Re: SMILES の部分構造検索機能やあ@Bernd2Heinen 、
ケモインフォマティクス用のパッケージがいくつかありますが、私のお気に入りの 1 つが RDKit です。
Python 経由で使用できます (JMP で実行できます)。このリンクの「部分構造検索」を参照してください。 https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html
私はコーダーではないので (今年の私の目標は Python を理解し、それを使い始めることです)、KNIME のようなローコード/ノーコード プラットフォームを通じて RDKit を使用できます。
JMPで直接実行できる別のオプションは、入力/クエリにあるパターンと同じパターンを含む行を強調表示できる、ある種の正規表現パターン識別スクリプトを実行することです。 画像の例では、一種の正規表現検索を実行して、SMILES 式にフェニル基のパターン「C=1(C=CC=CC1)」が含まれるすべての行を見つけることができます。
この回答がお役に立てば幸いです。
Re: SMILESの部分構造検索機能ありがとう、ビクター
RD Kit を調べてみます。KNIME も役立つかもしれません。
正規表現検索も最初に考えましたが、異なる数式で同じグラフが生成される可能性があり、パターン検索を行うと構造を見逃す可能性があります。
再度、感謝します
ベルント
Re: SMILESの部分構造検索機能こんにちは。
これが役立つかどうかはわかりませんが、知識ベースで Ian Cox からこれを見つけました。
https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/JMP-Add-In-to-Visualise-Molecular-SMILES-Strings/ta-p/22532
よろしく、ルー
SMILESの部分構造検索機能Spotfire には、SMILES グラフの部分構造を選択し、この部分構造を含むすべての SMILES グラフをデータベースで検索できる (同型検索) アドイン (Signals Inventa、以前の signal lead Discovery) が存在します。 JMP に (簡単に) 接続できるこの機能を備えたソフトウェアがあるかどうか知っている人はいますか?
高度な統計モデリング消費者および市場調査データアクセス実験計画法マスカスタマイゼーション品質およびプロセスエンジニアリングRe: SMILES の部分構造の検索機能こんにちは@Bernd2Heinen 、
RDKit 用の新しいアドイン Python ラッパーを作成しました (JMP 18 が必要です)。
「アドイン > 材料情報ツールキット > サブ構造検索」を使用して検索できます。
フィードバックがありましたらお知らせください。
https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/Toolkit-for-Materials-Informatics/ta-p/750690
Re: SMILES の部分構造の検索機能こんにちは@Bernd2Heinen 、
特定のグラフ/構造ごとに一意の SMILES 式を生成するには、Canonical SMILES を使用できます。各ライブラリ/パッケージ (RDKit、ChemAxon など) は作成方法が異なる場合があるため、Canonical SMILES は「ユニバーサル」ではない可能性がありますが、SMILES が同じツールから生成される場合は、同じ構造に対して一意の SMILES のみが生成され、前述の問題を回避できます。
https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smiles.html
これがお役に立てば幸いです。
