特に大規模なデータセットの場合、PCA の追加の代替手段として Autoencoder を実装すると便利です。
同じ目標に向けたこちらの願い事を参考にしてください。https://community.jmp.com/t5/JMP-Wish-List/ニューラルネットワーク第3層/idc-p/602814#M3841
