Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d’interaction ?Bonjour,
J'exécuterai RCBD en utilisant le modèle d'ajustement. Je sais comment créer l'effet imbriqué au sein d'un seul facteur, mais comment puis-je créer un effet imbriqué ? effet constant au sein des facteurs d’interaction ?
ex. Bloc (Année * Localisation)
Merci!
Re : Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d'interaction ?Vous avez dit, " J'aimerais également pouvoir signaler que les individus au sein des génotypes sont très différents. J'aimerais donc utiliser la méthode MS plutôt que la méthode REML, car REML ne teste pas les effets aléatoires. " L'effet aléatoire est modélisé sous forme de variance. Le rapport REML comprend des intervalles de confiance et une statistique de test de Wald. Vous pouvez également examiner la meilleure prédiction linéaire impartiale (BLUP) pour les particuliers.
Vous avez dit, " Donc, quand je l'ai fait exactement comme vous le montrez, avec des individus ayant reçu des identifiants uniques, et le génotype et T comme effets factoriels complets et l'individu comme effet de bloc aléatoire sans interaction. Et je reçois beaucoup de singularités et de DF manquants, comme si JMP essayait de croiser des individus vers le génotype et le T, lors de l'utilisation de MS. (Tout va bien dans REML). " C'est l'un des avantages du REML. De nombreuses conceptions ne sont pas adaptées à l’ancienne méthode MS.
Re : Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d'interaction ?Cher Mark,
Merci beaucoup, si vite et pendant un week-end, vous êtes géniaux.
Oui, c'est à peu près ma conception, bien que chaque individu soit mesuré non pas 3 fois mais plutôt 300 fois (vitesse enregistrée chaque seconde pendant 5 minutes et elle varie un peu selon que les individus nagent, se reposent, nagent à nouveau, etc.). Bien sûr, ces 300 mesures ne sont pas des observations tout à fait indépendantes, mais j'estime qu'elles peuvent quand même être utilisées pour estimer la différence entre les individus. (Deux mesures adjacentes ne sont pas du tout indépendantes, mais sur quelques cycles de natation et de repos, elles le sont peut-être).
Oui, bien sûr, j'ai commencé par faire la moyenne de la vitesse de chaque individu et en utilisant les individus comme répliques. Mais j’aimerais aussi pouvoir signaler que les individus au sein des génotypes sont très différents. J'aimerais donc utiliser la méthode MS plutôt que la méthode REML, car REML ne teste pas les effets aléatoires.
Donc, quand je l'ai fait exactement comme vous le montrez, avec des individus ayant reçu des identifiants uniques, et le génotype et T comme effets factoriels complets et l'individu comme effet de bloc aléatoire sans interaction. Et je reçois beaucoup de singularités et de DF manquants, comme si JMP essayait de croiser des individus vers le génotype et le T, lors de l'utilisation de MS. (Tout va bien dans REML).
Peut-être que je ne peux pas estimer l'importance de l'effet individuel dans le même modèle et devrais-je le faire dans une analyse distincte, par exemple pour chaque T séparément et imbriqué dans les génotypes ?
Merci encore pour vos conseils !
Re : Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d'interaction ?Voici un exemple simple pour illustrer comment j’interprète votre conception.
Vous avez inclus 4 x 2 = 8 traitements. Chaque traitement a été répété sur plusieurs sujets (par exemple, 5 fois). Chaque sujet a été observé plusieurs fois (par exemple, 3 fois). Est-ce essentiellement ce que vous avez fait ?
Vous pouvez donc utiliser la moyenne des observations comme réponse de chaque individu. De cette façon, l’erreur résiduelle est individuelle et vous n’avez pas besoin de terme dans le modèle. (Vous pouvez également créer et modéliser la variance des observations pour voir si le traitement a également affecté la variabilité.)
Vous pouvez également utiliser les observations individuelles. Vous devez d'abord empiler les colonnes d'observation distinctes et créer une nouvelle colonne pour l'identité de l'individu. La colonne ID serait ajoutée comme effet aléatoire.
Le nouveau tableau ressemble à ceci :
Le modèle change donc comme suit :
De cette façon, l’individu contribue à un effet aléatoire mais il ne s’agit pas d’un effet imbriqué. Cela agit comme un bloc aléatoire.
Re : Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d'interaction ?Cher Mark,
Merci pour cette discussion sur la conception du RCBD il y a 3 ans. J'ai suivi cette discussion, mais je ne sais toujours pas comment préciser mon modèle, qui est en réalité beaucoup plus simple. Il comprend également un effet imbriqué dans une combinaison de deux autres effets. Concrètement, j'ai 4 génotypes élevés à 2 températures et 4 à 5 individus par combinaison de température et de phénotype mesurés à plusieurs reprises (nombreuses observations de vitesse de nage par individu). Les individus sont donc un effet aléatoire imbriqué dans génotypeXtempérature. Lorsque je fais ce que vous avez suggéré dans la discussion ci-dessus pour spécifier une personne avec des identifiants uniques et exécuter ceci :
Modèle adapté ( Oui ( : v ) , Effets ( :Génotype , : T , : T * :Génotype , :G _T_Ind & Aléatoire ) )
Je perds les DF et rien n'est évalué.
Il doit y avoir un moyen de préciser que les individus sont uniques au sein d'une combinaison de : T * :Génotype, non ?
Merci d'avance!
L. Yampolsky
Re : Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d'interaction ?Bonjour Mark,
Merci d'avoir comparé le pouvoir de détection pour moi. Je ne voulais pas traiter les imbriqués Bloc (Année*Lieu) effet comme fixe, effet. Je voulais le traiter comme un effet aléatoire, mais je ne savais tout simplement pas comment exécuter le test en imbriquant le Bloc au sein de interactions de Année et Emplacement.Mais maintenant que le pouvoir de détection n'était pas affecté par le simple fait de nommer le Blocs 1 à 12 tout au long des 2 sites et des 2 années, je ferais l'analyse de cette façon. Merci beaucoup encore !!
Re : Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d'interaction ?Je ne connais pas l'écart type de votre réponse ni l'effet minimum que vous essayez de détecter mais cette comparaison est juste car j'utilise 1 pour l'écart type (RMSE anticipé) et 1 pour la valeur du paramètre (avec codage des niveaux de facteurs , la valeur équivaut à un effet qui est deux fois l'écart type) dans les deux analyses. Voici l'analyse de puissance utilisant l'effet de bloc aléatoire dans le modèle :
(RCBD avec effets de bloc aléatoires dans le modèle)
Voici l'analyse de puissance utilisant votre modèle :
(RCBD avec effets de bloc fixes dans le modèle)
Vous voyez donc que la puissance est essentiellement la même pour les effets d’intérêt. Votre choix devrait dépendre de votre perception de l’effet de blocage. Un effet aléatoire me semble approprié. Pourquoi voudriez-vous modéliser Block comme un effet fixe ? Je ne considère pas cette question comme un défi. C'est simplement une chose à laquelle il faut réfléchir.
Re : Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d'interaction ?Existe-t-il des différences dans la puissance de détection des différences entre les variétés à l’aide de ces deux méthodes ?
Merci!!
Re : Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d'interaction ?En attribuant à chaque bloc un niveau unique (1-12), vous indiquez indirectement l'imbrication. Si vous utilisiez instread 1-3 dans les quatre environnements, vous devrez alors explicitement imbriquer les blocs.
Re : Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d'interaction ?Marque,
Merci beaucoup pour votre temps et vos efforts pour simuler les données.
J'essayais de traiter le Bloc imbriqué (Y*L) comme effet aléatoire, non fixe.
Je me demande quelles seraient les différences entre les deux méthodes sur le pouvoir de distinguer les différences dans les facteurs et de réduire les effets des variances sur le terrain ?. Comment puis-je me justifier de ne pas imbriquer les blocs statistiquement ?
Merci beaucoup encore une fois !
Re : Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d'interaction ?J'ai réalisé un design personnalisé qui devrait être équivalent à votre RCBD tel que vous l'avez décrit. (J'ai composé les valeurs de réponse avec une simulation de Monte Carlo.) Il inclut le modèle (script de table) avec l'effet de bloc aléatoire.
Je l'ai joint pour votre inspection.
Re : Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d'interaction ?Merci pour la précision, cela aide vraiment beaucoup.
Donc, pour être sûr de bien comprendre, vous avez les 10 variétés dans chaque combinaison de lieu (2) et d'année (2), un environnement. Chaque variété est testée en triple et disposée en 3 blocs complets dans chaque environnement. Vous avez donc 10 x 2 x 2 x 3 = 120 observations disposées en 12 blocs ?
Il me semble que le modèle devrait traiter le bloc comme un effet aléatoire sans imbrication. Au lieu d'indiquer bloc = 1, 2 ou 3, indiquez-le entre 1 et 12 dans le tableau de données. Sélectionnez l'effet de bloc dans le modèle, cliquez sur le triangle rouge en regard d'Attributs et sélectionnez Effet aléatoire.
Je ne comprends pas pourquoi vous traitez le bloc comme un effet fixe ou devez l'imbriquer en fonction de votre description.
Re : Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d'interaction ?Bonjour Mark,
Les trois facteurs sont : 10 variétés, 2 années, 2 emplacements, (3 blocs dans chaque environnement, c'est-à-dire chaque année et chaque emplacement)
Ceci est ma conception de terrain pour RCBD pour un environnement : et j'essaie de suivre l'effet de bloc en (année*emplacement)
Re : Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d'interaction ?Il existe plusieurs modèles possibles et il est facile de mal comprendre votre conception et votre modèle. Pourriez-vous s'il vous plaît fournir les informations suivantes à des fins de clarification ?
- Quel est ton RCBD ? Autrement dit, quels sont les facteurs, les niveaux de facteurs, les traitements et les blocages. En particulier, comment se produit l’imbrication dans votre conception ?
- Quel est votre modèle linéaire prévu ?
Pour le modèle linéaire, veuillez utiliser cette nomenclature par souci de clarté :
Y = Je + X1 + X2[X1] + X1*X2[X1] + B
J'indique qu'il existe deux facteurs, X1 (par exemple, Site) et X2 (par exemple, Ligne). Ils ont été présentés comme deux effets principaux et un effet d'interaction. Les modifications de X2 sont imbriquées dans les niveaux X1. B est le bloc (par exemple, Jour).
(BTW, je ne garantis pas que mon exemple soit estimable mais seulement pour montrer comment fonctionne la nomenclature !)
Re : Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d'interaction ?Salut Mark,
Je sais comment créer un terme d'interaction, mais comment imbriquer le "Bloc" dans ( Year*Location ) ?
Merci.
Re : Comment créer un effet Nested au sein des facteurs d'interaction ?Il vous suffit de sélectionner d'abord les colonnes impliquées dans l'interaction, puis de cliquer sur Croix.
