Qu'est-ce qui a inspiré cette demande de liste de souhaits ? Veuillez décrire le problème actuel qui doit être amélioré, ou le nouveau problème à résoudre qui n'est pas facile ou possible en ce moment.
Dans JMP Genomics, il existait une option permettant d'importer des fichiers SAM/BAM, puis d'obtenir des appels de variantes à partir de ces fichiers. Depuis l'arrêt de JMP Genomics, certaines fonctionnalités ont été portées sur JMP Pro. Ce n'est pas l'un d'eux
Veuillez décrire la fonctionnalité ou la solution nouvelle ou améliorée que vous aimeriez voir.
- Autoriser l'importation de fichiers SAM/BAM et créer des appels de variantes à partir de ces fichiers.
- La spécification est répertoriée dans ce lien
- J'envisage une option dans JMP Pro sous Fichier> Ouvrir qui permet d'importer ces fichiers, puis de créer une variante d'appels comme JMP Genomics l'utilise pour pouvoir le faire.
Quelle serait la valeur pour vous et/ou les autres utilisateurs si cette nouvelle fonctionnalité était fournie ? Toute information sur la facilité d'utilisation, le gain de temps, la valeur des nouvelles fonctionnalités serait appréciée. S'il s'agit d'une fonctionnalité disponible via d'autres solutions logicielles, veuillez décrire cet outil logiciel.
Permet d'importer un format de fichier commun dans le domaine génomique pour obtenir des données génétiques dans JMP Pro à des fins d'analyse
S'agit-il d'une demande client externe ? Si tel est le cas, veuillez fournir le nom du compte client et les principaux points de contact et utilisateurs qui ont fait la demande.
Oui, USDA-ARS
Existe-t-il un progiciel concurrent doté de cette fonctionnalité ou solution dont nous devrions être conscients ? Veuillez fournir toutes les informations possibles sur les logiciels concurrents, y compris des liens vers des sites Web, des démos ou des exemples.
R/Bioconducteur, Outils SAM
Cela aura-t-il un impact sur un renouvellement, une expansion ou une adoption chez un client, et cela mettra-t-il un compte en danger si nous ne réglons pas ce problème ? Veuillez fournir des détails raisonnables et une description du problème spécifique au compte.
Le client est un client du gouvernement américain et possède une licence de 50 ans, donc même s'il ne la renouvelle pas, il a toujours une licence qui dure longtemps. Il facilite la migration des clients JMP Genomics vers JMP Pro.
En remarque, je ne pense pas que nous devrions le faire car il existe d'autres outils gratuits qui peuvent créer les appels de variantes et les enregistrer sous forme de fichiers texte ou de fichiers VCF. Nous ne sommes pas dans le domaine de la bioinformatique. Soumettre ceci au nom des clients.
