Re: Funzionalità di ricerca per le sottostrutture di SMILESCIAO @Bernd2Heinen ,
Sono disponibili diversi pacchetti per la chemioinformatica, ma uno dei miei preferiti è RDKit.
Puoi usarlo tramite Python (ed eseguirlo con JMP), vedi "Ricerca sottostruttura" su questo link: https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html
Dato che non sono un programmatore (il mio obiettivo quest'anno è conoscere Python e iniziare a usarlo), puoi usare RDKit attraverso una piattaforma low/no-code come KNIME.
Un'altra opzione che potrebbe essere eseguita direttamente in JMP sarebbe quella di eseguire una sorta di script di identificazione del modello Regex, in grado di evidenziare le righe contenenti lo stesso modello di quello che hai nel tuo input/query. Nel tuo esempio dall'immagine, potrebbe essere possibile eseguire una sorta di ricerca Regex per trovare tutte le righe in cui la formula SMILES contiene il pattern "C=1(C=CC=CC1)" per il gruppo fenile.
Spero che questa risposta ti possa aiutare,
Re: Funzionalità di ricerca per le sottostrutture di SMILESGrazie Vittorio,
Darò un'occhiata a RD Kit e anche KNIME potrebbe essere d'aiuto.
Anche la ricerca Regex è stata il mio primo pensiero, ma formule diverse possono produrre lo stesso grafico e quindi ti mancherebbero le strutture quando esegui una ricerca di pattern.
grazie ancora
Bernd
Re: Funzionalità di ricerca per le sottostrutture di SMILESCiao Bernd,
Non sono sicuro che sia utile, ma l'ho trovato da Ian Cox nella knowledge base.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/JMP-Add-In-to-Visualise-Molecular-SMILES-Strings/ta-p/22532
Saluti, Lou
Funzionalità di ricerca per le sottostrutture di SMILESPer Spotfire esiste un componente aggiuntivo (Signals Inventa, ex signal lead discovery) in cui è possibile selezionare una sottostruttura di un grafico SMILES e quindi cercare in un database tutti i grafici SMILES che contengono questa sottostruttura (ricerca isomorfica). Qualcuno sa se è disponibile un software con questa funzionalità che potrebbe (facilmente) essere collegato a JMP?
Modellazione statistica avanzataRicerche sui consumatori e sul mercatoAccesso ai datiProgettazione di esperimentiPersonalizzazione di massaIngegneria della qualità e dei processiRi: Funzionalità di ricerca per sottostrutture di SMILESCiao @Bernd2Heinen ,
Ho creato il nuovo wrapper Python aggiuntivo per RDKit (è necessario JMP 18).
È possibile eseguire la ricerca utilizzando Componenti aggiuntivi > Toolkit per l'informatica dei materiali > Ricerca sottostruttura.
Se avete commenti, fatemelo sapere.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/Toolkit-for-Materials-Informatics/ta-p/750690
Ri: Funzionalità di ricerca per sottostrutture di SMILESCiao @Bernd2Heinen ,
Per generare una formula SMILES unica per ogni grafico/struttura specifica, è possibile utilizzare Canonical SMILES. Ogni libreria/pacchetto (RDKit, ChemAxon, ...) può avere modi diversi per crearli, quindi Canonical SMILES potrebbe non essere "universale", ma se gli SMILES vengono generati dallo stesso strumento, otterrai solo SMILES unici per il stessa struttura, evitando il problema che hai menzionato.
https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smiles.html
Spero che questo possa aiutarti,
