JMP Genomics verfügt über einige Normalisierungsmethoden für RNAseq-Daten, einschließlich KDMM, RPM-Skalierung, TMM, TPM und Skalierung des oberen Quartils. Dem JMP Pro 17 fehlen solche wichtigen Tools.
Der Zweck von Normalisierungsmethoden für RNAseq oder andere groß angelegte Daten, wie z. B. Metabolomik, besteht darin, systematische experimentelle Verzerrungen und technische Variationen zu reduzieren. Manuskript kann vom Journal abgelehnt werden, da die Daten nicht normalisiert wurden. Die am häufigsten verwendeten Normalisierungsmethoden für RNAseq sind „Reads Per Kilobase of Transcripts Per Million Mapped Reads“ (RPKM) ( Mortazaviet al., 2008; doi: 10.1038/nmeth.1226 ) und getrimmter Mittelwert der M-Werte (TMM) ( Robinson und Oshlack; doi: 10.1186/gb-2010-11-3-r25).
Mein Wunsch ist es, Normalisierungsmethoden in JMP Pro aufzunehmen
