¿Qué inspiró esta solicitud de lista de deseos? Describa el problema actual que necesita mejorar, o el nuevo problema a resolver que no es fácil o posible en este momento.
En JMP Genomics, solía haber una opción para importar archivos SAM/BAM y luego obtener llamadas variantes de estos archivos. Desde la interrupción de JMP Genomics, algunas capacidades se trasladaron a JMP Pro. Este no es uno de ellos
Describa la función o solución nueva o mejorada que le gustaría ver.
- Permita la importación de archivos SAM/BAM y cree llamadas variantes a partir de estos archivos.
- Las especificaciones se enumeran en este enlace
- Imagino una opción dentro de JMP Pro en Archivo>Abrir que permite importar estos archivos y luego crear llamadas variantes como las que JMP Genomics usa para poder hacer.
¿Cuál sería el valor para usted y/u otros usuarios si se proporciona esta nueva función? Se agradecería cualquier información sobre la facilidad de uso, el tiempo ahorrado y el valor de las nuevas características. Si esta es una función que tiene disponible a través de otras soluciones de software, describa esa herramienta de software.
Permite importar un formato de archivo común en el campo Genómico para obtener datos genéticos en JMP Pro para su análisis.
¿Es esta una solicitud de un cliente externo? De ser así, proporcione el nombre de la cuenta del cliente y los puntos clave de contacto y los usuarios que realizaron la solicitud.
Sí, USDA-ARS
¿Hay algún paquete de software de la competencia que tenga esta característica o solución que debamos conocer? Proporcione toda la información que pueda sobre el software de la competencia, incluidos enlaces a sitios web, demostraciones o ejemplos.
R/Bioconductor, Herramientas SAM
¿Esto afectará una renovación, expansión o adopción en un cliente, y pone esto en riesgo una cuenta si no abordamos esto? Proporcione detalles razonables y una descripción del problema específico de la cuenta.
El cliente es un cliente del gobierno de EE. UU. y tiene una licencia de 50 años, por lo que incluso si no renueva, todavía tiene una licencia que dura mucho tiempo. Sí ayuda a migrar a los clientes de JMP Genomics a JMP Pro.
Como nota al margen, no creo que debamos hacer esto, ya que existen otras herramientas gratuitas que pueden crear llamadas variantes y guardarlas como archivos de texto o archivos VCF. No estamos en el negocio de la bioinformática. Enviar esto en nombre de los clientes.
