Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Hallo,
Ich werde RCBD mit dem Fit-Modell ausführen. Ich weiß, wie man den verschachtelten Effekt innerhalb eines einzelnen Faktors erzeugt, aber wie erzeuge ich ne sted-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?
ex. Block (Jahr * Ort)
Danke schön!
Betreff: Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Du sagtest, " Ich würde auch gerne berichten können, dass Individuen innerhalb von Genotypen ziemlich unterschiedlich sind. Daher möchte ich eher die MS- als die REML-Methode verwenden, da REML keine zufälligen Effekte testet. " Der Zufallseffekt wird als Varianz modelliert. Der REML-Bericht enthält Konfidenzintervalle und eine Wald-Teststatistik. Sie können auch die beste lineare unvoreingenommene Vorhersage (BLUPs) für Einzelpersonen untersuchen.
Du sagtest, " Also, als ich es genau so gemacht habe, wie Sie es zeigen, mit Individuen, denen eindeutige IDs gegeben wurden, und Genotyp und T als vollfaktorielle Effekte und Individuum als zufälliger, nicht interagierender Blockeffekt. Und ich bekomme viele Singularitäten und fehlende DFs, als ob JMP versucht hätte, Individuen mit Genotyp und T zu kreuzen, wenn ich MS verwende. (Alles in Ordnung in REML). " Das ist einer der Vorteile von REML. Viele Designs sind für die ältere MS-Methode nicht geeignet.
Betreff: Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Lieber Mark,
Vielen Dank, so schnell und an einem Wochenende, ihr seid unglaublich.
Ja, das ist so ziemlich mein Design, obwohl jede Person nicht 3 Mal, sondern eher 300 Mal gemessen wird (die Geschwindigkeit wird 5 Minuten lang jede Sekunde aufgezeichnet und variiert ziemlich stark, wenn die Person schwimmt, sich ausruht, wieder schwimmt usw.). Natürlich sind diese 300 Messungen keine ganz unabhängigen Beobachtungen, aber ich denke, sie können immer noch verwendet werden, um den Unterschied zwischen Individuen abzuschätzen. (Zwei benachbarte Messungen sind überhaupt nicht unabhängig, aber über ein paar Schwimm- und Ruhezyklen sind sie es vielleicht).
Ja, sicher, ich habe damit begonnen, die Geschwindigkeit für jedes Individuum zu mitteln und Individuen als Replikate zu verwenden. Aber ich möchte auch berichten können, dass Individuen innerhalb von Genotypen ziemlich unterschiedlich sind. Daher möchte ich eher die MS- als die REML-Methode verwenden, da REML keine zufälligen Effekte testet.
Also, als ich es genau so gemacht habe, wie Sie es zeigen, mit Individuen, denen eindeutige IDs gegeben wurden, und Genotyp und T als vollfaktorielle Effekte und Individuum als zufälliger, nicht interagierender Blockeffekt. Und ich bekomme viele Singularitäten und fehlende DFs, als ob JMP versucht hätte, Individuen mit Genotyp und T zu kreuzen, wenn ich MS verwende. (Alles in Ordnung in REML).
Vielleicht kann ich die Signifikanz des individuellen Effekts im selben Modell nicht abschätzen und sollte dies in einer separaten Analyse tun, beispielsweise für jedes T separat und eingebettet in Genotypen?
Nochmals vielen Dank für Ihren Rat!
Betreff: Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Hier ist ein einfaches Beispiel, um zu veranschaulichen, wie ich Ihr Design interpretiere.
Sie haben 4 x 2 = 8 Behandlungen eingeschlossen. Jede Behandlung wurde mit mehreren Probanden wiederholt (z. B. fünfmal). Jedes Subjekt wurde mehrere Male beobachtet (z. B. 3 Mal). Ist das im Wesentlichen das, was Sie getan haben?
Sie könnten also den Durchschnitt der Beobachtungen als Antwort jedes Einzelnen verwenden. Auf diese Weise ist der Restfehler individuell und Sie benötigen keinen Term im Modell. (Sie könnten auch die Varianz der Beobachtungen erstellen und modellieren, um zu sehen, ob die Behandlung auch die Variabilität beeinflusst.)
Alternativ könnten Sie die einzelnen Beobachtungen verwenden. Sie müssen zuerst die separaten Beobachtungsspalten stapeln und eine neue Spalte für die Identität der Person erstellen. Die ID-Spalte würde als zufälliger Effekt hinzugefügt.
Die neue Tabelle sieht so aus:
Das Modell ändert sich also zu diesem:
Auf diese Weise trägt das Individuum einen zufälligen Effekt bei, aber es ist kein verschachtelter Effekt. Es wirkt wie ein zufälliger Block.
Betreff: Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Lieber Mark,
Vielen Dank für diese Diskussion über das RCBD-Design vor 3 Jahren. Ich habe diese Diskussion verfolgt, bin mir aber immer noch nicht sicher, wie ich mein Modell spezifizieren soll, was eigentlich viel einfacher ist. Es enthält auch einen Effekt, der in einer Kombination aus zwei anderen Effekten verschachtelt ist. Insbesondere habe ich 4 Genotypen bei 2 Temperaturen aufgezogen und 4-5 Individuen pro Kombination aus Temperatur und Phänotyp wiederholt gemessen (viele Beobachtungen der Schwimmgeschwindigkeit pro Individuum). Individuen sind also zufällig in genotypeXtemperature verschachtelt. Wenn ich das tue, was Sie in der obigen Diskussion vorgeschlagen haben, um einzelne Personen mit eindeutigen IDs anzugeben und Folgendes auszuführen:
Modell anpassen ( Y ( : v ) , Auswirkungen ( :Genotyp , : T , : T * :Genotyp , :G _T_Ind & Willkürlich ) )
Ich bekomme DF's verloren und es wird nichts ausgewertet.
Es muss eine Möglichkeit geben, anzugeben, dass Individuen innerhalb einer Kombination von eindeutig sind : T * : Genotyp, richtig?
Vielen Dank im Voraus!
L. Yampolsky
Betreff: Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Hallo Mark,
Vielen Dank für den Vergleich der Erkennungsleistung für mich. Ich wollte die Nester nicht behandeln Block (Jahr*Ort) Wirkung wie fest, Wirkung. Ich wollte es als zufälligen Effekt behandeln, wusste aber einfach nicht, wie ich den Test durch Verschachteln ausführen sollte Block innerhalb der Wechselwirkungen von Jahr Und Standort.Aber jetzt, da die Erkennungsfähigkeit nicht durch die einfache Benennung beeinträchtigt wurde Blöcke 1~12 Während der 2 Standorte und 2 Jahre würde ich die Analyse auf diese Weise durchführen. Nochmals vielen Dank cmuh!!
Betreff: Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Ich kenne die Standardabweichung Ihrer Antwort oder den minimalen Effekt, den Sie zu erkennen versuchen, nicht, aber dieser Vergleich ist fair, da ich 1 für die Standardabweichung (erwarteter RMSE) und 1 für den Parameterwert (mit Codierung der Faktorstufen) verwende , der Wert entspricht einem Effekt, der doppelt so groß ist wie die Standardabweichung) in beiden Analysen. Hier ist die Leistungsanalyse unter Verwendung des zufälligen Blockeffekts im Modell:
(RCBD mit zufälligen Blockeffekten im Modell)
Hier ist die Leistungsanalyse mit Ihrem Modell:
(RCBD mit festen Blockeffekten im Modell)
Sie können also sehen, dass die Leistung für die Zinseffekte im Wesentlichen gleich ist. Ihre Wahl sollte davon abhängen, wie Sie über den Blockeffekt denken. Ein zufälliger Effekt erscheint mir angemessen. Warum möchten Sie Block als festen Effekt modellieren? Ich meine diese Frage nicht als Herausforderung. Es ist einfach etwas, worüber man nachdenken sollte.
Betreff: Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Gibt es Unterschiede in der Fähigkeit, Unterschiede bei Sorten unter Verwendung dieser beiden Methoden zu erkennen?
Danke schön!!
Betreff: Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Indem Sie jedem Block eine eindeutige Ebene (1-12) zuweisen, geben Sie die Verschachtelung indirekt an. Wenn Sie stattdessen 1-3 in den vier Umgebungen verwenden würden, müssten Sie die Blöcke explizit verschachteln.
Betreff: Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Markieren,
Vielen Dank für Ihre Zeit und Mühe bei der Simulation der Daten.
Ich habe versucht, die zu behandeln verschachtelter Block (Y*L) als Zufallseffekt, nicht behoben.
Ich frage mich, was die Unterschiede zwischen den beiden Methoden in Bezug auf die Fähigkeit wären, die Unterschiede in den Faktoren zu unterscheiden und die Auswirkungen von Feldvarianzen zu reduzieren. Wie rechtfertige ich mich, die Blöcke nicht statistisch zu verschachteln?
Nochmal vielen Dank !
Betreff: Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Ich habe ein kundenspezifisches Design erstellt, das Ihrem RCBD entsprechen sollte, wie Sie es beschrieben haben. (Ich habe die Response-Werte mit einer Monte-Carlo-Simulation erstellt.) Es enthält das Modell (Tabellenskript) mit dem zufälligen Blockeffekt.
Ich habe es für Ihre Kontrolle beigefügt.
Betreff: Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Danke für die Aufklärung, das hilft wirklich sehr.
Also, um sicher zu sein, dass Sie alle 10 Sorten in jeder Kombination von Standort (2) und Jahr (2), einer Umgebung haben. Jede Sorte wird dreifach getestet und in jeder Umgebung als 3 zusammengesetzte Blöcke angeordnet. Sie haben also 10 x 2 x 2 x 3 = 120 Beobachtungen, die in 12 Blöcken angeordnet sind?
Es scheint mir, dass das Modell Block als zufälligen Effekt ohne Verschachtelung behandeln sollte. Anstatt Block = 1, 2 oder 3 anzugeben, geben Sie ihn in der Datentabelle als 1 bis 12 an. Wählen Sie den Blockeffekt im Modell aus, klicken Sie auf das rote Dreieck neben Attribute und wählen Sie Zufallseffekt aus.
Ich verstehe nicht, warum Sie den Block als festen Effekt behandeln oder ihn basierend auf Ihrer Beschreibung verschachteln müssen.
Betreff: Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Hallo Mark,
Die drei Faktoren sind: 10 Sorten, 2 Jahre, 2 Standorte (3 Blöcke in jeder Umgebung, d. h. jedes Jahr und jeder Standort)
Dies ist mein Felddesign für RCBD für eine Umgebung: Und ich versuche, den Block-Effekt in (Jahr * Ort) als nächstes zu erreichen.
Betreff: Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Es gibt mehr als ein mögliches Modell und es ist leicht, Ihr Design und Ihr Modell misszuverstehen. Würden Sie bitte die folgenden Informationen zur Klarstellung bereitstellen?
- Was ist Ihr RCBD? Das heißt, was sind die Faktoren, Faktorstufen, Behandlungen und Blockierungen. Wie erfolgt insbesondere die Verschachtelung in Ihrem Design?
- Was ist Ihr beabsichtigtes lineares Modell?
Für das lineare Modell verwenden Sie bitte der Übersichtlichkeit halber diese Nomenklatur:
Y = I + X1 + X2[X1] + X1*X2[X1] + B
Ich weise darauf hin, dass es zwei Faktoren gibt, X1 (z. B. Standort) und X2 (z. B. Leitung). Sie wurden als zwei Haupteffekte und ein Interaktionseffekt eingegeben. Die Änderungen in X2 sind in den X1-Ebenen verschachtelt. B ist der Block (z. B. Tag).
(Übrigens garantiere ich nicht, dass mein Beispiel schätzbar ist, sondern nur um zu zeigen, wie die Nomenklatur funktioniert!)
Betreff: Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Hallo Mark,
Ich weiß, wie man einen Interaktionsbegriff erstellt, aber wie verschachtele ich den "Block" innerhalb von ( Year*Location )?
Danke schön.
Betreff: Wie erstellt man einen Nested-Effekt innerhalb von Interaktionsfaktoren?Sie wählen einfach zuerst die an der Interaktion beteiligten Spalten aus und klicken dann auf Kreuz.
