你好。 今天我是高興的到展示你SCA2SIGN方法到定義這簽名為了這卷積開始從單身的-細胞數據。 我們將要製作也A短的示範的它。 這工作曾是完畢在合作和保羅·福格爾和阿列克謝·費多羅夫。
前到做這深的潛水關於我們的方法，讓我們做這短的介紹在命令到解釋你什麼是這細胞反捲積。
這細胞類型反捲積是一個二氧化矽方法那允許到確認這細胞比例從大部分核糖核酸測序數據。 這方法需要到有具體的簽名矩陣含有這標記基因為了每個類型的這興趣。
我們的方法建議的到確認這簽名矩陣和開始從這單細胞數據因為在單細胞數據，作為你能看這裡，我們做有這轉錄組學簡介為了每個單身的細胞從這數據展示在這組織在這樣品。 每個點這裡對應到這細胞。 細胞和這關閉轉錄組學個人資料，他們是分組的一起和形式集群。
我們能去到這下一個滑動，請。
這裡你有A簡短的概述的我們的方法。 我們的方法是被稱為scA2SIGN,哪個站立為了單身的細胞不可知論者演算法為了這卷積。作為曾是提及之前，它開始從這單細胞數據理想地未來從一些科目,個人，在命令到覆蓋生物變化性那能是展示之間個人。
這單細胞數據需要到是預處理的和組裝的在一數據放。 這裡這細胞和A關閉轉錄組學輪廓所以他們是組裝的進入這集群。 這表示在二方面是被稱為烏瑪普。
從這單細胞數據，我們需要到取回這矩陣哪個是去為了每個個人。 他們是去到包含夢在這行和集群在這列。 它方法我們需要到總計的這數據和一些矩陣相應的到每個主題代表A張量。
如果我們嘗試到確認這簽名正確的離開在這步，它是去到是難的因為一些集群的單細胞數據，他們關閉從轉錄組學阿爾波因特的看法。它能增加A問題的多重共線性。
在命令到交易和這，我們跑步一些回合的非消極的張量因式分解在命令到得到這減少張量和集合關閉集群一起在命令到定義這細胞類型和遙遠轉錄組學簡介展示在這樣本。
一次再次，這結構的這數據是去到是這相同的。 我們是去到展示它在跳應用和夢在行，細胞類型在列，和一些矩陣相應的到一些科目。 從這，我們的方法建議的到二簡單的標準到定義這標記基因。 這部分是去到是覆蓋經過阿列克謝.
最後的但不是至少，這相同的基因能是用過的在命令到標籤細胞類型是定義的經過我們的方法基於在團體的這集群。 最後的但不是至少，我們能使用A非消極的回歸在命令到履行這卷積在大部分核糖核酸測序數據。
和這我們是去到講話A小的位元更多的關於非消極的張量分解在命令到解釋什麼是它確切地。 非負數張量分解是A維數減少技術。 作為它曾是提及，這優勢的這方法是那它允許到拿進入帳戶這一些矩陣未來從一些科目和到做它在一步，比較到其他維數減少技巧喜歡ICA,什麼時候你需要到跑步一些回合的ICA為了每個矩陣和下一個到尋找A共識在這數據。
作為輸出是一個輸入的這NTF,我們使用這矩陣之前描述作為這輸出的這國家信託基金。 我們得到這成分。 我們得到這指紋為了集群這裡代表經過瓦，這指紋為了這主題代表經過問。 在這指紋，他們有這基因或這簽名。 指紋方法A放的基因和降低[聽不清 00:05:19]定義經過H。
每個成分對應A強的生物訊號展示在這數據。 如果我們製作這和的這些成分的這些強的生物訊號展示在這數據加A小的錯誤，我們能近似這數據哪個是代表經過這方程。
和這我們能去到這下一個步和到看確切地在這應用如何這數據看起來喜歡。
正確的現在，我們是在這跳應用和你能看這輸入數據必需的為了我們的方法。 在這左邊，你做看這十一矩陣未來從不同的捐助者。 這矩陣有不同的名字和我們用過的這主意的這捐助者作為他們的名稱。 在這桌子，我們有17 號列相應的到17 號集群識別在單細胞數據。在這行我們做有這基因名字之前經過這主意的這個人在命令到區分不同的轉錄組學數據未來從不同的捐助者。
一次我們已加載這數據進入這系統，我們能發射我們的加入和我們是去到看如何它看起來喜歡。 它看起來喜歡A窗戶和一些參數。 這些參數是書面在Python因為這代碼在後面使用Python語言。 但你做不是需要到是害怕的因為我們是去到改變僅有的一重要的範圍，哪個是數字的成分在這裡。
我們建議到開始和這數字的成分平等的到數字的集群展示在這數據和它是去到是平等的到17.感謝你。 和這，我們能簡單地點擊在這提交按鈕和這應用將要跑步這演算法在後面。 下一個和這，我是去到離開這地面到保羅在命令到解釋這輸出的NTF和到指導你下列的這下一個步的我們的方法。 感謝你為了你的注意力。
感謝你，加里亞。 這輸出的這A dd-in 組成的三桌子和NTF成分沿著每個方面的這張量：細胞簇,科目,和基因。第一的，讓我們看在這細胞簇成分階段。
我打開這桌子和每個排在這桌子對應到A細胞簇在每個柱子到A成分。 那裡是17 號行和17 號成分作為指定的在這加入輸入範圍經過加琳娜. 每個入口在這桌子對應到這載入中的A細胞簇到A成分。
現在，滾動通過這列的這桌子，我們看那一些的這成分包含許多零點喜歡成分16、哪個是好的因為它表示那這些成分近似這表達數據未來從這很少細胞集群和非零負載。 這裡我們有確切地一細胞簇和A一，和全部的我們是零，或者幾乎零。
這事實那細胞集群有非零負載在這相同的成分表示A高的程度的共線性，所以重組的這些集群是建議。 我們有一個例子這裡和成分12、在哪裡三實際上細胞集群有非零負載。現在，讓我們看在這主題成分桌子。
我打開它和滾動通過這列的這桌子，我們看現在那不像這地點集群成分桌子，這列這裡趨向到是稠密，和僅有的A很少零點這裡和那裡。 這是好的因為它節目那最多科目貢獻到每個成分。 在其他字，這表達數據近似的經過每個成分，或者我們稱呼它指紋，適用到最多科目。在A感覺，這指紋是普遍的。
現在，跳有一個出色的特徵那允許你到看法這直方圖的這列在這頂部的這桌子。 讓我們點擊在這圖示這裡，和我們現在看全部這直方圖。 我們看那這列是更多的或者較少的稠密反正，和它將要是好的到是有能力的到量化這程度的稀疏性的每個柱子。 如何做我們做那？ 到量化這程度的虛假涉及這細胞簇和主題成分。 我們使用這指數代表經過這公式。
這公式曾是介紹經過赫芬達爾和赫希曼到評價這程度的專注達到了經過字段。為了例子，到避免壟斷情況那能結果從合併。 起初，這逆公式曾是發表,但為了簡單，我們將要繼續到參考到這指數作為這HHI 指數。
相似的索引有到過建議的更多的最近。 他們是數學上相等的，但這指數有這優勢的存在非常可解釋的作為它給出這數字的不可忽視的條目在這向量哪個是突出顯示這裡。 在這例子，我們有A數字的價值觀，但僅有的這突出顯示價值觀是不可忽視的。 這HHI指數的這向量是五。
返回到我們的工作流程，我們看如何這指數允許我們到確認成分那是稀疏沿這細胞簇方面和稠密沿著這主題方面。 我們稱呼這些成分稀疏而穩健。他們是紅色的十字架這裡和高的主題現代重工和低的簇邊簇HHI 開啟這頂部的這場地。
基於在這些四成分，我們能製作這必要的分組的視線集群到排除共線性和這其餘的細胞集群這裡...抱歉打擾了。[聽不清 00:13:22]。我剛剛輸了[聽不清 00:13:22]，我會把它放在這裡。
這藍色的穿過這裡對應到這其餘的細胞集群那將要是重新引入在A第二迭代的這分析。 筆記出色地那這地址和這最強訊號,後存在已確定經過這NTF,成分是已刪除從這數據放和這下一個NTF開始超過和這減少數據放。
到闡明這過程...我是對不起但我有A問題和這裡和這... 它使再次出現。
到闡明這過程，讓我們現在看在如何這些迭代的這遞歸的NTF玩出去。 我們看這裡這HHI表從這第一的迭代哪個將要幫助我們決定哪個NTF成分到保持和哪個到發現。作為提及早些時候，好的成分是那些那是具體的的僅有的A很少細胞簇特雷斯哪個翻譯在這低的細胞簇HHI 指數。這些是貼上標籤行這裡在這底部的這桌子。
我們也跑步一高的程度的穩健性到主題多樣性和這翻譯進入A高的HHI 指數。 如何做我們決定無論一個HHI值是低的或者高的？ 我們能使用那這跳[聽不清 00:15:47]平台哪個是可用的在這專家造型平台。 我們跑步這平台和我們申請A普通的利基模型到區分之間低的和高的HHI值和停止這結果分類。
什麼時候我們做那，我們看這裡這紅色的十字架相應的到這成分那是已選擇因為他們有A高的HHI主題指數和A低的現代重工細胞簇指數和他們是自動地已確定作為這樣的經過這跳普通的平台。
讓我們看現在在這負載的這細胞團在這些特別的成分。 我們看在成分15和成分16那細胞簇15和細胞簇17有只聯繫這些成分所以他們能是出色地近似的經過這些成分。 在對比到這些細胞簇，在成分13、我們看三-邊集群重新組合沿著這成分。 這方法那他們是相關的不知何故，它將要是難的到區分他們，所以它是更好的到重組他們。相似地在成分12、和這細胞團5、2 和 14。
我們能現在看在A第二迭代的這遞迴國家信託基金。 相似地我們看在這成分HHI 開啟這科目和在這細胞團和我們看現在那僅有的一成分，成分四、滿足這些再培訓要求為了存在保留期間這迭代。 如果我們看現在在這成分觀眾，我們看那細胞簇七是只聯繫和這成分。 好的。
現在那我們有完畢那，我們是不是去到展示你全部的這迭代。 實際上，那裡是四迭代和我們結尾向上現在和這些分組那我們看這裡。 我們有實際上九細胞集群後重新組合。一些的他們是分組的三或者四原來的細胞簇。 然而，五細胞團做過不是需要到是重新組合。 什麼是這生物意義的這些分組？
經過匹配這最多高度表達基因在每個細胞簇和生物信息學資料庫,它是可能的到聯繫這細胞團和已知生物細胞類型。 為了例子，這NTF分組2- 5-14曾是已確定作為A自然殺手CD8細胞類型。
我們成立那那裡是一些分組那實際上尖到這相同的主要的鑰匙細胞類型。 所以，我們決定到合併他們和來了向上和五主要的細胞類型。 然而，它是仍然可能的到提煉簽名為了[聽不清 00:20:12]細胞類型英語那能是用過的在A第二階段的這卷積。 但我們將要來後退到這觀點在這結尾的這推介會。
讓我們現在看在這結果減少張量。 我是只是開幕這桌子。 你看這裡這桌子，和作為預期的，那裡是現在五行相應的到這重新組合細胞集群。
現在那我們有介紹簇分組到最小化共線性，我將要有阿列克謝解釋如何我們繼續到創造簽名基因那是最多有效的為了分解。
一次這細胞集群是分組,我們做仍然需要到創造基因簽名為了每個的這分組到確保準確的卷積的這混合的樣品。 迄今為止，我們有經過考慮的這細胞和主題成分向量。 讓我們現在考慮這基因成分向量。
這桌子我們看這裡是不是真的內容豐富。 我們能僅有的看零點到處到期的到這事實那僅有的小的少數民族的基因有實際上非零負載在這NTF成分。 如果你能去到這下一個迭代，請，保羅.
讓我們現在檢查這負載的這基因在這表示的這成分哪個我們已經被稱為疏和強壯的。
這些是已選擇期間這第一的迭代的這遞歸的國家信託基金。 我們看這裡在紅色的那一些的這獨特的基因是共享經過全部成分。我們知道出色地那每個成分是具體的到A特別的細胞簇或者A團體的關閉細胞簇。 這方法那一些的這基因是實際上強烈地表達在一些集群和一些程度的線性度之間這細胞集群。
這是確切地如何利基作品。 生物部分是不是一定正交到每個其他。 所以，我們不能依靠獨自在NTF基因成分到確認基因標記那是獨特的到A細胞簇或者A團體的這，我們必須返回到這實際的表達數據。
我們是得到後退到表達數據和我們將要介紹二標準。 這第一的一為了A基因到是經過考慮的這標記基因的A特別的細胞簇，我們說那它應該總是是更多的表達在這簇比在其他簇,不管的哪個主題是經過考慮的。 這是顯示在數字底部左邊，在哪裡我們有所描繪的二基因。
和一些[聽不清 00:23:20],我們看那這些點在這左邊對應到A獨特的標記基因為了乙細胞。我們能看僅有的乙細胞到處。 在這正確的， A非標記基因是高度表達在兩個都乙細胞，非古典單核細胞和自然的殺手細胞。
這第二標準將要是那這聯繫細胞簇應該不是僅有的是在這頂部的這其他集群。 什麼時候我們看在這表達的這市場基因超過[聽不清 00:23:55]科目和細胞類型，但也它應該是出色地先的其他的。
為了這，我們使用這分數和A正式的問題在這正確的那是建議的經過[聽不清 00:24:09]在他們的原來的紙。這分數反映這特異性的A基因標記。 這分數是基於獨自在這分配的基因表達穿過科目和細胞類型。 因此申請這到標準，我們獲得A列表的173標記基因那能隨後是用過的為了這卷積。
在這桌子，他們是列出一起和這價值觀那見面這二標準我有談過關於。
讓我們現在看在這桌子的簽名基因為了每個的這主題和主要的細胞類型。 這裡我們看這列表的基因和這列對應到每個其他的科目和這相同的列表的細胞類型為了每個的這主題。在對比到這桌子的NTF負載那我們顯示之前，這桌子是不是疏，所以它是有限的僅有的到173標記基因那我們已選擇根據到我們的標準和[聽不清 00:25:26]基因。作為我說，這列是為了主題細胞類型。
我們將要現在可視化如何這簽名基因是表達穿過科目。為了那，我們將要使用這第二插入我們發達哪個是被稱為阿德魯比。 這將要允許我們到容易地評估這穩健性的這基因簽名我們得到。
我們打開A小的窗戶和A列表的參數在Python句法作為為了這第一的插入。 這預設價值觀有到過已經填充在和我們將要現在僅有的充滿在為了示範，這價值為了這範圍哪個是被稱為規模沿著。
自從這表達範圍不同顯著地之間基因,我們將要放這範圍到零到有全部這列縮放的和我們提交。 只是A很少秒和我們看A圖片和清楚的簽名為了每個主要的細胞類型。然而，我們看那這熱地圖是膠合一起在之間科目和我們能實際上， 和這插入，非常容易地添加分隔符在之間這列為了每個的這科目。
為了這，我們改變這價值的這範圍元數據九月列到主題和我們重新提交。現在我們得到這分離熱地圖為了每個的這科目。這是很多更清晰和作為你已經看到,這小的窗戶包含很多的參數。 你能參考到這文件為了這潛在的Python包裹哪個是可用的點擊在這關聯。
得出結論，我們看這裡實際上那這簽名基因是非常強壯的。我們看非常小的不同之處在不同的科目。 喜歡那我們能視覺上非常容易地確認這穩健性的[聽不清 00:28:09] 。
現在我們是接近這結尾的我們的推介會，我將要讓加林娜展示一些反捲積結果那是獲得和這基因簽名[聽不清 00:28:22] 。加琳娜.
是的，感謝你。 最後的但不是至少，我們會喜歡到展示你這表現的我們的方法。 到評價這表現的我們的方法，我們使用這發表數據未來從白色的紙所以提及在提示他的參考。 這數據放含有21不同的細胞混合物。 那裡是這混合物的不同的時間細胞亞型， NK細胞細胞，單核細胞和乙細胞。
在這些混合物，我們有也三不同的細胞類型不是覆蓋經過我們的簽名相應的到調色師或者胸部癌症細胞和二細胞線喜歡成纖維細胞和這尾巴細胞。
我們決定到使用二標準評估全面的表現的我們的方法皮爾遜相關性係數或者[聽不清 00:29:18] A索引係數因為我們能得到非常重要的相關性之間估計的和地面真相比例，但我們能有這改變在這規模識別這數量的細胞展示在這樣本。 那是為什麼我們使用二標準。
全面的，我們獲得好的結果為了細胞類型覆蓋經過我們的簽名。 這結果是輕微地不是所以美麗的為了時間細胞因為我們不有精確的一致之間時間細胞子集展示在這混合物和時間細胞團體呈現在我們的簽名。 我們有也效應r細胞和在這混合物，這細胞類型曾是不是添加。
最後的但不是至少，我們會喜歡也到提到和我們的方法你能去超過和確認這亞型的時間細胞，這單核細胞跑步遞歸的NTF和定義這標記基因為了每個大的團體的免疫細胞。 也那這些插件那有到過呈現和證明了今天，他們是可用的在跳應用。
和這，感謝你為了你的注意力。
