Betreff: Suchfunktion für Unterstrukturen von SMILESHallo @Bernd2Heinen ,
Es gibt mehrere Pakete für Chemoinformatik, aber eines meiner Favoriten ist RDKit.
Sie können es über Python verwenden (und mit JMP ausführen), siehe "Unterstruktursuche" unter diesem Link: https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html
Da ich kein Programmierer bin (mein Ziel in diesem Jahr ist es, Python kennenzulernen und zu verwenden), können Sie RDKit über eine Low/No-Code-Plattform wie KNIME verwenden.
Eine andere Option, die direkt in JMP ausgeführt werden könnte, wäre die Ausführung einer Art Regex-Musteridentifikationsskript, das Zeilen hervorheben kann, die dasselbe Muster wie das in Ihrer Eingabe/Abfrage enthalten. In Ihrem Beispiel aus dem Bild könnte es möglich sein, eine Art Regex-Suche durchzuführen, um alle Zeilen zu finden, in denen die SMILES-Formel das Muster "C=1(C=CC=CC1)" für die Phenylgruppe enthält.
Ich hoffe, diese Antwort hilft Ihnen,
Betreff: Suchfunktion für Unterstrukturen von SMILESDanke Victor,
Ich werde mir RD Kit ansehen und KNIME durchgehen könnte auch helfen.
Die Regex-Suche war auch mein erster Gedanke, aber verschiedene Formeln können denselben Graphen erzeugen, und dann würden Sie Strukturen übersehen, wenn Sie eine Mustersuche durchführen.
Danke noch einmal
Bernd
Betreff: Suchfunktion für Unterstrukturen von SMILESHallo Bernd,
Ich bin mir nicht sicher, ob dies hilfreich ist, aber ich habe dies von Ian Cox in der Wissensdatenbank gefunden.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/JMP-Add-In-to-Visualise-Molecular-SMILES-Strings/ta-p/22532
Gruß Lou
Suchfunktion für Unterstrukturen von SMILESFür Spotfire gibt es ein Add-In (Signals Inventa, früher Signal Leads Discovery), in dem Sie eine Unterstruktur eines SMILES-Diagramms auswählen und dann eine Datenbank nach allen SMILES-Diagrammen durchsuchen können, die diese Unterstruktur enthalten (isomorphe Suche). Weiß jemand, ob es Software mit dieser Funktionalität gibt, die (einfach) mit JMP verbunden werden kann?
Erweiterte statistische ModellierungVerbraucher- und MarktforschungDatenzugriffVersuchsplanungMassenanpassungQualitäts- und VerfahrenstechnikBetreff: Suchfunktion für Unterstrukturen von SMILESHallo @Bernd2Heinen ,
Ich habe den neuen Add-In-Python-Wrapper für RDKit erstellt (Sie benötigen JMP 18).
Sie können mit Add-Ins > Toolkit for Materials Informatics > Substructure Searching suchen.
Wenn Sie Feedback haben, lassen Sie es mich bitte wissen.
https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/Toolkit-for-Materials-Informatics/ta-p/750690
Betreff: Suchfunktion für Unterstrukturen von SMILESHallo @Bernd2Heinen ,
Um eine einzigartige SMILES-Formel für jedes spezifische Diagramm/jede spezifische Struktur zu generieren, können Sie Canonical SMILES verwenden. Jede Bibliothek/jedes Paket (RDKit, ChemAxon, ...) kann unterschiedliche Möglichkeiten haben, sie zu erstellen, sodass Canonical SMILES möglicherweise nicht „universell“ sind. Wenn die SMILES jedoch vom selben Tool generiert werden, erhalten Sie nur einzigartige SMILES für dieselbe Struktur und vermeiden so das von Ihnen erwähnte Problem.
https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smiles.html
Hoffe, das könnte dir helfen,
