Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Ciao,
Eseguirò RCBD utilizzando il modello fit. So come creare l'effetto nidificato all'interno di un singolo fattore, ma come faccio a creare ne effetto stated all'interno dei fattori di interazione?
ex. Blocco (Anno * Località)
Grazie!
Ri: Come creare un effetto nidificato all'interno dei fattori di interazione?Hai detto, " Mi piacerebbe anche poter riferire che gli individui all'interno dei genotipi sono abbastanza diversi. Quindi mi piacerebbe utilizzare il metodo MS anziché REML, perché REML non verifica gli effetti casuali. " L'effetto casuale è modellato come una varianza. Il rapporto REML include intervalli di confidenza e una statistica del test di Wald. Puoi anche esaminare la migliore previsione lineare imparziale (BLUP) per gli individui.
Hai detto, " Quindi, quando l'ho fatto esattamente nel modo in cui mostri, con gli individui a cui sono stati assegnati ID univoci, e genotipo e T come effetti fattoriali completi e Individuo come effetto di blocco casuale non interagente. E ricevo molte singolarità e DF mancanti, come se JMP stesse cercando di incrociare gli individui con il genotipo e il T, quando si utilizza la SM. (Tutto bene in REML). " Questo è uno dei vantaggi di REML. Molti progetti non sono adatti al vecchio metodo MS.
Ri: Come creare un effetto nidificato all'interno dei fattori di interazione?Caro Marco,
Grazie mille, così velocemente e in un fine settimana, ragazzi, siete fantastici.
Sì, questo è praticamente il mio progetto, anche se ogni individuo viene misurato non 3 volte ma più come 300 volte (la velocità viene registrata ogni secondo per 5 minuti e varia notevolmente man mano che gli individui nuotano, riposano, nuotano di nuovo, ecc.). Naturalmente queste 300 misurazioni non sono osservazioni del tutto indipendenti, ma ritengo che possano comunque essere utilizzate per stimare la differenza tra individui. (Due misurazioni adiacenti non sono affatto indipendenti, ma forse lo sono dopo un paio di cicli di nuoto e riposo).
Sì, certo, ho iniziato calcolando la velocità media di ciascun individuo e utilizzando gli individui come repliche. Ma mi piacerebbe anche poter riferire che gli individui all’interno dei genotipi sono molto diversi. Quindi mi piacerebbe utilizzare il metodo MS anziché REML, perché REML non verifica gli effetti casuali.
Quindi, quando l'ho fatto esattamente nel modo in cui mostri, con gli individui a cui sono stati assegnati ID univoci, e genotipo e T come effetti fattoriali completi e Individuo come effetto di blocco casuale non interagente. E ricevo molte singolarità e DF mancanti, come se JMP stesse cercando di incrociare gli individui con il genotipo e il T, quando si utilizza la SM. (Tutto bene in REML).
Forse non posso stimare il significato dell'effetto Individuale nello stesso modello e dovrei farlo in un'analisi separata, diciamo per ogni T separatamente e annidato all'interno dei genotipi?
Grazie ancora per il tuo consiglio!
Re: Come creare un effetto nidificato all'interno dei fattori di interazione?Ecco un semplice esempio per illustrare come interpreto il tuo design.
Hai incluso 4 x 2 = 8 trattamenti. Ciascun trattamento è stato replicato con più soggetti (ad esempio, 5 volte). Ciascun soggetto è stato osservato più volte (ad esempio, 3 volte). Fondamentalmente è quello che hai fatto?
Quindi potresti utilizzare la media delle osservazioni come risposta di ciascun individuo. In questo modo l'errore residuo è individuale e non è necessario inserire un termine nel modello. (Potresti anche creare e modellare la varianza delle osservazioni per vedere se anche il trattamento ha influenzato la variabilità.)
In alternativa, è possibile utilizzare le singole osservazioni. È necessario prima impilare le colonne di osservazione separate e creare una nuova colonna per l'identità dell'individuo. La colonna ID verrebbe aggiunta come effetto casuale.
La nuova tabella si presenta così:
Quindi il modello cambia in questo:
In questo modo, l'individuo contribuisce ad un effetto casuale ma non è un effetto annidato. Funziona come un blocco casuale.
Re: Come creare un effetto nidificato all'interno dei fattori di interazione?Caro Marco,
Grazie per questa discussione sulla progettazione RCBD 3 anni fa. Ho seguito questa discussione, ma sono ancora incerto su come specificare il mio modello, che in realtà è molto più semplice. Include anche un effetto nidificato all'interno di una combinazione di altri due effetti. Nello specifico, ho 4 genotipi allevati a 2 temperature e 4-5 individui per combinazione di temperatura e fenotipo misurati ripetutamente (molte osservazioni sulla velocità di nuoto per individuo). Quindi gli individui sono annidati in modo casuale all'interno di genotipoXtemperatura. Quando faccio come suggerito nella discussione sopra per specificare un individuo con ID univoci ed eseguire questo:
Modello adatto ( Y ( : v ) , Effetti ( :Genotipo , : T , : T * :Genotipo , :G _T_Ind & Casuale ) )
Perdo i DF e non viene valutato nulla.
Deve esserci un modo per specificare che gli individui sono unici all'interno di una combinazione di : T * :Genotipo, giusto?
Grazie in anticipo!
L. Yampolsky
Ri: Come creare un effetto nidificato all'interno dei fattori di interazione?Ciao Marco,
Grazie per aver confrontato la potenza di rilevamento per me. Non volevo trattare il nidificato Blocco (Anno*Località) effetto come fisso, effetto. Volevo trattarlo come un effetto casuale, ma non sapevo come eseguire il test nidificando il file Bloccare all'interno del interazioni di Anno E Posizione.Ma ora, poiché la potenza di rilevamento non viene influenzata semplicemente nominando il file Blocchi 1~12 durante le 2 sedi e i 2 anni, farei l'analisi in questo modo. Grazie mille cmuh ancora!!
Ri: Come creare un effetto nidificato all'interno dei fattori di interazione?Non conosco la deviazione standard della tua risposta o l'effetto minimo che stai cercando di rilevare, ma questo confronto è giusto perché utilizzo 1 per la deviazione standard (RMSE anticipato) e 1 per il valore del parametro (con codifica dei livelli di fattore , il valore è equivalente a un effetto pari al doppio della deviazione standard) in entrambe le analisi. Ecco l'analisi della potenza utilizzando l'effetto blocco casuale nel modello:
(RCBD con effetti di blocco casuale nel modello)
Ecco l'analisi della potenza utilizzando il tuo modello:
(RCBD con effetti di blocco fissi nel modello)
Quindi puoi vedere che il potere è sostanzialmente lo stesso per gli effetti di interesse. La tua scelta dovrebbe dipendere da come pensi all'effetto blocco. Un effetto casuale mi sembra appropriato. Perché vorresti modellare Block come un effetto fisso? Non intendo questa domanda come una sfida. È semplicemente qualcosa a cui pensare.
Ri: Come creare un effetto nidificato all'interno dei fattori di interazione?Esistono differenze nella potenza di rilevamento delle differenze nelle varietà utilizzando questi due metodi?
Grazie!!
Re: Come creare un effetto nidificato all'interno dei fattori di interazione?Assegnando a ciascun blocco un livello univoco (1-12), indichi indirettamente la nidificazione. Se utilizzassi insread 1-3 nei quattro ambienti, dovresti nidificare esplicitamente i blocchi.
Re: Come creare un effetto nidificato all'interno dei fattori di interazione?Segno,
Grazie mille per il tempo e l'impegno dedicati alla simulazione dei dati.
Stavo cercando di trattare il Blocco nidificato (Y*L) come effetto casuale, non fisso.
Mi chiedo quali sarebbero le differenze tra i due metodi in termini di potere di distinguere le differenze nei fattori e ridurre gli effetti delle varianze di campo?. Come posso giustificare il fatto di non annidare i blocchi statisticamente?
Grazie mille ancora!
Ri: Come creare un effetto nidificato all'interno dei fattori di interazione?Ho realizzato un design personalizzato che dovrebbe essere equivalente al tuo RCBD come lo hai descritto. (Ho creato i valori di risposta con una simulazione Monte Carlo.) Include il modello (script della tabella) con l'effetto del blocco casuale.
L'ho allegato per la tua ispezione.
Ri: Come creare un effetto nidificato all'interno dei fattori di interazione?Grazie per il chiarimento, è davvero di grande aiuto.
Quindi, per essere sicuro di aver capito, hai tutte e 10 le varietà in ogni combinazione di luogo (2) e anno (2), un ambiente. Ogni varietà viene testata in triplicato e organizzata come 3 blocchi completi all'interno di ciascun ambiente. Quindi hai 10 x 2 x 2 x 3 = 120 osservazioni disposte in 12 blocchi?
Mi sembra che il modello dovrebbe trattare il blocco come un effetto casuale senza nidificazione. Invece di indicare blocco = 1, 2 o 3, indicalo da 1 a 12 nella tabella dati. Seleziona l'effetto del blocco nel modello, fai clic sul triangolo rosso accanto ad Attributi e seleziona Effetto casuale.
Non capisco perché dovresti trattare il blocco come un effetto fisso o dover annidarlo in base alla tua descrizione.
Re: Come creare un effetto nidificato all'interno dei fattori di interazione?Ciao Marco,
I tre fattori sono: 10 varietà, 2 anni, 2 luoghi (3 blocchi in ogni ambiente, ovvero ogni anno e luogo)
Questo è il mio progetto di campo per RCBD per un ambiente: e sto provando a eseguire il successivo effetto Blocco in (anno*Località)
Re: Come creare un effetto nidificato all'interno dei fattori di interazione?Esistono più modelli possibili ed è facile fraintendere il design e il modello. Potresti fornire le seguenti informazioni per chiarimenti?
- Qual è il tuo RCBD? Cioè, quali sono i fattori, i livelli dei fattori, i trattamenti e i blocchi. In particolare, come avviene il annidamento nel tuo progetto?
- Qual è il tuo modello lineare previsto?
Per il modello lineare, si prega di utilizzare questa nomenclatura per ragioni di chiarezza:
Y = I + X1 + X2[X1] + X1*X2[X1] + B
Sto indicando che ci sono due fattori, X1 (ad esempio, Sito) e X2 (ad esempio, Linea). Sono stati inseriti come due effetti principali e un effetto di interazione. Le modifiche in X2 sono nidificate nei livelli X1. B è il blocco (ad esempio, Giorno).
(A proposito, non garantisco che il mio esempio sia stimabile ma solo per mostrare come funziona la nomenclatura!)
Ri: Come creare un effetto nidificato all'interno dei fattori di interazione?Ciao Mark,
So come creare un termine di interazione, ma come posso nidificare il "Blocco" all'interno di ( Anno*Località )?
Grazie.
Ri: Come creare un effetto nidificato all'interno dei fattori di interazione?È sufficiente selezionare prima le colonne coinvolte nell'interazione, quindi fare clic su Croce.
