Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Ciao,
Eseguirò RCBD utilizzando il modello di adattamento. So come creare l'effetto nidificato all'interno di un singolo fattore, ma come creo ne effetto sted all'interno di fattori di interazione?
ex. Blocco (Anno * Località)
Grazie!
Ri: Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Hai detto, " Vorrei anche poter riferire che gli individui all'interno dei genotipi sono molto diversi. Quindi mi piacerebbe usare MS piuttosto che il metodo REML, perché REML non testa effetti casuali. " L'effetto casuale è modellato come varianza. Il rapporto REML include intervalli di confidenza e una statistica del test di Wald. Puoi anche esaminare la migliore previsione imparziale lineare (BLUP) per gli individui.
Hai detto, " Quindi, quando l'ho fatto esattamente nel modo in cui mostri, con individui a cui sono stati dati ID univoci, genotipo e T come effetti fattoriali completi e Individuale come effetto di blocco casuale non interagente. E sto ricevendo molte singolarità e DF mancanti, come se JMP stesse cercando di incrociare gli individui con genotipo e T, quando si utilizza MS. (Tutto bene in REML). " Questo è uno dei vantaggi di REML. Molti design non sono adatti al vecchio metodo MS.
Ri: Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Caro Marco,
Grazie mille, così in fretta e in un fine settimana, ragazzi siete fantastici.
Sì, questo è più o meno il mio progetto, anche se ogni individuo viene misurato non 3 volte ma più come 300 volte (la velocità registrata ogni secondo per 5 minuti e varia parecchio quando gli individui nuotano, riposano, nuotano di nuovo, ecc.). Naturalmente queste 300 misurazioni non sono osservazioni del tutto indipendenti, ma sento che possono ancora essere utilizzate per stimare la differenza tra gli individui. (Due misurazioni adiacenti non sono affatto indipendenti, ma in un paio di cicli di nuoto e riposo forse lo sono).
Sì, certo, ho iniziato facendo la media della velocità per ogni individuo e usando gli individui come repliche. Ma vorrei anche poter riferire che gli individui all'interno dei genotipi sono molto diversi. Quindi mi piacerebbe usare MS piuttosto che il metodo REML, perché REML non testa effetti casuali.
Quindi, quando l'ho fatto esattamente nel modo in cui mostri, con individui a cui sono stati dati ID univoci, genotipo e T come effetti fattoriali completi e Individuale come effetto di blocco casuale non interagente. E sto ricevendo molte singolarità e DF mancanti, come se JMP stesse cercando di incrociare gli individui con genotipo e T, quando si utilizza MS. (Tutto bene in REML).
Forse non posso stimare il significato dell'effetto individuale nello stesso modello e dovrei farlo in un'analisi separata, diciamo per ogni T separatamente e annidato all'interno dei genotipi?
Grazie ancora per il tuo consiglio!
Ri: Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Ecco un semplice esempio per illustrare come interpreto il tuo design.
Hai incluso 4 x 2 = 8 trattamenti. Ogni trattamento è stato replicato con più soggetti (ad esempio, 5 volte). Ogni soggetto è stato osservato più volte (ad esempio, 3 volte). È essenzialmente quello che hai fatto?
Quindi potresti usare la media delle osservazioni come risposta di ogni individuo. In questo modo, l'errore residuo è individuale e non è necessario un termine nel modello. (Potresti anche creare e modellare la varianza delle osservazioni per vedere se il trattamento ha influenzato anche la variabilità.)
In alternativa, puoi utilizzare le singole osservazioni. È necessario impilare prima le colonne di osservazione separate e creare una nuova colonna per l'identità dell'individuo. La colonna ID verrebbe aggiunta come effetto casuale.
La nuova tabella si presenta così:
Quindi il modello cambia in questo:
In questo modo, l'individuo contribuisce a un effetto casuale ma non è un effetto nidificato. Agisce come un blocco casuale.
Ri: Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Caro Marco,
Grazie per questa discussione sul design RCBD 3 anni fa. Ho seguito questa discussione, ma sono ancora incerto su come specificare il mio modello, che in realtà è molto più semplice. Include anche un effetto annidato all'interno di una combinazione di altri due effetti. Nello specifico, ho 4 genotipi allevati a 2 temperature e 4-5 individui per combinazione di temperatura e fenotipo misurati ripetutamente (molte osservazioni della velocità di nuoto per individuo). Quindi gli individui sono un effetto casuale annidato all'interno di genotypeXtemperature. Quando faccio come hai suggerito nella discussione sopra per specificare un individuo con ID univoci ed eseguire questo:
Modello adatto ( Y ( : v ) , Effetti ( :Genotipo , : T , : T * :Genotipo , :G _T_Ind & Casuale ) )
Mi perdo DF e non viene valutato nulla.
Ci deve essere un modo per specificare che gli individui sono unici all'interno di una combinazione di : T * :Genotipo, giusto?
Grazie in anticipo!
L. Yampolsky
Ri: Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Ciao Marco,
Grazie per aver confrontato il potere di rilevamento per me. Non volevo trattare il nidificato Blocco (anno*località) effetto come fisso, effetto. Volevo trattarlo come un effetto casuale, ma semplicemente non sapevo come eseguire il test nidificando il file Bloccare all'interno del interazioni di Anno E Posizione.Ma ora poiché il potere di rilevamento non è stato influenzato semplicemente nominando il file Blocchi 1~12 durante le 2 sedi e i 2 anni, farei l'analisi in questo modo. Grazie mille cmuh ancora!!
Ri: Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Non conosco la deviazione standard della tua risposta o l'effetto minimo che stai cercando di rilevare ma questo confronto è corretto perché utilizzo 1 per la deviazione standard (RMSE anticipato) e 1 per il valore del parametro (con codifica dei livelli dei fattori , il valore è equivalente a un effetto che è il doppio della deviazione standard) in entrambe le analisi. Ecco l'analisi della potenza utilizzando l'effetto blocco casuale nel modello:
(RCBD con effetti di blocco casuali nel modello)
Ecco l'analisi della potenza utilizzando il tuo modello:
(RCBD con effetti di blocco fissi nel modello)
Quindi puoi vedere che il potere è essenzialmente lo stesso per gli effetti di interesse. La tua scelta dovrebbe dipendere da come pensi all'effetto blocco. Un effetto casuale mi sembra appropriato. Perché vorresti modellare Block come un effetto fisso? Non intendo questa domanda come una sfida. È semplicemente qualcosa a cui pensare.
Ri: Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Ci sono differenze nel potere di rilevare differenze nelle varietà usando questi due metodi?
Grazie!!
Ri: Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Assegnando a ciascun blocco un livello univoco (1-12), indichi indirettamente l'annidamento. Se hai utilizzato instread 1-3 nei quattro ambienti, dovresti nidificare esplicitamente i blocchi.
Ri: Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Segno,
Grazie mille per il tuo tempo e impegno nella simulazione dei dati.
Stavo cercando di trattare il Blocco nidificato (Y*L) come effetto casuale, non fisso.
Mi chiedo quali sarebbero le differenze tra i due metodi sul potere di distinguere le differenze nei fattori e ridurre gli effetti delle varianze di campo?. Come posso giustificare me stesso non annidando statisticamente i blocchi?
Grazie mille ancora!
Ri: Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Ho realizzato un design personalizzato che dovrebbe essere equivalente al tuo RCBD come lo hai descritto. (Ho creato i valori di risposta con una simulazione Monte Carlo.) Include il modello (script tabella) con l'effetto blocco casuale.
L'ho allegato per la tua ispezione.
Ri: Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Grazie per il chiarimento, è davvero di grande aiuto.
Quindi, per essere sicuro di capire, hai tutte e 10 le varietà in ogni combinazione di luogo (2) e anno (2), un ambiente. Ogni varietà è testata in triplice copia e disposta in 3 blocchi completi all'interno di ogni ambiente. Quindi hai 10 x 2 x 2 x 3 = 120 osservazioni disposte in 12 blocchi?
Mi sembra che il modello dovrebbe trattare il blocco come un effetto casuale senza nidificazione. Invece di indicare blocco = 1, 2 o 3, indicalo da 1 a 12 nella tabella dati. Selezionare l'effetto blocco nel modello, fare clic sul triangolo rosso accanto ad Attributi e selezionare Effetto casuale.
Non capisco perché dovresti trattare il blocco come un effetto fisso o devi nidificarlo in base alla tua descrizione.
Ri: Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Ciao Marco,
I tre fattori sono: 10 varietà, 2 anni, 2 luoghi, (3 blocchi in ogni ambiente, ovvero ogni anno e luogo)
Questo è il mio progetto sul campo per RCBD per un ambiente: e sto provando a eseguire il prossimo effetto Block in (anno * Posizione)
Ri: Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Esiste più di un modello possibile ed è facile fraintendere il design e il modello. Potrebbe fornire le seguenti informazioni per chiarimenti?
- Qual è il tuo RCBD? Cioè, quali sono i fattori, i livelli dei fattori, i trattamenti e il blocco. In particolare, come avviene il nesting nel tuo progetto?
- Qual è il tuo modello lineare previsto?
Per il modello lineare, utilizzare questa nomenclatura per motivi di chiarezza:
Y = I + X1 + X2[X1] + X1*X2[X1] + B
Sto indicando che ci sono due fattori, X1 (es. Sito) e X2 (es. Linea). Sono stati inseriti come due effetti principali e un effetto di interazione. Le modifiche in X2 sono nidificate nei livelli X1. B è il blocco (ad esempio, Day).
(A proposito, non garantisco che il mio esempio sia stimabile ma solo per mostrare come funziona la nomenclatura!)
Ri: Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?Ciao Mark,
So come creare un termine di interazione, ma come annido il "Blocco" all'interno di (Anno*Posizione)?
Grazie.
Ri: Come creare un effetto annidato all'interno dei fattori di interazione?È sufficiente selezionare prima le colonne coinvolte nell'interazione, quindi fare clic su Incrocia.
