JMP Genomics verfügt über einige Normalisierungsmethoden für RNAseq-Daten, darunter KDMM, RPM-Skalierung, TMM, TPM und Skalierung des oberen Quartils. Dem JMP Pro 17 fehlen solche wichtigen Tools.
Der Zweck von Normalisierungsmethoden für RNAseq oder andere groß angelegte Daten wie Metabolomik besteht darin, systematische experimentelle Verzerrungen und technische Variationen zu reduzieren. Das Manuskript kann von der Zeitschrift abgelehnt werden, da die Daten nicht normalisiert wurden. Die am häufigsten verwendeten Normalisierungsmethoden für RNAseq sind „Reads Per Kilobase of transcripts per Million mapped reads“ (RPKM) ( Mortazavi et al., 2008; doi: 10.1038/nmeth.1226 ) und getrimmter Mittelwert der M-Werte (TMM) ( Robinson und Oshlack; doi: 10.1186/gb-2010-11-3-r25).
Mein Wunsch ist es, Normalisierungsmethoden in JMP Pro einzubinden
@Marina_N Vielen Dank für den Beitrag.Wir überlegen, in Zukunft einige zusätzliche Normalisierungstools für Genomdaten hinzuzufügen.
