Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?Bonjour,
Je vais exécuter RCBD en utilisant le modèle d'ajustement. Je sais comment créer l'effet imbriqué dans un seul facteur, mais comment puis-je créer ne effet stable dans les facteurs d'interaction?
ex. Bloc (Année * Emplacement)
Merci!
Re : Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?Vous avez dit, " J'aimerais également pouvoir signaler que les individus au sein des génotypes sont assez différents. J'aimerais donc utiliser la méthode MS plutôt que la méthode REML, car REML ne teste pas les effets aléatoires. " L'effet aléatoire est modélisé comme une variance. Le rapport REML comprend des intervalles de confiance et une statistique de test de Wald. Vous pouvez également examiner la meilleure prédiction linéaire sans biais (BLUP) pour les particuliers.
Vous avez dit, " Donc, quand je l'ai fait exactement comme vous le montrez, avec des individus ayant des identifiants uniques, et le génotype et T comme effets factoriels complets et Individu comme effet de bloc aléatoire sans interaction. Et j'obtiens beaucoup de singularités et de DF manquants, comme si JMP essayait de croiser des individus pour génotyper et T, lors de l'utilisation de MS. (Tout va bien dans REML). " C'est l'un des avantages de REML. De nombreuses conceptions ne sont pas adaptées à l'ancienne méthode MS.
Re : Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?Cher Mark,
Merci beaucoup, si rapidement et un week-end, vous êtes incroyables.
Oui, c'est à peu près ma conception, bien que chaque individu ne soit pas mesuré 3 fois mais plutôt 300 fois (vitesse enregistrée toutes les secondes pendant 5 minutes et elle varie un peu au fur et à mesure que les individus nagent, se reposent, renagent, etc.). Bien sûr, ces 300 mesures ne sont pas des observations tout à fait indépendantes, mais je pense qu'elles peuvent toujours être utilisées pour estimer la différence entre les individus. (Deux mesures adjacentes ne sont pas du tout indépendantes, mais sur quelques cycles de natation et de repos, peut-être le sont-elles).
Oui, bien sûr, j'ai commencé par faire la moyenne de la vitesse pour chaque individu et en utilisant des individus comme répliques. Mais j'aimerais aussi pouvoir signaler que les individus au sein des génotypes sont assez différents. J'aimerais donc utiliser la méthode MS plutôt que la méthode REML, car REML ne teste pas les effets aléatoires.
Donc, quand je l'ai fait exactement comme vous le montrez, avec des individus ayant des identifiants uniques, et le génotype et T comme effets factoriels complets et Individu comme effet de bloc aléatoire sans interaction. Et j'obtiens beaucoup de singularités et de DF manquants, comme si JMP essayait de croiser des individus pour génotyper et T, lors de l'utilisation de MS. (Tout va bien dans REML).
Peut-être que je ne peux pas estimer l'importance de l'effet Individuel dans le même modèle et devrais-je le faire dans une analyse séparée, par exemple pour chaque T séparément et imbriqué dans les génotypes ?
Merci encore pour vos conseils !
Re : Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?Voici un exemple simple pour illustrer comment j'interprète votre conception.
Vous avez inclus 4 x 2 = 8 traitements. Chaque traitement a été répété avec plusieurs sujets (par exemple, 5 fois). Chaque sujet a été observé plusieurs fois (par exemple, 3 fois). C'est essentiellement ce que vous avez fait ?
Vous pouvez donc utiliser la moyenne des observations comme réponse de chaque individu. De cette façon, l'erreur résiduelle est individuelle et vous n'avez pas besoin d'un terme dans le modèle. (Vous pouvez également créer et modéliser la variance des observations pour voir si le traitement affecte également la variabilité.)
Alternativement, vous pouvez utiliser les observations individuelles. Vous devez d'abord empiler les colonnes d'observation séparées et créer une nouvelle colonne pour l'identité de l'individu. La colonne ID serait ajoutée comme effet aléatoire.
Le nouveau tableau ressemble à ceci :
Donc le modèle change pour ceci :
De cette façon, l'individu contribue à un effet aléatoire mais ce n'est pas un effet imbriqué. Il agit comme un bloc aléatoire.
Re : Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?Cher Mark,
Merci pour cette discussion sur la conception RCBD il y a 3 ans. J'ai suivi cette discussion, mais je ne sais toujours pas comment spécifier mon modèle, qui est en fait beaucoup plus simple. Il comprend également un effet imbriqué dans une combinaison de deux autres effets. Concrètement, j'ai 4 génotypes élevés à 2 températures et 4-5 individus par combinaison de température et de phénotype mesurés à plusieurs reprises (nombreuses observations de vitesse de nage par individu). Ainsi, les individus sont un effet aléatoire imbriqué dans génotypeXtempérature. Lorsque je fais comme vous l'avez suggéré dans la discussion ci-dessus pour spécifier une personne avec des identifiants uniques et exécutez ceci:
Ajuster le modèle ( Oui ( : v ) , Effets ( :Génotype , : J , : J * :Génotype , :G _T_Ind & Aléatoire ) )
Je perds des DF et rien n'est évalué.
Il doit y avoir un moyen de spécifier que les individus sont uniques dans une combinaison de : J * :Génotype, non ?
Merci d'avance!
L. Yampolsky
Re : Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?Bonjour Mark,
Merci d'avoir comparé la puissance de détection pour moi. Je n'ai pas voulu traiter les imbriqués Bloc (Année*Lieu) effet fixe, effet. Je voulais le traiter comme un effet aléatoire, mais je ne savais tout simplement pas comment exécuter le test en imbriquant le Bloc au sein de la interaction de Année et Emplacement.Mais maintenant que le pouvoir de détection n'était pas affecté par le simple fait de nommer le Blocs 1~12 tout au long des 2 emplacements et des 2 années, je ferais l'analyse de cette façon. Merci beaucoup cmuh encore !!
Re : Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?Je ne connais pas l'écart type de votre réponse ni l'effet minimum que vous essayez de détecter mais cette comparaison est juste car j'utilise 1 pour l'écart type (RMSE anticipé) et 1 pour la valeur du paramètre (avec codage des niveaux de facteur , la valeur équivaut à un effet qui est le double de l'écart type) dans les deux analyses. Voici l'analyse de puissance utilisant l'effet de bloc aléatoire dans le modèle :
(RCBD avec effets de blocs aléatoires dans le modèle)
Voici l'analyse de puissance à l'aide de votre modèle :
(RCBD avec effets de bloc fixes dans le modèle)
Vous pouvez donc voir que la puissance est essentiellement la même pour les effets d'intérêt. Votre choix devrait se résumer à la façon dont vous pensez à l'effet de blocage. Un effet aléatoire me semble approprié. Pourquoi voudriez-vous modéliser Block comme un effet fixe ? Je ne considère pas cette question comme un défi. C'est simplement quelque chose à penser.
Re : Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?Existe-t-il des différences dans la puissance de détection des différences entre les variétés à l'aide de ces deux méthodes ?
Merci!!
Re : Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?En donnant à chaque bloc un niveau unique (1-12), vous indiquez indirectement l'imbrication. Si vous avez utilisé instread 1-3 dans les quatre environnements, vous devrez imbriquer explicitement les blocs.
Re : Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?Marquer,
Merci beaucoup pour votre temps et vos efforts pour simuler les données.
J'essayais de traiter le Bloc imbriqué (Y*L) comme effet aléatoire, non fixe.
Je me demande quelles seraient les différences entre les deux méthodes sur le pouvoir de distinguer les différences dans les facteurs et de réduire les effets des variances de terrain ?. Comment puis-je me justifier de ne pas imbriquer statistiquement les blocs ?
Merci beaucoup encore une fois !
Re : Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?J'ai fait une conception personnalisée qui devrait être équivalente à votre RCBD comme vous l'avez décrit. (J'ai composé les valeurs de réponse avec une simulation de Monte Carlo.) Il inclut le modèle (script de table) avec l'effet de bloc aléatoire.
Je l'ai joint pour votre inspection.
Re : Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?Merci pour la précision, ça m'aide vraiment beaucoup.
Donc, pour être sûr que je comprends, vous avez les 10 variétés dans chaque combinaison de lieu (2) et d'année (2), un environnement. Chaque variété est testée en triple exemplaire et disposée en 3 blocs complets dans chaque environnement. Vous avez donc 10 x 2 x 2 x 3 = 120 observations disposées en 12 blocs ?
Il me semble que le modèle devrait traiter le bloc comme un effet aléatoire sans imbrication. Au lieu d'indiquer bloc = 1, 2 ou 3, indiquez-le de 1 à 12 dans la table de données. Sélectionnez l'effet de bloc dans le modèle, cliquez sur le triangle rouge à côté de Attributs et sélectionnez Effet aléatoire.
Je ne comprends pas pourquoi vous traiteriez le bloc comme un effet fixe ou si vous deviez l'imbriquer en fonction de votre description.
Re : Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?Bonjour Mark,
Les trois facteurs sont : 10 Variétés, 2 Années, 2 Localisations, (3 blocs dans chaque environnement, c'est-à-dire chaque année et localisation)
Ceci est ma conception de terrain pour RCBD pour un environnement :
Re : Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?Il existe plus d'un modèle possible et il est facile de mal comprendre votre conception et votre modèle. Pourriez-vous s'il vous plaît fournir les informations suivantes pour plus de précisions ?
- Quel est votre RCBD ? Autrement dit, quels sont les facteurs, les niveaux de facteur, les traitements et le blocage. En particulier, comment l'imbrication se produit-elle dans votre conception ?
- Quel est votre modèle linéaire prévu ?
Pour le modèle linéaire, veuillez utiliser cette nomenclature par souci de clarté :
Y = je + X1 + X2[X1] + X1*X2[X1] + B
J'indique qu'il y a deux facteurs, X1 (par exemple, site) et X2 (par exemple, ligne). Ils ont été saisis comme deux effets principaux et un effet d'interaction. Les changements dans X2 sont imbriqués dans les niveaux X1. B est le bloc (par exemple, Jour).
(Au fait, je ne garantis pas que mon exemple est estimable mais seulement pour montrer comment fonctionne la nomenclature !)
Re : Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?Salut Mark,
Je sais comment créer un terme d'interaction, mais comment imbriquer le "Bloc" dans (Année*Emplacement) ?
Merci.
Re : Comment créer un effet imbriqué dans les facteurs d'interaction ?Il vous suffit de sélectionner d'abord les colonnes impliquées dans l'interaction, puis de cliquer sur Croix.
