¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Hola,
Ejecutaré RCBD usando el modelo de ajuste. Sé cómo crear el efecto anidado dentro de un solo factor, pero ¿cómo creo ne ¿Efecto estable dentro de los factores de interacción?
ex. Bloque (Año * Ubicación)
¡Gracias!
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Usted dijo, " También me gustaría poder informar que los individuos dentro de los genotipos son bastante diferentes. Por eso me gustaría utilizar el método MS en lugar del REML, porque REML no prueba efectos aleatorios. " El efecto aleatorio se modela como una varianza. El informe REML incluye intervalos de confianza y una estadística de prueba de Wald. También puede examinar la mejor predicción lineal insesgada (BLUP) para individuos.
Usted dijo, " Entonces, cuando lo hice exactamente de la manera que usted muestra, con individuos con identificaciones únicas, y genotipo y T como efectos factoriales completos e Individual como efecto de bloque aleatorio que no interactúa. Y obtengo muchas singularidades y DF faltantes, como si JMP estuviera tratando de cruzar individuos con genotipo y T, cuando uso MS. (Todo bien en REML). " Esa es una de las ventajas de REML. Muchos diseños no son adecuados para el antiguo método MS.
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Querida marca,
Muchas gracias, tan rápido y en un fin de semana, ustedes son increíbles.
Sí, este es más o menos mi diseño, aunque cada individuo se mide no 3 veces sino más bien 300 veces (la velocidad se registra cada segundo durante 5 minutos y varía bastante a medida que los individuos nadan, descansan, vuelven a nadar, etc.). Por supuesto, estas 300 mediciones no son observaciones totalmente independientes, pero creo que aún pueden usarse para estimar la diferencia entre individuos. (Dos mediciones adyacentes no son independientes en absoluto, pero a lo largo de un par de ciclos de natación y descanso tal vez lo sean).
Sí, claro, comencé promediando la velocidad de cada individuo y usando individuos como réplicas. Pero también me gustaría poder informar que los individuos dentro de los genotipos son bastante diferentes. Por eso me gustaría utilizar el método MS en lugar del REML, porque REML no prueba efectos aleatorios.
Entonces, cuando lo hice exactamente de la manera que usted muestra, con individuos con identificaciones únicas, y genotipo y T como efectos factoriales completos e Individual como efecto de bloque aleatorio que no interactúa. Y obtengo muchas singularidades y DF faltantes, como si JMP estuviera tratando de cruzar individuos con genotipo y T, cuando uso MS. (Todo bien en REML).
¿Quizás no puedo estimar la importancia del efecto individual en el mismo modelo y debería hacerlo en un análisis separado, digamos para cada T por separado y anidado dentro de genotipos?
¡Gracias de nuevo por tu consejo!
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Aquí hay un ejemplo simple para ilustrar cómo interpreto su diseño.
Incluiste 4 x 2 = 8 tratamientos. Cada tratamiento se replicó con múltiples sujetos (p. ej., 5 veces). Cada sujeto fue observado varias veces (p. ej., 3 veces). ¿Es eso esencialmente lo que hiciste?
Entonces podrías usar el promedio de las observaciones como respuesta de cada individuo. De esta forma, el error residual es individual y no es necesario un término en el modelo. (También podría crear y modelar la varianza de las observaciones para ver si el tratamiento también afectó la variabilidad).
Alternativamente, podría utilizar las observaciones individuales. Primero debe apilar las columnas de observación separadas y crear una nueva columna para la identidad del individuo. La columna ID se agregaría como efecto aleatorio.
La nueva tabla se ve así:
Entonces el modelo cambia a esto:
De esta manera, el individuo aporta un efecto aleatorio pero no es un efecto anidado. Actúa como un bloque aleatorio.
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Querida marca,
Gracias por esta discusión sobre el diseño de RCBD hace 3 años. Seguí esta discusión, pero todavía no estoy seguro de cómo especificar mi modelo, que en realidad es mucho más simple. También incluye un efecto anidado dentro de una combinación de otros dos efectos. Específicamente, tengo 4 genotipos criados a 2 temperaturas y 4-5 individuos por combinación de temperatura y fenotipo medidos repetidamente (muchas observaciones de velocidad de nado por individuo). Entonces, los individuos tienen un efecto aleatorio anidados dentro del genotipoXtemperatura. Cuando hago lo que sugirió en la discusión anterior para especificar individuos con ID únicas y ejecutar esto:
Modelo de ajuste ( Y ( : v ) , Efectos ( :Genotipo , : t , : t * :Genotipo , :GRAMO _T_Ind & Aleatorio ) )
Me pierdo DF's y no se evalúa nada.
Debe haber una manera de especificar que los individuos son únicos dentro de una combinación de : t * : Genotipo, ¿verdad?
¡Gracias de antemano!
L. Yampolsky
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Hola Mark,
Gracias por comparar el poder de detección para mí. No quería tratar a los anidados. Bloque (Año*Ubicación) efecto como fijo, efecto. Quería tratarlo como un efecto aleatorio, pero simplemente no sabía cómo ejecutar la prueba anidando el Bloquear dentro de interacciones de Año y Ubicación.Pero ahora, dado que el poder de detección no se vio afectado simplemente por nombrar el Bloques 1~12 A lo largo de las 2 ubicaciones y los 2 años, haría el análisis de esta manera. Muchas gracias cmuh de nuevo!!
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?No sé la desviación estándar de tu respuesta ni el efecto mínimo que intentas detectar, pero esta comparación es justa porque uso 1 para la desviación estándar (RMSE anticipado) y 1 para el valor del parámetro (con codificación de niveles de factor). , el valor equivale a un efecto que es el doble de la desviación estándar) en ambos análisis. Aquí está el análisis de potencia utilizando el efecto de bloque aleatorio en el modelo:
(RCBD con efectos de bloque aleatorio en el modelo)
Aquí está el análisis de potencia usando su modelo:
(RCBD con efectos de bloque fijos en el modelo)
Entonces puedes ver que el poder es esencialmente el mismo para los efectos de interés. Su elección debería depender de cómo piensa sobre el efecto de bloqueo. Un efecto aleatorio me parece apropiado. ¿Por qué querrías modelar Block como un efecto fijo? No quiero decir esa pregunta como un desafío. Es simplemente algo en lo que pensar.
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?¿Existe alguna diferencia en el poder de detectar diferencias en las variedades utilizando estos dos métodos?
¡¡Gracias!!
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Al darle a cada bloque un nivel único (1-12), estás indicando el anidamiento indirectamente. Si usó instream 1-3 en los cuatro entornos, entonces tendría que anidar explícitamente los bloques.
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Marca,
Muchas gracias por su tiempo y esfuerzo al simular los datos.
Estaba tratando de tratar el Bloque anidado (Y*L) como efecto aleatorio, no fijo.
Me pregunto cuáles serían las diferencias entre los dos métodos en cuanto al poder de distinguir las diferencias en los factores y reducir los efectos de las variaciones de campo. ¿Cómo justifico que no anidar los bloques estadísticamente?
Muchas gracias de nuevo !
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Hice un diseño personalizado que debería ser equivalente a tu RCBD tal como lo describiste. (Hice los valores de respuesta con una simulación de Monte Carlo). Incluye el modelo (script de tabla) con el efecto de bloque aleatorio.
Lo adjunto para su inspección.
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Gracias por la aclaración, realmente ayuda mucho.
Entonces, para estar seguro de que lo entiendo, tiene las 10 variedades en cada combinación de ubicación (2) y año (2), un entorno. Cada variedad se prueba por triplicado y se organiza como 3 bloques coimpletos dentro de cada entorno. ¿Entonces tienes 10 x 2 x 2 x 3 = 120 observaciones dispuestas en 12 bloques?
Me parece que el modelo debería tratar el bloque como un efecto aleatorio sin anidamiento. En lugar de indicar bloque = 1, 2 o 3, indíquelo como 1 a 12 en la tabla de datos. Seleccione el efecto de bloque en el modelo, haga clic en el triángulo rojo junto a Atributos y seleccione Efecto aleatorio.
No entiendo por qué tratas el bloque como un efecto fijo o necesitas anidarlo según tu descripción.
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Hola Mark,
Los tres factores son: 10 variedades, 2 años, 2 ubicaciones (3 bloques en cada entorno, es decir, cada año y ubicación)
Este es mi diseño de campo para RCBD para un entorno: y estoy intentando aplicar el efecto Bloquear en (año*Ubicación)
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Hay más de un modelo posible y es fácil malinterpretar su diseño y modelo. ¿Podría proporcionarnos la siguiente información para aclararla?
- ¿Cuál es su RCBD? Es decir, cuáles son los factores, niveles de factores, tratamientos y bloqueos. En particular, ¿cómo se produce el anidamiento en su diseño?
- ¿Cuál es su modelo lineal previsto?
Para el modelo lineal, utilice esta nomenclatura en aras de la claridad:
Y = I + X1 + X2[X1] + X1*X2[X1] + B
Estoy indicando que hay dos factores, X1 (por ejemplo, Sitio) y X2 (por ejemplo, Línea). Se han ingresado como dos efectos principales y un efecto de interacción. Los cambios en X2 están anidados en los niveles de X1. B es el bloque (por ejemplo, Día).
(Por cierto, no garantizo que mi ejemplo sea estimable, ¡sino solo para mostrar cómo funciona la nomenclatura!)
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Hola, Mark,
Sé cómo crear un término de interacción, pero ¿cómo anido el "Bloque" dentro de (Año*Ubicación)?
Gracias.
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Simplemente seleccione primero las columnas involucradas en la interacción y luego haga clic en Cruz.
