¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Hola,
Estaré ejecutando RCBD usando el modelo de ajuste. Sé cómo crear el efecto anidado dentro de un solo factor, pero ¿cómo lo creo? efecto sted dentro de los factores de interacción?
ex. Bloque (Año * Ubicación)
¡Gracias!
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Usted dijo, " También me gustaría poder informar que los individuos dentro de los genotipos son bastante diferentes. Así que me gustaría usar el método MS en lugar del método REML, porque REML no prueba los efectos aleatorios. " El efecto aleatorio se modela como una varianza. El informe REML incluye intervalos de confianza y una estadística de prueba de Wald. También puede examinar la mejor predicción lineal imparcial (BLUP) para individuos.
Usted dijo, " Entonces, cuando lo hice exactamente de la manera que usted muestra, con los individuos con identificaciones únicas, y el genotipo y T como efectos factoriales completos y el individuo como un efecto de bloque aleatorio que no interactúa. Y obtengo muchas singularidades y faltan DF, como si JMP estuviera tratando de cruzar individuos a genotipo y T, cuando se usa MS. (Todo bien en REML). " Esa es una de las ventajas de REML. Muchos diseños no se adaptan al antiguo método MS.
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Querida marca,
Muchas gracias, tan rápido y en un fin de semana, ustedes son increíbles.
Sí, este es más o menos mi diseño, aunque cada individuo no se mide 3 veces, sino más bien 300 veces (la velocidad se registra cada segundo durante 5 minutos y varía bastante a medida que los individuos nadan, descansan, vuelven a nadar, etc.). Por supuesto, estas 300 medidas no son observaciones completamente independientes, pero creo que aún pueden usarse para estimar la diferencia entre individuos. (Dos medidas adyacentes no son independientes en absoluto, pero en un par de ciclos de natación y descanso quizás lo sean).
Sí, claro, comencé promediando la velocidad de cada individuo y usándolos como réplicas. Pero también me gustaría poder informar que los individuos dentro de los genotipos son bastante diferentes. Así que me gustaría usar el método MS en lugar del método REML, porque REML no prueba los efectos aleatorios.
Entonces, cuando lo hice exactamente de la manera que usted muestra, con los individuos con identificaciones únicas, y el genotipo y T como efectos factoriales completos y el individuo como un efecto de bloque aleatorio que no interactúa. Y obtengo muchas singularidades y faltan DF, como si JMP estuviera tratando de cruzar individuos a genotipo y T, cuando se usa MS. (Todo bien en REML).
¿Quizás no puedo estimar la importancia del efecto Individual en el mismo modelo y debería hacerlo en un análisis separado, digamos para cada T por separado y anidado dentro de los genotipos?
¡Gracias de nuevo por tu consejo!
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Aquí hay un ejemplo simple para ilustrar cómo interpreto su diseño.
Incluiste 4 x 2 = 8 tratamientos. Cada tratamiento se repitió con múltiples sujetos (p. ej., 5 veces). Cada sujeto fue observado varias veces (p. ej., 3 veces). ¿Es eso esencialmente lo que hiciste?
Entonces, podría usar el promedio de las observaciones como la respuesta de cada individuo. De esta forma, el error residual es individual y no necesitas un término en el modelo. (También podría crear y modelar la varianza de las observaciones para ver si el tratamiento también afectó la variabilidad).
Alternativamente, podría usar las observaciones individuales. Primero debe apilar las columnas de observación separadas y crear una nueva columna para la identidad del individuo. La columna ID se agregaría como efecto aleatorio.
La nueva tabla se ve así:
Así que el modelo cambia a esto:
Así, el individuo aporta un efecto aleatorio pero no es un efecto anidado. Actúa como un bloque aleatorio.
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Querida marca,
Gracias por esta discusión sobre el diseño de RCBD hace 3 años. Seguí esta discusión, pero todavía no estoy seguro de cómo especificar mi modelo, que en realidad es mucho más simple. También incluye un efecto anidado dentro de una combinación de otros dos efectos. Específicamente, tengo 4 genotipos criados a 2 temperaturas y 4-5 individuos por combinación de temperatura y fenotipo medidos repetidamente (muchas observaciones de velocidad de nado por individuo). Entonces, los individuos son efectos aleatorios anidados dentro de genotipoXtemperatura. Cuando hago lo que sugirió en la discusión anterior para especificar individuos con ID únicos y ejecutar esto:
Modelo de ajuste ( Y ( : v ) , Efectos ( :Genotipo , : T , : T * :Genotipo , :GRAMO _T_Ind & Aleatorio ) )
Me pierdo DF's y no se evalúa nada.
Debe haber una manera de especificar que los individuos son únicos dentro de una combinación de : T * :Genotipo, ¿verdad?
¡Gracias de antemano!
L. Yampolsky
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Hola Mark,
Gracias por comparar el poder de detección para mí. No quería tratar el anidado Bloque (Año*Ubicación) efecto como fijo, efecto. Quería tratarlo como un efecto aleatorio, pero simplemente no sabía cómo ejecutar la prueba anidando el Bloquear dentro de interacciones de Año y Ubicación.Pero ahora, dado que el poder de detección no se vio afectado por simplemente nombrar el Bloques 1~12 a lo largo de las 2 ubicaciones y los 2 años, haría el análisis de esta manera. Muchas gracias cmuh de nuevo!!
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?No sé la desviación estándar de su respuesta o el efecto mínimo que está tratando de detectar, pero esta comparación es justa porque uso 1 para la desviación estándar (RMSE anticipado) y 1 para el valor del parámetro (con codificación de niveles de factor , el valor es equivalente a un efecto que es el doble de la desviación estándar) en ambos análisis. Aquí está el análisis de potencia utilizando el efecto de bloques aleatorios en el modelo:
(RCBD con efectos de bloques aleatorios en el modelo)
Aquí está el análisis de poder usando su modelo:
(RCBD con efectos de bloque fijo en el modelo)
Entonces puede ver que el poder es esencialmente el mismo para los efectos de interés. Su elección debe reducirse a cómo piensa sobre el efecto de bloque. Un efecto aleatorio me parece apropiado. ¿Por qué querrías modelar Block como un efecto fijo? No me refiero a esa pregunta como un desafío. Es simplemente algo para pensar.
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?¿Hay alguna diferencia en el poder de detectar diferencias en Variedades utilizando estos dos métodos?
¡¡Gracias!!
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Al dar a cada bloque un nivel único (1-12), está indicando el anidamiento indirectamente. Si usó el paso 1-3 en los cuatro entornos, entonces tendría que anidar explícitamente los bloques.
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Marca,
Muchas gracias por su tiempo y esfuerzo simulando los datos.
Estaba tratando de tratar el Bloque anidado (Y*L) como efecto aleatorio, no fijo.
Me pregunto cuáles serían las diferencias entre los dos métodos en el poder de distinguir las diferencias en los factores y reducir los efectos de las variaciones de campo. ¿Cómo me justifico para no anidar los bloques estadísticamente?
Muchas gracias de nuevo !
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Hice un diseño personalizado que debería ser equivalente a su RCBD como lo describió. (Hice los valores de respuesta con una simulación de Monte Carlo). Incluye el modelo (script de tabla) con el efecto de bloques aleatorios.
Lo adjunto para su inspección.
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Gracias por la aclaración, realmente ayuda mucho.
Entonces, para estar seguro de que entiendo, tiene las 10 variedades en cada combinación de ubicación (2) y año (2), un entorno. Cada variedad se prueba por triplicado y se organiza como 3 bloques completos dentro de cada entorno. Entonces, ¿tiene 10 x 2 x 2 x 3 = 120 observaciones dispuestas en 12 bloques?
Me parece que el modelo debería tratar el bloque como un efecto aleatorio sin anidar. En lugar de indicar bloque = 1, 2 o 3, indíquelo del 1 al 12 en la tabla de datos. Seleccione el efecto de bloque en el modelo, haga clic en el triángulo rojo junto a Atributos y seleccione Efecto aleatorio.
No entiendo por qué trataría el bloque como un efecto fijo o necesita anidarlo según su descripción.
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Hola Mark,
Los tres factores son: 10 variedades, 2 años, 2 ubicaciones (3 bloques en cada entorno, es decir, cada año y ubicación)
Este es mi diseño de campo para RCBD para un entorno: Y estoy tratando de seguir el efecto Bloquear en (año*Ubicación)
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Hay más de un modelo posible y es fácil malinterpretar su diseño y modelo. ¿Podría por favor proporcionar la siguiente información para aclaración?
- ¿Cuál es su RCBD? Es decir, cuáles son los factores, los niveles de los factores, los tratamientos y los bloqueos. En particular, ¿cómo ocurre el anidamiento en su diseño?
- ¿Cuál es su modelo lineal previsto?
Para el modelo lineal, utilice esta nomenclatura en aras de la claridad:
Y = yo + X1 + X2[X1] + X1*X2[X1] + B
Estoy indicando que hay dos factores, X1 (por ejemplo, Sitio) y X2 (por ejemplo, Línea). Se han introducido como dos efectos principales y un efecto de interacción. Los cambios en X2 están anidados en los niveles de X1. B es el bloque (por ejemplo, Día).
(Por cierto, no garantizo que mi ejemplo sea estimable, ¡sino solo para mostrar cómo funciona la nomenclatura!)
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Hola, Mark,
Sé cómo crear un término de interacción, pero ¿cómo puedo anidar el "Bloque" dentro de (Año*Ubicación)?
Gracias.
Re: ¿Cómo crear un efecto anidado dentro de los factores de interacción?Simplemente seleccione primero las columnas involucradas en la interacción y luego haga clic en Cruzar.
