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Re : Fonctionnalité de recherche pour les sous-structures de SMILES

Salut @Bernd2Heinen ,

Il existe plusieurs packages disponibles pour la chimioinformatique, mais l'un de mes préférés est RDKit.
Vous pouvez l'utiliser via Python (et l'exécuter avec JMP), voir "Recherche de sous-structure" sur ce lien : https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html

Comme je ne suis pas codeur (mon objectif cette année est d'apprendre à connaître Python et de commencer à l'utiliser), vous pouvez utiliser RDKit via une plate-forme low/no-code comme KNIME.

 

Une autre option qui pourrait être faite directement dans JMP serait de faire une sorte de script d'identification de modèle Regex, qui peut mettre en évidence les lignes contenant le même modèle que celui que vous avez dans votre entrée/requête. Dans votre exemple à partir de l'image, il pourrait être possible de faire une sorte de recherche Regex pour trouver toutes les lignes dans lesquelles la formule SMILES contient le motif "C=1(C=CC=CC1)" pour le groupe phényle.

J'espère que cette réponse vous aidera,

Re : Fonctionnalité de recherche pour les sous-structures de SMILES

Merci Viktor,

Je vais jeter un œil sur RD Kit et passer par KNIME pourrait également aider.

La recherche Regex a également été ma première pensée, mais différentes formules peuvent produire le même graphique et vous manqueriez alors des structures lorsque vous effectuez une recherche de modèle.

Merci encore

Bernd

 

Re : Fonctionnalité de recherche pour les sous-structures de SMILES

Salut Bernd,

Je ne sais pas si cela est utile, mais j'ai trouvé ceci de Ian Cox dans la base de connaissances.

https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/JMP-Add-In-to-Visualise-Molecular-SMILES-Strings/ta-p/22532

 

Cordialement, Lou

Fonctionnalité de recherche pour les sous-structures de SMILES

Pour Spotfire, il existe un complément (Signals Inventa, ancien signal leads discover) dans lequel vous pouvez sélectionner une sous-structure d'un graphe SMILES puis rechercher dans une base de données tous les graphiques SMILES qui contiennent cette sous-structure (recherche isomorphe). Est-ce que quelqu'un sait s'il existe un logiciel disponible avec cette fonctionnalité qui pourrait (facilement) être connecté à JMP ?

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Bonjour @Bernd2Heinen ,

J'ai créé le nouveau wrapper Python du complément pour RDKit (vous avez besoin de JMP 18).

Vous pouvez effectuer une recherche à l'aide de Compléments > Toolkit for Materials Informatics > Recherche de sous-structure.
Si vous avez des commentaires, n'hésitez pas à me le faire savoir.

https://community.jmp.com/t5/JMP-Add-Ins/Toolkit-for-Materials-Informatics/ta-p/750690

Re: Fonctionnalité de recherche des sous-structures de SMILESSalut @Bernd2Heinen ,

Pour générer une formule SMILES unique pour chaque graphique/structure spécifique, vous pouvez utiliser Canonical SMILES. Chaque bibliothèque/paquet (RDKit, ChemAxon, ...) peut avoir différentes manières de les créer, donc les SMILES canoniques peuvent ne pas être "universels", mais si les SMILES sont générés à partir du même outil, vous n'obtiendrez que des SMILES uniques pour le même structure, évitant le problème que vous avez mentionné.
https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smiles.html

J'espère que cela pourra vous aider,