Qu'est-ce qui a inspiré cette demande de liste de souhaits ? Veuillez décrire le problème actuel qui doit être amélioré, ou le nouveau problème à résoudre qui n'est pas facile ou possible en ce moment.
Autoriser des méthodes de normalisation RNA-seq supplémentaires telles que TMM, RPKM, TPM, KDMM, médiane des rapports
Veuillez décrire la fonctionnalité ou la solution nouvelle ou améliorée que vous aimeriez voir.
Quelle serait la valeur pour vous et/ou les autres utilisateurs si cette nouvelle fonctionnalité était fournie ? Toute information sur la facilité d'utilisation, le gain de temps, la valeur des nouvelles fonctionnalités serait appréciée. S'il s'agit d'une fonctionnalité disponible via d'autres solutions logicielles, veuillez décrire cet outil logiciel.
Fournir des méthodes communes de transformation/normalisation utilisées pour les données RNA-seq pour faciliter l'analyse de ces données.
Dans le menu Cols ou cliquez avec le bouton droit de la souris et Nouvelle formule de colonne, fournissez les options de transformation qui les incluent. La sortie ne doit pas inclure de formules de colonne dans les colonnes (ces méthodes sont appliquées à des dizaines de milliers de colonnes sur des centaines d'échantillons/lignes)
S'agit-il d'une demande client externe ? Si tel est le cas, veuillez fournir le nom du compte client et les principaux points de contact et utilisateurs qui ont fait la demande.
Oui, USDA-ARS mais aussi courant parmi d'autres qui travaillent avec ce type de données. était auparavant dans JMP Genomics.
Existe-t-il un progiciel concurrent doté de cette fonctionnalité ou solution dont nous devrions être conscients ? Veuillez fournir toutes les informations possibles sur les logiciels concurrents, y compris des liens vers des sites Web, des démos ou des exemples.
R/Bioconductor autres outils d'analyse de l'expression génique (GeneSpring, Omic Soft, etc.)
Cela aura-t-il un impact sur un renouvellement, une expansion ou une adoption chez un client, et cela mettra-t-il un compte en danger si nous ne réglons pas ce problème ? Veuillez fournir des détails raisonnables et une description du problème spécifique au compte.
Pas sûr, mais cela pourrait empêcher de nouvelles ventes pour les petites organisations qui ne disposent pas de départements de bioinformatique capables de générer ces données pour le client.
