대해 고유한 SMILES만 얻게 됩니다. 동일한 구조로 언급한 문제를 피하세요.
https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smiles.html
이것이 당신에게 도움이 되기를 바랍니다.
