Wie erzeugt man einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Hallo,
Ich werde RCBD mit dem Fit-Modell ausführen. Ich weiß, wie man den verschachtelten Effekt innerhalb eines einzelnen Faktors erzeugt, aber wie erstelle ich ne Statischer Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?
ex. Block (Jahr * Ort)
Danke schön!
Betreff: Wie erstelle ich einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Du sagtest, " Ich möchte auch berichten können, dass Individuen innerhalb der Genotypen sehr unterschiedlich sind. Daher würde ich lieber die MS-Methode als die REML-Methode verwenden, da REML keine zufälligen Effekte testet. " Der Zufallseffekt wird als Varianz modelliert. Der REML-Bericht enthält Konfidenzintervalle und eine Wald-Teststatistik. Sie können auch die beste lineare unvoreingenommene Vorhersage (BLUPs) für Einzelpersonen untersuchen.
Du sagtest, " Als ich es also genau so gemacht habe, wie Sie es zeigen, mit Individuen, denen eindeutige IDs gegeben wurden, und Genotyp und T als vollfaktorielle Effekte und Individuum als zufälliger, nicht interagierender Blockeffekt. Und ich erhalte viele Singularitäten und fehlende DFs, als würde JMP bei der Verwendung von MS versuchen, Individuen auf Genotyp und T zu übertragen. (Alles in Ordnung in REML). " Das ist einer der Vorteile von REML. Viele Designs sind für die ältere MS-Methode nicht geeignet.
Betreff: Wie erstelle ich einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Lieber Mark,
Vielen Dank, so schnell und an einem Wochenende, ihr seid großartig.
Ja, das ist so ziemlich mein Design, obwohl jedes Individuum nicht dreimal, sondern eher 300 Mal gemessen wird (die Geschwindigkeit wird 5 Minuten lang jede Sekunde aufgezeichnet und variiert ziemlich stark, wenn die Individuen schwimmen, sich ausruhen, wieder schwimmen usw.). Natürlich sind diese 300 Messungen keine ganz unabhängigen Beobachtungen, aber ich bin der Meinung, dass sie dennoch zur Abschätzung des Unterschieds zwischen Individuen herangezogen werden können. (Zwei benachbarte Messungen sind überhaupt nicht unabhängig, aber über ein paar Schwimm- und Ruhezyklen hinweg sind sie es vielleicht).
Ja, sicher, ich begann damit, die Geschwindigkeit für jede einzelne Person zu mitteln und einzelne Personen als Replikate zu verwenden. Aber ich möchte auch berichten können, dass Individuen innerhalb der Genotypen sehr unterschiedlich sind. Daher würde ich lieber die MS-Methode als die REML-Methode verwenden, da REML keine zufälligen Effekte testet.
Als ich es also genau so gemacht habe, wie Sie es zeigen, mit Individuen, denen eindeutige IDs gegeben wurden, und Genotyp und T als vollfaktorielle Effekte und Individuum als zufälliger, nicht interagierender Blockeffekt. Und ich erhalte viele Singularitäten und fehlende DFs, als würde JMP bei der Verwendung von MS versuchen, Individuen auf Genotyp und T zu übertragen. (Alles in Ordnung in REML).
Vielleicht kann ich die Bedeutung des individuellen Effekts im selben Modell nicht abschätzen und sollte dies in einer separaten Analyse tun, beispielsweise für jedes T separat und in Genotypen verschachtelt?
Nochmals vielen Dank für Ihren Rat!
Betreff: Wie erstelle ich einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Hier ist ein einfaches Beispiel, um zu veranschaulichen, wie ich Ihr Design interpretiere.
Sie haben 4 x 2 = 8 Behandlungen eingeschlossen. Jede Behandlung wurde mit mehreren Probanden wiederholt (z. B. fünfmal). Jeder Proband wurde mehrmals beobachtet (z. B. dreimal). Ist das im Wesentlichen das, was Sie getan haben?
Sie könnten also den Durchschnitt der Beobachtungen als Antwort jedes Einzelnen verwenden. Auf diese Weise ist der Restfehler individuell und Sie benötigen keinen Term im Modell. (Sie könnten auch die Varianz der Beobachtungen erstellen und modellieren, um zu sehen, ob die Behandlung auch die Variabilität beeinflusst.)
Alternativ können Sie auch die Einzelbeobachtungen verwenden. Sie müssen zunächst die einzelnen Beobachtungsspalten stapeln und eine neue Spalte für die Identität der Person erstellen. Die ID-Spalte würde als Zufallseffekt hinzugefügt.
Die neue Tabelle sieht so aus:
Das Modell ändert sich also wie folgt:
Auf diese Weise trägt das Individuum einen zufälligen Effekt bei, es handelt sich jedoch nicht um einen verschachtelten Effekt. Es verhält sich wie ein Zufallsblock.
Betreff: Wie erstelle ich einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Lieber Mark,
Vielen Dank für diese Diskussion über das RCBD-Design vor 3 Jahren. Ich habe diese Diskussion verfolgt, bin mir aber immer noch nicht sicher, wie ich mein Modell spezifizieren soll, das eigentlich viel einfacher ist. Es enthält auch einen Effekt, der in einer Kombination aus zwei anderen Effekten verschachtelt ist. Konkret habe ich 4 Genotypen bei 2 Temperaturen aufgezogen und 4-5 Individuen pro Kombination aus Temperatur und Phänotyp wiederholt gemessen (viele Beobachtungen der Schwimmgeschwindigkeit pro Individuum). Individuen sind also zufällige Effekte, die innerhalb von genotypeXtemperature verschachtelt sind. Wenn ich vorgehe, was Sie in der obigen Diskussion vorgeschlagen haben, um Personen mit eindeutigen IDs anzugeben, und Folgendes ausführe:
Modell anpassen ( Y ( : v ) , Auswirkungen ( :Genotyp , : T , : T * :Genotyp , :G _T_Ind & Zufällig ) )
Ich bekomme verlorene DF's und es wird nichts ausgewertet.
Es muss eine Möglichkeit geben, anzugeben, dass Individuen innerhalb einer Kombination von eindeutig sind : T * :Genotyp, richtig?
Dank im Voraus!
L. Yampolsky
Betreff: Wie erstelle ich einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Hallo Mark,
Vielen Dank für den Vergleich der Erkennungsleistung für mich. Ich wollte das Verschachtelte nicht behandeln Block (Jahr*Standort) Wirkung als fest, Wirkung. Ich wollte es als zufälligen Effekt behandeln, wusste aber einfach nicht, wie ich den Test durch Verschachteln durchführen sollte Block innerhalb der Wechselwirkungen von Jahr Und Standort.Da die Erkennungsleistung jedoch nicht durch die bloße Benennung beeinträchtigt wurde Blöcke 1–12 Während der 2 Standorte und 2 Jahre würde ich die Analyse auf diese Weise durchführen. Nochmals vielen Dank, cmuh!!
Betreff: Wie erstelle ich einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Ich kenne die Standardabweichung Ihrer Antwort oder den minimalen Effekt, den Sie ermitteln möchten, nicht, aber dieser Vergleich ist fair, da ich 1 für die Standardabweichung (erwarteter RMSE) und 1 für den Parameterwert (mit Kodierung der Faktorstufen) verwende , der Wert entspricht einem Effekt, der doppelt so groß ist wie die Standardabweichung) in beiden Analysen. Hier ist die Leistungsanalyse unter Verwendung des Zufallsblockeffekts im Modell:
(RCBD mit zufälligen Blockeffekten im Modell)
Hier ist die Leistungsanalyse mit Ihrem Modell:
(RCBD mit festen Blockeffekten im Modell)
Sie können also sehen, dass die Potenz für die Zinseffekte im Wesentlichen gleich ist. Ihre Wahl sollte davon abhängen, wie Sie über den Blockeffekt denken. Ein zufälliger Effekt erscheint mir angemessen. Warum sollten Sie Block als festen Effekt modellieren? Ich meine diese Frage nicht als Herausforderung. Es ist einfach etwas, worüber man nachdenken muss.
Betreff: Wie erstelle ich einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Gibt es Unterschiede in der Fähigkeit, Unterschiede in Sorten mit diesen beiden Methoden zu erkennen?
Danke schön!!
Betreff: Wie erstelle ich einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Indem Sie jedem Block eine eindeutige Ebene (1–12) zuweisen, geben Sie die Verschachtelung indirekt an. Wenn Sie Instread 1-3 in den vier Umgebungen verwenden würden, müssten Sie die Blöcke explizit verschachteln.
Betreff: Wie erstelle ich einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Markieren,
Vielen Dank für Ihre Zeit und Mühe bei der Simulation der Daten.
Ich habe versucht, das zu behandeln verschachtelter Block (Y*L) als Zufallseffekt, nicht festgelegt.
Ich frage mich, was die Unterschiede zwischen den beiden Methoden in Bezug auf die Fähigkeit wären, die Unterschiede in den Faktoren zu unterscheiden und die Auswirkungen von Feldvarianzen zu reduzieren. Wie rechtfertige ich, dass ich die Blöcke nicht statistisch verschachtele?
Nochmal vielen Dank !
Betreff: Wie erstelle ich einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Ich habe ein individuelles Design erstellt, das Ihrem RCBD, wie Sie es beschrieben haben, entsprechen sollte. (Ich habe die Antwortwerte mit einer Monte-Carlo-Simulation erstellt.) Es enthält das Modell (Tabellenskript) mit dem Zufallsblockeffekt.
Ich habe es zu Ihrer Kontrolle beigefügt.
Betreff: Wie erstelle ich einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Vielen Dank für die Klarstellung, es hilft wirklich sehr.
Um sicherzugehen, dass ich das verstehe, gibt es alle 10 Sorten in jeder Kombination aus Standort (2) und Jahr (2), einer Umgebung. Jede Sorte wird in dreifacher Ausfertigung getestet und in jeder Umgebung als drei vollständige Blöcke angeordnet. Sie haben also 10 x 2 x 2 x 3 = 120 Beobachtungen, die in 12 Blöcken angeordnet sind?
Es scheint mir, dass das Modell den Block als zufälligen Effekt ohne Verschachtelung behandeln sollte. Anstatt Block = 1, 2 oder 3 anzugeben, geben Sie ihn in der Datentabelle als 1 bis 12 an. Wählen Sie den Blockeffekt im Modell aus, klicken Sie auf das rote Dreieck neben „Attribute“ und wählen Sie „Zufälliger Effekt“ aus.
Ich verstehe nicht, warum Sie den Block aufgrund Ihrer Beschreibung als festen Effekt behandeln oder ihn verschachteln müssen.
Betreff: Wie erstelle ich einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Hallo Mark,
Die drei Faktoren sind: 10 Sorten, 2 Jahre, 2 Standorte (3 Blöcke in jeder Umgebung, d. h. jedes Jahr und jeder Standort)
Dies ist mein Feldentwurf für RCBD für eine Umgebung: Und ich versuche, den Blockeffekt als nächstes in (Jahr*Standort) durchzuführen.
Betreff: Wie erstelle ich einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Es gibt mehr als ein mögliches Modell und es ist leicht, Ihr Design und Ihr Modell falsch zu verstehen. Könnten Sie bitte zur Klarstellung die folgenden Informationen bereitstellen?
- Was ist Ihr RCBD? Das heißt, was sind die Faktoren, Faktorstufen, Behandlungen und Blockierungen? Wie erfolgt insbesondere die Verschachtelung in Ihrem Design?
- Was ist Ihr beabsichtigtes lineares Modell?
Für das lineare Modell verwenden Sie der Übersichtlichkeit halber bitte diese Nomenklatur:
Y = I + X1 + X2[X1] + X1*X2[X1] + B
Ich weise darauf hin, dass es zwei Faktoren gibt, X1 (z. B. Standort) und X2 (z. B. Linie). Sie wurden als zwei Haupteffekte und ein Interaktionseffekt erfasst. Die Änderungen in X2 sind in den X1-Ebenen verschachtelt. B ist der Block (z. B. Tag).
(Übrigens garantiere ich nicht, dass mein Beispiel schätzbar ist, sondern nur, um zu zeigen, wie die Nomenklatur funktioniert!)
Betreff: Wie erstelle ich einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Hallo Mark,
Ich weiß, wie man einen Interaktionsbegriff erstellt, aber wie verschachtele ich den „Block“ innerhalb von ( Year*Location )?
Danke schön.
Betreff: Wie erstelle ich einen verschachtelten Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Sie wählen einfach zunächst die an der Interaktion beteiligten Spalten aus und klicken dann auf „Kreuzen“.
